Krajina je složitý, hierarchický systém vzájemně propojených přírodních i antropogenně ovlivněných ekosystémů, které se vyvíjejí v čase. V současné době očekávaných klimatických změn a vzrůstajících požadavků na krajinu kolem nás, je důležité se věnovat Péči o životní prostředí i obnově kulturní krajiny.

V rámci našeho výzkumu se zabýváme různými aspekty ovlivňující dynamiku populací živočichů a rostlin a ve vodních a terestrických ekosystémech.

Zabýváme se biologickou aktivitou půdy, která tvoří základní složku terestrických ekosystémů. Zajímají nás především cykly uhlíku, dusíku a fosforu ve spojitosti se složením a fungováním půdních mikrobiálních společenstev a jejich vztahy s rostlinami. Dlouhodobě se věnujeme různým typům ekosystémů – od lesních, přes mokřadní (rašeliniště a rašelinné smrčiny) až po luční ekosystémy v horských oblastech. Studujeme především, jak se půdní procesy v těchto ekosystémech mění působením přirozených či lidských vlivů. Naše poznatky se vždy snažíme zasadit do širšího kontextu fungování celého ekosystému.

Ve spolupráci s Hydrobiologickým ústavem BC AV ČR, v.v.i. (HBÚ) se zabýváme především studiem stojatých vod (např. šumavských jezer, údolních nádrží či rybníků), v menší míře i potoků a dalších zajímavých lokalit, zajišťujeme výuku pro specializace Hydrobiologie v rámci bakalářského i magisterského studia a garantujeme doktorský studijní obor Hydrobiologie.