test VR
- Přečteno: 364
PRF
Přijímací řízení do PhD studia na KBE
Katedra biologie ekosystémů
Přijímací řízení se skládá z posouzení písemné přihlášky uchazeče/ky, včetně návrhu projektu, a ústního pohovoru.
Na základě požadavku oborových rad musí uchazeč/ka, spolu s přihláškou do doktorského studia, předložit stručné odborné CV a stručný návrh projektu s nástinem tématu disertační práce, který zahrnuje cíle, metodiky, finanční a logistické zabezpečení, seznam relevantní literatury (orientační celkový rozsah návrhu 1000–2000 slov), z něhož bude zřejmá realizovatelnost projektu.
Diskuse o návrhu projektu je klíčovou součástí ústního pohovoru přijímacího řízení, během kterého přijímací komise také posuzuje uchazečovy předpoklady ke studiu a jeho/její schopnost kriticky a samostatně uvažovat. U absolventů jiných fakult (mimo PřF JU) je pohovor zaměřen i na zjištění úrovně odborných znalostí z obecné ekologie, resp. hydrobiologie. Alespoň část pohovoru je přitom vedena v anglickém jazyce. Při rozhodování přijímací komise jsou důležitým vodítkem pro přijetí uchazeče názor a zájem navrhovaného školitele o školení doktoranda. Během ústního pohovoru přijímací komise doporučí až 5 povinně volitelných předmětů z nabídky příslušného programu odpovídajích zaměření disertační práce. Během ústního pohovoru přijímací komise doporučí až 5 povinně volitelných předmětů z nabídky příslušného programu odpovídajích zaměření disertační práce.
Přijímací komise na základě návrhu projektu a výsledků přijímacího pohovoru sestaví pořadí jednotlivých kandidátů a doporučí nebo nedoporučí jejich přijetí do doktorského studia.
Číst dál …Přijímací řízení do PhD studia na KBE
- Přečteno: 1668
Pokyny pro PhD studenty KBE
Katedra biologie ekosystémů
All pending graduate students (including those on interruption/parental leave, as their original rules may have been changed meanwhile), as well as their supervisors (including those external and potential) should be aware of all the milestones implying by the current Dean’s provision No. 62 (in Czech). Here is an overview of important milestones and duties of PhD students enrolled in both doctoral programmes, i.e. Ecosystem Biology or Hydrobiology.
- “No later than two months after the commencement of study, the student is obliged to submit, via the Department of Student Affairs, a proposed ‘Doctoral Study Plan’ to the specialist board of the doctoral study programme …” – We strongly recommend being faster, in particular during winter semesters, when the approval process used to be delayed due to the Christmas season.
- “No later than in the second semester of study, enroll for the subject ‘Literature review’ (KBE/806) … it is recommended to submit the review at least one month before the end of the second semester…” (see also Requirements of "Literature review") – However, we strongly recommend being faster, otherwise you risk a penalty, i.e. reduced stipend since your second year (i.e. from the 13th month until its approval).
- “Submit an annual report on the progress … every year by 31 October” – completely and carefully filled!
- Be aware of all your duties, such as conference presentations (KBE/907), study stays abroad (FBI/801–803), annual presentations at doctoral conference/seminar (KBE/805), teaching activities, etc.
- To receive an assessment in STAG from:
- KBE/907 (the presentation at an international conference in foreign language) – student has to send a confirmation of his presentation (i.e. a scan from the conference abstract book) to the chair of the specialist board (Jana Jersáková or Jaroslav Vrba) of either doctoral study programme.
- KBE/800 (Doctor´s Thesis, Practical Part) – the student’s supervisor has to send a confirmative e-mail to either chair of the specialist board of either doctoral study programme or to the secretary of our department (Jana Vrbová) with his/her approval to grant a student with the assessment.
- Fulfil most of prerequisites, such as elective courses, English exams (OJZ/940, OJZ/950) followed by state exam (FBI/D1), timely within four years = until the end of your regular study.
- Provide proper author’s affiliation (FSc USB) of yourself on all publications intended for your dissertation thesis – otherwise the papers cannot be included into your thesis!
- Do not intentionally postpone submitting your dissertation thesis beyond the standard period of study because of writing excessive manuscripts (e.g. for supervisor’s projects). We prefer and strongly encourage all students to finalize his/her dissertation thesis within the standard period, providing he/she can fulfil minimal requirements: i.e. “three publications or papers of which the student is (co)author … a part must have been accepted for publication in a journal attaining in the previous five years an impact factor of at least 0.5 … main author of at least one of the published papers (or papers accepted for publication)…”. If you are in shortage of published or accepted papers, consult the chair of the specialist board.
- Last but not least, one should consider the regular deadlines for new PhD applications, consult the Department of Student Affairs for completeness, and follow the instructions of admission proceedings of our department!
Číst dál …Pokyny pro PhD studenty KBE
- Přečteno: 1858
D84 - upravující podmínky vedení kvalifikačních prací
Opatření děkana č. D 84
upravující podmínky vedení kvalifikačních prací
ze dne 4. prosince 2017
ve znění ze dne 17. ledna 2022
Článek 1. Vedení kvalifikačních prací
- Vedoucím bakalářské a magisterské (diplomové) práce může být osoba s vědeckou hodností Ph.D., CSc., nebo vyšší, případně odborník z praxe s dokončeným magisterským nebo inženýrským vzděláním a pěti lety praxe v oboru.
