Katedra medicínské biologie

Výzkum

Výzkumné skupiny

• Laboratoř nádorové imunoterapie

  Vedoucí laboratoře:

  RNDr.Jan Ženka, CSc.

  Ph.D. studenti:

  Mgr. Andrea Frejlachová

  Mgr. Radka Lencová

  Výzkumné zaměření:

  Nádorová onemocnění jsou celosvětově druhou nejčastější příčinou úmrtí. Frekvence výskytu nádorových onemocnění má neustále vzestupný průběh.

  V léčbě má stále dominantní roli chirurgie. Bohužel v okamžiku diagnózy má 30 % lidí již metastázy a zde je naděje na vyléčení jen velmi nízká. Chemoterapie a radioterapie mají mnoho vedlejších účinků a jejich účinnost je limitována. V dnešní době se velmi rychle rozvíjí imunoterapie, používající v boji s nádorem vlastní imunitní systém a nabízí pacientům novou šanci. Nicméně ani tato terapie není snadná, neboť nádory jsou schopné se proti imunitnímu ataku bránit.

  Skupina nádorové imunoterapie při Katedře medicínské biologie PřF JU vedená Dr. Ženkou se snaží překonat zmíněnou schopnost nádorů bránit se zbraním imunitního systému. Imunoterapie navržená Dr. Ženkou je založena na aktivaci imunitních buněk a jejich zacílení na nádory pomocí jejich označení ligandy fagocytárních receptorů.

  Tým Dr. Ženka úzce spolupracuje s laboratořemi profesora Karla Pacáka a Zhengping Zhuanga (NIH, Bethesda, Maryland). V laboratoři profesora Pacáka úspěšně zakončila své doktorandské studium naše studentka, Mgr. Veronika Caisová a v rámci doktorandského studia zde pracuje další student Mgr. Ondřej Uher, Ph.D.

  Běžící projekty:

• Laboratoř molekulární imunologie

  Vedoucí laboratoře:

  Mgr. Jaroslava Lieskovská, Ph.D.

  Vědečtí pracovníci:

  Prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc.

   Ph.D. studenti:

  Mgr. Zuzana Beránková

  Ms. Ritesh Khanna

   Výzkumné zaměření:

  Klíště během sání na hostiteli přenáší patogeny, které profitují z klíštěcích slin. Naše laboratoř se dlouhodobě zajímá o účinky klíštěcích slin na různé imunitní buňky s cílem pochopit mechanismus jejich účinků. Věnujeme se analýze buněčného stresu v souvislosti s infekci virem klíšťové encefalitidy (VKE). V rámci analýzy buněčného stresu detekujeme různé formy, včetně oxidačního stresu, stresu na endoplazmatickém retikulu a vyšetřujeme procesy s ním související, jako například uvolňování extracelulárních vezikulů a autofagie. Extracelulárním vezikulům je aktuálně věnována největší pozornost. Extracelulární vezikuly jsou klíčovými aktéry v mezibuněčné komunikaci a jsou produkovány jak klíštětem, tak hostitelem. Provádíme proteomické analýzy extracelulárních vezikulů uvolněných z dendritických buněk infikovaných VKE. Další z projektů, kterým se naše laboratoř zabývá, se týká analýzy buněčné imunitní odpovědi po vakcinaci proti VKE.

• Laboratoř interakce vektor-hostitel

  Vedoucí laboratoře:

  RNDr. Jindřich Chmelař, Ph.D.

   Vědečtí pracovníci:

  RNDr. Helena Langhansová, Ph.D.

   Výzkumné zaměření:

  Laboratoř interakce vektor-hostitel studuje děje, k nimž dochází na rozhraní mezi vektorem a hostitelem. Naším modelem je vztah mezi klíštětem Ixodes ricinus a myší. Tento vztah studujeme na molekulární úrovni, tj. zkoumáme konkrétní molekuly, které jsou sekretované s klíštěcími slinami do hostitele a jejich účinky na hostitelskou imunitu, případně jiné obranné mechanismy. Využíváme reverzně genetický přístup, jenž spočívá v přípravě rekombinantního proteinu, vybraného na základě bioinformatické analýzy a jeho otestování v biochemických i biologických esejích, včetně in vivo myších modelů. V současné době se zaměřujeme především na klíštěcí inhibitory serinových a cysteinových proteáz.

  Běžící projekty:

  Serpiny ze slinných žláz klíštěte Ixodes ricinus a jejich role v interakci vektor-hostitel

  Klíště obecné (Ixodes ricinus) je nejvýznamnějším přenašečem chorob v Evropě. Klíštěcí sliny obsahují stovky různých proteinů, které narušují všechny hostitelské obranné mechanismy. U jedné skupiny klíštěcích inhibitorů serinových proteáz, serpinů, byl prokázán jejich imunomodulační účinek. Na základě předchozího výzkumu předpokládáme, že slinné žlázy klíštěte I. ricinus produkují do slin mnoho serpinů, které ochraňují klíště před hostitelskou obranou a mohou napomáhat přenosu patogenů. V tomto projektu jsme provedli důkladnou analýzu dynamiky exprese, a také funkční analýzu serpinů ve slinných žlázách klíštěte, za účelem lepšího porozumění procesům v interakci mezi klíštětem a hostitelem a při přenosu patogenů. Jsou vyráběny rekombinantní serpiny, které jsou funkčně testovány biochemicky a v biologických modelech. Detailní molekulární, biochemická a biologická charakterizace klíštěcích serpinů přispěje k identifikaci a vývoji nových terapeutických postupů v lidské i veterinární medicíně.

• Laboratoř kontrolních bodů imunitního systému

  Vedoucí projektu: RNDr. Helena Langhansová, Ph.D.

  Tato výzkumná skupina se zaměřuje na imunitní odpověď hostitele během infekce boreliemi, a to především v oblasti patogenem způsobené imunosuprese a možnou rolí inhibičních kontrolních bodů imunitního systému (především osy PD-1/PD-L1) v celém procesu. Odpovídající experimenty provádíme na myším modelu in vitro i in vivo. Rovněž v současné době ve spolupráci s Infekčním oddělením Nemocnice České Budějovice, a.s. (prim. MUDr. Aleš Chrdle) řešíme projekt AZV, jehož cílem je stanovit expresní profily vybraných kontrolních bodů (checkpointů) a dalších markerů v krevních leukocytech pacientů v různých fázích lymeské boreliózy, za účelem charakterizace molekulárních mechanismů boreliemi navozené imunosuprese.

Studentské práce

Vědecké publikace pracovníků KME

• 2022

  Abbas M.N., Chlastáková A., Jmel M.A., Iliaki-Giannakoudaki E., Chmelař J., Kotsyfakis M. (2022): Serpins in tick physiology and tick-host interaction. Front Cell Infect Microbiol 12: 892770.

  Beránková Z., Kopecký J., Kobayashi S., Lieskovská J. (2022): Dual control of tick-borne encephalitis virus replication by autophagy in mouse macrophages. Virus Res 315: 198778.

  Bodláková K., Černý J., Štěrbová H., Guráň R., Zítka O., Kodrík D. (2022): Insect body defence reactions against bee venom: Do adipokinetic hormones play a role? Toxins 14: 11.

  Černý J., Weyda F., Perlík M., Kodrík D. (2022): Functional ultrastructure of hymenopteran stingers: Devastating spear or delicate syringe. Microsc Microanal 26: 1-11.

  Dadras H., Golpour A., Rahi D., Lieskovská J., Dzyuba V., Gazo I., Policar T. (2022): Cryopreservation of sterlet, Acipenser ruthenus spermatozoa: Evaluation of quality parameters and fine ultrastructure. Front Mar Sci 9: 783278.

  Delawská K., Divoká P., Sedlák D., Kuzma M., Saurav K., Macho M., Steinbach G., Hrouzek P. (2022): New insights into tolytoxin effect in human cancer cells: Apoptosis induction and the relevance of hydroxyl substitution of its macrolide cycle on compound potency. Chembiochem 23: e202100489.

  Fořtová A., Hönig V., Palus M., Salát J., Pýchová M., Krbková L., Vyhlídalová T., Kříha M.F., Chrdle A., Růžek D. (2022): Serum and cerebrospinal fluid phosphorylated neurofilament heavy subunit as a marker of neuroaxonal damage in tick-borne encephalitis. J Gen Virol 103: 1743.

  Hadrava Váňová K., Pang Y., Krobová L., Kraus M., Nahacká Z., Boukalová Š., Pack S.D., Zobalová R., Zhun J., Huynh T.T., Jochmanová I., Uher O., Hubáčková S., Dvořáková Š., Garrett T., Ghayee H.K., Wu X., Schuster B. Knapp P., Fryšák Z., Hartmann I., Nilubol N., Černý J., Taieb D., Rohlena J., Neužil J., Chunzhang Y., Pacák K. (2022): Germline SUCLG2 variants in patients with pheochromocytoma and paraganglioma. J Natl Cancer Inst 114: 130-138.

  Horáková D., Štěpánek L., Štěpánek L., Pastucha D., Janoutová J., Janout V., Kron V., Verner M., Martiník D. (2022): What are the real associations of homeostasis model assessment (HOMA) with body mass index and age? Endokrynol Pol 73: 736-742.

  Jirků M., Kašparová A., Lhotská Z., Oborník M., Brožová K., Petrželková K.J., Samaš P., Kadlecová O., Stensvold C.R., Jirků K. (2022): A cross-sectional study on the occurrence of the intestinal protist, Dientamoeba fragilis, in the gut-healthy volunteers and their animals. Int J Mol Sci 23: 15407.

  Kevély Á., Prančlová V., Sláviková M., Haviernik J., Hönig V., Nováková E., Palus M., Růžek D., Klempa B., Kočí J. (2022): Fitness of mCherry reporter tick-borne encephalitis virus in tick experimental models. Viruses 14: 2673.

  Klementová Š., Poncarová M., Langhansová H., Lieskovská J., Kahoun D., Fojtíková P. (2022): Photodegradation of fluoroquinolones in aqueous solution under light conditions relevant to surface waters, toxicity assessment of photoproduct mixtures. Environ Sci Pollut Res 29: 13941-13962.

  Kratochvíl J., Mašková H., Kahoun D., Štěrba J., Straňák V., Kylián O., Kratochvílová E., Patlejchová T., Langhansová H. (2022): Substrát s antimikrobiální povrchovou vrstvou, zejména pro respirační masky a vzduchové filtry. Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, užitný vzor CZ 36670 U1.

  Maaroufi H.O., Pauchová L., Lin Y.H., Wu B.C.H., Rouhová L., Kučerová L., Vieira L.C., Renner M., Sehadová H., Hradilová M., Žurovec M. (2022): Mutation in Drosophila concentrative nucleoside transporter 1 alters spermatid maturation and mating behavior. Front Cell Dev Biol 10: 945572.

  Mayorga-Martinez C.C., Vyskočil J., Novotný F., Bednář P., Růžek D., Alduhaishe O., Pumera M. (2022): Collective behavior of magnetic microrobots through immunosandwich assay: On-the-fly COVID-19 sensing. Appl Mater Today 26: 101337.

  Migné C.V., Hönig V., Bonnet S.I., Palus M., Rakotobe S., Galon C., Heckmann A., Výletová E., Devillers E., Attoui H., Růžek D., Moutailler S. (2022): Evaluation of two artificial infection methods of live ticks as tools for studying interactions between tick-borne viruses and their tick vectors. Sci Rep 12: 491.

  Rouhová L., Sehadová H., Pauchová L., Hradilová M., Žurovcová M., Šerý M., Rindoš M., Žurovec M. (2022): Using the multi-omics approach to reveal the silk composition in Plectrocnemia conspersa. Front Mol Biosci 9: 945239.

  Sak B., Holubová N., Květoňová D., Hlásková L., Tinavská J., Kicia M., Zajaczkowska Z., Kváč M. (2022): Comparison of the concentration of Encephalitozoon cuniculi genotypes I and III in inflammatory foci under experimental conditions. J Inflamm Res 15: 2721-2730.

  Saurav K., Caso A., Urajová P., Hrouzek P., Esposito G., Delawská K., Macho M., Hájek J., Cheel J., Saha S., Divoká P., Arsin S.,Sivonen K., Fewer D.P., Costantino V. (2022): Fatty acid substitutions modulate the cytotoxicity of puwainaphycins/minutissamides isolated from the Baltic sea cyanobacterium Nodularia harveyana UHCC-0300. ACS Omega 7: 11818-11828.

  Šloufová M., Lhotská Z., Jirků M., Petrželková K.J., Stensvold C.R., Cinek O., Jirků-Pomajbíková K. (2022): Comparison of molecular diagnostic approaches for the detection and differentiation of the intestinal protist Blastocystis sp. in humans. Parasite 29: 30.

  Venkatakrishnan A., Sarafian J.T., Jirků-Pomajbíková K., Parker W. (2022): Socio-medical studies of individuals self-treating with helminths provide insight into clinical trial design for assessing helminth therapy. Parasit Int 87: 102488.

  Voleníková A., Nguyen P., Davey P., Sehadová H., Kludkiewicz B., Koutecký P., Walters J.R., Roessingh P., Provazníková I., Šerý M., Žurovcová M., Hradilová M., Rouhová L., Žurovec M. (2022): Genome sequence and silkomics of the spindle ermine moth, Yponomeuta cagnagella, representing the early diverging lineage of the ditrysian Lepidoptera. Commun Biol 5: 1281.

  Volter L., Prenerová E., Weyda F., Zemek R. (2022): Changes in the parasitism rate and parasitoid community structure of the horse chestnut leafminer, Cameraria ohridella (Lepidoptera: Gracillariidae), in the Czech Republic. Forests 13: 885.

  Zabelina V., Vrchotová M., Yonemura N., Sezutsu H., Tamura T., Klymenko V., Sehnal F., Žurovec M., Sehadová H., Šauman I. (2022): The exact timing of microinjection of parthenogenetic silkworm embryos Is crucial for their successful transgenesis. Front Physiol 13: 822900.

• 2021

  Billy V., Lhotská Z., Jirků M., Kadlecová O., Frgelecová L., Parfrey L.W., Jirků Pomajbíková K. (2021): Blastocystis colonization alters the gut microbiome and, in some cases, promotes faster recovery from induced colitis. Front Microbiol 12: 641483.

  Breinlinger S., Phillips T.J., Haram B.N., Mareš J., Martínez Yerena J.A., Hrouzek P., Sobotka R., Henderson W.M., Schmieder P., Williams S.M., Lauderdale J.D., Wilde H.D., Gerrin W., Kust A., Washington J.W., Wagner C., Geier B., Liebeke M., Enke H., Niedermeyer T.H.J., Wilde S.B. (2021): Hunting the eagle killer: A cyanobacterial neurotoxin causes vacuolar myelinopathy. Science 371: eaax9050.

