Skip to main content

PRF

Napsáno dne . Zveřejněno v PRF.

Výzkum

Katedra experimentální biologie rostlin

Věda a výzkum

  • Výzkumná témata

    Hlavní směry výzkumné činnosti

    • Fotosyntéza vyšších rostlin, řas a sinic
    • Interakce rostliny a atmosféry (výměna plynů a její regulace, vývoj a funkce průduchů, stresová fyziologie)
    • Vodní režim rostlin (struktura a funkce kutikuly listu, hydraulická architektura  rostliny)
    • Vývoj přístrojů a nových detekčních metod ve fyziologii rostlin
    • Transkriptomika genů účastnících se vývoje průduchů či výživy masožravých rostlin
    • Ekofyziologie mechorostů
    • Interakce rostlin s mikroorganismy

  • Pracovní skupiny

  • Publikace

    2024

    Hájek, T., & Urbanová, Z. (2024). Enzyme adaptation in Sphagnum peatlands questions the significance of dissolved organic matter in enzyme inhibition. Science of The Total Environment, 911, 168685. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.168685

    Svobodová, K., Krištůfek, V., Kubásek, J., & Bruce Krejčí, A. (2024). Alcohol extract of the gypsy mushroom (Cortinarius caperatus) inhibits the development of Deformed wing virus infection in western honey bee (Apis mellifera). Journal of Insect Physiology, 152, 104583. https://doi.org/10.1016/J.JINSPHYS.2023.104583

    Weides, S. E., Hájek, T., Liancourt, P., Herberich, M. M., Kramp, R. E., Tomiolo, S., Pacheco‐Riaño, L. C., Tielbörger, K., & Májeková, M. (2024). Belowground niche partitioning is maintained under extreme drought. Ecology, 105(1), e4198. https://doi.org/10.1002/ecy.4198

    2023

    Kubásek, J., Kalistová, T., Janová, J., Askanbayeva, B., Bednář, J., & Šantrůček, J. (2023). 13 CO2 labelling as a tool for elucidating the mechanism of cuticle development: a case of Clusia rosea. The New Phytologist, 238(1), 202–215. https://doi.org/10.1111/nph.18716

    Kalistová, T., & Janda, M. (2023). Could a cuticle be an active component of plant immunity? Biologia plantarum, 67, 322-333. https://doi.org/10.32615/bp.2023.037

    Janda, M., Rybak, K., Krassini, L., Meng, C., Feitosa-Junior, O., Stigliano, E., Szulc, B., Sklenar, J., Menke, F. L. H., Malone, J. G., Brachmann, A., Klingl, A., Ludwig, C., & Robatzek, S. (2023). Biophysical and proteomic analyses of Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 extracellular vesicles suggest adaptive functions during plant infection. mBio, 14(4), e0358922. https://doi.org/10.1128/mbio.03589-22

    Awasthi, P., Mishra, A. K., Kocábek, T., Nath, V. S., Mishra, S., Hazzouri, K. M., Sudalaimuthuasari, N., Stajner, N., Jakše, J., Krofta, K., Hájek, T., & Amiri, K. M. A. (2023). CRISPR/Cas9-mediated mutagenesis of the mediator complex subunits MED5a and MED5b genes impaired secondary metabolite accumulation in hop (Humulus lupulus). Plant Physiology and Biochemistry, 201, 107851. https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2023.107851

    Visez, N., Hamzé, M., Vandenbossche, K., Occelli, F., de Nadaï, P., Tobon, Y., Hájek, T., & Choël, M. (2023). Uptake of ozone by allergenic pollen grains. Environmental Pollution, 331, 121793. https://doi.org/10.1016/j.envpol.2023.121793

    Krejčová, G., Morgantini, C., Zemanová, H., Lauschke, V. M., Kovářová, J., Kubásek, J., Nedbalová, P., Kamps-Hughes, N., Moos, M., Aouadi, M., Doležal, T., & Bajgar, A. (2023). Macrophage-derived insulin antagonist ImpL2 induces lipoprotein mobilization upon bacterial infection. The EMBO Journal, e114086. https://doi.org/10.15252/EMBJ.2023114086

    Vondrák, J., Svoboda, S., Zíbarová, L., Štenclová, L., Mareš, J., Pouska, V., Košnar, J., & Kubásek, J. (2023). Alcobiosis, an algal-fungal association on the threshold of lichenisation. Scientific Reports 2023 13:1, 13(1), 1–13. https://doi.org/10.1038/s41598-023-29384-4

    2022

    Kubásek, J., Hájek, T., Duckett, J., Pressel, S., & Šantrůček, J. (2022). Moss stomata do not respond to light and CO2 concentration but facilitate carbon uptake by sporophytes: A gas exchange, stomatal aperture and 13C labelling study. New Phytologist, 230, 1815-1828. https://doi.org/10.1111/nph.17208

    Šantrůček, J. (2022). The why and how of sunken stomata: does the behaviour of encrypted stomata and the leaf cuticle matter? Annals of Botany, 130, 285-300. https://doi.org/10.1093/aob/mcac055

    Janda, M., & Robatzek, S. (2022). Extracellular vesicles from phytobacteria: Properties, functions and uses. Biotechnology advances, 58, 107934. https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2022.107934

    Barrio, I. C., Ehrich, D., Soininen, E. M., Ravolainen, V. T., Bueno, C. G., Gilg, O., Koltz, A. M., Speed, J. D. M., Hik, D. S., Mörsdorf, M., Alatalo, J. M., Angerbjörn, A., Bêty, J., Bollache, L., Boulanger-Lapointe, N., Brown, G. S., Eischeid, I., Giroux, M. A., Hájek, T., et al. (2022). Developing common protocols to measure tundra herbivory across spatial scales. Arctic Science, 8(3), 638-679. https://doi.org/10.1139/as-2020-0020

