Podávání přihlášek od: Únor 2024
Uzávěrka přihlášek: 19. května 2024

Zahájení studia: září 2024
Doba studia: 2 roky

Program podporuje samostatnou vědeckou práci založenou na experimentálně zaměřené diplomové práci. Výzkumný projekt má hodnotu 33 ECTS kreditů (z celkových 120) a jeho zaměření spadá především do oblastí zájmu výzkumných pracovníků sdružených pod Katedrou molekulární biologie a genetiky. Možné jsou však i výzkumné projekty pod vedením externích mentorů. Další možnosti naleznete na stránkách výzkumných pracovišť na úzce spolupracujících ústavech Biologického centra Akademie věd ČR (AV ČR) a Centra řasových biotechnologií Mikrobiologického ústavu AV ČR.

Vedoucí výzkumní pracovníci sdružení pod katedrou:

prof. Alexander William Bruce, Ph.D. se zabývá molekulárními mechanismy, které jsou podstatou preimplantačního vývoje savčích embryí, konkrétně odvozením prvních tří buněčných linií (trofektoderm, primitivní endoderm a epiblast), které vznikají v době implantace embrya do dělohy.

prof. RNDr. Josef Komenda, CSc., DSc. studuje mechanismy a regulaci sestavování membránových pigment-proteinových komplexů a kontrolu jejich kvality. K jejich studiu využívá model sinice Synechocystis. Zaměřuje se zejména na úlohu strukturních podjednotek a vedlejších proteinových faktorů v procesu sestavování fotosystému II.

prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc. se zabývá funkční analýzou mitochondriálních proteinů Trypanosoma brucei s cílem objasnit jejich funkce při editaci RNA a regulaci stability mitochondriálních transkriptů a dýchání. Zajímá se také o evoluci a biodiverzitu parazitických kinetoplastidních bičíkovců.

prof. Ing. Miroslav Oborník, Ph.D. se zabývá fotosyntetickými organelami jednobuněčných fotoautotrofních eukaryot a komplexními plastidy apikomplexních parazitů, které se vyvinuly prostřednictvím sekundární endosymbiózy. Zabývá se především hledáním jaderně kódovaných proteinů cílených do plastidů, jejich in silico lokalizací a fylogenezí.

prof. RNDr. Ivo Šauman, Ph.D. se zaměřuje na způsoby, jakými organismy synchronizují své biorytmy s fluktuacemi životního prostředí. Dlouhodobým cílem jeho výzkumu je zjistit více o buněčných a molekulárních mechanismech regulujících cirkadiánní rytmy.

prof. RNDr. Michal Žurovec, CSc. se zaměřuje na regulátory růstu hmyzích buněk. Studuje zejména adenosinovou signalizaci a regulaci energetické homeostázy v hmyzích buňkách. Kromě toho se zajímá o cílenou mutagenezi a charakterizaci proteinů hedvábí.

doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D. se zabývá metabolickou regulací rozdělení energie do jednotlivých orgánů během imunitní odpovědi Drosophila melanogaster. Analyzuje tkáňově specifickou genovou expresi, signalizaci a metabolity v průběhu infekce a zkoumá dopady různých genetických manipulací na systemickou fyziologii.

prof. Ing. Roman Sobotka, Ph.D. studuje různé aspekty oxygenní fotosyntézy u sinic. Dlouhodobým zájmem je pochopení mechanismu biogeneze a fotoprotekce fotosyntetického aparátu a dráhy biosyntézy chlorofylu. Oblíbeným organismem je model sinice Synechocystis PCC 6803. Laboratoř využívá široké spektrum metod, od genetiky a biochemie, různých omických metod, in silico výpočtů, až po strukturní metody.

doc. Mgr. Hassan Hashimi, Ph.D. zkoumá evoluci mitochondrií, které jsou nejstarším existujícím endosymbiontem eukaryot. Zajímá se zejména o kristy, morfologický prvek mitochondrií, který organelám poskytuje prostor k dýchání. Pracuje především s protisty s neobvyklými kristami a mitochondriemi: Trypanosoma brucei a nálevníky.