  Chlastáková A., Kotál J., Beránková Z., Kaščáková B., Martins L.A., Langhansová H., Prudnikova T., Ederová M., Kutá Smatanová I., Kotsyfakis M., Chmelař J. (2021): Iripin-3, a new salivary protein isolated from Ixodes ricinus ticks, displays immunomodulatory and anti-hemostatic properties in vitro. Front Immunol 12: 626200.

  De Gasparo R., Pedotti M., Simonelli L., Nickl P., Muecksch F., Cassaniti I., Percivalle E., Lorenzi J.C.C., Mazzola F.., Magri D., Michalčíková T., Haviernik J., Hönig V., Mrázková B., Poláková N., Fořtová A., Turečková J., Iatsiuk V., Di Girolamo S., Palus M., Žudová D., Bednář P., Buková I., Bianchini F., Mehn D., Nencka R., Straková P., Pavliš O., Rozman J., Gioria S., Sammartino J.C., Giardina F., Gaiarsa S., Pan-Hammarstrom Q., Barnes C.O. Bjorkman P.J., Calzolai L., Piralla A., Baldanti F., Nussenzweig, M.C., Bieniasz P.D., Hatziioannou R., Procházka J., Sedláček R., Robbiani D.F., Růžek D., Varani L. (2021): Bispecific IgG neutralizes SARS-CoV-2 variants and prevents escape in mice. Nature 593: 424-428.

  Hájek J., Bieringer S., Voráčová K., Macho M., Sauray K., Delawská K., Divoká P., Fišer R., Mikušová G., Cheel J., Fewer D.P., Vu D.L., Paichlová J., Riepl H., Hrouzek P. (2021): Semi-synthetic puwainaphycin/minutissamide cyclic lipopeptides with improved antifungal activity and limited cytotoxicity. RSC Adv 11: 30873-30886.

  Jirků M., Lhotská Z., Frgelecová L., Kadlecová O., Petrželková K.J., Morien E., Jirků-Pomajbíková K. (2021): Helminth interactions with bacteria in the host gut are essential for its immunomodulatory effect. Microorganisms 9: 226.

  Jmel M. A., Aounallah H., Bensaoud C., Mekki I., Chmelař J., Faria F., M´ghirbi Y., Kotsyfakis M. (2021): Insights into the role of tick salivary protease inhibitors during ectoparasite-host crosstalk. Int J Mol Sci 22: 892.

  Kaščáková B., Kotál J., Martins L.A., Beránková Z., Langhansová H., Calvo E., Crossley J. A., Havlíčková P., Dyčka F., Prudnikova T., Kutý M., Kotsyfakis M., Chmelař J., Kutá Smatanová I. (2021): Structural and biochemical characterization of the novel serpin Iripin-5 from Ixodes ricinus. Acta Cryst D77: 1183-1196.

  Kotál J., Buša M., Urbanová V., Řezáčová P., Chmelař J., Langhansová H., Sojka D., Mareš M., Kotsyfakis M. (2021): Mialostatin, a novel midgut cystatin form Ixodes ricinus ticks: Crystal structure and regulation of host blood digestion. Int J Mol Sci 22: 5371.

  Kotál J., Polderdijk S. G. I., Langhansová H., Ederová M., Martins L.A., Beránková Z., Chlastáková A., Hajdušek O., Kotsyfakis M., Huntington J.A., Chmelař J. (2021): Ixodes ricinus salivary serpin Iripin-8 inhibits the intrinsic pathway of coagulation and complement. Int J Mol Sci 22: 9480.

  Kron V., Verner M., Pesl L., Smetana P., Kadlec J., Martiník D. (2021): Cholesterol and glucose profiles according to different fasting C-peptide levels: a cross-sectional analysis in a healthy cohort from the Czech Republic. J Appl Biomed 19: 220-227.

  Kuzma M., Hájek J., Hrouzek P., Gardiner A.T., Lukeš M., Moos M., Šimek P., Koblížek M., Nupur (2021): Structure elucidation of the novel carotenoid gemmatoxanthin from the photosynthetic complex of Gemmatimonas phototrophica AP64. Sci Rep 11: 15964.

  Lookian P.P., Zhao D., Medina R., Wang H., Ženka J., Gilbert M.R., Pacák K., Zhuang Z. (2021): Mannan-BAM, TLR ligands, anti-CD40 antibody (MBTA) vaccine immunotherapy: A review of current evidence and applications in glioblastoma. Int J Mol Sci 22: 3455.

  Martins L.A., Bensaoud C., Kotál J., Chmelař J., Kotsyfakis M. (2021): Tick salivary gland transcriptomics and proteomics. Parasite Immunol 43: e12807.

  Rindoš M., Kučerová L., Rouhová L., Sehadová H., Šerý M., Hradilová M., Koník P., Žurovec M. (2021): Comparison of silks from Pseudoips prasinana and Bombyx mori shows molecular convergence in fibroin heavy chains bud large differences in other silk components. Int J. Mol Sci 22: 8246.

  Rouhová L., Kludkiewicz B., Sehadová H., Šerý M., Kučerová L., Koník P., Žurovec M. (2021): Silk of the common clothes moth, Tineola bisselliella, a cosmopolitan pest belonging to the basal ditrysian moth line. Insect Biochem Mol Biol 130: 103527.

  Rusanov A.L., Kozhin P.M., Tikhonova O.V., Zgoda V.G., Loginov D.S., Chlastáková A., Selinger M., Štěrba J., Grubhoffer L., Luzgina N.G. (2021): Proteome profiling of PMJ2-R and primary peritoneal macrophages. Int J Mol Sci 22: 6323.

  Saha S., Bulzu P.A., Urajová P., Mareš J., Konert G., Câmara Manoel J., Macho M., Ewe D., Hrouzek P., Masojídek J., Ghai R., Saurav K. (2021): Quorum-sensing signals from epibiont mediate the induction of novel microviridins in the mat-forming cyanobacterial genus Nostoc. mSphere 14: e0056221.

  Sehadová H., Závodská R., Rouhová L., Žurovec M., Šauman I. (2021): The role of Filippi's glands in the silk moths cocoon construction. Int J Mol Sci 22:13523.

  Sehadová H., Závodská R., Žurovec M., Šauman I. (2021): The Filippi's glands of giant silk moths: to be or not to be? Insects 12:1040.

  Uher O., Caisová V., Paďouková L., Kvardová K., Masáková K., Lencová R., Frejlachová A., Skaličková M., Venhauerová A., Chlastáková A., Hansen P., Chmelař J., Kopecký J., Zhuang Z., Pacák K., Ženka J. (2021): Mannan-BAM, TLR ligands, and anti-CD40 immunotherapy in established murine pancreatic adenocarcinoma: understanding therapeutic potentials and limitations. Cancer Immunol Immunother 70: 3303-3312.

  Uher O., Huynh T.T., Zhu B., Horn L. A., Caisová V., Hadrava Váňová K., Medina R., Wang H., Palena C., Chmelař J., Zhuang Z., Ženka J., Pacák K. (2021): Identification of immune cell infiltration in murine pheochromocytoma during combined mannan-BAM, TLR ligand, and anti-CD40 antibody-based immunotherapy. Cancers 13: 3942.

  Weinbergerová B., Mayer J., Kabut T., Hrabovský Š., Procházková J., Král Z., Herout V., Pacasová R., Zdražilová-Dubská L., Husa P., Bednář P., Růžek D., Lengerová M. (2021): Successful early treatment combining remdesivir with high-titer convalescent plasma among COVID-19-infected hematological patients. Hematol Oncol 39: 715-720.

  Weyda F., Kodrík D. (2021): New fuctionally ultrastructural details of the honey bee stinger tip: serrated edge and pitted surface. J Apic Res 60: 875-878.

  You C., Jirků M., Corcoran D.L., Parker W., Jirků-Pomajbíková K. (2021): Altered gut ecosystems plus the microbiota`s potential for rapid evolution: A recipe for inevitable change with unknown consequences. Comput Struct Biotechnol J 19: 5969-5978.

  Zabelina V., Takasu Y., Sehadová H., Yonemura N., Nakajima K., Sezutsu H., Šerý M., Žurovec M., Sehnal F., Tamura T. (2021): Mutation in Bombyx mori fibrohexamerin (P25) gene causes reorganization of rough endoplasmic reticulum in posterior silk gland cells and alters morphology of fibroin secretory globules in the silk gland lumen. Insect Biochem Mol Biol 135: 103607.

• 2020

  Aounallah H., Bensaoud C., M´ghirbi Y., Faria F., Chmelař J., Kotsyfakis M. (2020): Tick salivary compounds for targeted immunomodulatory therapy. Front Immunol 11: 583845.

  Dvořáček J., Sehadová H., Weyda F., Tomčala A., Hejníková M., Kodrík D. (2020): First comprehensive study of a giant among the insects, Titanus giganteus: Basic facts from its biochemistry, physiology, and anatomy. Insects 11: 120.

  Herbrík A., Corretto E., Chroňáková A., Langhansová H., Petrásková P., Hrdý J., Čihák M., Krištůfek V., Bobek J., Petříček M., Petříčková K. (2020): A human lung-associated Streptomyces sp. TR1341 produces various secondary metabolites responsible for virulence, cytotoxicity and modulation of immune response. Front Microbiol 10: 3028.

  Jirků M., Kuchta R., Gricaj E., Modrý D., Jirků Pomajbíková K. (2020): Canine thelaziosis in the Czech Republic: The northernmost autochthonous occurrence of the eye nematode Thelazia callipaeda Railliet et Henry, 1910 in Europe. Folia Parasitol 67: 2020.010.

  Kotsarenko K., Věchtová P., Lieskovská J., Fűssy Z., Cabral-de-Mello D.C., Rego R.O.M., Alberdi P., Collins M., Bell-Sakyi L., Štěrba J., Grubhoffer L. (2020): Karyotype changes in long-term cultured tick cell lines. Sci Rep 10: 13443.

  Kust A., Řeháková K., Vrba J., Maicher V., Mareš J., Hrouzek P., Chiriac M.C., Benedová Z., Tesařová B., Saurav K. (2020): Insight into unprecedented diversity of cyanopeptides in eutrophic ponds using an MS/MS networking approach. Toxins 12: 561.

  Lhotská Z., Jirků M., Hložková O., Brožová K., Jirsová D., Stensvold C.R., Kolísko M., Jirků Pomajbíková K. (2020): A study on the prevalence and subtype diversity of the intestinal protist Blastocystis sp. in a gut-healthy human population in the Czech Republic. Front Cell Infect Microbiol 10: 544335.

  Liu Y., Pang Y., Zhu B., Uher O., Caisová V., Huynh T., Taieb D., Hadrava Váňová K., Ghayee H.K., Neužil J., Levine M., Yang C., Pacák K. (2020): Therapeutic targeting of SDHB-mutated pheocromocytoma/paraganglioma with pharmacologic ascorbic acid. Clin Cancer Res 26: 3868-3880.

  Martins L.A., Kotál J., Bensaoud C., Chmelař J., Kotsyfakis M. (2020): Small protease inhibitors in tick saliva and salivary glands and their role in tick-host-pathogen interactions. Biochim Biophys Acta Proteins Proteom 1868: 140336.

  Medina R., Wang H.R., Caisová V., Cui J., Indig, I.H., Uher O., Ye J., Nwankwo A., Sanchez V., Wu T.X., Nduom E., Heiss J., Gilbert M.R., Terabe M., Ho W., Ženka J., Pacák K., Zhuang Z.P. (2020): Induction of immune response against metastatic tumors via vaccination of mannan-BAM, TLR ligands, and anti-CD40 antibody (MBTA). Adv Ther 3: 2000044.

  Pleštilová L., Okrouhlík J., Burda H., Sehadová H., Valesky E.M., Šumbera R. (2020): Functional histology of the skin in the subterranean African giant mole-rat: thermal windows are determined solely by pelage characteristics. Peer J 8: e8883.

  Rusanov A.L., Stepanov A.A., Zgoda V.G., Kaysheva A.L., Selinger M., Mašková H., Loginov D., Štěrba J., Grubhoffer L., Luzgina N.G. (2020): Proteome dataset of mouse macrophage cell line infected with tick-borne encephalitis virus. Data Brief 28: 105029.

  Saha S., Esposito G., Urajová P., Mareš J., Ewe D., Caso A., Macho M., Delawská K., Kust A., Hrouzek P., Juráň J., Constatino V., Saurav K. (2020): Discovery of unusual cyanobacterial tryptophan-containing anabaenopetins by MS/MS-based molecular networking. Molecules 25: 3786.

  Salát J., Mikulášek K., Larralde O., Pokorná Formanová P., Chrdle A., Haviernik J., Elsterová J., Teislerová D., Palus M., Eyer L., Zdráhal Z., Petřík J., Růžek D. (2020): Tick-borne encephalitis virus vaccines contain non-structural protein 1 antigen and may elicit NS1-specifric antibody responses in vaccinated individuals. Vaccines 8: 81.

  Sehadová H., Guerra P. A., Šauman I., Reppert S. M. (2020): A re-evaluation of silk measurement by the Cecropia caterpillar (Hyalophora cecropia) during cocoon construction reveals use of a silk odometer that is temporally regulated. PLoS One 15: e0228453.

  Sehadová H., Takasu Y., Žaloudíková A., Lin Y., Šauman I., Sezutsu H., Rouhová L., Kodrík D., Žurovec H. (2020): Functional Analysis of adipokinetic hormone signaling in Bombyx mori. Cells 9: 2667.

  Shaik H.A., Mishra A., Sehadová H., Kodrík D. (2020): Responses of sericotropin to toxic and pathogenic challenges: possible role in defense of the wax moth Galleria mellonella. Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol 227: 108633.

  Troullinaki M., Chen L. Vitt A., Pyrina I., Phieler J., Kourtzelis I., Chmelař J., Sprott D., Gercken B., Koutsilieris M., Chavakis T., Chatzigeorgiou A. (2020): Robo4-mediated pancreatic endothelial integrity decreases inflammation and islet destruction in autoimmune diabetes. FASEB J 34: 3336-3346.

  Vaidulych, M., Pleskunov P., Kratochvíl J., Mašková H., Kočová P., Nikitin D., Hanuš J., Kylián O., Štěrba J., Biederman H., Choukourov A. (2020): Convex vs. concave surface nano-curvature of Ta₂O₅ thin films for tailoring the osteoblast adhesion. Surf Coat Technol 393: 125805.

  Weyda F., Kodrík D. (2020): New fuctionally ultrastructural details of the honey bee stinger tip: serrated edge and pitted surface. J Apic Res 59.

