Podávání přihlášek od: Únor 2024
Uzávěrka přihlášek: 19. května 2024

Zahájení studia: září 2024
Doba studia: 2 roky

Program podporuje samostatnou vědeckou práci založenou na experimentálně zaměřené diplomové práci. Výzkumný projekt má hodnotu 33 ECTS kreditů (z celkových 120) a jeho zaměření spadá především do oblastí zájmu výzkumných pracovníků sdružených pod Katedrou molekulární biologie a genetiky. Možné jsou však i výzkumné projekty pod vedením externích mentorů. Další možnosti naleznete na stránkách výzkumných pracovišť na úzce spolupracujících ústavech Biologického centra Akademie věd ČR (AV ČR) a Centra řasových biotechnologií Mikrobiologického ústavu AV ČR.

Vedoucí výzkumní pracovníci sdružení pod katedrou:

prof. Alexander William Bruce, Ph.D. se zabývá molekulárními mechanismy, které jsou podstatou preimplantačního vývoje savčích embryí, konkrétně odvozením prvních tří buněčných linií (trofektoderm, primitivní endoderm a epiblast), které vznikají v době implantace embrya do dělohy.

prof. RNDr. Josef Komenda, CSc., DSc. studuje mechanismy a regulaci sestavování membránových pigment-proteinových komplexů a kontrolu jejich kvality. K jejich studiu využívá model sinice Synechocystis. Zaměřuje se zejména na úlohu strukturních podjednotek a vedlejších proteinových faktorů v procesu sestavování fotosystému II.

prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc. se zabývá funkční analýzou mitochondriálních proteinů Trypanosoma brucei s cílem objasnit jejich funkce při editaci RNA a regulaci stability mitochondriálních transkriptů a dýchání. Zajímá se také o evoluci a biodiverzitu parazitických kinetoplastidních bičíkovců.

prof. Ing. Miroslav Oborník, Ph.D. se zabývá fotosyntetickými organelami jednobuněčných fotoautotrofních eukaryot a komplexními plastidy apikomplexních parazitů, které se vyvinuly prostřednictvím sekundární endosymbiózy. Zabývá se především hledáním jaderně kódovaných proteinů cílených do plastidů, jejich in silico lokalizací a fylogenezí.

prof. RNDr. Ivo Šauman, Ph.D. se zaměřuje na způsoby, jakými organismy synchronizují své biorytmy s fluktuacemi životního prostředí. Dlouhodobým cílem jeho výzkumu je zjistit více o buněčných a molekulárních mechanismech regulujících cirkadiánní rytmy.

prof. RNDr. Michal Žurovec, CSc. se zaměřuje na regulátory růstu hmyzích buněk. Studuje zejména adenosinovou signalizaci a regulaci energetické homeostázy v hmyzích buňkách. Kromě toho se zajímá o cílenou mutagenezi a charakterizaci proteinů hedvábí.

doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D. se zabývá metabolickou regulací rozdělení energie do jednotlivých orgánů během imunitní odpovědi Drosophila melanogaster. Analyzuje tkáňově specifickou genovou expresi, signalizaci a metabolity v průběhu infekce a zkoumá dopady různých genetických manipulací na systemickou fyziologii.

prof. Ing. Roman Sobotka, Ph.D. studuje různé aspekty oxygenní fotosyntézy u sinic. Dlouhodobým zájmem je pochopení mechanismu biogeneze a fotoprotekce fotosyntetického aparátu a dráhy biosyntézy chlorofylu. Oblíbeným organismem je model sinice Synechocystis PCC 6803. Laboratoř využívá široké spektrum metod, od genetiky a biochemie, různých omických metod, in silico výpočtů, až po strukturní metody.

doc. Mgr. Hassan Hashimi, Ph.D. zkoumá evoluci mitochondrií, které jsou nejstarším existujícím endosymbiontem eukaryot. Zajímá se zejména o kristy, morfologický prvek mitochondrií, který organelám poskytuje prostor k dýchání. Pracuje především s protisty s neobvyklými kristami a mitochondriemi: Trypanosoma brucei a nálevníky.