    Kosová, V., Hájek, T., Hadincová, V., & Münzbergová, Z. (2022). The importance of ecophysiological traits in response of Festuca rubra to changing climate. Physiologia Plantarum, 174(1), e13608. https://doi.org/10.1111/ppl.13608

    Kubásek, J., Svobodová, K., Půta, F., & Krejčí, A. B. (2022). Honeybees control the gas permeability of brood and honey cappings. iScience, 25(11), 105445. https://doi.org/10.1016/J.ISCI.2022.105445

    2021

    Kubásek, J., Hájek, T., Duckett, J., Pressel, S., & Šantrůček, J. (2021). Moss stomata do not respond to light and CO2 concentration but facilitate carbon uptake by sporophytes: a gas exchange, stomatal aperture and 13C labelling study. New Phytologist, 230(5), 1815-1828. https://doi.org/10.1111/nph.17208

    Lubbe, F. C., Bitomský, M., Hájek, T., de Bello, F., Doležal, J., Jandová, V., Janeček, Š., Bartušková, A., Lanta, V., & Klimešová, J. (2021). A tale of two grasslands: how belowground storage organs coordinate their traits with water-use traits. Plant and Soil, 465(1-2), 533-548. https://doi.org/10.1007/s11104-021-05031-7

    Jílková, V., Devetter, M., Bryndová, M., Hájek, T., Kotas, P., Luláková, P., Meador, T., Navrátilová, D., Saccone, P., & Macek, P. (2021). Carbon Sequestration Related to Soil Physical and Chemical Properties in the High Arctic. Global Biogeochemical Cycles, 35(9), e2020GB006877. https://doi.org/10.1029/2020GB006877

    Martínková, J., Hájek, T., Adamec, L., & Klimešová, J. (2021). Growth, root respiration and photosynthesis of a root-sprouting short-lived herb after severe biomass removal. Flora, 284, 151915. https://doi.org/10.1016/j.flora.2021.151915

    Urbanová, Z., & Hájek, T. (2021). Revisiting the concept of ‘enzymic latch’ on carbon in peatlands. Science of The Total Environment, 779, 146384. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.146384

    Angst, G., Pokorný, J., Mueller, C. W., Prater, I., Preusser, S., Kandeler, E., Meador, T., Straková, P., Hájek, T., van Buiten, G., & Angst, Š. (2021). Soil texture affects the coupling of litter decomposition and soil organic matter formation. Soil Biology and Biochemistry, 159, 108302. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2021.108302

    Májeková, M., Hájek, T., Albert, Á. J., de Bello, F., Doležal, J., Götzenberger, L., Janeček, Š., Lepš, J., Liancourt, P., & Mudrák, O. (2021). Weak coordination between leaf drought tolerance and proxy traits in herbaceous plants. Functional Ecology, 35(6), 1299-1311. https://doi.org/10.1111/1365-2435.13792

    Vráblová, M., Marková, D., Vrábl, D., Koutník, I., Sokolová, B., & Hronková, M. (2021). Surface plasmon resonance: An innovative method for studying water permeability of plant cuticles. Plant Science, 310. https://doi.org/10.1016/j.plantsci.2021.110978

    Voon, C. P., Law, Y.-S., Guan, X., Lim, S.-L., Xu, Z., Chu, W.-T., Zhang, R., Sun, F., Labs, M., Leister, D., Pribil, M., Hronková, M., Kubásek, J., Cui, Y., Jiang, L., Tsuyama, M., Gardeström, P., Tikkanen, M., & Lim, B. L. (2021). Modulating the activities of chloroplasts and mitochondria promotes adenosine triphosphate production and plant growth. Quantitative Plant Biology, 2. https://doi.org/10.1017/qpb.2021.7

    2020

    Hájek, T. (2020). Interlinking moss functional traits. A commentary on: ‘Mechanisms behind species-specific water economy responses to water level drawdown in peat mosses’. Annals of Botany, 126(2), iv-v. https://doi.org/10.1093/aob/mcaa108

    Vicherová, E., Glinwood, R., Hájek, T., Šmilauer, P., & Ninkovic, V. (2020). Bryophytes can recognize their neighbours through volatile organic compounds. Scientific Reports, 10(1), 7405. https://doi.org/10.1038/s41598-020-64108-y

    Tveit, A. T., Kiss, A., Winkel, M., Horn, F., Hájek, T., Svenning, M. M., Wagner, D., & Liebner, S. (2020). Environmental patterns of brown moss- and Sphagnum-associated microbial communities. Scientific Reports, 10(1), 22412. https://doi.org/10.1038/s41598-020-79773-2

    Liancourt, P., Song, X., Macek, M., Santrucek, J., & Dolezal, J. (2020). Plant's-eye view of temperature governs elevational distributions. Global Change Biology, 26, 4094-4103. https://doi.org/10.1111/gcb.15129

    Canarini, A., Wanek, W., Watzka, M., Sandén, T., Spiegel, H., Šantrůček, J., & Schnecker, J. (2020). Quantifying microbial growth and carbon use efficiency in dry soil environments via 18O water vapor equilibration. Global Change Biology, 26, 5333-5341.  https://doi.org/10.1111/gcb.15168