• 2019

  Barčák D., Yoneva A., Sehadová H., Oros M., Gustinelli A., Kuchta R. (2019): Complex insight on microanatomy of larval “human broad tapeworm” Dibothriocephalus latus (Cestoda: Diphyllobothriidea). Parasit Vectors 12: 408.

  Bertolini E., Schubert F.K., Zanini D., Sehadová H., Helfrich-Förster C., Menegazzi P. (2019): Life at high latitudes does not require circadian behavioral rhythmicity under constant darkness. Curr Biol 29: 3928-3936.

  Caisová V., Li L., Gupta G., Jochmanová I., Jha A., Uher O., Huynh T.T., Miettinen M., Pang Y., Abunimer L., Niu G., Chen X., Ghayee H.K., Taïeb D., Zhuang Z., Ženka J., Pacák K. (2019): The significant reduction or complete eradication of subcutaneous and metastatic lesions in a pheochromocytoma mouse model after immunotherapy using mannan-BAM, TLR ligands, and anti-CD40. Cancers 11: 654.

  Carreras-González A., Barriales D., Palacios A., Montesinos-Robledo M., Navas N., Azkargorta M., Peña-Cearra, Tomás-Cortázar J., Escobes I., Pascual-Itoiz M.A., Hradiská J., Kopecký J., Gil-Carton D., Prados-Rosales R., Abecia L., Atondo E., Martín I., Pellón A., Elortza F., Rodríguez H., Anguita J. (2019): Regulation of macrophage activity by surface receptors contained within Borrelia burgdorferi-enriched phagosomal fractions. PLoS Pathog 15: e1008163.

  Chmelař J., Kotál J., Kovaříková A., Kotsyfakis M. (2019): The use of tick salivary proteins as novel therapeutics. Front Physiol 76: 2003-2013.

  Hönig V., Palus M., Kašpar T., Zemanová M., Majerová K., Hofmannová L., Papežík P., Sikutová S., Rettich F., Hubálek Z., Rudolf I., Votýpka J., Modrý D., Růžek D. (2019): Multiple lineages of Usutu virus (Flaviviridae, Flavivirus) in blackbirds (Turdus merula) and mosquitoes (Culex pipiens, Cx. modestus) in the Czech Republic (2016-2019). Microorganisms 7: 568.

  Hönig V., Švec P., Marek L., Mrkvička T.,Zubriková D., Wittmann M., Masař O., Szturcová D., Růžek D., Pfister K., Grubhoffer L. (2019): Model of risk of exposure to Lyme borreliosis and tick-borne encephalitis virus-infected ticks in the border area of the Czech Republic (South Bohemia) and Germany (Lower Bavaria and Upper Palatinate). Int J Environ Res Public Health 16: 10.3390/ijerph16071173.

  Kotál J., Stergiou N., Buša M., Chlastáková A., Beránková Z., Řezáčová P., Langhansová H., Schwarz A., Calvo E., Kopecký J., Mareš M., Schmitt E., Chmelař J., Kotsyfakis M. (2019): The structure and function of Iristatin, a novel immunosuppressive tick salivary cystatin. Cell Moll Life Sci 76: 2003-2013.

  Koubová J., Jehlík T., Kodrík D., Sábová M., Šima P., Sehadová H., Závodská R., Frydrychová Čapková R. (2019): Telomerase activity is upregulated in the fat bodies of prediapause bumblebee queens (Bombus terrestris). Insect Biochem Mol Biol 115: 103241.

  Kratochvíl J., Kahoun D., Kylián O., Štěrba J., Kretková T., Kousal J., Hanuš J., Vaclová J., Prysiazhnyi V., Sezemský P., Fojtíková P., Lieskovská J., Langhansová H., Krakovský I., Straňák V. (2019): Nitrogen enriched C:H:N:O thin films for improved antibiotics doping. Appl Surf Sci 494: 301-308.

  Krejčová G., Danielová A., Nedbalová P., Kazek M., Strych L., Chawla G., Tennessen J.M., Lieskovská J., Jindra M., Doležal T., Bajgar A. (2019): Drosophila macrophages switch to aerobic glycolysis to mount effective antibacterial defense. Elife 8: e50414.

  Řežábková L., Brabec J., Jirků M., Dellerba M., Kuchta R., Modrý D., Parker W., Jirků Pomajbíková K. (2019): Genetic diversity of the potentially therapeutic tapeworm Hymenolepis diminuta (Cestoda: Cyclophyllidea). Parasitol Int 71: 121-125.

  Selinger M., Tykalová H., Štěrba J., Věchtová P., Vavrušková Z., Lieskovská J., Kohl A., Schnettler E., Grubhoffer L. (2019): Tick-borne encephalitis virus inhibits rRNA synthesis and host protein production in human cells of neural origin. PLoS Negl Trop Dis 13: e0007745.

  Sobotková K., Parker W., Levá J., Růžková J., Lukeš J., Jirků Pomajbíková K. (2019): Helminth therapy – from the parasite perspective. Trends Parasitol 35: 501-515.

  Uher O., Caisová V., Hansen P., Kopecký J., Chmelař J., Zhuang Z., Ženka J., Pacák K. (2019): Coley´s immunotherapy revived: Innate immunity as a link in priming cancer cells for an attack by adaptive immunity. Semin Oncol 46: 385-392.

• 2018

  Bezawork-Geleta A., Wen H., Dong L., Yan B., Vider J., Boukalová S., Krobová L., Váňová K., Zobalová R., Sobol M., Hozák P., Novais S.M., Caisová V., Abaffy P., Naraine R., Pang Y., Zaw T., Zhang P., Šindelka R., Kubišta M., Zuryn S., Molloy M.P., Berridge M.V., Pacák K., Rohlena J., Park S., Neužil J. (2018): Alternative assembly of respiratory complex II connects energy stress to metabolic checkpoints. Nat Commun 9: 2221.

  Caisová V., Uher O., Nedbalová P., Jochmanová I., Kvardová K., Masáková K., Krejčová G., Paďouková L., Chmelař J., Kopecký J., Ženka J. (2018): Effective cancer immunotherapy based on combination of TLR agonists with stimulation of phagocytosis. Int Immunopharmacol 59: 86-96.

  Frutos E., Karlík M., Jiménez J.A., Langhansová H., Lieskovská J., Polcar T. (2018): Development of new β/α″-Ti-Nb-Zr biocompatible coating with low Young's modulus and high toughness for medical applications. Mater Des 142: 44-55.

  Hartmann D., Šíma R., Konvičková J., Perner J., Kopáček P., Sojka D. (2018): Multiple legumain isoenzymes in ticks. Int J Parasitol 48: 167-178.

  Jalovecká M., Hartmann D., Miyamoto Y., Eckmann L., Hajdušek O., O'Donoghue A.J., Sojka D. (2018): Validation of Babesia proteasome as a drug target. Int J Parasitol Drugs Drug Resist 8: 394-402.

  Jirků Pomajbíková K., Jirků M., Levá J., Sobotková K., Morien E., Parfrey L.W. (2018): The benign helminth Hymenolepis diminuta ameliorates chemically induced colitis in a rat model system. Parasitology 145: 1324-1335.

  Kratochvíl J., Kahoun D., Štěrba J., Langhansová H., Lieskovská J., Fojtíková P., Hanuš J., Kousal J., Kylián O., Straňák V. (2018): Plasma polymerized C:H:N:O thin films for controlled release of antibiotic substances. Plasma Process Polym 15: 1700160.

  Kratochvíl J., Štěrba J., Lieskovská J., Langhansová H., Kuzminova A., Khalakhan I., Kylián O., Straňák V. (2018): Antibacterial effect of Cu-C:F nanocomposites deposited on PEEK substrates. Mater Lett 230: 96-99.

  Lieskovská J., Páleníková J., Langhansová H., Chmelař J., Kopecký J. (2018): Saliva of Ixodes ricinus enhances TBE virus replication in dendritic cells by modulation of pro-survival Akt pathway. Virology 514: 98-105.

  Pang Y., Lu Y., Caisová V., Liu Y., Bullová P., Huynh T.T., Zhou Y., Yu D., Fryšák Z., Hartmann I., Taïeb D., Pacák K., Yang C. (2018): Targeting NAD+/PARP DNA repair pathway as a novel therapeutic approach to SDHB-mutated cluster I pheochromocytoma and paraganglioma. Clin Cancer Res 24: 3423-3432.

  Růžková J., Květoňová D., Jirků M., Lhotská Z., Stensvold C.R., Parfrey L.W., Jirků Pomajbíková K. (2018): Evaluating rodent experimental models for studies of Blastocystis ST1. Exp Parasitol 191: 55-61.

  Širmarová J., Salát J., Palus M., Hönig V., Langhansová H., Holbrook M.R., Růžek D. (2018): Kyasanur Forest Disease virus infection activates human vascular endothelial cells and monocyte-derived dendritic cells. Emerg Microbes Infect 7: 175.

  Xin M., Štěrba J., Shaliutina-Kolesova A., Dzyuba B., Lieskovská J., Boryshpolets S., Siddique M.A.M., Kholodnyy V., Lebeda I., Linhart O. (2018): Protective role of antifreeze proteins on sterlet (Acipenser ruthenus) sperm during cryopreservation. Fish Physiol Biochem 44: 1527-1533.

• 2017

  Cabezas-Cruz A., Mateos-Hernández L., Chmelař J., Villar M., de la Fuente J. (2017): Salivary prostaglandin E2: Role in tick-induced allergy to red meat. Trends Parasitol 33: 495-498.

  Elsterová J., Palus M., Širmarová J., Kopecký J., Niller H.H., Růžek D. (2017): Tick-borne encephalitis virus neutralization by high dose intravenous immunoglobulin. Ticks Tick Borne Dis 8: 253-258.

  Chmelař J., Kotál J., Langhansová H., Kotsyfakis M. (2017): Protease inhibitors in tick saliva: The role of serpins and cystatins in tick-host-pathogen interaction. Front Cell Infect Microbiol 7: 216.

  Palus M., Vancová M., Širmarová J., Elsterová J., Perner J., Růžek D. (2017): Tick-borne encephalitis virus infects human brain microvascular endothelial cells without compromising blood-brain barrier integrity. Virology 507: 110-122.

  Rezková M., Kopecký J. (2017): Anti-tumour necrosis factor activity in saliva of various tick species and its appearance during the feeding period. Folia Parasitol 64: 032.

   

• 2016

  Caisová V., Vieru A., Kumžáková Z., Glaserová S., Husníková H., Vácová N., Krejčová G., Paďouková L., Jochmanová I., Wolf K.I., Chmelař J., Kopecký J., Ženka J. (2016): Innate immunity based cancer immunotherapy: B16-F10 murine melanoma model. BMC Cancer 16: 940.

  Černý J., Selinger M., Palus M., Vavrušková Z., Tykalová H., Bell-Sakyi L., Štěrba J., Grubhoffer L., Růžek D. (2016): Expression of a second open reading frame present in the genome of tick-borne encephalitis virus strain Neudoerfl is not detectable in infected cells. Virus Genes 52: 309-316.

  Elsterová J., Palus M., Širmarová J., Kopecký J., Niller H.H., Růžek D. (2016): Tick-borne encephalitis virus neutralization by high dose intravenous immunoglobulin. In press.

  Ergunay K., Tkachev S., Kozlova I., Růžek D. (2016): A review of methods for detecting tick-borne encephalitis virus infection in tick, animal, and human specimens. Vector Borne Zoonotic Dis 16: 4-12.

  Eyer L., Nencka R., Huvarová I., Palus M., Joao Alves M., Gould E.A., De Clercq E., Růžek D. (2016): Nucleoside inhibitors of Zika virus. J Infect Dis 214: 707-711.

  Eyer L., Šmídková M., Nencka R., Neča J., Kastl T., Palus M., De Clercq E., Růžek D. (2016): Structure-activity relationships of nucleoside analogues for inhibition of tick-borne encephalitis virus. Antiviral Res 133: 119-129.

  Chmelař J., Chatzigeorgiou A., Chung K.J., Prucnal M., Voehringer D., Roers A., Chavakis T. (2016): No role for mast cells in obesity-related metabolic dysregulation. Front Immunol 7: 524.

  Chmelař J., Kotál J., Karim S., Kopáček P., Francischetti I.M., Pedra J.H., Kotsyfakis M. (2015): Sialomes and mialomes: A system-biology view of tick tissues and tick-host interactions. Trends Parasitol 32: 242-254.

  Chmelař J., Kotál J., Kopecký J., Pedra J.H., Kotsyfakis M. (2016): All for one and one for all on the tick-host battlefield. Trends Parasitol, 32: 368-377.

  Valdés J.J., Gil V.A., Butterill P.T., Růžek D. (2016): An all-atom, active site expoloration of antiviral drugs that target Flaviviridae polymerases. J Gen Virol 97: 2552-2565.

  Waldmannová E., Caisová V., Fáberová J., Sváčková P., Kovářová M., Sváčková D., Kumžáková Z., Jačková A., Vácová N., Nedbalová P., Horká M., Kopecký J., Ženka J. (2016): The use of Zymosan A and bacteria anchored to tumor cells for effective cancer immunotherapy: B16-F10 murine melanoma model. Int Immunopharmacol 39: 295-306.

  Wang X., Shaw D.K., Sakhon O.S., Snyder G.A., Sundberg E.J., Santambrogio L., Sutterwala F.S., Dumler J.S., Shirey K.A., Perkins D.J., Richard K., Chagas A.C., Calvo E., Kopecký J., Kotsyfakis M., Pedra J.H. (2016): The tick protein sialostatin L2 binds to annexin A2 and inhibits NLRC4-mediated inflammasome activation. Infect Immun 84: 1796-1805.

  Zouharová D., Lipenská I., Fojtíková M., Kulich P., Neča J., Slaný M., Kovařčík K., Turánek-Knötigová P., Hubatka F., Celechovská H., Mašek J., Koudelka S., Procházka L., Eyer L., Plocková J., Bartheldyová E., Miller A.D., Růžek D., Raška M., Janeba Z., Turánek J. (2016): Antiviral activities of 2,6-diaminopurine-based acyclic nukleoside phosphonates against herpesviruses: In vitro study results with pseudorabies virus (PrV, SuHV-1). Vet Microbiol 184: 84-93.

• 2015

  Bílý T., Palus M. Eyer L., Elsterová J., Vancová M., Růžek D. (2015): Electron tomography analysis of tick-borne encephalitis virus infection in human neurons. Sci Rep 5: 10745.