RNDr. Drahomíra Faktorová, Ph.D. se zajímá především o diplonemy, jednobuněčné mořské bičíkovce, o nichž bylo nedávno zjištěno, že patří k nejrozšířenějším a nejrozmanitějším mořským prvokům. Na příkladu diploném zkoumá funkce nejhojnějších eukaryotických proteinů pomocí různých molekulárně biologických metod a testů.

Mgr. Adam Bajgar, Ph.D. zkoumá funkční rozmanitost makrofágů drozofily v kontextu řady fyziologických procesů, jako je regulace metabolismu během infekce, metamorfózy a vývoje. Jeho tým nedávno vyvinul několik nástrojů pro manipulaci s makrofágy u nemodelových druhů hmyzu.

RNDr. Alena Krejčí, Ph.D. se zaměřuje na základní i aplikovaný výzkum odolnosti včel vůči chorobám. Zkoumá, jak termoregulace včel, výživa a způsob chovu včel ovlivňují rozvoj virových infekcí a dalších chorob.

RNDr. Radmila Čapková Frydrychová, Ph.D. se zabývá stárnutím buněk způsobeným zkracováním telomer, nukleoproteinových struktur na koncích chromozomů. Zkoumá roli enzymu telomerázy, který přidává krátké repetitivní sekvence DNA na konce chromozomů, při regulaci stárnutí sociálního hmyzu.

Mgr. Iva Mozgová, Ph.D. se zajímá o epigenetické mechanismy, které jsou základem odpovědí rostlin na okolní prostředí. Její výzkum se zaměřuje na histon-modifikující Polycomb repressive complex (PRC), evolučně konzervované proteinové komplexy, které u kvetoucích rostlin řídí přechod ze semene do klíčku.

RNDr. Petr Nguyen, Ph.D. kombinuje cytogenetické a genomické přístupy při studiu úlohy organizace genomu a jeho změn v evoluci. Zajímá se o evoluční faktory přeměny pohlavních chromozomů a o roli neo-pohlavních chromozomů při speciaci.

Mgr. David Doležel, Ph.D. používá různé modelové a nemodelové druhy hmyzu ke zkoumání důležitých otázek chronobiologie a fyziologie hmyzu. Kombinuje přístupy reverzní genetiky (RNAi, editace genomu), omické přístupy (genomika, transkriptomika, peptidomika), techniky in vitro (tkáňové kultury, yeast two-hybrid assay), mikrochirurgické zákroky a behaviorální experimenty.

Mgr. Michaela Fencková, Ph.D. se zaměřuje na genetickou a molekulární kontrolu vývoje nervové soustavy a kognitivních funkcí ve stavu zdraví a při různých onemocněních. Na modelu drozofily studuje geny důležité pro kognitivní funkce a zkoumá, jak může jediný genetický defekt vést k dramatickým a závažným neurovývojovým poruchám, jako je mentální postižení nebo autismus.

Mgr. Martin Kolísko, Ph.D. využívá komparativní genomiku a transkriptomiku k pochopení evoluce parazitismu. Přesněji řečeno, zkoumá evoluční mechanismy přechodu od volně žijícího organismu k parazitickému způsobu života a naopak, od parazitického způsobu života zpět k volně přežívající formě života.

RNDr. Petr Kopáček, CSc. se zaměřuje na molekulární popis proteinů, které jsou klíčové pro úspěšné krmení klíšťat (především Ixodes ricinus) a roztočů (Dermanyssus gallinae) nebo hrají roli při získávání a přenosu klíšťaty přenášených patogenů.

Ing. Petr Novák, Ph.D. se zabývá repetitivními sekvencemi DNA a jejich významem pro organizaci a evoluci genomu a vývojem nových bioinformatických přístupů pro de novo identifikaci a charakterizaci repetitivních elementů z dat genomického sekvenování získané pomocí next-generation technologií.

doc. RNDr. Alena Panicucci Zíková, Ph.D. se zajímá o medicínsky významné parazitické africké trypanosomy. Zaměřuje se zejména na signály a molekulární mechanismy řídící metabolickou přestavbu a ultrastrukturální změny mitochondrií spojené s komplexními parazitickými životními cykly zahrnujícími savčí hostitele a hmyzí přenašeče.