RNDr. Drahomíra Faktorová, Ph.D. se zajímá především o diplonemy, jednobuněčné mořské bičíkovce, o nichž bylo nedávno zjištěno, že patří k nejrozšířenějším a nejrozmanitějším mořským prvokům. Na příkladu diploném zkoumá funkce nejhojnějších eukaryotických proteinů pomocí různých molekulárně biologických metod a testů.

Mgr. Adam Bajgar, Ph.D. zkoumá funkční rozmanitost makrofágů drozofily v kontextu řady fyziologických procesů, jako je regulace metabolismu během infekce, metamorfózy a vývoje. Jeho tým nedávno vyvinul několik nástrojů pro manipulaci s makrofágy u nemodelových druhů hmyzu.

RNDr. Alena Krejčí, Ph.D. se zaměřuje na základní i aplikovaný výzkum odolnosti včel vůči chorobám. Zkoumá, jak termoregulace včel, výživa a způsob chovu včel ovlivňují rozvoj virových infekcí a dalších chorob.

RNDr. Radmila Čapková Frydrychová, Ph.D. se zabývá stárnutím buněk způsobeným zkracováním telomer, nukleoproteinových struktur na koncích chromozomů. Zkoumá roli enzymu telomerázy, který přidává krátké repetitivní sekvence DNA na konce chromozomů, při regulaci stárnutí sociálního hmyzu.

Mgr. Iva Mozgová, Ph.D. se zajímá o epigenetické mechanismy, které jsou základem odpovědí rostlin na okolní prostředí. Její výzkum se zaměřuje na histon-modifikující Polycomb repressive complex (PRC), evolučně konzervované proteinové komplexy, které u kvetoucích rostlin řídí přechod ze semene do klíčku.

RNDr. Petr Nguyen, Ph.D. kombinuje cytogenetické a genomické přístupy při studiu úlohy organizace genomu a jeho změn v evoluci. Zajímá se o evoluční faktory přeměny pohlavních chromozomů a o roli neo-pohlavních chromozomů při speciaci.

Mgr. David Doležel, Ph.D. používá různé modelové a nemodelové druhy hmyzu ke zkoumání důležitých otázek chronobiologie a fyziologie hmyzu. Kombinuje přístupy reverzní genetiky (RNAi, editace genomu), omické přístupy (genomika, transkriptomika, peptidomika), techniky in vitro (tkáňové kultury, yeast two-hybrid assay), mikrochirurgické zákroky a behaviorální experimenty.

Mgr. Michaela Fencková, Ph.D. se zaměřuje na genetickou a molekulární kontrolu vývoje nervové soustavy a kognitivních funkcí ve stavu zdraví a při různých onemocněních. Na modelu drozofily studuje geny důležité pro kognitivní funkce a zkoumá, jak může jediný genetický defekt vést k dramatickým a závažným neurovývojovým poruchám, jako je mentální postižení nebo autismus.

Mgr. Martin Kolísko, Ph.D. využívá komparativní genomiku a transkriptomiku k pochopení evoluce parazitismu. Přesněji řečeno, zkoumá evoluční mechanismy přechodu od volně žijícího organismu k parazitickému způsobu života a naopak, od parazitického způsobu života zpět k volně přežívající formě života.

RNDr. Petr Kopáček, CSc. se zaměřuje na molekulární popis proteinů, které jsou klíčové pro úspěšné krmení klíšťat (především Ixodes ricinus) a roztočů (Dermanyssus gallinae) nebo hrají roli při získávání a přenosu klíšťaty přenášených patogenů.