  Chmelař J., Kotál J., Karim S., Kopáček P., Francischetti I.M., Pedra J.H., Kotsyfakis M. (2015): Sialomes and mialomes: A system-biology view of tick tissues and tick-host interactions. Trends Parasitol, doi: 10.1016/j.pt.2015.10.002. [Epub ahead of print]

  Elsterová J., Černý J., Müllerová J., Šíma R., Coulson S.J., Lorentzen E., Strom H., Grubhoffer L. (2015): Search for tick-borne pathogens in the Svalbard Archipelago and Jan Mayen. Polar Res 34: 27466.

  Eyer L., Valdés J.J., Gil V.A., Nencka R., Hřebabecký H., Šála M., Salát J., Černý J., Palus M., De Clercq E., Růžek D. (2015): Nucleoside inhibitors of tick-borne encephalitis virus. Antimicrob Agents Chemother 59: 5483-5493.

  Formanová P., Černý J., Bolfíková-Černá B., Valdés J.J., Kozlová I., Dzhioev Y., Růžek D. (2015): Full genome sequences and molecular characterization of tick-borne encephalitis virus strains isolated form human patients. Ticks Tick Borne Dis 6: 38-46.

  Hönig V., Švec P., Halas P., Vavrušková Z., Tykalová H., Kilian P., Vetišková V., Dorňáková V., Štěrbová J., Šimonová Z., Erhart J., Štěrba J., Golovchenko M., Rudenko N., Grubhoffer L. (2015): Ticks and tick-borne pathogens in South Bohemia (Czech Republic): Spatial variability in Ixodes ricinus abundance, Borrelia burgdorferi and tick-borne encephalitis virus prevalence. Ticks Tick Borne Dis. 6: 559-567.

  Klein M., Brühl T.J., Staudt V., Reuter S., Grebe N., Gerlitzki B., Hoffmann M., Bohn T., Ulges A., Stergiou N., de Graaf J., Löwer M., Taube C., Becker M., Hain T., Dietzen S., Stassen M., Huber M., Lohoff M., Chagas A.C., Andersen J., Kotál J., Langhansová H., Kopecký J., Schild H., Kotsyfakis M., Schmitt E., Bopp T. (2015): Tick salivary sialostatin L represses the initiation of immune responses by targeting IRF4-dependent transcription in murine mast cells. J Immunol 195: 621-631.

  Kodrík, D., Stašková T., Jedličková V., Weyda F., Závodská R., Pflegerová J. (2015): Molecular characterization, tissue distribution, and ultrastructural localization of adipokinetic hormones in the CNS of the firebug Pyrrhocoris apterus (Heteropetra, Insecta). Gen Comp Endocr 210: 1-11.

  Kotál J., Langhansová H., Lieskovská J., Andersen J.F, Francischetti I.M., Chavakis T., Kopecký J., Pedra J.H., Kotsyfakis M., Chmelař J. (2015): Modulation of host immunity by tick saliva. J Proteomics 128: 58-68.

  Langhansová H., Bopp T., Schmitt E., Kopecký J. (2015): Tick saliva increases production of three chemokines including monocyte chemoattractant protein-1, a histamine-releasing cytokine. Parasite Immunol 37: 92-96.

  Lieskovská J., Páleníková J., Langhansová H., Chagas A.C., Calvo E., Kotsyfakis M., Kopecký J. (2015): Tick sialostatins L and L2 differentially influence dendritic cell responses to Borrelia spirochetes. Parasite Vector 8: DOI: 10.1186/s13071-015-0887-1.

  Lieskovská J., Páleníková J., Širmarová J., Elsterová J., Kotsyfakis M., Chagas A.C., Calvo E., Růžek D., Kopecký J. (2015): Tick salivary cystatin sialostatin L2 suppresses IFN responses in mouse dendritic cells. Parasite Immunol 37: 70-78.

  Páleníková J., Lieskovská J., Langhansová H., Kotsyfakis M., Chmelař J., Kopecký J. (2015): Ixodes ricinus salivary serpin IRS-2 affects Th17 differentiation via inhibition of the interleukin-6/STAT-3 signaling pathway. Infect Immun 83: 1949-1956.

  Palus M., Formanová P., Salát J., Žampachová E., Elsterová J., Růžek D. (2015): Analysis of serum levels of cytokines chemokines, growth factors, and monoamine neurotransmitters in patients with tick-borne encephalitis: Identification of novel inflammatory markers with implications for pathogenesis. J Med Virol 87: 885-892.

  Procházka A., Dammer J., Weyda F., Sopko V., Beneš J., Zeman J., Jandejsek I. (2015): Biological object recognition in µ-radiography images. J Inst 10: C03023.

  Strnad M., Elsterová J., Schrenková J., Vancová M., Rego R.O., Grubhoffer L., Nebesářová J. (2015): Correlative cryo-fluorescence and cryo-scanning electron microscopy as a straightforward tool to study host-pathogen interactions. Sci Rep doi: 10.1038/srep18029.

  Weisheit S., Villar M., Tykalová H., Popara M., Loecherbach J., Watson M., Růžek D., Grubhoffer L., de la Fuente J., Fazakerley J.K., Bell-Sakyi L. (2015): Ixodes scapularis and Ixodes ricinus tick cell lines respond to infection with tick-borne encephalitis virus: transcriptomic and proteomic analysis. Parasit Vectors, doi: 10.1186/s13071-015-1210-x.

  Weyda F., Pflegerová J., Stašková T., Tomčala A., Prenerová E., Zemek R., Volter L., Kodrík D. (2015): Ultrastructural and biochemical comparison of summer active and summer diapausing pupae of the horse chestnut leaf miner, Cameraria ohridella (Lepidoptera: Gracillariidae). Eur J Entomol 112: 197-203.

   

Katedra medicínské biologie

Studijní materiály ke kurzům

• Imunologie KME/216

  • Prednaska 1.pdf 
  • Prednaska 2.pdf 
  • Prednaska 3.pdf 
  • Prednaska 4.pdf 
  • Prednaska 5.pdf 
  • Prednaska 6.pdf 
  • Prednaska 7.pdf 
  • Prednaska 8.pdf 
  • Prednaska 9.pdf 
  • Prednaska 10.pdf 
  • Prednaska 11.pdf 
  • IMUNOLOGIE PŘEDNÁŠKY.zip 
  • imunologie_přednášky_text 

• Základy medicínské biologie KME/085

  • Základy medicínské biologie.pdf 
  • oblasti vyzkumu.pdf 
  • Jak nahoře, tak dole.pdf 
  • Soustavy - kosti svaly kůže.pdf 
  • Orgánové soustavy - plíce, trávení.pdf 
  • kardiovaskulární systém.pdf 
  • Endokrinní soustava.pdf 
  • Nervová soustava.pdf 
  • Buněčná biologie_biochemie_enzymy.pdf 
  • Buněčná signalizace a metabolismus.pdf 
  • Základy cytogenetiky.pdf 
  • Projekt a pokus v biomedicínském výzkumu.pdf 
  • Jak pracovat s vědeckou literaturou.pdf 
  • Julia Phieler JC.pdf
  • Základy medicínské biologie.zip 

• Infekční lékařství KME/729

  • 01. Infekce - historie a současnost JČU.pdf 
  • 02. Agens - infekce- nemoc JČU.pdf 
  • 03.Léčba infekcí JČU.pdf 
  • 04.Exantem JČU.pdf 
  • 05. Průjmová onemocnění JČU.pdf 
  • 06. Hepatitidy JČU.pdf
  • 07. Neuroinfekce JČU.pdf 
  • 08. Respirační infekce, chřipka, tbc.pdf 
  • 09. Urogenitální infekce.pdf 
  • 10. AIDS.pdf 
  • 11. Sepse.pdf 
  • 12. Infekce krevního řečiště.pdf 
  • 13. Infekce lymfat. systému.pdf 
  • 14. Infekce kostí a kloubů.pdf 
  • 15 Vysoce nebezpečné nákazy.pdf 
  • 16. Několik parazitárních onemocnění.pdf 
  • Texty infekce PřF JČU 2023.pdf 

  Read more

• Imunologie parazitóz KPA/501

  • IP_přednáška_1_CZ
    
  • IP_prednaska_1_ENG
  • IP_prednaska_3_CZ
  • IP_prednaska_3_ENG
  • IP_prednaska_4_CZ
  • IP_prednaska_4_ENG
  • IP_prednaska_5_CZ
  • IP_prednaska_5_ENG
  • IP_prednaska_6_CZ
  • IP_prednaska_6_ENG
  • IP_prednaska_7_CZ
  • IP_prednaska_7_ENG
  • IP_prednaska_8_CZ
  • IP_prednaska_8_ENG
  • imunoparprednaska_CZ
  • DOD PaU 2012.pdf

  Read more

• Základy funkční anatomie člověka KME/213

  Postupně bude aktualizováno

Katedra medicínské biologie

Nabídka témat

• Bakalářské práce

  Endogenní serpiny jako terapeutické cíle a potenciální využití exogenních serpinů v léčbě imunitou zprostředkovaných onemocnění.

  Školitel: doc. RNDr. Jindřich Chmelař, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

  U obratlovců hrají endogenní serpiny klíčovou roli v regulaci fyziologických dějů, včetně srážení krve, fibrinolýzy, zánětu, aktivace komplementu, regulace imunity a regulace apoptózy. Působí jako transportéry hormonů, jako adipokiny a jako samotné prekurzory hormonů. Patologie související se serpiny se nazývají serpinopatie a existuje spousta onemocnění, která souvisejí s poruchami funkce serpinů, včetně Alzheimerovy choroby, emfyzému plic, jaterní cirhózy nebo trombózy. Bylo také zjištěno, že se serpiny podílejí na regulaci infekčních, metabolických a autoimunitních onemocnění nebo karcinogeneze. Proto představují tyto proteiny zajímavé terapeutické cíle. Exogenní serpiny, pocházející z parazitů a patogenů, často ovlivňují imunitní systém hostitelů, tedy i člověka. Proto se vědci snaží tyto jejich vlastnosti využít pro vývoj nových léků. Např. virový serpin CrmA byl úspěšně testován v kombinaci s nanočásticovým nosičem v léčbě osteoartritidy, zánětlivého syndromu cév či  rakoviny. Tyto výsledky ukazují, že exogenní serpiny mají aplikační terapeutický potenciál, zvlášť při zapojení proteinového inženýrství za účelem zvyšování účinnosti těchto serpinů.

  Cíle rešeršní práce: Zpracovat podrobně dostupnou literaturu na téma funkce serpinů v lidském těle a možnost využít exogenní serpiny v léčbě imunitou zprostředkovaných onemocnění.

  Požadavky: Zájem, motivace, samostatnost a zvídavost

  Charakterizace vybraných proteinových rodin ze slin klíšťat

  Školitel: doc. RNDr. Jindřich Chmelař, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

  Klíštěcí sliny obsahují desítky až stovky nejrůznějších proteinů, z nichž většina zastává nějakou funkci při obcházení hostitelských obranných mechanizmů. Některé skupiny byly už velmi podrobně popsány, včetně experimentálního ověření jejich aktivit v hostitelském systému. Některé skupiny mají již známé proteinové struktury a některé jsou unikátní pro klíšťata a není známa jejich funkce ani struktura. Cílem experimentální bakalářské práce bude podrobná analýza vybrané proteinové skupiny pomocí in silico metod, ověření expresního profilu v klíštěti pomocí qRT-PCR, amplifikace vybraného genu pomocí PCR, jeho zaklonování a osekvenování. Možnost přípravy rekombinantního proteinu. Součástí práce bude vypracování rešerše týkající se proteinů z klíštěcích slin a vybrané proteinové rodiny.

  Co se student naučí: Bioinformatické metody (data mining, manipulace s nukleotidovými i proteinovými sekvencemi, základní fylogenetická analýza, 3D modelování proteinů, izolace RNA a DNA, PCR, kvantitativní RT-PCR, molekulární klonování

  Diverzita viru klíšťové encefalitidy v přirozených ohniscích na jihu Čech

  Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

  Virus klíšťové encefalitidy je původcem závažného onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Virus cirkuluje v přírodě mezi svými přirozenými hostiteli (zejména hlodavci) a  vektory - klíšťaty. Jednotlivé kmeny viru klíšťové encefalitidy se mohou významně lišit celou řadou vlastností, včetně patogenity pro člověka. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu viru klíšťové encefalitidy v jeho přirozených ohniscích výskytu, stanovit jejich biologické vlastnosti  a porovnat je s kmeny vyskytujícími se u pacientů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení práce seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování včetně NGS apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

  Klíšťata a klíšťaty přenášené patogeny v urbánních biotopech

  Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

  Klíšťata jsou vektory celé řady významných patogenů člověka a zvířat. Jejich výskyt není omezen jen na lesní biotopy, ale stabilní populace klíšťat můžeme najít i ve městech. Spolu s klíšťaty se do tohoto prostředí dostávají i patogeny. Vzhledem k vysoké míře aktivity člověka tyto oblasti představují potenciálně vysoké riziko pro veřejné zdraví. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu bakteriálních a virových patogenů v klíšťatech vyskytujících se v urbánních biotopech. Dále pak stanovení složení hostitelské fauny klíšťat na základě molekulárně biologické detekce hostitelské DNA ve zbytcích strávené krve a korelace druhu hostitele s výskytem patogenů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení tématu seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

  Kombinovaná aplikace genetické a psychologické selekce vhodných dobrovolníků pro studium abnormálně vysokého obsazení dopaminových D2 receptorů metodou pozitronové emisní tomografie

  Typ práce: bakalářská nebo magisterská

  Školitel: Mgr. Dagmar Riegert Bystřická, Ph.D. , Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

  Dopamin funguje v mozku jako neurotransmiter, který společně s dalšími hormony významně reguluje fyziologické a behaviorální funkce jako jsou motorické funkce, kognitivní funkce, přičemž se zcela zásadně podílí na tvorbě motivačního systému a touze po odměně. 

  Dědičná tendence směřující k časté průzkumné činnosti a intenzivnímu vzrušení v reakci na nové podněty se označuje jako chování typu novelty seeking (NS). Novelty seeking je zařazeno v inventáři povahových vlastností, tzv. Temperament and Character Inventory-Revised (TCI-R), a skládá se ze čtyř podskupin (průzkumné vrušení, impulzivnost, extravagance, neuspořádanost). Dotazník TCI-R je globálně používaný a uznávaný v psychologickém a neurobiologickém výzkumu. Jedinci, kteří mají vysoké skóre novelty seeking, jsou temepramentní, průzkumní, zvědaví, impulzivní, roztržití a snadno podlehnou nudě. Rychle se zapojí do čehokoli, co je nové a neznámé – což může vést k potenciální odměně – ať už jsou to adrenalinové sporty či návykové látky. Vysoké skóre NS je spojováno s nedostatečnou aktivitou dopaminu. 