    Hůnová, I., Hanusková, D., Jandová, K., Tesař, M., Květoň, J., Kukla, J. (2020). Estimates of the contribution of fog water to wet atmospheric deposition in Czech mountain forests based on its stable hydrogen and oxygen isotope composition: Preliminary results. European journal of environmental sciences, 10(2,) 89-97. https://doi.org/10.14712/23361964.2020.10

    Šolcová, A., Jamrichová, E., Horsák, M., Pařil, P., Petr, L., Heiri, O., Květoň, J., Křížek, M., Hartvich, F., Hájek, M., Hájková, P. (2020). Abrupt vegetation and environmental change since the MIS 2: A unique paleorecord from Slovakia (Central Europe). Quaternary Science Reviews, 230, 106170. https://doi.org/10.1016/j.quascirev.2020.106170

    Vráblová, M., Hronková, M., Vrábl, D., Kubásek, J., & Šantrůček, J. (2018). Light intensity-regulated stomatal development in three generations of Lepidium sativum. Environmental and Experimental Botany, 156. https://doi.org/10.1016/j.envexpbot.2018.09.012

    Vráblová, M., Vrábl, D., Sokolová, B., Marková, D., & Hronková, M. (2020). A modified method for enzymatic isolation of and subsequent wax extraction from Arabidopsis thaliana leaf cuticle. Plant Methods, 16(1). https://doi.org/10.1186/s13007-020-00673-7

    2019

    Šantrůček, J., Schreiber, L., Macková, J., Vráblová, M., Květoň, J., Macek, P., & Neuwirthová, J. (2019). Partitioning of mesophyll conductance for CO2 into intercellular and cellular components using carbon isotope composition of cuticles from opposite leaf sides. Photosynthesis Research, 141, 33-51. https://doi.org/10.1007/s11120-019-00628-7

    Májeková, M., Martínková, J., Hájek, T., & Niu, S. (2019). Grassland plants show no relationship between leaf drought tolerance and soil moisture affinity, but rapidly adjust to changes in soil moisture. Functional Ecology, 33(5), 774-785. https://doi.org/10.1111/1365-2435.13312

    Vondrak, J., Urbanavichus, G., Palice, Z., Malicek, J., Urbanavichene, I., Kubásek, J., & Ellis, C. (2019). The epiphytic lichen biota of Caucasian virgin forests: a comparator for European conservation. Biodiversity and Conservation, 28(12), 3257–3276. https://doi.org/10.1007/s10531-019-01818-4

    Vondrak, J., Frolov, I., Davydov, E. A., Yakovchenko, L., Malicek, J., Svoboda, S., & Kubásek, J. (2019). The lichen family Teloschistaceae in the Altai-Sayan region (Central Asia). Phytotaxa, 396(1), 1-+. https://doi.org/10.11646/phytotaxa.396.1.1

    2018

    Plavcová, L., Hronková, M., Šimková, M., Květoň, J., Vráblová, M., Kubásek, J., & Šantrůček, J. (2018) Seasonal variation of d18O and d2H in leaf water of Fagus sylvatica L. and related water compartments. Journal of Plant Physiology, 227, 56-65. https://doi.org/10.1016/j.jplph 2018.03.009

    Vráblová, M., Hronková, M., Vrábl, D., Kubásek, J., & Šantrůček, J. (2018). Light intensity-regulated stomatal development in three generations of Lepidium sativum. Environmental and Experimental Botany, 156: 316-324, 2018. https://doi.org/10.1016/j.envexpbot.2018.09.012

    Světlíková, P., Hájek, T., & Těšitel, J. (2018). Water-stress physiology of Rhinanthus alectorolophus, a root-hemiparasitic plant. PLOS ONE, 13(8), e0200927. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200927

    Světlíková, P., Hájek, T., & Těšitel, J. (2018). A hemiparasite in the forest understorey: photosynthetic performance and carbon balance of Melampyrum pratense. Plant Biology, 20(1), 50-58. https://doi.org/10.1111/plb.12638

    Bengtsson, F., Rydin, H., & Hájek, T. (2018). Biochemical determinants of litter quality in 15 species of Sphagnum. Plant and Soil, 425(1-2), 161-176. https://doi.org/10.1007/s11104-018-3579-8

    Bjorkman, A. D., Myers‐Smith, I. H., Elmendorf, S. C., Normand, S., Thomas, H. J. D., …Hájek, T. et al. (2018). Tundra Trait Team: A database of plant traits spanning the tundra biome. Global Ecology and Biogeography, 27(12), 1402-1411. https://doi.org/10.1111/geb.12821

    Juřicková, L., Pokorný, P., Hošek, J., Horáčková, J., Květoň, J., Zahajská, P., Jansová, A., Ložek, V. (2018). Early postglacial recolonisation, refugial dynamics and the origin of a major biodiversity hotspot. A case study from the Mala Fatra mountains, Western Carpathians, Slovakia. Holocene, 28(4), 583-594. https://doi.org/10.1177/0959683617735592

    2017

    Stolárik, T., Hedtke, B., Šantrůček, J., Ilík, P., Grimm, B., & Pavlovič, A. (2017). Transcriptional and post-transcriptional control of chlorophyll biosynthesis by dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase in Norway spruce. Photosynthesis Research, 132, 165-179. https://doi.org/10.1007/s11120-017-0354-2

    Vráblová, M., Vrábl, D., Hronková, M., Kubásek, J., & Šantrůček, J. (2017). Stomatal function, density and pattern, and CO2 assimilation in Arabidopsis thaliana tmm1 and sdd1-1 mutants. Plant Biology, 19, 689-701. https://doi.org/10.1111/plb.12577

