PRF

Napsáno od Ján Štěrba dne 7. říjen 2022. Zveřejněno v PRF.

Doktorské programy

Doktor přírodních věd (RNDr.) - Biochemie

PřF JU získala právo udělovat tzv. "malý" doktorát, t.j titul Doktor přírodních věd (rerum naturalium doctor) RNDr. v oboru Biochemie. Titul RNDr. je udělován po obhájení rigorózní práce a úspěšném absolvování státní rigorózní zkoušky. Pro bližší informace kontaktujte Prof. Ivanu Kutou Smatanovou (kuta (at) prf.jcu.cz).
Biochemie / Biochemistry

Garant: prof. Mgr. Ivana Kutá Smatanová, Ph.D.

Kontakt: tel. 387 776 234; e-mail: kuta (at) prf.jcu.cz

Studium možné v českém i anglickém jazyce.

Pozor! A fee for studying at FSc USB in a foreign language is 500 CZK (or equivalent in EURO), as stated in the Provision of the Dean No. 83. Za studium v cizím jazyce se na PřF JU platí poplatek 500 Kč (anebo 20 EURO) za rok, viz Opatření děkanky D83.

Charakteristika: Studijní obor Biochemie je zaměřen na přípravu kvalifikovaných vědeckých pracovníků s nejvyšším stupněm vzdělání pro práci ve všech oborech biochemie, která v dnešní době představuje multidisciplinární obor zahrnující vědy chemické, biologické a fyzikální. V poslední době se nedílnou součástí biochemického výzkumu stává i bioinformatika. Absolventi programu - budoucí vedoucí pracovníci s vědeckými předpoklady pro práci v biochemických a biotechnologických laboratořích se zaměřením na výzkumnou, vývojovou, výrobní a kontrolní činnost - získají teoretické znalosti z oblasti funkční a strukturní biochemie a také praktické dovednosti zahrnující použití různých metodologických postupů a využití mnoha moderních instrumentálních metod při studiu struktury a funkce živých organizmů na molekulární úrovni. Skladba, rozmanitost a velké množství různých výzkumných projektů řešených na pracovištích zajišťujících výuku v programu poskytuje řadu možností pro zaměření studentů individuálním směrem podle jejich zájmů a možností. Studenti navážou na získané poznatky z biochemických disciplín a rozšíří si praktické zkušenosti o další pokročilé laboratorní postupy a moderní instrumentální metody analytické/biofyzikální chemie pro studium molekul a komplexů v biologických systémech. Získají pokročilé znalosti ze studia molekulárních mechanismů metabolických procesů probíhajících v roztocích, biologických membránách a živých organizmech s využitím různých typů biochemických analýz a použití různých biofyzikálních metod. Základní biochemické pojmy budou diskutovány v návaznosti na novinky v současném výzkumu a také budou probírány paralelní témata zahrnující strukturu a funkci významných biologických molekul a biochemické funkce společné všem oblastem života a humánní medicíny. Pozornost bude věnována také moderním technikám molekulární a buněčné biologie v rozsahu, který umožní absolventům doktorského programu samostatně pracovat s biologickým materiálem a využívat přitom odpovídajících technik analytické a preparativní biochemie a molekulární biologie.

Požadavky na uchazeče: Ukončené magisterské nebo inženýrské vzdělání biologického, chemického nebo biochemického zaměření.

Okruhy témat doktorských prací:

Krystalizace a proteinová krystalografie s cílem určit struktury proteinů pomocí rentgenové difrakční analýzy. Znalost detailní struktury proteinů je zásadní pro pochopení jejich funkce. Studenti se zabývají celým procesem vedoucím k určení struktury proteinu od izolace a purifikace proteinu pomocí molekulárně biologických a biochemických metod, přes vlastní přípravu krystalů až po rentgenovou strukturní analýzu.
Kontaktní osoba: prof. Ivana Kutá Smatanová (kuta (at) prf.jcu.cz)

Modelování interakcí mezi biomolekulami a složitými biologickými systémy. Studenti pracují s výpočetními metodami pro modelování biologických systémů a zabývají se především analýzou dynamických změn v těchto systémech. Studenti pomocí tzv. molekulárního modelování studují vztah mezi strukturou a funkcí proteinů. Výsledky teoretických přístupů jsou následně srovnávány s experimentálními daty.
Kontaktní osoba: dr. Michal Kutý (kuty (at) prf.jcu.cz)

Studium mechanismu a dynamiky makrokomplexů. Studenti budou pomocí biofyzikálních a strukturních metod a jejich aplikací zkoumat mechanismus skládání a fungování velkých makromolekulárních komplexů jako jsou anténní komplexy fotosyntetických pigmentů, roli RNA v replikaci a skládání virů a v regulaci buněčných pochodů, mechanismus rekombinace v leukocytech a jak může způsobovat některé druhy leukemie, mechanismus přestavby chromatinu a fungování membránových komplexů v bakteriích.
Kontaktní osoba: dr. Roman Tůma (rtuma (at) prf.jcu.cz)

