Katedra matematiky zabezpečuje výuku matematiky na Přírodovědecké fakultě JU. Garantuje bakalářské studijní programy Matematika pro vzdělávání a Aplikovaná matematika. První z těchto programů je určen pro studenty, kteří se chtějí stát středoškolskými učiteli matematiky a pokračovat v navazujícím magisterském studijním programu Učitelství matematiky pro střední školy. Studenti bakalářského programu Aplikovaná matematika mohou pokračovat v magisterském studiu aplikované matematiky na řadě jiných vysokých škol v Česku. Pracovníci Katedry matematiky řeší vědecké otázky v řadě matematických či matematicko-aplikačních disciplín a publikují své odborné práce v respektovaných mezinárodních časopisech. Součástí Katedry matematiky je Centrum matematické biologie, které se zabývá aplikacemi matematiky v biologii, převážně pak v ekologii, epidemiologii a evoluční biologii.