RNDr. Zdeněk Paris, Ph.D. zkoumá různé aspekty biologie RNA protozoálního parazita Trypanosoma brucei a příbuzných bičíkovců s dlouhodobým cílem identifikovat jedinečné mechanismy jejich RNA metabolismu. Zajímá se především o procesy, jako jsou modifikace tRNA, jaderný export tRNA a úloha jedinečné tRNA trypanosom, která v sobě nese intron.

Mgr. Lenka Gahurová, Ph.D. využívá různé sekvenační a vizualizační přístupy ke studiu evoluční historie a molekulárních (zejména epigenetických) mechanismů dlouhodobé samičí plodnosti na úrovni oocytů, ovariálních nik a úspěšného embryonálního vývoje u krátkověkých a dlouhověkých nemodelových hlodavců.

Mgr. Aleš Horák, Ph.D. se zabývá různými aspekty evoluční biologie protist a využitím sekvenování nové generace a bioinformatiky charakterizuje diverzitu,  ekologickou důležitost a metabolický potenciál těchto jednobuněčných eukaryot, která představují podstatnou část biodiverzity na Zemi, ale nelze je udržovat v trvalých kulturách..

prof. RNDr. Marek Jindra, CSc. se zabývá receptorem juvenilního hormonu (JH), který reguluje rozmnožování a řadu aspektů vývoje a fyziologie hmyzu. Jeho cílem je studovat pomocí receptoru juvenilního hormonu molekulární působení JH v biologii hmyzu a identifikovat nové sloučeniny pro bezpečnou a selektivní kontrolu škůdců.

Mgr. Anzhelika Butenko, Ph. D. studuje evoluci genetického repertoáru Euglenozoa, skupiny jednobuněčných eukaryot, která zahrnuje i patogenní organismy Trypanosoma a Leishmania. Zkoumá genetické změny, které jsou základem pro změnu způsobu života, a geny, které určují ekologický úspěch těchto organismů, s využitím omických dat a nejmodernějších bioinformatických metod.

M.Sc. Galina Prokopchuk, Ph.D. zkoumá chování mikroorganismů se zaměřením na mořské diplonemy. Její výzkum se zaměřuje na pochopení různých aspektů, jako je ekologie, ultrastruktura, pohyb, dynamika vztahu predátor-kořist a molekulární biologie různých mořských protist. Zkoumá také roli různých proteinů protistů, zejména těch, jejichž funkce zůstávají neznámé.

Mgr. Hana Sehadová, Ph.D. se zajímá o neuroanatomii, histologii a mikroskopii hmyzu. Studuje, jak živé organismy vnímají oscilace podnětů vnějšího prostředí, jako je světlo a teplota, které přesně synchronizují jejich vnitřní biologické hodiny.

RNDr. Martin Volf, Ph.D. se zabývá evolucí interakcí mezi rostlinami a býložravci, zejména z hlediska chemické obrany rostlin. Jedním z jeho hlavních témat je zkoumání toho, jak různé tlaky prostředí přispívají k obdivuhodné rozmanitosti specifických metabolitů mezi jednotlivými druhy rostlin.

RNDr. Pável Matos-Maraví, Ph.D. se zabývá fylogenomikou a populační genomikou tropického hmyzu (především motýlů). Jeho cílem je pochopit evoluční faktory speciace a biogeografických seskupení. Jeho výzkumný tým využívá datasety ekologických a druhově specifických znaků, které jsou spojeny s daty z re-sekvenování celých genomů a bioinformatikou .

Studenti absolvují přednášky a praktické kurzy nezbytné pro uplatnění nejen v moderním biologickém výzkumu, ať už základním, biomedicínském či aplikovaném, ale i v praxi ve forenzních a nemocničních laboratořích. Cílem je vychovat samostatné absolventy, kteří se orientují v nejmodernějších přístupech molekulární biologie a genetiky a jsou schopni zpracovat a prezentovat výsledky vědecké práce.