Hlavním cílem projektu bude objasnit souvislosti mezi experimentálními a výpočtovými studiemi hexamerní virové RNA helikasy P4 z bactreriofágu Phi8 (Phi8P4). Pro splnění tohoto cíle budou studovány struktury s vysokým rozlišením pro ATP/ADP a analogové přechodové stavy pomocí rentgenové krystalografie, hmotnostní spektrometrie spojené s metodou výměny vodíku za deuterium, jednomolekulární fluorescenční spektroskopií společně s klasickou molekulární dynamikou (MD), ab initio MD a QM/MM výpočty.
Kontaktní osoba: dr. Zdeněk Franta (zfranta (at) prf.jcu.cz), dr. Filip Dyčka (fdycka (at) prf.jcu.cz), dr. Tomáš Fessl (fessl (at) prf.jcu.cz), dr. David Řeha (reha (at) nh.cas.cz)

Molekulární mechanismy infekce u klíšťaty přenášených patogenů. Zkoumány jsou procesy probíhající v infikovaných buňkách savčího hostitele i klíštěcího přenašeče (vektora) klíšťaty přenášených patogenů - viru klíšťové encefalitidy a bakterií Lymské boreliozy Borrelia burgdorferi sensu lato. Využívány jsou kromě metod molekulární biologie a biochemie také hmotnostní spektrometrie, next generation seuqencing (transkriptomika, genomika, epigenetika), fluorescenční a elektronová mikroskopie. Struktury proteinů jsou zkoumány ve spolupráci s The Austro-Czech RERI-uasb NMR Center na JKU v Linzi (za JU výzkum zajišťují Mgr. Libor Hejduk a Prof. Norbert Müller).

Kontaktní osoba:Dr. Ján Štěrba (sterbaj (at) prf.jcu.cz), Dr. Martin Selinger (selinm01 (at) prf.jcu.cz), Prof. Norbert Müller (nmuller (at) prf.jcu.cz), Dr. Ryan Rego (rrego (at) prf.jcu.cz)

Elektronová mikroskopie (EM) a mikroskopie atomárních sil (AFM). V EM studenti využívají technicky náročné metody, které umožňují lokalizaci jednotlivých komponent v buněčné ultrastruktuře či povrchové morfologii vzorku. Zabývají se 3D rekonstrukcí studovaných objektů a součástí studia je rovněž příprava biologických preparátů pro elektronovou a korelativní mikroskopii. AFM umožňuje detailní zobrazení povrchu a elastických vlastností živých buněk, biologických membrán, proteinů a jejich komplexů, peptidů, polynukleotidových řetězců, organických polymerů a sloučenin a to jak v plynné tak kapalné fázi. Tento typ mikroskopie také slouží k měření sil působících mezi všemi výše zmíněnými objekty až na úroveň studia nekovalentních vazeb vznikajících mezi jednotlivými molekulami.
Kontaktní osoby: ing. Jana Nebesářová (nebe (at) paru.cas.cz), ing. Zdenko Gardian (zdenogardian (at) gmail.com), dr. David Kaftan (dkaftan (at) prf.jcu.cz)

Analýza struktury a funkce pigmentů a pigment-proteinových komplexů z fotosyntetických organismů. Účinnost fotosyntetických procesů v rostlinách, řasách i bakteriích závisí na souhře proteinů, pigmentů a enzymů. Studenti se zabývají analýzou fotosyntetického aparátu od úrovně pigmentů až po fotosyntetickou membránu. Pro pochopení funkce jednotlivých složek i celé fotosyntetické membrány jsou používány biochemické, biofyzikální a bioinformatické metody.
Kontaktní osoba: Dr. Radek Litvín (rlitvin (at) prf.jcu.cz)

Studium ultrarychlých dějů v molekulách a proteinech pomocí femtosekundové laserové spektroskopie. Studenti se zabývají studiem excitovaných stavů molekul, především fotosyntetických pigmentů, řeší problémy spojené s přenosem energie a/nebo náboje v syntetických i přírodních systémech, např. fotosyntetických proteinech.
Kontaktní osoba: prof. Tomáš Polívka (tpolivka (at) jcu.cz)

Studium spektroskopických vlastností molekul a proteinů pomocí spektroskopie jednotlivých molekul. Díky unikátní kombinaci mikroskopie a laserové spektroskopie tato metoda umožňuje zkoumat vlastnosti jednotlivých proteinových komplexů a odhalit specifické detaily, které při standardním měření zůstávají skryty díky průměrování přes velké množství molekul/proteinů.
Kontaktní osoba: prof. František Vácha (vacha (at) jcu.cz)

Studium role lipidového metabolismu v imunitní odpovědi u D. melanogaster a role genu Impl2 během imunitní odpovědi u D. melanogaster. Studenti pomocí molekulárně biologických a biochemických metod studují metabolismus D. melanogaster.
Kontaktní osoba: dr. Adam Bajgar (BajgarAdam (at) seznam.cz)

Číst dál …Doktorské programy

Přečteno: 13517

Napsáno od Ján Štěrba dne 7. říjen 2022. Zveřejněno v PRF.