    Korrensalo, A., Alekseychik, P., Hájek, T., Rinne, J., Vesala, T., Mehtätalo, L., Mammarella, I., & Tuittila, E. -S. (2017). Species-specific temporal variation in photosynthesis as a moderator of peatland carbon sequestration. Biogeosciences, 14(2), 257-269. https://doi.org/10.5194/bg-14-257-2017

    Vicherová, E., Hájek, M., Šmilauer, P., & Hájek, T. (2017). Sphagnum establishment in alkaline fens: Importance of weather and water chemistry. Science of The Total Environment, 580, 1429-1438. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2016.12.109

    2016

    Šantrůčková, H., Kubešová, J., Šantrůček, J., Kaštovská, E., & Rejmánková, E. (2016). The effect of P enrichment on exudate quantity and bioavailability - a comparison of two macrophyte species. Wetlands, 36, 789-798. https://doi.org/10.1093/jxb/erv233

    Čada, V., Šantrůčková, H., Šantrůček, J., Kubištová, L., Seedre, M., & Svoboda, M. (2016). Complex physiological response of Norway spruce to atmospheric pollution – decreased carbon isotope discrimination and unchanged tree biomass increment. Frontiers in Plant Science, 7(805). https://doi.org/10.3389/fpls.2016.00805

    Risi, C., Ogée, J., Bony, S., Bariac, T., Raz-Yaseef, N., Wingate, L., Welker, J., Knohl, A., Kurz-Besson, C., Leclerc, M., Zhang, G., Buchmann, N., Santrucek, J., Hronkova, M., David, T., Peylin, P., & Guglielmo, F. (2016). The Water Isotopic Version of the Land-Surface Model ORCHIDEE: Implementation, Evaluation, Sensitivity to Hydrological Parameters. Hydrology Current Research 7, 1-11. https://doi.org/10.4172/2157-7587.1000258

    Skalák, J., Cerný, M., Jedelský, P., Dobrá, J., Ge, E., Novák, J., Hronková, M., Dobrev, P., Vanková, R., & Brzobohatý, B. (2016). Stimulation of ipt overexpression as a tool to elucidate the role of cytokinins in high temperature responses of Arabidopsis thaliana. Journal of Experimental Botany, 67(9). https://doi.org/10.1093/jxb/erw129

    Pichrtová, M., Arc, E., Stöggl, W., Kranner, I., Hájek, T., Hackl, H., Holzinger, A., & Elster, J. (2016). Formation of lipid bodies and changes in fatty acid composition upon pre-akinete formation in Arctic and Antarctic Zygnema (Zygnematophyceae, Streptophyta) strains. FEMS Microbiology Ecology, 92(7), fiw096. https://doi.org/10.1093/femsec/fiw096

    Pichrtová, M., Hájek, T., & Elster, J. (2016). Annual development of mat-forming conjugating green algae Zygnema spp. in hydro-terrestrial habitats in the Arctic. Polar Biology, 39(9), 1653-1662. https://doi.org/10.1007/s00300-016-1889-y

    Plesková, Z., Jiroušek, M., Peterka, T., Hájek, T., Dítě, D., Hájková, P., Navrátilová, J., Šímová, A., Syrovátka, V., Hájek, M., & Wildi, O. (2016). Testing inter‐regional variation in pH niches of fen mosses. Journal of Vegetation Science, 27(2), 352-364. https://doi.org/10.1111/jvs.12348

    Korrensalo, A., Hájek, T., Vesala, T., Mehtätalo, L., & Tuittila, E. -S. (2016). Variation in photosynthetic properties among bog plants. Botany, 94(12), 1127-1139. https://doi.org/10.1139/cjb-2016-0117

    Kubásek, J. (2016). Optical Spectroscopy for Analysis of the Ratio of Stable Isotopes. Competition or Alternative for Conventional Mass Spectroscopy of Stable Isotopes (IRMS)? Chemické listy, 110(3), 166–173.

    2015

    Hronková, M., Wiesnerová, D., Šimková, M., Skůpa, P., Dewitte, W., Vráblová, M., Zažímalová, E., & Šantrůček, J. (2015). Light induced STOMAGEN-mediated stomatal development in Arabidopsis leaves. Journal of Experimental Botany, 66, 4621-4630. https://doi.org/10.1093/jxb/erv233

    Světlíková, P., Hájek, T., & Těšitel, J. (2015). Hydathode trichomes actively secreting water from leaves play a key role in the physiology and evolution of root-parasitic rhinanthoid Orobanchaceae. Annals of Botany, 116(1), 61-68. https://doi.org/10.1093/aob/mcv065

    Vicherová, E., Hájek, M., & Hájek, T. (2015). Calcium intolerance of fen mosses: Physiological evidence, effects of nutrient availability and successional drivers. Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics, 17(5), 347-359. https://doi.org/10.1016/j.ppees.2015.06.005

    Hájek, M., Jiroušek, M., Navrátilová, J., Horodyská, E., Peterka, T., Plesková, Z., Navrátil, J., Hájková, P., & Hájek, T. (2015). Changes in the moss layer of Czech fens indicate early succession triggered by nutrient enrichment. Preslia, 87(2), 279-301.

    Mikulášková, E., Hájek, M., Veleba, A., Johnson, M. G., Hájek, T., & Shaw, J. A. (2015). Local adaptations in bryophytes revisited: the genetic structure of the calcium‐tolerant peatmoss Sphagnum warnstorfii along geographic and pH gradients. Ecology and Evolution, 5(1), 229-242. https://doi.org/10.1002/ece3.1351

    Tazoe, Y., Santrucek, J. (2015). Superimposed behavior of gm under ABA-induced stomata closing and low CO2. Plant, Cell and Environment, 38, 385-387. https://doi.org/10.1111/pce.12437

    Pro zobrazení publikací vyexportovaných z univerzitní databáze za předchozí kalendářní rok klikněte zde.