Vstupní minimum
(pro uchazeče z PřF JU, pro externí uchazeče bude posuzováno absolvování obdobných předmětů)

UCH 036 Biochemie I.
KBO 012 Biostatistika
KMB 240 Genetika
KMB 245 Cvičení z genetiky
KZO 212 Vývojová biologie
KMB 023 Základy buněčné biologie
KMB 250 Molekulární biologie nebo KMB 758 Molecular Biology and Genetics I.
KMB 601 Biologie buňky II. (do roku 2016 to byly Základy buněčné biologie KMB 023)
KMB 608 Základní metody molekulární biologie

Povinné předměty

KMB/615  Bioinformatika pro biology
KMB/613  Bioinformatics for biologists
KMB/604  Cytogenetika
KMB/616  Epigenetika a regulace genové exprese
KMB/618  Epigenetics and regulation of gene expression
KMB/880  Magisterská diplomová praxe
OJZ/930   Magisterská zkouška z angličtiny
KMB/603  Pokročilé metody molekulární biologie
KMB/705  Populační a evoluční genetika
KMB/180  Seminář magisterských oborů
KMB/885  Zadání magisterské diplomové práce

Povinně volitelné předměty

KMB/225  Bakteriální genetika
KEBR/945 Biologie rostlinné buňky
KMB/221   Evoluční genetika živočichů
KMB/777   Evoluční genomika
KMB/222   Forenzní genetika a biologie
KZO/230   Fyziologie živočichů a člověka
KMB/708   Genetika člověka
KMB/251   Genetická toxikologie
KEBR/246  Genové inženýrství rostlin
KEBR/206  Imunita rostlin
KZO/412    Molekulární ekologie
KMB/696   Molekulární genetika modelových organismů a člověka
KMB/242   Reprodukční genetika člověka
KMB/617   Vývojová biologie živočichů a člověka
KMB/243   Základy biotechnologií u živočichů

Volitelné předměty

KPA/487   Biochemie a molekulární biologie parazitů
UFY/EMB  Elektronová mikroskopie pro biology
KBO/319   Evoluce a fylogeneze rostlin
KZO/571   Evoluce živočichů
KEBR/220 Fyziologie rostlin
KZO/146   Genetika v ochraně přírody
KME/216   Imunologie
KZO/593   Molekulární fylogenetika
KMB/223  Techniky mikroskopie a analýzy obrazu pro biology

Prezentace studentů
O své práci student referuje dvakrát za studium na Semináři magisterských oborů (opatření děkana D48). Student si v daném semestru, kdy chce prezentovat, zapíše kurz KMB 180 Seminář mag. oborů genetika (garant Aleš Horák). Seminář probíhá společně pro bakaláře i magistry blokově (o termínu bude informovat garant během semestru), jeden seminář je věnován přípravě, jak dobře prezentovat, a pak podle počtu zapsaných studentů v několika blocích probíhají prezentace studentů. Zápočty z tohoto kurzu slouží jako ověření povinnosti prezentovat. Více informací zde: Prezentace magisterských studentů (v rámci KMB 180)

Státní závěrečná zkouška v magisterském oboru Molekulární a buněčná biologie a genetika

SZZ se skládá z obhajoby diplomové práce a zkoušky sestávající ze dvou okruhů, jednoho povinného a jednoho povinně volitelného.

Povinný okruh: Molekulární buněčná biologie a genetika zahrnuje obecné znalosti o fungování buňky na molekulární úrovni, expresi a evoluci dědičné informace a metodách molekulární biologie a bioinformatiky. Okruh je založen na znalostech z předmětů Cytogenetika, Epigenetika a regulace genové exprese, Populační a evoluční genetika, Bioinformatika pro biology, Pokročilé metody molekulární biologie.

