Katedra botaniky garantuje magisterský program Botanika, doktorský program Botanika a zajišťuje kurzy a školení studentů s botanickým zaměřením v bakalářských studijních programech Biologie, Biologie a ochrana zájmových organizmů, Biologie pro vzdělávání a Ekologie a ochrana prostředí. Katedra také koordinuje mezikatedrový magisterský obor Ecology vyučovaný v angličtině. Tematický záběr zahrnuje několik základních směrů: Algologie, Archeobotanika, Ekologie populací a společenstev, Mykologie včetně lichenologie, Systematika vyšších rostlin, a Vegetační ekologie a ekologie obnovy.

Výzkum probíhá v terénu i v laboratoři přímo na katedře nebo ve spolupráci s různými institucemi u nás i v zahraničí, především s Botanickým ústavem AV ČR v Třeboni. V projektech se propojují tradiční přístupy s nejmodernějšími metodami. Důraz je kladen na dokonalou znalost zkoumaných organismů (sinic a řas, hub a lišejníků, mechorostů a cévnatých rostlin), experimentální přístup, využití moderních molekulárně-genetických metod a zobrazovacích technik i kvalitní statistické analýzy dat. Některé projekty jsou úzce propojeny s ochranářskou praxí.