  • Projekty

  • "Know-how"

    Na naší katedře disponujeme několika unikátními přístroji a "know-how", které rádi nabídneme jako možnost ke spolupráci v rámci jakéhokoliv slibného projektu. Nejlepší odměnou je spoluautorství na publikaci (u dražších analýz cena domluvou).

    Systémy pro měření plynové výměny rostlin
    LI-6800 (LiCor, Nebrasca, USA)
    Bližší informace budou doplněny
    2x Li-6400XT (LiCor, Nebrasca, USA)
    Měření fotosyntézy, transpirace a dalších důležitých parametrů fyziologie listu (typicky 6 cm2 listu).
    Protože máme přístroje dva, uzpůsobili jsme také k měření zvláště svrchní a spodní strany listu (což skoro nikdo jiný nedělá).
    A protože přístroj měří velmi přesně změny koncentrace CO2 a vodní páry, lze použít na mnoho jiných účelů (třeba měření dýchání drobného i většího hmyzu).

    Fluorescenční kamera – 2D imaging fluorimeter)
    FluorCam FC800-C (PSI, Brno, Czech Republic)
    Měření fluorescence chlorofylu s prostorovým rozlišením 720 × 560 bodů
    Mnoho kinetických parametrů včetně oblíbených Fv/Fm a NPQ
    Zoomovatelný objektiv (plocha záběru od ca 5 × 4 cm po asi 20 × 15 cm)
    Červené a bílé aktinické světlo s intenzitou až plného slunečního světla.
    Kompletně LED osvětlení
    Vhodné nejen pro rostliny, ale také řasy (např. možnost vyhodnocovat současně 96 mikrovzorků v imunodestičce) a jiné aplikace (může být například upraveno pro zobrazování GFP konstruktů)

    Plynový chomatograf s izotopovým detektorem (GC-IRMS)
    Trace 1310 + Delta V Advantage (Thermo, Bremen, Germany)
    Měření koncentrací a izotopového složení plynů a rozličných GC dělitelných látek (viz  dále).
    100 µl vzduchu (41 nl, 1.83 nmol nebo 85 ng CO2) stačí na δ13C měření CO2 (na koncentraci i méně).
    Typicky 10 ng uhlíku vyžadováno pro δ13C měření (semi) volatilních látek (pro koncentraci < 1 ng).
    Měření izotopů uhlíku (δ13C), vodíku (δ2D) (snadno rozšiřitelné na dusík δ15N a nesnadno na kyslík δ18O).
    Máme různé chromatografické kolony, které umí dělit nepolární i částečně polární látky o počtu uhlíků od 1 (metan) až po ca 50 (alkany, alkoholy, ketony, steroly, estery, terpeny a mnohé jiné).

    Izotopový hmotový spektrometr s periferiemi pro měření pevných, kapalných a plynných vzorků
    Delta XL (Thermo, Bremen, Germany)
    Prvkový analyzáror (EA) pro měření obsahu a izotopového poměru uhlíku a dusíku v pevných a kapalných vzorcích (potřebná navážka: desítky µg až jednotky mg).
    Pyrolyzní reaktor (TC-EA) pro měření izotopů vodíku a kyslíku ve vodě (vstřikuje se typicky 1 µl z 12 ml Exetainerů).
    „Plynová lavice“ (Thermo tomu říká: „Gas bench“) s kolonou na dělení plynů. Měří koncentrace a izotopové poměry například v CO2 ve vzduchu (a koncentrovanějších vzorcích) a metanu (atmosferický obsah musí být předem zakoncentrován) v 12 ml Exetainerech.

    Míchací linka na plyny
    GMS 150 (PSI, Brno, Česká Republika)
    Umožňuje míchat 4 plyny (typicky N2, He, O2 a CO2) prakticky v libovolném poměru a celkovém průtoku až 2 litry za minutu. Hodí se tak pro experimenty manipulující fotorespiraci rostlin (změna pO2) a difusivitu v plynné fázi (nahrazení části nebo všeho dusíku heliem).

    Míchací linka pro velké objemy vzduchu
    Atmosferický vzduch (až 120 l min-1) prochází odlučovačem vody a CO2 a následně je zvlhčován a ve čtyřech nezávislých proudech (každý až 20 l min-2) obohacován na potřebnou koncentraci CO2. Používáme na experimenty vlivu [CO2] na růst rostlin a vývoj jejich průduchů; ale použitelné i pro jiné dlouhodobé experimenty rostlin v uzavřeném mezokosmu (viz obrázek).

    Boxy pro kontrolovaný růst rostlin
        Sanyo-Fytotron
        Percival
    Klasické růstové boxy (půdorys přibližně 120 x 40 cm) s možností regulace teploty, ozářenosti a částečně i relativní vlhkosti vzduchu; programovatelné pružně v čase. Osvětlení fluorescenčními trubicemi („zářivky“) je plynule regulovatelné a programovatelné v čase od tmy po přibližně 2/3 plného slunečního svitu (≈ 1000 µmol fotonů m-2 s-1). Zářivky umožňují změnu intenzity v horizontu sekund, čímž se boxy hodí i pro studium dynamiky fotosyntézy a vlivu časové heterogenity ozářenosti (v přírodě velmi rozšířené) na rostliny. 