Informace ke studiu

Pravidla a doporučení k psaní kvalifikačních prací

Kvalifikační práce se na PřF JU odevzdávají již jen elektronicky (opatření studijního proděkana P5).

DŮLEŽITÉ UPOZORNĚNÍ!!! Pokud váš školitel požádá o pozdržení zveřejnění vaší práce (maximálně na tři roky) - musíte odevzdat jeden vytištěný výtisk, který bude zaslán na MŠMT.

Pravidla a doporučení pro vypracování kvalifikačních prací na Katedře chemie Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity - platné od akademického roku 2024/2025 - v současnosti platná nejnovější verze.

Pravidla a doporučení pro vypracování kvalifikačních prací na UCH - platné do konce akademického roku 2023/2024.

Závazná pravidla pro psaní prací na Katedře chemie platná do akad. roku 2022/2023

Důležitá doporučení pro vypracovávání bakalářských a magisterských prací platná do akad. roku 2022/2023

Podívejte se i na ostatní opatření děkana a proděkanů týkající se studentů
Zadávací protokoly bakalářských a magisterských prací

Zadávací protokol bakalářské a magisterské (docx, pdf, dostupné v dokumentech pro studenty) práce je potřebné vyplnit a odevzdat (u bakalářských oborů doporučujeme nejpozději během 3. semestru a dle opatření D48 nejpozději na konci 4. semestru a u magisterských oborů doporučujeme během 1. semestru). Zadávací protokol by měl být připraven pro studenta školitelem. Školitele je možné předem konzultovat s vedoucím katedry (Ján Štěrba), především v případě externistů a školitelů z jiných fakult. Připravený a školitelem elektronicky podepsaný protokol student elektronicky podepíše (návod na el. podpis zde). Následně student získá elektronické podpisy příslušných osob s výjimkou vedoucího katedry a přepošle na sekretariát katedry chemie (K. Žižková - Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. ). Postup na vytvoření jednoduchého el. podpisu:

Připravili jsme pro vás pomůcku k vyplnění zadávacího protokolu:
Nabídka témat

Read more
E-mailová schránka končících studentů/E-mail account of finishing students

Read more
FAQs for Biological Chemistry study programmes

Read more
Upozornění pro studenty a jejich školitele oheldně zadávání témat kvalifikačních prací u studentů z krajin pod sankcemi EU

Read more
Proplacení finančních nákladů ke studiu

Pokud u povinného či povinně volitelného předmětu (pod katedrou chemie) výuka probíhá mimo České Budějovice, student si může zažádat o proplacení nákladů. Doklady spojené s výukou prosím zašlete na sekretariát katedry chemie (K. Žižková - Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. ).
informace o průběhu obhajob kvalifikačních prací

Read more

Číst dál …Informace ke studiu

Přečteno: 14187

Napsáno od Ján Štěrba dne 7. říjen 2022. Zveřejněno v PRF.

Information for supervisors of Dept. of Chemistry students

Thank you for supervising our students and we hope students will learn a lot in your laboratory and you will get a helpful colleague.

There are just a few points to remind you:

- all theses at our department must be practical (bioinformatics is also considered practical, of course)

- once you agree with a student on the topic, fill in please the assignment form - see info in the section for students

you will be asked every semester to confirm, if you are satisfied with the work of your student. If you ar enot (and thus, the student will not get the credits for the bachelor/master thesis), explain please to the students, what is the problem and what should be changed to improve their work

- we have some expectations, how the bachelor/master thesis should look like. Please, check the Requirements_and_recommendations_for writing bachelor and master theses at the Department of Chemistry valid from the academic year 2024/2025 - currently valid newest version.

- if your student is the citizen of one of the EU sanctioned countries, please check info on the regulations and limitations

- only an employee of the FSci USB; otherwise, also a faculty guarantor is needed, somebody who understands the topic and IS RESPONSIBLE for the quality of the thesis (not a formal position anymore)

- supervisor is also responsible for the quality of the work, quality of the thesis; not only the student

- If the work is to include information classified according to a special regulation or on the basis of a contract with a partner of USB, the student, in cooperation with the supervisor, is to request the Dean's consent to use this information on the form in Annex 2 of this Provision. Check the provision D48, please.