Ing. Petr Novák, Ph.D. se zabývá repetitivními sekvencemi DNA a jejich významem pro organizaci a evoluci genomu a vývojem nových bioinformatických přístupů pro de novo identifikaci a charakterizaci repetitivních elementů z dat genomického sekvenování získané pomocí next-generation technologií.

doc. RNDr. Alena Panicucci Zíková, Ph.D. se zajímá o medicínsky významné parazitické africké trypanosomy. Zaměřuje se zejména na signály a molekulární mechanismy řídící metabolickou přestavbu a ultrastrukturální změny mitochondrií spojené s komplexními parazitickými životními cykly zahrnujícími savčí hostitele a hmyzí přenašeče.

RNDr. Zdeněk Paris, Ph.D. zkoumá různé aspekty biologie RNA protozoálního parazita Trypanosoma brucei a příbuzných bičíkovců s dlouhodobým cílem identifikovat jedinečné mechanismy jejich RNA metabolismu. Zajímá se především o procesy, jako jsou modifikace tRNA, jaderný export tRNA a úloha jedinečné tRNA trypanosom, která v sobě nese intron.

Mgr. Lenka Gahurová, Ph.D. využívá různé sekvenační a vizualizační přístupy ke studiu evoluční historie a molekulárních (zejména epigenetických) mechanismů dlouhodobé samičí plodnosti na úrovni oocytů, ovariálních nik a úspěšného embryonálního vývoje u krátkověkých a dlouhověkých nemodelových hlodavců.

Mgr. Aleš Horák, Ph.D. se zabývá různými aspekty evoluční biologie protist a využitím sekvenování nové generace a bioinformatiky charakterizuje diverzitu,  ekologickou důležitost a metabolický potenciál těchto jednobuněčných eukaryot, která představují podstatnou část biodiverzity na Zemi, ale nelze je udržovat v trvalých kulturách..

prof. RNDr. Marek Jindra, CSc. se zabývá receptorem juvenilního hormonu (JH), který reguluje rozmnožování a řadu aspektů vývoje a fyziologie hmyzu. Jeho cílem je studovat pomocí receptoru juvenilního hormonu molekulární působení JH v biologii hmyzu a identifikovat nové sloučeniny pro bezpečnou a selektivní kontrolu škůdců.

Mgr. Anzhelika Butenko, Ph. D. studuje evoluci genetického repertoáru Euglenozoa, skupiny jednobuněčných eukaryot, která zahrnuje i patogenní organismy Trypanosoma a Leishmania. Zkoumá genetické změny, které jsou základem pro změnu způsobu života, a geny, které určují ekologický úspěch těchto organismů, s využitím omických dat a nejmodernějších bioinformatických metod.

M.Sc. Galina Prokopchuk, Ph.D. zkoumá chování mikroorganismů se zaměřením na mořské diplonemy. Její výzkum se zaměřuje na pochopení různých aspektů, jako je ekologie, ultrastruktura, pohyb, dynamika vztahu predátor-kořist a molekulární biologie různých mořských protist. Zkoumá také roli různých proteinů protistů, zejména těch, jejichž funkce zůstávají neznámé.

Mgr. Hana Sehadová, Ph.D. se zajímá o neuroanatomii, histologii a mikroskopii hmyzu. Studuje, jak živé organismy vnímají oscilace podnětů vnějšího prostředí, jako je světlo a teplota, které přesně synchronizují jejich vnitřní biologické hodiny.

RNDr. Martin Volf, Ph.D. se zabývá evolucí interakcí mezi rostlinami a býložravci, zejména z hlediska chemické obrany rostlin. Jedním z jeho hlavních témat je zkoumání toho, jak různé tlaky prostředí přispívají k obdivuhodné rozmanitosti specifických metabolitů mezi jednotlivými druhy rostlin.

RNDr. Pável Matos-Maraví, Ph.D. se zabývá fylogenomikou a populační genomikou tropického hmyzu (především motýlů). Jeho cílem je pochopit evoluční faktory speciace a biogeografických seskupení. Jeho výzkumný tým využívá datasety ekologických a druhově specifických znaků, které jsou spojeny s daty z re-sekvenování celých genomů a bioinformatikou .