    Fluorescenční mikroskop s kamerou Canon 750D
    Olympus BX61
    Klasický laboratorní mikroskop vyšší třídy pro pozorování a fotografování v procházejícím světle, odraženém světle (prstýnkový osvětlovací zdroj na objektivu z dílny Jiřího Kubáska) a fluorescence (jak autofluorescence, tak různé fluorochromy). Excitace: UV, modré a zelené světlo. Emisní filtry pro pigmenty DAPI, FITC (fluorescein), TRITC (tetramethylrodamin), TXRED (Texas red). Objektivy 4–50× (suché) a 40× a 100× (imerzní).
    Více

  • Manuály

  • Spolupráce

    Vědeckou aktivitu rozvíjíme ve spolupráci s:

    Ústavem molekulární biologie rostlin AV ČR v Českých Budějovicích
    Mikrobiologickým ústavem AV ČR v Třeboni
    Ústavem molekulární a buněčné botaniky Univerzity v Bonnu
    Ústavem experimentální botaniky AV ČR (transkriptomika, fytohormony, fytopatologie)
    AG Ecophysiology for Plants, TUM Mnichov, Německo (stabilní izotopy)
    VŠCHT Praha (Biochemie rostlin, liposomy)
    Ústavem genetiky, LMU Mnichov (interakce rostlin s mikroorganismy)

Číst dál …Výzkum

  • Přečteno: 3282

Napsáno dne . Zveřejněno v PRF.

Nabídka témat

Katedra experimentální biologie rostlin

Nabídka témat

Témata nabízených kvalifikačních prací

Název (klikněte si pro detail) Typ práce Školitel Aktualizace Obsazeno?
Characterization of evolutionary conserved intercellular communication-related processes Bc., Mgr.

Michael Wrzaczek
&
Adam Zeiner

 2024  
Regulation of bioenergetics homeostasis at the protein/membrane levels. Ph.D. Radek Kaňa 2024  
ROS v reakci na MAMPs napříč rostlinnou říší
ROS in response to MAMPs across the plant kingdom		 Bc. Martin Janda 2023  Julie Hlaváčová

Kutikula na listu máku (Papaver somniferum)

Cuticle on leaf of the poppy (Papaver somniferum)

 Bc., Mgr. Jitka Janová, Tereza Kalistová 2023  

Průduchy na makovicích (Papaver somniferum)
Stomata on poppyheads (Papaver somniferum)

  Bc., Mgr.   Jitka Janová, Tereza Kalistová  2023  Marie Petráková
Co dělají průduchy v noci? Nový pohled na účinnost využití vody rostlinami
What do the stomata do at night? A new look at plant water-use efficiency

Bc., Mgr., Ph.D.

 Jitka Janová
&
Jiří Šantrůček		 2023  
Může vzdušný antropogenní amoniak (NH3) „hnojit” živinově chudá rašeliniště? Mechanizmy výměny NH3 mezi rostlinou a atmosférou
Can aerial anthropogenic ammonia (NH3) fertilize nutrient-poor peatlands? Mechanisms of NH3 exchange between plant and atmosphere		 Bc., Mgr. Tomáš Hájek 2023 J. J. Borák
Význam atmosférické depozice amoniaku pro mechorosty aneb jak vysušený mech hospodaří a dusíkem.
The importance of atmospheric ammonia deposition for mosses: how desiccated mosses manage nitrogen.
(Zatím bez přílohy, najeďte myší na text pro krátké info)		 Bc., Mgr. Tomáš Hájek 2023  
Úloha a dynamika depozice vosku v kutikule listu
The role and dynamics of wax deposition in leaf cuticle		 Bc., Mgr. Jiří Šantrůček 2020  
Studium vývoje a funkce průduchů u rostlin se změněnou signální drahou kyseliny salicylové
Stomata development and function in plant with altered salicylic acid signalling pathway		 Bc., Mgr. Martin Janda 2020 P. B. Trhlínová

Číst dál …Nabídka témat

  • Přečteno: 2643

Napsáno dne . Zveřejněno v PRF.

Pro studenty

Katedra experimentální biologie rostlin

Pro studenty

Témata kvalifikačních prací

Kurzy

Předměty

  • Fyziologie rostlin (KEBR 220)

    Cílem přednášky je: Vysvětlit povahu a význam nejdůležitějších fyziologických pochodů, které utvářejí život rostlin. Objasnit fyzikální, biochemické a molekulárně biologické zákonitosti, jimiž se řídí výměna hmoty a energie mezi rostlinou a okolím i přeměny energie a pohyb látek uvnitř rostliny mezi jejími jednotlivými částmi. Dát studentům základní povědomost o kvantitativních charakteristikách těchto pochodů a vychovat v nich schopnost kvantitativně je hodnotit za různých podmínek prostředí s použitím elementárních matematických vztahů. Objasnit úzké vztahy mezi strukturami a funkcemi a to na úrovni orgánů, pletiv, buněk, buněčných součástí (organel i jiných součástí buněk) a makromolekulárních komplexů. Vytvořit základy pro rozbory a předpovědi chování rostlin v různých ekologických soustavách a v podmínkách rostlinné výroby.