Číst dál …Info for supervisors

Přečteno: 7918

Napsáno od Ján Štěrba dne 7. říjen 2022. Zveřejněno v PRF.

Selected publications at the Dept. of Chemistry

Back to Dept. of Chemistry

Selected publications at the Department of Chemistry

2022 Tick-borne encephalitis virus capsid protein induces translational shut-off as revealed by its structural-biological analysis

manuscript accepted into a prestigious Journal of Biological Chemistry

https://doi.org/10.1016/j.jbc.2022.102585
2022 Content of trans-resveratrol, trans-ε-viniferin and trans-δ-viniferin in young spring grapevine canes – the influence of samples drying

A paper by our department co-authored by our former student Lukas Toupal.

Číst dál …Selected publications at the Dept. of Chemistry

Přečteno: 9282

Napsáno od Milan Novák dne 4. říjen 2022. Zveřejněno v PRF.

Doporučený postup při psaní a odkazy

Seznam štítků: PŘF

Závěrečná práce

Doporučený postup při psaní a odkazy

Tento článek berte jako malého průvodce pro studenta UAI, který pojednává o tom, jak si zadat závěrečnou práci, jak jí správně napsat a jak se připravit k obhajobě.

Kdy si zadat bakalářskou práci

Pravidla PřF stanovují, že bakalářskou práci si je nutné zadat nejpozději do konce 4. semestru. Doporučujeme, ale zbytečně neotálet a práci si zadat nejlépe na konci druhého nebo před začátkem třetího ročníku. Později mohou být zajímavá témata vyčerpána a vyučující vás rovněž může odmítnout, neboť již má zadáno velké množství prací.

Diplomovou práci je nutné si s ohledem na její časovou náročnost zadat nejpozději do konce 1. semestru navazujícího studia.

Jaké předměty si zapsat pro závěrečný školní rok

Je nutné si zapsat předměty FBI/890 pro zimní a FBI/891 pro letní semestr. Jeho splnění potvrzuje zápočtem vedoucí práce.

Student si dále musí zapsat předměty UAI/776 Diplomový seminář 1 pro zimní a UAI/777 Diplomový seminář 2 pro letní semestr. V těchto předmětech se student dozví další nosné informace o struktuře a náležitostech závěrečných prací a vyzkouší (povinně!) si jejich obhajobu "nanečisto". Zápočty v těchto předmětech udílí jejich vyučující.

Jak psát závěrečnou práci

Při psaní práce je nutné dodržet strukturu závěrečné práce dle pravidel PřF. Student se informace o náležitostech práce dozví od svého vedoucího, z webu fakulty a v předmětech Diplomový seminář 1 a 2.

Doporučený rozsah práce je min. 20 u BP a min 40 u DP stran (bez příloh). Skutečný rozsah konzultujte se svým vedoucímn. Rozsáhlejší výpisy zdrojových kódů, dokumenty apod. vkládejte jako přílohy.

Koho se zeptat, když něco nevíte

Pokud si nejste něčím jistí, zeptejte se svého vedoucího, vyučujícího předmětu Diplomový seminář, tajemnice nebo vedoucího katedry. Na studijním oddělení nebo studijního proděkana se zeptejte až ohledně obecných náležitostí (postupujte nejlépe v tomto pořadí, dokud nedostanete potřebnou odpověď).

Informace rovněž najdete na výukovém serveru Moodle v kurzech Diplomový seminář 1 a diplomový seminář 2.

Omezujte jako primární kanál informace od starších spolužáků a kamarádů. Pravidla se s léty vyvíjí a mění, Rovněž počítejte s tím, že pravidla jsou různá nejen na různých fakultách, ale i na různých katedrách.

Kdy a jak práci odevzdat

Předkládaní kvalifikačních prací na fakultě se řídí opatřením proděkana pro studium P5 - https://www.prf.jcu.cz/cz/fakulta/dokumenty/opatreni-prodekanu/p5

Práci si včas nechte zkontrolovat svým vedoucím. Včas není rozhodně den před svázáním. Mějte na paměti, že vedoucí nemusí mít ke kontrole jen Vaší práci a chcete-li od něj rady a připomínky, musí mít na Vaši práci čas. Navíc vy rovněž budete potřebovat čas, aby jste práci opravili a doplnili, dle případných připomínek.

Práci musíte odevzdat do stanoveného data (zdali elektronicky, či kombinací el. + tištěná verze určuje platné opatření P5, viz výše). Upozorňujeme na povinnost odevzdální všech relevantních příloh do kvalifikační práce také do IS STAG.

Do stejného data se zároveň musíte přihlásit k obhajobě své práce a ke státním zkouškám pomocí fakultního formuláře. Naleznete zde:

https://www.prf.jcu.cz/cz/fakulta/dokumenty/formulare

Číst dál …Doporučený postup při psaní a odkazy

Přečteno: 9303

PRF