  Ovšem vliv na produkci dopaminu má také genetika. Gen DRD2, kódující dopaminový receptor D2, je intenzivně studován v souvislosti s několika SNP. Mezi ně se řadí např. polymorfismy TaqIA a –141C Ins/Del. Polymorfismus TaqIA, respektive jeho recesivní alela A1, koreluje s o 30 % menší počtem exprimovaných D2 receptorů; alela –141C Del polymorfismu -141C Ins/Del je spojována se sníženou expresí genu DRD2. Funkci dopaminu ovlivňuje i gen COMT (katechol-O-metyltransferáza). Polymorfismus v genu COMT Val158Met zodpovídá za degradaci dopaminu, snižuje funkci tohoto enzymu až o 40 %. Zmíněné polymorfismy ovlivňující funkci dopaminu a/nebo expresi příslušných receptorů, korelují  s lidským chováním. Z tohoto důvodu je zkoumán vztah mezi novelty seeking behavior a dopaminergním systémem.

  Co se student naučí: naváže na diplomovou práci Mgr. Lindy Jandové z roku 2019, seznámí se s prací v klinické genetické laboratoři, prakticky zvládne metody izolace DNA, PCR, ELFO, PCR RFLP, real-time PCR, analýza a zpracování výsledků.

  Molekulární aspekty rozvoje onemocnění klíšťové encefalitidy (oblast nabízených témat)

  Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: Martin Palus (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) - Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

  Klíšťová encefalitida (KE) je závažné virové onemocnění vyvolané virem klíšťové encefalitidy (VKE). VKE je flavivirus, který je přenášen klíšťaty rodu Ixodes. Onemocnění se projevuje vysokou horečkou, nevolností, bolestmi hlavy a v těžších případech může vést k meningitidě, encefalitidě, meningoencefalitidě. Onemocnění může skončit smrtí, ale drtivé jsou i dopady postencefalického syndromu (25–50 % pacientů), který může zahrnovat: obrny, parézy, ataxie, únavy, bolesti hlavy, poruchy smyslů a kognitivních či neuropsychiatrických funkcí.

  Následky onemocnění jdou ruku v ruce se závažností akutního průběhu onemocnění. Na čem ale tento průběh závisí a proč u někoho dochází k rozvoji těžkých forem onemocnění a jiného proběhne jen formou horečky? Jak se virus dostane do mozku? Může za to sám virus, nebo je to souhra okolností? Jaké jsou molekulární faktory patogena (viru) a jaké hostitele, jež vznik a průběh onemocnění předurčují? Na tyto a další otázky můžete formou rešerše, nebo experimentu odpovědět i Vy během své kvalifikační práce.

  Porozumění těmto faktorům je důležité pro lepší diagnostiku, prevenci a léčbu klíšťové encefalitidy, ale téma má přesah i do dalších virových onemocnění (horečka denque, onemocnění zika, západonilská horečka, atd.)

  Experimentální část práce bude zaměřena na využití virologických, imunologických a molekulárních metod.

  Zaměření a rozsah práce je možné přizpůsobit. Detaily jsou dostupné na vyžádání.

  Antivirové vakcíny, detekce, diagnostika a léčba (oblast nabízených témat)

  Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: Martin Palus (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) - Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

  Spolehlivé antivirové vakcíny, detekce, diagnostika a léčba jsou klíčovými nástroji pro kontrolu a prevenci šíření virů a snížení závažnosti virových infekcí. Je důležité neustále zdokonalovat tyto strategie a vyvíjet nové metody, aby bylo možné účinně reagovat na stále se měnící virové hrozby. Naším modelovým virem je virus klíšťové encefalitidy (VKE). VKE je původcem závažného virové onemocnění centrální nervové soustavy. Vývoj a poznání v oblasti prevence a léčby tohoto onemocnění má přesah do dalších významných virových onemocnění člověka (horečka denque, onemocnění zika, západonilská horečka, atd.) Proti viru klíšťové encefalitidy dosud neexistuje specifická léčba, dříve dostupná léčba s sebou nesla řadu kontroverzí a nejasností. S odstupem času a s novými poznatky se naskýtají možnosti vývoje terapeutických protilátek proti tomuto viru a možnosti léčby. V současné době existuje velmi účinná vakcína, nicméně moderní metody umožňují řadu zlepšení.

  Pokud Vás problematika zajímá můžete se do jejího řešení zapojit formou rešerše, nebo i experimentálně ve své kvalifikační práci pod vedením zkušených pracovníků z Laboratoře arbovirologie.

  Experimentální část práce bude využívat virologických, imunologických, molekulárních a genetických metod.

  Konkrétní zaměření a rozsah práce jsou dostupné na vyžádání.

  Detekce viru Alongshan v klíšťatech Ixodes ricinus

  Typ práce: Bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: RNDr. Jan Kamiš (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

  Virus Alongshan je recentně popsaný segmentovaný virus patogenní pro člověka, který byl poprvé detekován u pacienta s horečnatým onemocněním v Mongolsku v roce 2017. Onemocnění způsobené tímto virem je svým průběhem podobné klíšťové encefalitidě, a i v tomto případě jsou vektory viru klíšťata rodu Ixodes. Recentní studie rovněž potvrzují zoonotický potenciál viru, vzhledem k jeho výskytu u hospodářských zvířat. Virus Alongshan byl dosud detekován i v Evropě, kde byl nalezen nejen v klíšťatech, ale i hospodářských zvířatech v Německu, Švýcarsku, Finsku i Rusku.

  Cílem bakalářské nebo magisterské práce bude detekovat a charakterizovat recentně popsaný virus Alongshan v klíšťatech Ixodes ricinus z vybraných lokalit České republiky​. Práce bude realizována ve virologické laboratoři úrovně biologické bezpečnosti 2 (BSL2), kde se student naučí řadu široce uplatnitelných molekulárně biologických a virologických metod (práce s infekčním agens, zpracování klíšťat, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, PCR, WGS sekvenování, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace, IFAT apod.). Získané výsledky budou vyhodnoceny statistickými a fylogenetickými metodami. Rozsah tématu je možné přizpůsobit preferencím a zájmům studenta.

  Hmyzožravci jako rezervoáry virů​

  Typ práce: Bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: RNDr. Jan Kamiš (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.).

  Z pohledu patogenů jsou hmyzožravci méně studovanou skupinou, přitom mohou být přenašeči řady zoonotických virových agens patogenních pro člověka. Cílem bakalářské nebo magisterské práce bude detekovat a charakterizovat viry z rodů Orthobornavirus a Orthohantavirus v kadáverech rejsků a bělozubek nalezených v České republice. Bornaviry jsou původci závažné lidské bornavirové encefalitidy, která může být často smrtelná. Rejskovití mohou přenášet i své hantaviry, ty však pro člověka patogenní nejsou, ale se zdá, že mají pozoruhodnou genetickou stabilitu i široký areál výskytu.

  Student se naučí práci s infekčním materiálem ve virologické laboratoři úrovně biologické bezpečnosti 2 (BSL2), včetně pitev kadáverů, zejména náhodně nalezených rejsků a bělozubek. Orgány dále zpracuje a následně z nich pomocí molekulárně biologických a virologických metod vyizoluje, detekuje a charakterizuje zmíněné viry. Student si osvojí izolaci RNA, reverzní transkripci, qPCR, PCR, WGS sekvenování, izolaci viru na buněčných kulturách, plakovou titrace apod.). Získané výsledky budou vyhodnoceny statistickými a fylogenetickými metodami. Rozsah tématu je možné přizpůsobit preferencím a zájmům studenta.

• Magisterské práce

  Příprava stabilních reportérových buněčných linií pro měření signálních drah

  Školitel: Doc. Jaroslava Lieskovská, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 

  Měření aktivity transkripčních faktorů je způsobem, jak zjistit na úrovni buněčné signalizace mechanismus účinku různých testovaných látek. Transkripční faktory NF-kB, STAT1, CREB a NFAT jsou aktivovány v imunitních buňkách různými signálními dráhami. Jejich aktivitu je možné měřit pomocí tzv. duální luciferázové reportérové eseje, která je založena na měření dvou luciferázových aktivit s využitím dvou plazmidů, reportérového a referenčního. Použití stabilních reportérových buněčných linií představuje zajímavou alternativu k metodě western blotting, která se standardně k analýze signálních drah používá.  

  Metodicky projekt zahrnuje práci s buněčnými liniemi, metodu transfekce buněk s vybranými plazmidy a ověření funkčnosti získaných buněčných klonů měřením luciferázové aktivity. 

  Diverzita viru klíšťové encefalitidy v přirozených ohniscích na jihu Čech

  Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

  Virus klíšťové encefalitidy je původcem závažného onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Virus cirkuluje v přírodě mezi svými přirozenými hostiteli (zejména hlodavci) a  vektory - klíšťaty. Jednotlivé kmeny viru klíšťové encefalitidy se mohou významně lišit celou řadou vlastností, včetně patogenity pro člověka. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu viru klíšťové encefalitidy v jeho přirozených ohniscích výskytu, stanovit jejich biologické vlastnosti  a porovnat je s kmeny vyskytujícími se u pacientů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení práce seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování včetně NGS apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

  Klíšťata a klíšťaty přenášené patogeny v urbánních biotopech

  Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

  Klíšťata jsou vektory celé řady významných patogenů člověka a zvířat. Jejich výskyt není omezen jen na lesní biotopy, ale stabilní populace klíšťat můžeme najít i ve městech. Spolu s klíšťaty se do tohoto prostředí dostávají i patogeny. Vzhledem k vysoké míře aktivity člověka tyto oblasti představují potenciálně vysoké riziko pro veřejné zdraví. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu bakteriálních a virových patogenů v klíšťatech vyskytujících se v urbánních biotopech. Dále pak stanovení složení hostitelské fauny klíšťat na základě molekulárně biologické detekce hostitelské DNA ve zbytcích strávené krve a korelace druhu hostitele s výskytem patogenů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení tématu seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

  Kombinovaná aplikace genetické a psychologické selekce vhodných dobrovolníků pro studium abnormálně vysokého obsazení dopaminových D2 receptorů metodou pozitronové emisní tomografie

  Typ práce: bakalářská nebo magisterská

  Školitel: Mgr. Dagmar Riegert Bystřická, Ph.D. , Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

  Dopamin funguje v mozku jako neurotransmiter, který společně s dalšími hormony významně reguluje fyziologické a behaviorální funkce jako jsou motorické funkce, kognitivní funkce, přičemž se zcela zásadně podílí na tvorbě motivačního systému a touze po odměně. 

  Dědičná tendence směřující k časté průzkumné činnosti a intenzivnímu vzrušení v reakci na nové podněty se označuje jako chování typu novelty seeking (NS). Novelty seeking je zařazeno v inventáři povahových vlastností, tzv. Temperament and Character Inventory-Revised (TCI-R), a skládá se ze čtyř podskupin (průzkumné vrušení, impulzivnost, extravagance, neuspořádanost). Dotazník TCI-R je globálně používaný a uznávaný v psychologickém a neurobiologickém výzkumu. Jedinci, kteří mají vysoké skóre novelty seeking, jsou temepramentní, průzkumní, zvědaví, impulzivní, roztržití a snadno podlehnou nudě. Rychle se zapojí do čehokoli, co je nové a neznámé – což může vést k potenciální odměně – ať už jsou to adrenalinové sporty či návykové látky. Vysoké skóre NS je spojováno s nedostatečnou aktivitou dopaminu. 

  Ovšem vliv na produkci dopaminu má také genetika. Gen DRD2, kódující dopaminový receptor D2, je intenzivně studován v souvislosti s několika SNP. Mezi ně se řadí např. polymorfismy TaqIA a –141C Ins/Del. Polymorfismus TaqIA, respektive jeho recesivní alela A1, koreluje s o 30 % menší počtem exprimovaných D2 receptorů; alela –141C Del polymorfismu -141C Ins/Del je spojována se sníženou expresí genu DRD2. Funkci dopaminu ovlivňuje i gen COMT (katechol-O-metyltransferáza). Polymorfismus v genu COMT Val158Met zodpovídá za degradaci dopaminu, snižuje funkci tohoto enzymu až o 40 %. Zmíněné polymorfismy ovlivňující funkci dopaminu a/nebo expresi příslušných receptorů, korelují  s lidským chováním. Z tohoto důvodu je zkoumán vztah mezi novelty seeking behavior a dopaminergním systémem.

  Co se student naučí: naváže na diplomovou práci Mgr. Lindy Jandové z roku 2019, seznámí se s prací v klinické genetické laboratoři, prakticky zvládne metody izolace DNA, PCR, ELFO, PCR RFLP, real-time PCR, analýza a zpracování výsledků.

  In vitro characterization of mutations in gene PTPN11 from individuals with neurodevelopmental disorders

  Supervisor: Mgr. Michaela Fencková, Phd, Laboratory of Neurogenetics, Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

  Co-supervisor: RNDr. Petra Havlíčková

  Single gene mutations represent the leading cause of intellectual disability (ID) and autism spectrum disorder (ASD). Missense variants that result in a change of one amino acid (AA) in the protein sequence, contribute to disease risk to a similar or even greater degree than likely gene-disruptive mutations but their effect on protein structure and function is not known.

  In this project, the student will investigate de novo missense variants in gene PTPN11 that encodes a protein tyrosine phosphatase SHP2. These variants were found in individuals with ID/ASD and not in the unaffected siblings and they are predicted as pathogenic. The student will prepare recombinant SHP2 protein with and without the corresponding single AA changes and test the effect of these changes on protein phosphorylation. This will answer whether the variants affect SHP2 function and if yes, whether they increase or decrease its phosphatase activity. The project will complement the characterization of these mutations for cognitive dysfunction in our pre-clinical Drosophila model.

  Molekulární aspekty rozvoje onemocnění klíšťové encefalitidy (oblast nabízených témat)

  Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: Martin Palus (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) - Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

  Klíšťová encefalitida (KE) je závažné virové onemocnění vyvolané virem klíšťové encefalitidy (VKE). VKE je flavivirus, který je přenášen klíšťaty rodu Ixodes. Onemocnění se projevuje vysokou horečkou, nevolností, bolestmi hlavy a v těžších případech může vést k meningitidě, encefalitidě, meningoencefalitidě. Onemocnění může skončit smrtí, ale drtivé jsou i dopady postencefalického syndromu (25–50 % pacientů), který může zahrnovat: obrny, parézy, ataxie, únavy, bolesti hlavy, poruchy smyslů a kognitivních či neuropsychiatrických funkcí.