    Obsah: (1) Růst a vývoj rostlin. Ontogenetické cykly vývojově starších rostlin (řas, mechorostů, kapradin) a semenných rostlin. Evoluce regulačních mechanismů růstu a vývoje rostlin, organogeneze. (2) Regulace růstu a vývoje - fytohormony a další regulační látky rostlin a přenos signálů v buňce. (3) Ontogeneze - vegetativní fáze růstu. Klíčení semen, dormance semen a pupenů, rašení. Fotomorfogeneze - regulace růstu a vývoje světlem. Fotoreceptory pro červené a modré světlo, klasifikace reakcí rostlin na světlo. Příjem a přenos fotoperiodického signálu, endogenní rytmy fyziologických pochodů. (4) Juvenilita a přechod ke generativní fázi vývoje, jarovizace. Fotoperiodismus a indukce kvetení. Regulace vývoje květních orgánů. Samčí a samičí gametogeneze, oplození, embryogeneze a vývoj plodů. Somatická embryogeneze. Vegetativní rozmnožovací orgány - tuberizace. Senescence - stárnutí. (5) Buněčná stěna , vlastnosti a funkce v rostlinné buňce. (6) Fotosyntéza - primární (světelné) reakce, struktura fotosyntetického aparátu, barviva rostlin. Základy rostlinné bioenergetiky. (7) Fotosyntéza a dýchání. Fixace uhlíku - typy karboxylačních cyklů. (8) Fotosyntéza a dýchání listů, celých rostlin a porostů, ekofyziologie fotosyntézy. (9) Stav a pohyb vody v rostlině. Výměna tepla, vodní páry a plynů mezi rostlinou a prostředím. (10) Výměna rozpuštěných látek s prostředím a jejich přesuny v rostlinném těle, transport asimilátů floémem. (11) Minerální a organická výživa rostlin. Příjem a asimilace prvků. (12) Faktory vnějšího prostředí, stresory, reakce rostlin na abiotický a biotický stres. (13) Sekundární metabolity rostlin, jejich význam pro ochranu rostlin a využití člověkem.

    Garant: prof. Ing. Jiří Šantrůček, Ph.D.

  • Malá fyziologie rostlin (KEBR 562)

    Cílem přednášky je seznámit studenty s nejdůležitějšími fyziologickými procesy v rostlinách. Fyziologické pochody jsou prezentovány v souvislosti se strukturou rostliny (funkce kořene, listů apod.) a také v souvislosti s podmínkami, ve kterých rostlina roste (význam eko/fyziologických adaptací). Součástí přednášky jsou zápočtové desetiminutové prezentace studentů na související témata.

    Obsah:
    Ontogenetické cykly rostlin, klíčení
    Růst a vývoj rostlin - vegetativní
    Růst a vývoj rostlin - generativní
    Fotosyntéza - primární procesy
    Fotosyntéza - karboxylace, fotorespirace, C4 and CAM
    Voda v rostlině (příjem, vedení)
    Výměna tepla, vodní páry a CO2
    Asimiláty, transport, zásobní látky
    Minerální a organická výživa rostlin
    Abiotický stres
    Biotický stres, symbiózy, sekundární metabolity

    Garant: RNDr. Tomáš Hájek, Ph.D.

  • Biologie rostlinné buňky (KEBR 945)

    Kurs má poskytnout základní informace v celém rozsahu biologie buňky. Studenti se seznámí s klíčovými pojmy oboru a budou se v něm spolehlivě orientovat. Uvědomí si jeho návaznost na další obory biologie.

    Obsah přednášek:
    1. Hierarchie systémů, živé systémy, základy evoluce rostlinné buňky.
    Buňka a její ultrastruktura. Biomembrány a buněčná stěna, kompartmentace buňky, organely.
    2. Plazmalema a tonoplast, membránový a buněčný transport, osmotické jevy.
    3. Jádro, jadérko, organizace genomu a chromozomy, chromatin a jeho organizace, nukleové kyseliny, replikace DNA, syntéza RNA, sestřih.
    4. Translace genetické informace a proteosyntetický aparát buňky, ribozómy, aminokyseliny, degradace proteinů.
    5. Buněčný cyklus- reprodukce buněk a jejích součástí. Dělení jádra, mitóza, meioze. Dělení buňky. Buněčné populace.
    6. Cytoskelet, endomembránový systém. Klasifikace buněčných pohybů.
    7. Signály, reakce buňky na vnější faktory a podmínky prostředí, fytohormony. Růst a diferenciace jako složky ontogeneze buňky. Klasifikace růstových dějů. Diferenciace jako regulace aktivity genu.
    8. Semiautonomní organely. Organizace mitochondrií. Lokalizace jednotlivých fází katabolismu glycidů. Plastidy a jejich metamorfóza. Struktura chloroplastů. Fotosyntéza a metabolismus uhlíku.
    9. Reakce buňky na abiotický a biotický stres. ROS.
    10. Produkce sekundárních metabolitů rostlinnou buňkou.
    11. Apoptóza a senescence rostlinné buňky.

    Obsah cvičení:
    Mikroskopické techniky, praktické ukázky. Journal club.

    Garant: Ing. Marie Hronková, PhD.

  • Imunita rostlin (KEBR 206)

    Cílem předmětu je seznámit studenty se základy interakcí rostlin s mikroorganismy (většinou patogeny) s důrazem na rostlinnou imunitu. Studenti se stručně seznámí jak s makroskopickými důsledky interakce rostlin s mikroorganismy, tak především s molekulárními ději v rámci rostlinné imunity. Zároveň budou představeny i praktické důsledky (využití) znalostí rostlinné imunity, které by měly být studenti schopni, po dokončení kurzu, kriticky diskutovat.
    Součástí předmětu jsou i cvičení, v rámci nichž se studenti seznámí se základními technikami analýzy imunitních reakcí rostlin.
    V rámci předmětu si současně kladu za cíl zlepšit komunikativní (především mluvené) dovednosti studentů s čímž souvisí, že studenti absolvují dva různé typy prezentací na dané téma, diskusní hodinu a ústní zkoušku.