Povinně volitelné státnicové okruhy:
1) Biotechnologie (založen na předmětech Bakteriální genetika, Základy biotechnologií u živočichů, Genové inženýrství rostlin)
2) Evoluční genetika (založen na předmětech Evoluční genetika živočichů, Molekulární ekologie, Evoluční genomika)
3) Molekulární genetika rostlin (založen na předmětech Biologie rostlinné buňky, Genové inženýrství rostlin Imunita rostlin)
4) Molekulární genetika živočichů a člověka (založen na předmětech Forenzní genetika a biologie, Vývojová biologie živočichů a člověka, Evoluční genetika živočichů)

Katedra informatiky

Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích a Technische Hochschule Deggendorf

realizují projekt s názvem

Chytré sítě ve venkovských oblastech a MSP, č. 144

v rámci Programu přeshraniční spolupráce Česká republika - Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020

Cíle projektu

Cílem projektu je vytvoření přeshraniční laboratoře zaměřené na výzkum a zavádění prostředků chytré přenosové energetické soustavy do prostředí malých a středních podniků (MSP) v odlehlých oblastech.

V důsledku rozdílu mezi spotřebou a dodávkou energie do přenosové soustavy dochází především v okrajových oblastech přenosové soustavy k značným problémům. Zavádění obnovitelných zdrojů energie celý problém ještě prohlubuje. Obnovitelné zdroje energie, jako jsou solární a větrné elektrárny nelze jednoduše regulovat. V ideálním případě by energie z obnovitelných zdrojů měla být spotřebována v místě produkce. Přenos vyprodukované energie na velké vzdálenosti je neekonomický a neekologický.

Nasazením technologií, které jsou souhrnně označovány jako chytrá přenosová soustava (Smart Grid), je možné nejen tyto problémy řešit, ale i dosáhnout značných energetických i  finančních úspor.  Smart Grid je přenosová soustava elektrické energie, ve které na rozdíl od současné „hloupé sítě“ dochází k neustálé komunikaci mezi dodavateli energie (elektrárny, nebo i malé místní zdroje, jako například solární panely na střeše, či malá větrná elektrárna) a spotřebiteli.

Účelem existence společné laboratoře je zavádění a výzkum technologií SG v energeticky odlehlých oblastech Šumavy a Bavorského lesa a to především v segmentu MSP. Dále pak příprava odborníků, kteří budou schopni efektivně navrhovat a nasazovat tato řešení a zapojit MSP do procesu plánování a řízení spotřeby energií v souladu s principy Industry 4.0. V konečném důsledku pak zvýšení konkurenční výhody těchto podniků pomocí automatizace a regulace spotřeby energií.

Oficiální stránky projektu: smartgrid.science

Harmonogram realizace projektu: 1. 5. 2017 – 31. 3. 2020

Katedra fyziky

Seznam kurzů s uvedenými odkazy na studijní opory

Organizace oboru Měřicí a automatizační technika v kombinované formě studia pokračuje v jednotném stylu:

Výuka vybraných klíčových předmětů -  vždy jedno odpoledne v týdnu po dobu semestru společně se studenty prezenční formy

Ostatní předměty - v blocích před/po pravidelné semestrální výuce, o sobotách či dorozvrhováním dopolení výuky k pravidelné odpolední výuce.

 Přednášky společné s prezenčním studiem MAT jsou stějžejními kurzy daného semestru

Studijní materiály

Studijní texty v papírové formě

STAG
Klíčovým zdrojem literatury pro studenty kombinované formy je literatura uvedená ve STAGu u každého předmětu.

Literaturu doporučujeme hledat v akademické knihovně, nebo ve vědecké knihovně na Lidické třídě:

• akademická knihovna JU
• vědecká knihovna, Lidická třída, České Budějovice

E-learningové podpory

MOODLE
Pro podporu studentů KS, ale i PS používají vyučující jednotného e-learningového portálu Moodle Jihočeské Univerzity v Českých Budějovicích, který obsahuje kurzy, napříč celou Jihočeskou univerzitou.

Studijní opory

Studijní opory slouží studentům k nahrazení přímé výuky. V níže uvedených oporách naleznete několik z níže uvedených forem, které vás povedou při samostatném studiu:

• určené kapitoly z vybrané literatury
• prezentace přednášek s nekráceným textem (není uveden v heslech, ale podává informace v celku)
  
• samostatné úkoly
• požadavky na samostudium

Tabulka uvádí studijní opory k jednotlivým kurzům oboru Měřící a automatizační technika.