  Následky onemocnění jdou ruku v ruce se závažností akutního průběhu onemocnění. Na čem ale tento průběh závisí a proč u někoho dochází k rozvoji těžkých forem onemocnění a jiného proběhne jen formou horečky? Jak se virus dostane do mozku? Může za to sám virus, nebo je to souhra okolností? Jaké jsou molekulární faktory patogena (viru) a jaké hostitele, jež vznik a průběh onemocnění předurčují? Na tyto a další otázky můžete formou rešerše, nebo experimentu odpovědět i Vy během své kvalifikační práce.

  Porozumění těmto faktorům je důležité pro lepší diagnostiku, prevenci a léčbu klíšťové encefalitidy, ale téma má přesah i do dalších virových onemocnění (horečka denque, onemocnění zika, západonilská horečka, atd.)

  Experimentální část práce bude zaměřena na využití virologických, imunologických a molekulárních metod.

  Zaměření a rozsah práce je možné přizpůsobit. Detaily jsou dostupné na vyžádání.

  Antivirové vakcíny, detekce, diagnostika a léčba (oblast nabízených témat)

  Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: Martin Palus (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) - Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

  Spolehlivé antivirové vakcíny, detekce, diagnostika a léčba jsou klíčovými nástroji pro kontrolu a prevenci šíření virů a snížení závažnosti virových infekcí. Je důležité neustále zdokonalovat tyto strategie a vyvíjet nové metody, aby bylo možné účinně reagovat na stále se měnící virové hrozby. Naším modelovým virem je virus klíšťové encefalitidy (VKE). VKE je původcem závažného virové onemocnění centrální nervové soustavy. Vývoj a poznání v oblasti prevence a léčby tohoto onemocnění má přesah do dalších významných virových onemocnění člověka (horečka denque, onemocnění zika, západonilská horečka, atd.) Proti viru klíšťové encefalitidy dosud neexistuje specifická léčba, dříve dostupná léčba s sebou nesla řadu kontroverzí a nejasností. S odstupem času a s novými poznatky se naskýtají možnosti vývoje terapeutických protilátek proti tomuto viru a možnosti léčby. V současné době existuje velmi účinná vakcína, nicméně moderní metody umožňují řadu zlepšení.

  Pokud Vás problematika zajímá můžete se do jejího řešení zapojit formou rešerše, nebo i experimentálně ve své kvalifikační práci pod vedením zkušených pracovníků z Laboratoře arbovirologie.

  Experimentální část práce bude využívat virologických, imunologických, molekulárních a genetických metod.

  Konkrétní zaměření a rozsah práce jsou dostupné na vyžádání.

  Detekce viru Alongshan v klíšťatech Ixodes ricinus

  Typ práce: Bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: RNDr. Jan Kamiš (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.).

  Virus Alongshan je recentně popsaný segmentovaný virus patogenní pro člověka, který byl poprvé detekován u pacienta s horečnatým onemocněním v Mongolsku v roce 2017. Onemocnění způsobené tímto virem je svým průběhem podobné klíšťové encefalitidě, a i v tomto případě jsou vektory viru klíšťata rodu Ixodes. Recentní studie rovněž potvrzují zoonotický potenciál viru, vzhledem k jeho výskytu u hospodářských zvířat. Virus Alongshan byl dosud detekován i v Evropě, kde byl nalezen nejen v klíšťatech, ale i hospodářských zvířatech v Německu, Švýcarsku, Finsku i Rusku.

  Cílem bakalářské nebo magisterské práce bude detekovat a charakterizovat recentně popsaný virus Alongshan v klíšťatech Ixodes ricinus z vybraných lokalit České republiky​. Práce bude realizována ve virologické laboratoři úrovně biologické bezpečnosti 2 (BSL2), kde se student naučí řadu široce uplatnitelných molekulárně biologických a virologických metod (práce s infekčním agens, zpracování klíšťat, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, PCR, WGS sekvenování, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace, IFAT apod.). Získané výsledky budou vyhodnoceny statistickými a fylogenetickými metodami. Rozsah tématu je možné přizpůsobit preferencím a zájmům studenta.

  Hmyzožravci jako rezervoáry virů​

  Typ práce: Bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

  Školitel: RNDr. Jan Kamiš (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.).

  Z pohledu patogenů jsou hmyzožravci méně studovanou skupinou, přitom mohou být přenašeči řady zoonotických virových agens patogenních pro člověka. Cílem bakalářské nebo magisterské práce bude detekovat a charakterizovat viry z rodů Orthobornavirus a Orthohantavirus v kadáverech rejsků a bělozubek nalezených v České republice. Bornaviry jsou původci závažné lidské bornavirové encefalitidy, která může být často smrtelná. Rejskovití mohou přenášet i své hantaviry, ty však pro člověka patogenní nejsou, ale se zdá, že mají pozoruhodnou genetickou stabilitu i široký areál výskytu.

  Student se naučí práci s infekčním materiálem ve virologické laboratoři úrovně biologické bezpečnosti 2 (BSL2), včetně pitev kadáverů, zejména náhodně nalezených rejsků a bělozubek. Orgány dále zpracuje a následně z nich pomocí molekulárně biologických a virologických metod vyizoluje, detekuje a charakterizuje zmíněné viry. Student si osvojí izolaci RNA, reverzní transkripci, qPCR, PCR, WGS sekvenování, izolaci viru na buněčných kulturách, plakovou titrace apod.). Získané výsledky budou vyhodnoceny statistickými a fylogenetickými metodami. Rozsah tématu je možné přizpůsobit preferencím a zájmům studenta.

• Disertační práce

  Impact of viral NS1 protein on pathogenesis of tick-borne encephalitis

  Typ práce: disertační

  Školitel: Martin Palus (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) - Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

  Virus klíšťové encefalitidy je původcem závažného onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Virový nestrukturní protein 1 (NS1) je vysoce konzervovaný flavivirový protein. Dimer NS1 (mNS1) se váže na membránu endoplazmatického retikula, kde se podílí na replikaci viru, nebo na plazmatickou membránu. NS1 je také sekretován z infikované buňky jako hexamer (sNS1), který hraje důležitou roli v patogenezi onemocnění. Role sNS1 v patogenezi byla blíže charakterizována pro flaviviry přenášené komáry jako virus dengue nebo virus západonilské horečky. sNS1 protein z viru dengue zvyšuje propustnost vaskulárních endotelových buněk a způsobuje poškození cévních stěn. Podílí se na úniku viru před imunitním systémem a indukuje produkci prozánětlivých cytokinů a chemokinů, které přispívají k rozvoji imunopatologie. V současné době je flavivirům přenášenými komáry a jejich sNS1 proteinu věnována soustavná pozornost, avšak zcela chybí informace o roli sNS1 v patogenezi klíšťové encefalitidy. Práce bude cílit na dynamiku sekrece NS1 během patogeneze s ohledem na replikaci viru, pomocí in vitro modelu lidských primárních buněk a in vivo myšího modelu. Dále na popsání efektu NS1 na propustnost hematoencefalické bariéry u lidských a myších primárních buněk mozku. Výsledky této práce umožní lepší porozumění mezi interakcemi VKE a hematoencefalickou bariérou, které jsou klíčové pro infekci mozku, ale také celkové role NS1 proteinu v patogenezi. Pochopení mechanismů patogeneze VKE je stěžejní pro vývoj specifické antivirové terapie.

  Detaily práce jsou dostupné na vyžádání.

  Tick-borne encephalitis virus interactions with neurovascular unit cells at the cellular and molecular level

  Typ práce: disertační

  Školitel: Martin Palus (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) - Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

  Klíšťová encefalitida je jednou z nejvýznamnějších arbovirových infekcí centrální nervové soustavy člověka. Pro rozvoj neurologických forem klíšťové encefalitidy je nezbytné překročení hematoencefalické bariéry (HEB). Přesný mechanismus, kterým VKE proniká do mozkového parenchymu není znám, v úvahu však, mimo jiné, připadá hematogenní cesta skrze infekci mikrovaskulárních endoteliálních buněk mozku. Po překročení bariéry se virus replikuje v přiléhajících pericytech, astrocytech a dalších nervových buňkách, které společně utvářejí tzv. neurovaskulární jednotku. Infekce neurovaskulární jednotky vede k produkci široké škály prozánětlivých mediátorů a metaloproteináz s potenciálem poškodit integritu HEB. Bude sestaven 3D modelu HEB s použitím lidských primárních buněk (mikrovaskulární endoteliální buňky mozku, pericyty, astrocyty, mikroglie, neurony), jenž poskytne komplexní vhodné experimentální prostředí pro studium intercelulárních interakcí v průběhu infekce VKE a jejich vlivu na integritu HEB. Imunopatologické reakce v centrální nervové soustavě a klinický průběh klíšťové encefalitidy se liší v závislosti na konkrétním kmenu viru. Změny v permeabilitě HEB budou studovány za použití různých kmenů VKE k infekci myší, které v současné době stále představují nejlepší in vivo model pro studium komplexních systemických reakcí.

  Detaily práce jsou dostupné na vyžádání.

Katedra medicínské biologie

Studium

• Nabídka témat

• Studijní materiály

Studium na KME

• Organizace studia na KME

  Obecné informace

  Všechny nezbytné informace, týkající se povinností a práv studentů PřF, naleznete v opatření děkana č. D 48:

  • https://www.prf.jcu.cz/cz/fakulta/dokumenty/opatreni-dekana/opatreni-dekana-tykajici-se-studentu/d48

  Studium na PřF JU CB se řídí platným Studijním řádem JU:

  • https://www.jcu.cz/images/UNIVERZITA/Dokumenty/vnitrni-predpisy-JU/studijni-a-zkusebni-rad-jihoceske-univerzity-v-ceskych-budejovicich-pdf.pdf

  Organizace školního roku se řídí akademickým kalendářem pro daný školní rok.

  Harmonogram akademického roku

  • https://www.prf.jcu.cz/studium/informace-pro-studenty-prf-ju/kalendar-akademickeho-roku.html

  Všechny tři dokumenty podrobně popisují organizaci, podmínky a průběh studia, zkoušek a zápočtů, povinnosti a práva studentů JU. Je proto velmi žádoucí si oba dokumenty prostudovat, případně hledat odpovědi na své otázky přímo v těchto dokumentech.

• Seznam přednášejících

  Katedra zajišťuje výuku většiny povinných předmětů bakalářského oboru BMLT i magisterského oboru Klinická biologie. Kurzy jsou vyučovány akademickými i klinickými pracovníky.

  Jméno a specializace	Pracoviště	Telefon/E-mail	Místnost
  BROŽ Pavel, MUDr. Klinická biochemie	Fak. nemocnice Plzeň	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 377 104 243
  BYSTŘICKÁ Dagmar, Mgr., Ph.D. Lékařská genetika	GENLABS s.r.o.	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 603 286 725
  EYER, Luděk, Mgr., Ph.D. Mikrobiální diagnostika	VÚVeL Brno	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 777 781 911
  CHMELAŘ Jindřich, RNDr., Ph.D. Imunologie, zánět	PřF JU	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. *6278	C-02-061
  CHMELÍK Václav, prim., MUDr. Infekční lékařství	Nemocnice ČB	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 387 874 601
  JANOVSKÁ Radmila, MUDr. Histologie, Patologická anatomie	Nemocnice ČB	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 387 873 466
  JIRKŮ-POMAJBÍKOVÁ Kateřina, MVDr. Ph.D. Imunologie parazitóz, funkční anatomie	PaÚ BC AV ČR	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. *5470
  KOPECKÝ Jan, prof. RNDr., CSc. Imunologie, Imunologie viróz a parazitóz	PřF JU	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. *6274	C-02-038
  KOVÁŘ Jan, RNDr., CSc. Metabolizmus lipoproteinů, Ateroskleróza	IKEM	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 236 053 369
  LANGHANSOVÁ Helena, RNDr., Ph.D. Imunologie, pokusná zvířata v biomedicínském výzkumu	PřF JU	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. *6291	C-02-039
  LIESKOVSKÁ Jaroslava, Mgr., Ph.D. Molekulární imunologie, Virologie	PřF JU	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. *6291	C-02-039
  POLÁKOVÁ Simona, Mgr. Biostatistika		Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 605 430 008
  RŮŽEK Daniel, doc. RNDr., Ph.D. Lékařská virologie	VÚVeL Brno	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 777 786 218
  SUMOVÁ Alena, PharmDr., CSc., DSc. Biorytmy člověka	FGÚ AV ČR, Praha	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 241 062 528
  ŠTĚRBA Jan, RNDr., Ph.D. Farmakologie a toxikologie	PřF JU	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. *6220	C-01-008
  VERNER Miroslav, prim. MUDr. Klinická biochemie	Nemocnice ČB	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.  387 873 500
  VONDRÁKOVÁ Jana, MUDr., Ph.D. Laboratorní hematologie	Nemocnice ČB	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 387 873 558, 387 873 581
  VONKE Ivan, prim. MUDr. Klinická hematologie	Nemocnice ČB	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 387 873 561
  VOSÁTKOVÁ Michala Klinická endokrinologie, Patofyziologie	EÚ Praha	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 224 905 244
  WEYDA František, doc. RNDr, CSc. Morfologie a histologie členovců, elektronová a světelná mikroskopie	PřF JU	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 606 651 179
  ŽAMPACH Pavel, MUDr. Klinická imunologie	Nemocnice ČB	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 387 873 611
  ŽAMPACHOVÁ Eva, MUDr. Lékařská mikrobiologie	Strongwest, a.s., ČB	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 607 854 614
  ŽENKA Jan, RNDr., CSc. Imunoterapie nádorů	PřF	Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. *6274, 774 550 724	C-02-038

• Zajišťované kurzy

  V odkazech naleznete podrobné informace o všech kurzech, které zajišťuje Katedra medicínské biologie a seznam všech přednášek na PřF, jak jsou nabízené jednotlivými katedrami a ústavy v rámci studijních programů.