  • Fytohormony, růst a vývoj rostlin I (KEBR 633)

    Kurz je zaměřen na rozvinutí základních znalostí z fyziologie rostlin v oblasti růstu a vývoje rostlin, zaměřuje se na samostatnou orientaci v současných znalostech o růstu a vývoji rostlin a na aktuální přehled látek hormonální povahy, které se podílejí na regulaci těchto procesů.
    Zabývá se novými přístupy a metodami používanými v této oblasti výzkumu. Soustřeďuje se na hlubší poznání některých příkladů vývojových jevů a jejich mechanismů, s přihlédnutím k zájmům studentů a zaměření jejich magisterských prací.

    Obsah přednášky:
    Současný stav poznatků o klíčových vývojových změnách v životě rostlin:
    1. Přehled růstu a vývoje - rané fáze vývoje rostliny, embryogeneze, klíčení.
    2. Vegetativní fáze vývoje rostliny - funkce vrcholových meristémů v průběhu ontogeneze, růst a regulace růstu kořene a vrcholu stonku.
    3. Vliv světla na vývoj rostliny - fytochrom, receptor pro červené světlo.
    4. Reakce na modré světlo- morfogeneze a pohyb průduchů.
    5. Přechod z vegetativní fáze růstu ke kvetení, regulace kvetení.
    6. Senescence a programovaná buněčná smrt, její úloha ve vývoji rostliny.
    7. Hormonální regulace růstu a vývoje, přenos a zpracování signálů z okolí.
    8. Auxin a jeho funkce v rostlině.
    9. Gibereliny a cytokininy.
    10. Etylén a kyselina abscisová.
    11. Brasinosteroidy, kyselina jasmonová, polyamimy a další látky hormonální povahy.
    12. Růstová a vývojová reakce rostliny na abiotický a biotický stres. 13. Fyzikálně-chemické a biologické metody využívané při studiu růstu a vývoje rostlin.

    Obsah cvičení:
    Seznámení s moderními metodami a vybavením, používaným na ústavech v Českých Budějovicích a v Praze.
    "Journal club"- studium a rozbor aktuálního článku z oboru.

    Garant: Ing. Marie Hronková, PhD.

  • Fytohormony, růst a vývoj rostlin II (KEBR 634)

    Kurz se specializuje na rozvinutí znalostí v oblasti růstu a vývoje rostlin, získaných v magisterském kurzu Fytohormony, růst a vývoj rostlin. Je zaměřen na získání nových pokročilých znalostí v této oblasti a na aktuální současný přehled látek hormonální povahy, které se podílejí na mechanismech přenosu signálů.
    Kurz se zabývá novými přístupy a metodami používanými v této oblasti výzkumu. Soustřeďuje se na hlubší pochopení některých příkladů vývojových jevů a jejich mechanismů, s přihlédnutím k zájmům studentů a zaměření jejich doktorských prací.

    Obsah přednášky
    1. Přehled růstu a vývoje rostlin - od buňky přes pletivo k organismu. Fytohormony, signalizace a funkce. 2.Embryogeneze, klíčení a vegetativní fáze vývoje rostliny - funkce vrcholových meristémů v průběhu ontogeneze, růst a regulace růstu kořene , stonku a listů. 3. Světlo (jeho kvalita a kvantita) řídí vývoj rostliny - fytochrom, receptor pro červené světlo. 4. Reakce na modré světlo- morfogeneze a pohyb průduchů, UV receptor. 5. Přechod z vegetativní fáze růstu ke kvetení, regulace kvetení. 6. Senescence a programovaná buněčná smrt, její úloha ve vývoji rostliny. 7. Hormonální regulace růstu a vývoje, přenos a zpracování signálů z vnějšího prostředí. 8.Auxiny a jejich funkce v rostlině. 9. Gibereliny a cytokininy. 10. Etylén a kyselina abscisová. 11. Brasinosteroidy, kyselina jasmonová, polyamimy a další látky hormonální povahy. 12. Růst a vývojová reakce rostliny na abiotické a biotické stresory. 13. Metody využívané při studiu růstu a vývoje rostlin (molekulární biologie, fyziologie, mikroskopie-konfokální mikroskopie)..

    Obsah cvičení
    Seznámení s moderními metodami a vybavením na ústavech v Českých Budějovicích a v Praze. " "Journal club"- studium a analýza aktuálních článků ze zájmové oblasti.

    Garant: Ing. Marie Hronková, PhD.

  • Stabilní izotopy v biologii (KEBR 620)

    Cílem je podat studentům základní teoretické i praktické informace o přirozeném zastoupení a frakcionaci stabilních izotopů v životním prostředí a o tom jak analýzy stabilních izotopů mohou přispět k poznání dějů probíhajících v organizmech, v ekosystému i v globálních biogeochemických procesech. Zmíněny budou i medicínské a hospodářsko-právní aplikace. Součástí kurzu bude praktické cvičení v analytice stabilních izotopů a exkurse na českých i zahraničních pracovištích zabývajících se touto problematikou.

    Více info

Číst dál …Pro studenty

  • Přečteno: 3969

Další články …

Přihlaste si
odběr newsletteru

formulář pro odběr

Zůstaňme v kontaktu na
sociálních sítích

Přijímací zkoušky

Studium

Věda & výzkum

Přihlásit se

Branišovská 1645/31a, 370 05 České Budějovice Tel. 387 776 201 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Branišovská 1645/31a, 370 05 České BudějoviceTel. 387 776 201 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

© 2024 Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Cookies

1

0