Přírodovědecká fakulta Jihočeské univerzity byla založena v roce 1991. Do 31. července 2007 se jmenovala Biologická fakulta. Zřídil ji akademický senát Jihočeské univerzity, která byla zřízena krátce předtím. Na jejím vzniku se podíleli vědci z Biologického centra Akademie věd České republiky, které bylo v Českých Budějovicích zřízeno ještě před rokem 1989, za účelem odsunu nepohodlných vědců z Prahy. První prostory, ve kterých probíhala výuka, byly také na půdě Akademie věd České republiky, ale dnes již má fakulta tři vlastní budovy. Přesto je stále úzce provázána s místními ústavy AV ČR, někteří přednášející jsou například zároveň zaměstnanci akademie.

Na Přírodovědecké fakultě JU je možné si vybrat z jednooborových i kombinovaných programů. Součástí nabídky studia na PřF JU je také víceoborové vzdělávání pro budoucí učitele na středních školách nebo profesně zaměřené studium v oborech biomedicínská laboratorní technika či péče o životní prostředí, které připravují absolventy na budoucí výkon povolání v klinických laboratořích resp. ochraně přírody. Speciální možností je potom přeshraniční studium ve spolupráci s Johannes Kepler Universität v Linci v oboru Biochemistry. Na naší fakultě zajišťujeme velmi kvalitní jazykové vzdělávání, kromě angličtiny zde vyučujeme také němčinu, španělštinu, francouzštinu a další jazyky. Výuka jazyků je zaměřena především na jejich využití v odborné sféře. Studenti mají možnost se během studia zúčastnit výuky ve speciálních podmínkách vysoké Arktidy, na naší výzkumné stanici na Svalbardu, ale i v tropech Papui Nové Guiney nebo na terénní stanici Binatang. Dalším ojedinělým pracovištěm zajišťujícím výuku na PřF JU je Laboratoř archeobotaniky a paleoekologie, která je mostem mezi přírodními a humanitními vědami.