  • Seznam kurzů zajišťovaných KME - 2023/2024
  • Seznam přednášek na PřF JU CB

  Kód	Název	Kód	Název
  KME / 060	Lékařská parazitologie pro klin. biology	KME / 614	Metody studia buňky
  KME / 062	Statistika v preklin. a klin. výzkumu	KME / 615	Cell Line Cultures in Vitro
  KME / 065	Metody mikrobiální diagnostiky	KME / 625	Fotografické techniky II.
  KME / 066	Terapie nádorů pro bakaláře	KME / 721	Klinická imunologie
  KME / 074	Terapie nádorů pro magistry	KME / 722	Klinická biochemie II
  KME / 082	Virology	KME / 723	Immunology
  KME / 084	Molek. diag. metody v lék. genetice	KME / 724	Laboratorní hematologie
  KME / 085	Základy medicínské biologie	KME / 725	Biorytmy člověka
  KME / 085E	Introduction into biomedicine	KME / 726	Hematologie II.
  KME / 086	Pokusná zvířata v biomedicínském výzkumu	KME / 729	Infekční lékařství
  KME / 087	Molekulární imunologie	KME / 738	Praxe v klinické laboratoři I.
  KME / 087E	Molecular immunology	KME / 739	Praxe v klinické laboratoři II.
  KME / 179	Seminář mag. oborů - klinická biologie	KME / 740	Histologie
  KME / 213	Základy funkční anatomie člověka	KME / 742	Patologická anatomie
  KME / 216	Imunologie	KME / 743	Klinická biochemie
  KME / 306	Fotografické techniky I.	KME / 744	Trendy v biomedicíně
  KME / 310	Bioanalýza v lékařské diagnostice	KME / 745	Biomedicínská laboratorní praxe
  KME / 481	Lékařská mikrobiologie	KME / 746	Výživa člověka
  KME / 501	Imunologie parazitóz	KME / 747	Patofyziologie
  KME / 603	Lékařská virologie	KME / 748	Farmakologie a toxikologie
  KME / 606	Kultivace živočišných buněk a tkání

• Praxe

  V průběhu bakalářského i magisterského studia je student povinen absolvovat 3 praxe v některé z klinicky či diagnosticky zaměřených (např. v laboratoři klinické biochemie, histopatologie, mikrobiologie, imunologie, cytogenetiky či jiných podobných oborů). Po dohodě s vedoucím katedry je možné navštěvovat i jinak specificky zaměřené laboratoře. Cílem praxí je seznámení studentů s běžným pracovním chodem laboratoří a používanými laboratorními postupy.

  Během bakalářského studia mají studenti povinnost absolvovat Biomedicínskou laboratorní praxi (KME/745) (doba trvání praxe je 8 dní) a Praxi v klinické laboratoři I. (KME/738) (doba trvání praxe je 10 dní). V magisterském studiu studenti absolvují Praxi v klinické laboratoři II. (KME/739) (doba trvání opět 10 dní).

  Místo konání praxe si studenti zajišťují sami dle vlastního výběru. V Českých Budějovicích mohou studenti absolvovat praxe například v Nemocnici České Budějovice nebo v některé ze soukromých zdravotnických laboratoří. Praxi je možné absolvovat i v jiné zemi EU. Zaměření pracovišť, kde student absolvuje Biomedicínskou laboratorní praxi a Praxi v klinické laboratoři I se musí lišit, je tedy možné absolvovat obě praxe ve stejné instituci, ale nikoliv na stejném oddělení. Není možné absolvovat praxi ve výzkumné laboratoři (např. nelze započíst práci v laboratořích BC AV ČR v rámci diplomové praxe).

  Nejpozději dva měsíce před plánovaným začátkem praxe (nejlépe však na začátku semestru, ve kterém student plánuje praxi absolvovat) je nutné kontaktovat Hanu Sýkorovou (ekonomický útvar, budova C, Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript., +420 389 036 201) a přes fakultu zařídit příslušné pojištění.

  Pro získání zápočtu je potřeba garantovi předmětu (uveden ve STAGu) odevzdat ke schválení potvrzení o absolvování praxe. Jako potvrzení o absolvování praxe není dostačující smlouva mezi fakultou a příslušnou laboratoří. 

• Katedrové semináře

  Studenti oborů Biomedicínská laboratorní technika, Klinická biologie a Infekční biologie prezentují své bakalářské, magisterské a dizertační práce na katedrových seminářích, které běží v zimním i v letním semestru. Katedrové semináře se konají v rámci kurzu Seminář magisterských oborů – Klinická biologie.

  - Bakalářští studenti mají povinnost prezentovat průběh a výsledky své bakalářské práce minimálně dvakrát za studium, což odpovídá 1 x za rok od zadání bakalářské práce. Prezentace je požadována v českém jazyce v délce max. 20 minut včetně diskuze. U bakalářů je prezentace výsledků nebo rešerše podmínkou k získání zápočtu z kurzu  KME/890, reps. KME/891.

  - Magisterští studenti mají povinnost prezentovat svou diplomovou práci jedenkrát za rok. Prezentace (slidy) jsou požadovány v anglickém jazyce, projev v českém jazyce. Maximální délka prezentace je 20 minut včetně diskuze. Současně si magisterští studenti v semestru, ve kterém budou prezentovat na semináři, zapisují předmět KME/179 (Seminář mag. oborů - Klinická biologie) a mají povinnost se seminářů účastnit (je vedena docházka s tolerancí max. 3 absence).

  - Doktorandští studenti mají povinnost prezentovat pokroky a výsledky své disertační práce také jedenkrát za rok. Prezentace (slidy) i projev jsou požadovány v anglickém jazyce v délce max. 30 minut včetně diskuze

   V případě, že studenti budou obhajovat svoji práci na jiné katedře či ústavu než KME, budou muset průběh a výsledky své práce prezentovat na semináři příslušné katedry, na které budou obhajovat. Prezentace na semináři KME je však třeba stále.

  ---

  Požadavky na strukturu prezentace:

  1. Úvod / Introduction

  • uvedení do problematiky studentské práce, tj. shrnutí současných poznatků o dané problematice v návaznosti na cíl/cíle studentské práce
  • tyto poznatky by měly pocházet z vědecké literatury (peer-review časopisů)
  • požadavky na počty použité literatury v úvodu:
    • bakalářský student– min. 5 vědeckých článků, v případě rešeršní práce min. 15-20 vědeckých článků
    • magisterský student – min. 8 vědeckých článků
    • doktorandi – dle uvážení 

  2. Cíle / Aims

  • výstižně a jasně formulovaný cíl nebo cíle práce 

  3. Materiál & metodika / Material & methods

  • výstižné shrnutí použitých metod 

  4. Závěry / Conclusions

  • shrnutí výstupů práce a nových poznatků v návaznosti na cíle práce 

  5. Poděkování / Acknowledgement

• Zdravotnická akreditace

  Co je zdravotnická akreditace?
  Zdravotnická akreditace je nutná pro výkon zdravotnických povolání a umožňuje absolventovi být zaměstnán v nemocnicích a jiných zdravotnických zařízeních. Akreditace se týká přibližně 40-ti zákonem definovaných zdravotnických nelékařských povolání. Studentů a absolventů oborů zajišťovaných KME, tj. oborů Biomedicínská laboratorní technika (BMLT) a Klinická biologie (KB) se týká odst. 1b §26 Zákona č. 96/2004 Sb., který definuje možnosti získání zdravotnické akreditace pro výkon povolání "Odborný pracovník v laboratorních metodách".

  ---

  Výňatek ze Zákona č. 96/2004 Sb. §26:

  (1) Odborná způsobilost k výkonu povolání odborného pracovníka v laboratorních metodách a v přípravě léčivých přípravků se získává absolvováním

  a) akreditovaného zdravotnického magisterského studijního oboru pro přípravu odborného pracovníka v laboratorních metodách, nebo

  b) akreditovaného magisterského studijního oboru přírodovědného zaměření a akreditovaného kvalifikačního kurzu odborné zdravotnické laboratorní metody nebo akreditovaného kvalifikačního kurzu laboratorní metody v asistované reprodukci nebo akreditovaného kvalifikačního kurzu výroba, příprava a kontrola léčivých přípravků nebo

  c) akreditovaného magisterského studijního oboru přírodovědného, elektrotechnického nebo matematicko-fyzikálního zaměření a akreditovaného kvalifikačního kurzu odborné laboratorní metody v ochraně a podpoře veřejného zdraví.

  Studentů oboru Klinická biologie se týkají tučným písmem zvýrazněné pasáže.

  ---

  Mají obory BMLT a KB zdravotnickou akreditaci?
  Vzhledem k zákonem stanoveným podmínkám není prakticky možné získat zdrav. akreditaci pro studijní obor bez spolupráce s fakultní nemocnicí, která, bohužel, v Českých Budějovicích chybí. Studijní obory BMLT a KB proto nemají zdravotnickou akreditaci, nicméně tato situace je řešena absolvováním akreditovaného kurzu po úspěšném ukončení magisterského studia (viz níže).

  Pozn. V současné době v ČR není nabízen akreditační kurz, který by vedl k získání zdrav. akreditace po absolvování pouze bakalářského studia. Takový kurz by umožňoval vykonávat regulované povolání "Zdravotní laborant". Vzhledem k tomu, že akreditovaný obor Zdravotní laborant je nabízen na mnoha zdravotnicky zaměřených fakultách v ČR, včetně ZSF JU CB v Českých Budějovicích, není po takovémto akreditačním kurzu poptávka. Absolventi bakalářského oboru Biomedicínská laboratorní technika proto NEMOHOU vykonávat regulované povolání Zdravotní laborant, ani nemají možnost absolvovat příslušný akreditační kurz! Je nutné, aby dokončili magisterské studium, nejlépe v oboru Klinická biologie.

  Jak je tato situace řešena na PřF JU?
  Studentům oboru Klinická biologie na PřF JU hradí fakulta poplatek za akreditační kurz, jenž je pořádán každoročně Přírodovědeckou fakultou Univerzity Karlovy v Praze (pozn. tento kurz nahrazuje dříve hrazený akreditační kurz pořádaný Institutem postgraduálního vzdělávání ve zdravotnictví, který již v současné době hrazen není). Příspěvek fakulty je realizován formou mimořádného stipendia pro studenty končící magisterský studijní obor Klinická biologie. Studenti musí na začátku kalendářního roku nahlásit vedoucímu katedry, že mají v úmyslu v daném roce (nebo v lednu roku následujícího) ukončit studium a před ukončením studia osobně požádat vedoucího katedry o vypsání mimořádného stipendia. Po ukončení studia již studentovi mimořádné stipendium nelze vyplatit.

Bakalářské studium

• Obor Laboratorní a medicínská biologie

  Garant programu:

  • RNDr. Jindřich Chmelař, Ph.D., e-mail: Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript., telefon: 387 776 278, Více o garantovi

  Laboratorní a medicínská biologie je moderní studijní program zaměřený na porozumění principům fungování lidského těla včetně jeho patologií, a to na molekulární, buněčné, tkáňové, orgánové i organizmální úrovni. Studenti se seznámí s biomedicínou, jako s dynamicky se rozvíjejícím vědním oborem a zároveň se zásadami a postupy laboratorní diagnostiky a bioanalýzy. Program poskytuje znalosti a dovednosti, které umožňují prakticky provádět celou řadu metod v biologických či biomedicínských laboratořích. Do výuky klinicky zaměřených předmětů jsou zapojeni lékaři a odborníci z nemocniční laboratorní praxe, čímž je zajištěna reflexe nejnovějších trendů v lékařské diagnostice. Studenti programu mohou vykonávat praxi ve spolupracujících laboratořích. Budou získávat teoretické znalosti v organické a fyzikální chemii a biochemii, molekulární a buněčné biologii, genetice či imunologii, to vše s důrazem na klinické aspekty těchto vědních oborů. Dále si osvojí praktické dovednosti v molekulárně biologické, biochemické a imunologické laboratoři, bude umět analyzovat, statisticky vyhodnotit a interpretovat data získaná vlastním měřením. Významná část studia je věnována samostatné tvůrčí vědecké práci, při níž se student naučí orientovat se ve vědecké literatuře, získávat data z dostupných databází, a v případě experimentální práce bude rozvíjet laboratorní dovednosti. Absolventi programu se uplatní ve výzkumných laboratořích zaměřených na základní i preklinický biomedicínský výzkum. Po absolvování příslušného akreditačního kurzu studenti mohou vykonávat regulované povolání zdravotní laborant. Mohou pracovat v diagnostických i jiných soukromých laboratořích jako vysoce kvalifikovaní laboranti. Absolventi také mají možnost dále pokračovat v navazujícím magisterském programu Klinická biologie, který dále prohloubí jejich znalosti a praktické dovednosti v oblasti medicínské biologie.

  Profil absolventa

  Naučíte se:

  • využívat znalosti organické a fyzikální chemie, molekulární a buněčné biologie a genetiky,
  • ovládat manipulaci s buněčnými kulturami a připravovat vzorky a roztoky,
  • zvládat nejmodernější metody založené na analýze nukleových kyselin a proteinů,
  • analyzovat, interpretovat a vyhodnotit získaná data.

  Uplatníte se například jako:

  • zdravotní laborant v diagnostických i jiných soukromých laboratořích jako vysoce kvalifikovaní laboranti a laboratorní technici.

  Studijní plán pro bakalářský program LMB ZDE.

  Přijímací řízení

  Kritériem k přijetí je úplné středoškolské vzdělání s maturitou a splnění podmínek podle každoročního Rozhodnutí děkana PřF JU o přijímání uchazečů do bakalářských studijních programů. 

   

• Bakalářská práce

  Do konce čtvrtého semestru studia v bakalářském studijním programu je student povinen ve spolupráci se školitelem zvolit téma bakalářské práce a odevzdat na studijní oddělení zadávací protokol bakalářské práce opatřený všemi potřebnými podpisy (formulář ke stažení ZDE). V pátém semestru nejpozději musí mít student zapsán kurz Bakalářská diplomová praxe I. (FBI/890). V navazujícím semestru si student zapisuje kurz Bakalářská diplomová praxe II. (FBI/891). Pokud student prodlužuje studium, zapisuje si kurz Bakalářská diplomová praxe (FBI/893).

   I přesto, že je student povinen zvolit téma do konce čtvrtého semestru, doporučuje se, aby bylo téma bakalářské práce zvoleno co nejdříve a to především z důvodu časové náročnosti některých prací (netýká se to pouze experimentálních prací, dostatečné množství času je potřeba i pro kvalitní zpracování rešeršních témat).

  Téma bakalářské práce si shání každý student sám dle svého zájmu. Práci lze vypracovávat jak pod vedením školitele přímo z KME, tak i na některém ze spolupracujících ústavů (Biologické centrum AV ČR, Katedra chemie Přf JU, aj.). Možné jsou také bakalářské práce vedené externími školiteli např. z Nemocnice České Budějovice. V případě externích školitelů je doporučeno věnovat zvýšenou pozornost formální stránce práce, aby nedošlo k případným nedorozuměním způsobeným odlišnými požadavky kladenými na práci ze strany Přf JU a školitele (více o formálních požadavcích na bakalářské a diplomové práce naleznete v Opatřením proděkana pro studium o předkládání bakalářských a diplomových prací na PřF JU).

  Základní rady, jak správně postupovat při psaní práce a nejčastější chyby, kterým je třeba se vyhnout, naleznete shrnuté v přiložené prezentaci.