- Kvalifikační práci podle bodu 1 může vést i student v doktorském programu s podmínkou, že současně s vedoucím práce bude ustanoven supervizor, který splňuje kvalifikační předpoklady uvedené v předchozím odstavci. Supervizor poskytuje metodickou podporu vedoucímu práce i bakalantovi či diplomantovi.
- Vedoucí bakalářských a diplomových prací schvaluje a případné supervizory ustanovuje vedoucí katedry. Ustanovení supervizora musí být výslovně uvedeno v zadávacím protokolu kvalifikační práce.
- Témata bakalářských a diplomových prací schvaluje vedoucí katedry a garant programu studia.
- Vedoucím disertační práce může být profesor, docent, doktor věd nebo jiný významný odborník navržený oborovou radou po schválení děkanem fakulty. Pokud navržený školitel nebyl habilitován nebo nemá titul doktor věd, musí jeho zařazení mezi školitele schválit vědecká rada fakulty. Požadavky na jeho odbornou kvalitu jsou obdobné jako fakultní požadavky na uchazeče o habilitaci. Pokud byl navrhovaný vedoucí již schválen vědeckou radou pro školení doktorandů v jiném programu, schvaluje jeho zařazení mezi školitele daného programu děkan na základě písemného návrhu předsedy oborové rady (garanta programu). Školitele na návrh oborové rady jmenuje děkan. Témata disertačních prací schvaluje oborová rada vedená garantem programu. Pravidla pro disertační práce jsou stanovena Opatřením děkana č. D 62.
- Pokud vedoucí práce není zaměstnancem PřF JU, přebírá částečně povinnosti školitele (zejména úkony administrativní povahy) fakultní garant.
- Jeden student doktorského studia může vést nejvýše tři kvalifikační práce podle bodu 1.
- Jeden akademický pracovník PřF JU může být vedoucím maximálně osmi kvalifikačních prací (v součtu všech diplomových a disertačních). Výjimku z tohoto pravidla může v odůvodněném případě povolit děkan fakulty. Počet vedených bakalářských prací není omezen.
Článek 2. Závěrečná ustanovení
- Znění tohoto opatření platné od 4. 12. 2017 se zrušuje.
- Toto aktualizované znění nabývá účinnosti dnem vydání.
prof. Ing. Hana Šantrůčková, CSc.
děkanka Přírodovědecké fakulty JU
Číst dál …D84 - upravující podmínky vedení kvalifikačních prací
- Přečteno: 25972
Laboratoř spektroskopie jednotlivých molekul
Right now we are looking for motivated students of all levels (Bc, Mgr, PhD)!
Contact information
Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.
Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.
Address:
Building C (room 01037)
Faculty of Science
University of South Bohemia in České Budějovice
Branišovská 1760
370 05 České Budějovice
Phone: 00420387776237
GPS: 48.9772847N, 14.4451364E
Research Interests |
|
Allosteric communication in membrane protein complexes linked to conformational transitions on multiple timescales |
|
|
- Development of novel mechanistic models of molecular machines behind protein translocation |
|
|
Motivation: Allosterically modulated molecular machines mediate many of the key processes in all forms of life. The Sec translocon, a membrane bound protein complex, is the principal route for the efficient transport of heterogeneous polypeptides across or into lipid bilayers. The bacterial translocon consists of two main parts, a cytosolic ATPase SecA and membrane channel SecYEG. Based on our group’s recent findings we propose that the Sec translocon is a novel type of stochastically coupled hybrid molecular machine, where the processive SecA steers the energy landscape of a stochastic SecYEG channel allosterically dependent on nucleotide state. We present a number of research projects to map the full allosteric network regulating different stages of protein translocation in the Sec complex using a combination of mutagenesis, single-molecule and in silico methods. |
|
 |
|
|
Publications: • Allen, W. J., et al (2016) Two-way communication between SecY and SecA suggests a Brownian ratchet mechanism for protein translocation, Elife. 5. |
|
|
|
|
Studies of G protein signaling at the single molecule level |
|
| - Getting insights into non-canonical G protein signaling and development of signaling activity sensors | |
|
Motivation: The G protein signaling cascade is a major pathway responsible for cellular communication with the external environment. It is present in all eukaryotes from yeast to humans. G proteins transduce signals from a variety of chemical and physical stimuli including hormones, odorants, neurotransmitters, and light. Up to 50% of all modern prescription drugs target this signaling cascade. However, many aspects of G protein signaling remain unclear. Our goal is to gain insights into non-conventional properties of G protein signaling in mammalian and fungal cells. Particularly, we are interested in precoupling between G proteins and G protein-coupled receptors (GPCRs), dimerization and heteromerization of GPCSs, and development of signaling activity sensors (1-5). In our research we use advanced imaging techniques, including single-molecule imaging, combined with molecular biology, cell biology methods and advanced data processing. We strive to utilize cutting-edge techniques and multidisciplinary approaches to do excellent science. |
|
|
Figure 1. Outstanding questions in G protein signaling research |
|
|
Figure 2. A snapshot of real time dual channel single-molecule imaging of interactions between G proteins and G protein-coupled receptors in a live cell |
|
|
Publications:
|
|
Lab Members |
|
| Researchers: Tomáš Fessl, Ph.D. Dr Łukasz Bujak Radek Litvín, Ph.D. Prof. František Vácha, Ph.D. Students: Eva Sýkorová Jiří Štangl Jakub Strejc |
|
Číst dál …Laboratoř spektroskopie jednotlivých molekul
- Přečteno: 1590