  O průběhu přípravy a dílčích výsledcích bakalářské práce student referuje nejméně jedenkrát za studium na katedrovém semináři (viz Semináře KME).

  V případě, že studenti budou obhajovat svoji práci na jiné katedře či ústavu než KME, mohou průběh a výsledky své práce prezentovat na semináři příslušné katedry, na které budou obhajovat. Tuto skutečnost je třeba nahlásit vedoucímu KME.

  Bakalářskou práci odevzdává student v příslušném termínu (viz Kalendář akademického roku). Na studijní oddělení student odevzdá jednu vytištěnou stránkou s anotací. Před odevzdáním jsou studenti povinni nahrát elektronickou verzi do databáze STAG.

  • Opatření proděkana o předkládání bakalářských a diplomových prací

  • Jak na bakalářskou či diplomovou práci

• Státní závěrečná zkouška

  Státní závěrečná zkouška (SZZ) v bakalářském stupni studia BMLT se skládá z obhajoby bakalářské práce a ze zkoušky ze tří předmětů (předmětových okruhů), kdy student skládá povinně zkoušku z předmětu Biomedicínská laboratorní technika, další dva předměty vybírá ze čtveřice: (2) Biologie člověka (3) Buněčná biologie a genetika (4) Fyziologie a vývojová biologie živočichů a rostlin (5) Biologická chemie

  Okruhy zkoušek:

  • (1) Biomedicínská laboratorní technika (KME 216 Imunologie, KME 743 Klinická biochemie)
  • (2) Biologie člověka (KME 085 Základy medicínské biologie, KME 213 Základy funkční anatomie člověka)
  • (3) Buněčná biologie a genetika (KMB 240 Genetika, KMB 023 Základy buněčné biologie)
  • (4) Fyziologie a vývojová biologie živočichů a rostlin (KZO 230 Fyziologie živočichů a člověka, KEBR 220 Fyziologie rostlin, KZO 212 Vývojová biologie)
  • (5) Biologická chemie (UCH 036 Biochemie, UCH 031 Obecná a fyzikální chemie pro biology, UCH 032 Organická chemie pro biology)

  Student je z jednotlivých okruhů zkoušen zvlášť. Otázky k jednotlivým předmětovým okruhům jsou uvedeny na konci stránky.

  Obhajoba bakalářské práce probíhá před komisí formou prezentace dlouhé maximálně 15 minut, během níž student představí svou bakalářskou práci a poté zodpoví dotazy oponenta, zkušební komise, případně publika.

  Ke státním zkouškám a obhajobám se studenti přihlašují písemně. Na studijní oddělení v termínech uvedených v akademickém kalendáři pro daný akademický rok odevzdají vyplněnou přihlášku k obhajobě bakalářské práce a k SZZ a odevzdají potřebný počet výtisků práce.

  Tři pracovní dny před SZZ musí mít student uzavřený index (kontrola studia na studijním oddělení).

  Otázky k SZZ - BMLT (imunologie)

  Otázky k SZZ - BMLT (klinická biochemie)

  Otázky k SZZ - Fyziologie živočichů a rostlin

  Otázky k SZZ - Biologická chemie (Biochemie), aktualizované 2022 

  Otázky k SZZ - Biologická chemie (Obecná a fyzikální chemie pro biology) 

  Otázky k SZZ - Buněčná biologie a genetika_2019

  Otázky k SZZ - Biologie člověka

  Read more

Magisterské studium

• Obor Klinická biologie

  Garant programu:

  Prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc.

  

  E-mail: Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

  Telefon: 387 776 274

  Více o garantovi

  Stručně o programu Klinická biologie  

  Magisterský studijní program Klinická biologie umožňuje získat množství teoretických znalostí i praktických dovedností a uplatnit je v praxi při provádění složitých metodických postupů v širokém spektru laboratoří, včetně nejmodernějších diagnostických a analytických metod. Absolvent Klinické biologie je schopen interpretovat a integrovat výsledky jednotlivých laboratorních nálezů a může proto nalézt uplatnění na vedoucích místech klinických či diagnostických laboratoří (virologie, lékařská genetika, klinická biochemie apod.). Na program Klinická biologie je možné navázat doktorským studiem a pokračovat ve vědecké práci. Studijní program Klinická biologie nemá zdravotnickou akreditaci, tuto kvalifikaci je možné získat absolvováním akreditovaného kvalifikačního kurzu „Odborné zdravotnické laboratorní metody“. Více o zdravotnické akreditaci ZDE.

• Diplomová práce

  Téma diplomové práce v navazujícím magisterském studijním programu si všichni studenti volí během prvního semestru studia a na studijní oddělení odevzdávají vyplněný zadávací protokol magisterské práce opatřený všemi potřebnými podpisy (formulář ke stažení ZDE). Téma diplomové práce může (ale nemusí) navazovat na bakalářskou práci.

  Magisterská diplomová práce musí být, na rozdíl od bakalářské práce, experimentální. Je možné zpracovat klinické téma, kdy student důkladně a za použití vhodných statistických metod vyhodnotí klinická data pacientů. Příklad takovéto diplomové práce ZDE.

  V případě externích školitelů je doporučeno věnovat zvýšenou pozornost formální stránce práce, aby nedošlo k případným nedorozuměním způsobeným odlišnými požadavky kladenými na práci ze strany Přf JU a školitele (více o formálních požadavcích na bakalářské a diplomové práce naleznete v Opatřením proděkanky pro studium P1 o předkládání bakalářských a diplomových prací na PřF JU (https://www.prf.jcu.cz/data/files/8/81/151/2591opap1nove.pdf)).

  O přípravě diplomové práce student referuje nejméně jedenkrát za rok na katedrovém semináři.

  Magisterští studenti mají povinnost prezentovat svou diplomovou práci jedenkrát za rok. Současně si magisterští studenti v semestru, ve kterém budou prezentovat na semináři, zapisují předmět KME/179 (Seminář mag. oborů - Klinická biologie).

  V případě, že studenti budou obhajovat svoji práci na jiné katedře či ústavu než KME, mohou průběh a výsledky své práce prezentovat na semináři příslušné katedry, na které budou obhajovat. Tuto skutečnost je třeba nahlásit vedoucímu KME.

  Diplomovou práci odevzdává student v příslušném termínu (viz Kalendář akademického roku). Na studijní oddělení student odevzdá jednu vytištěnou stránkou s anotací. Před odevzdáním jsou studenti povinni nahrát elektronickou verzi do databáze STAG.

  • Opatření proděkana o předkládání bakalářských a diplomových prací
  • Jak na bakalářskou či diplomovou práci

  Read more

• Státní závěrečná zkouška

  Státní závěrečná zkouška (SZZ) v magisterském stupni studia se skládá z obhajoby diplomové práce a ze zkoušky ze tří okruhů, kdy student skládá povinně zkoušku z Obecné biologie, Klinické biologie a poté si volí jeden okruh z výběru šesti možných okruhů (Buněčná a molekulární biologie, Farmakologie, Hematologie, Imunologie, Klinická biochemie, Mikrobiologie). Na rozdíl od bakalářské zkoušky je student zkoušen ze všech tří okruhů najednou a k magisterské zkoušce nejsou žádné předem stanovené zkušební otázky. Zkouška trvá cca 30 minut.

  Ke státní zkoušce a k obhajobě se studenti přihlašují písemně - na studijní oddělení v termínech uvedených v akademickém kalendáři pro daný akademický rok odevzdají vyplněnou přihlášku k obhajobě diplomové práce a k SZZ a odevzdají předepsaný počet výtisků práce.

  Nejpozději tři pracovní dny před SZZ musí mít student uzavřený index (kontrola studia na studijním oddělení). V případě, že student absolvoval některé z povinných či povinně volitelných předmětů (netýká se předmětů vstupního minima!) již v průběhu bakalářského studia, je potřeba podat prostřednictvím studijního oddělení žádost o uznání těchto předmětů.

  Obhajoba diplomové práce probíhá před komisí, před níž student během maximálně 20-ti minut představí svou diplomovou práci, zodpoví na dotazy dvou oponentů a dotazy komise, případně publika.

Doktorské studium

• Obor Infekční biologie

  Infekční biologie

  Garant oboru: 

  Prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc.

  Kontakt: tel. 387776274

  e-mail: Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

  více o garantovi

  Spolupracující instituce: Biologické centrum AV ČR, v.v.i. – Parazitologický ústav

  Charakteristika oboru Infekční biologie

  V říjnu 2013 získala Přírodovědecká fakulta JU akreditaci nového doktorského studijního oboru Infekční biologie v rámci studijního programu Biologie. Akreditace je výsledkem dlouhodobé snahy Katedry medicínské biologie zajistit studentům magisterského programu Klinická biologie možnost pokračovat ve studiu biomedicíny v doktorském studijním programu. Akreditační žádost vznikla na základě spolupráce mezi Přírodovědeckou a Zdravotně sociální fakultou JU, na nabízených přednáškách pro doktorandy se podílejí pedagogičtí pracovníci obou fakult.

  Doktorský studijní obor Infekční biologie je orientován na diagnostiku, kliniku, imunologii a epidemiologii infekčních nemocí a ekologii infekčních agens. Odráží potřebu připravit odborníky zejména pro včasnou diagnostiku emergentních infekčních nákaz. Důležitou součástí znalostí, které získají budoucí doktorandi, jsou oblasti, v nichž biologie spolupracuje s medicínou – především imunologie, molekulární biologie, biochemie či parazitologie. Další oblastí je výzkum vlivu přenašečů závažných lidských onemocnění na imunitní odpověď hostitele. Studium imunoterapeutických možností nádorových onemocnění také patří mezi možné tematické okruhy pro dizertační práce.

  Okruhy témat doktorských prací

  Studium možností nádorové imunoterapie, imunopatogeneze viru klíšťové encefalitidy, molekulární epidemiologie vyznamných vektory přenášených a zoonotických nákaz, molekulární a biochemická charakterizace proteinů z přenašečů závažných chorob, vliv proteinů klíštěcích slin na buňky přirozené imunity, funkční analýza proteinů viru ťahyňa, vícečetná prostorová imunolokalizace antigenů pomocí elektronové mikroskopie

  Oborová rada programu infekční biologie

  Prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc. (Přf JU, BC AV ČR, v.v.i. – PaÚ Č. Budějovice) – (předseda)
  Doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc. (PřF JU, Č. Budějovice)
  MUDr. Jozef Filka, Ph.D. (ZSF JU, Č. Budějovice)
  Prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc. ((PřF JU, BC AV ČR, v.v.i. – PaÚ Č. Budějovice)
  Prim. MUDr. Václav Chmelík, (Nemocnice Č. Budějovice a.s.)
  Doc. MUDr. Květoslava Kotrbová, Ph.D. (ZSF JU Č. Budějovice)
  Doc. MUDr. Ladislav Machala, Ph.D. (3. LF UK Praha)
  Prof. RNDr. Ludmila Prokešová, CSc. (Ústav imunologie a mikrobiologie, 1. LF UK Praha)
  Doc. RNDr. Miroslav Šíp, DrSc. ( ZSF JU, Č. Budějovice)
  Prim. MUDr. Miroslav Verner ( Nemocnice Č. Budějovice)
  Doc. RNDr. Jan Votýpka, Ph.D. (PřF UK, Praha)

• Povinnosti doktoranda

  Všechny nezbytné informace, týkající se povinností a práv studentů studujících v doktorských studijních programech na PřF JU naleznete v opatření děkana č. 62  o organizaci studia v doktorských studijních programech na PřF JU.

  Stručný seznam základních povinností:
  - do 2 měsíců od zahájení studia musí student předložit oborové radě prostřednictvím studijního oddělení Plán doktorandského studia
  - nejpozději do konce prvního roku studia student vypracuje a předloží kritickou literární rešerši problematiky disertační práce a na katedrovém semináři prezentuje metodiku a záměry disertace
  - student každoročně prezentuje pokroky a výsledky své práce na katedrovém semináři

  Katedrové semináře
  Studenti oborů Biomedicínská laboratorní technika, Klinická biologie a Infekční biologie prezentují své bakalářské, magisterské a dizertační práce na katedrových seminářích, které běží v zimním i v letním semestru. Katedrové semináře se konají v rámci kurzu Seminář magisterských oborů – Klinická biologie.

  - Bakalářští studenti mají povinnost prezentovat průběh a výsledky své bakalářské práce minimálně jedenkrát za studium, přičemž je doporučeno prezentovat během předposledního semestru studia. Obvykle je to tedy 5. semestr, kdy nejpozději musí mít student zapsán kurz Bakalářská diplomová praxe I. (FBI/890). (Pozn. Vedoucí katedry před začátkem semestru vyzve studenty BMLT, kteří mají zapsaný kurz FBI/890, FBI/891 nebo FBI/893 a jsou minimálně ve třetím ročníku studia, aby svou práci odprezentovali.)

  - Magisterští studenti mají povinnost prezentovat svou diplomovou práci jedenkrát za rok. Současně si magisterští studenti v semestru, ve kterém budou prezentovat na semináři, zapisují předmět KME/179 (Seminář mag. oborů - Klinická biologie).

  - Doktorandští studenti mají povinnost prezentovat pokroky a výsledky své disertační práce také jedenkrát za rok.

   

  V případě, že studenti budou obhajovat svoji práci na jiné katedře či ústavu než KME, mohou průběh a výsledky své práce prezentovat na semináři příslušné katedry, na které budou obhajovat. Tuto skutečnost je třeba nahlásit vedoucímu KME.

  - každoročně student odevzdá na předepsaném formuláři Výroční zprávu o průběhu studia, ve které doloží plnění povinností a stručně popíše pokroky ve své vědecké práci (uvedou se mj. absolvované předměty, plnění pedagogických povinností, prezentace výsledků na konferencích, publikování dílčích výsledků disertační práce, zahraniční stáže apod.). Výroční zpráva se odevzdává vždy k 31.10.

  - do konce standardní doby studia musí student doložit: a) pedagogickou činnost v rozsahu 42 hodin za dobu studia, b) úspěšné absolvování stanovených předmětů a angličtiny, c) prezentaci svých výsledků na mezinárodní konferenci, do konce studia dále publikaci alespoň části výsledků své doktorské práce (v časopise s IF nad 0,5) a absolvování zahraniční stáže v rozsahu alespoň 3 měsíce.

  - standardní doba studia v doktorském programu je 4 roky. Před jejím koncem se musí student přihlásit ke státní doktorské zkoušce.

  Studenti jsou povinni důsledně dbát na etiku vědecké práce včetně publikování získaných výsledků. Na všech publikacích vzniklých v souvislosti s řešením doktorské disertační práce i na případných jiných výstupech vždy uvádějí jako své pracoviště Přírodovědeckou fakultu JU.