Katedra experimentální biologie rostlin

Servisní služby

Hmotnostní spektrometrie

Katedra experimentální biologie rostlin

Věda a výzkum

• Výzkumná témata

  Hlavní směry výzkumné činnosti

  • Fotosyntéza vyšších rostlin, řas a sinic
  • Interakce rostliny a atmosféry (výměna plynů a její regulace, vývoj a funkce průduchů, stresová fyziologie)
  • Vodní režim rostlin (struktura a funkce kutikuly listu, hydraulická architektura  rostliny)
  • Vývoj přístrojů a nových detekčních metod ve fyziologii rostlin
  • Transkriptomika genů účastnících se vývoje průduchů či výživy masožravých rostlin
  • Ekofyziologie mechorostů
  • Interakce rostlin s mikroorganismy

• Pracovní skupiny

  Laboratory of Molecular Plant–Microbe Interactions CZ

  Pracovní skupina Ekologie rašelinišť

• Publikace

  2024

  Hájek, T., & Urbanová, Z. (2024). Enzyme adaptation in Sphagnum peatlands questions the significance of dissolved organic matter in enzyme inhibition. Science of The Total Environment, 911, 168685. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.168685

  Svobodová, K., Krištůfek, V., Kubásek, J., & Bruce Krejčí, A. (2024). Alcohol extract of the gypsy mushroom (Cortinarius caperatus) inhibits the development of Deformed wing virus infection in western honey bee (Apis mellifera). Journal of Insect Physiology, 152, 104583. https://doi.org/10.1016/J.JINSPHYS.2023.104583

  Weides, S. E., Hájek, T., Liancourt, P., Herberich, M. M., Kramp, R. E., Tomiolo, S., Pacheco‐Riaño, L. C., Tielbörger, K., & Májeková, M. (2024). Belowground niche partitioning is maintained under extreme drought. Ecology, 105(1), e4198. https://doi.org/10.1002/ecy.4198

  2023

  Kubásek, J., Kalistová, T., Janová, J., Askanbayeva, B., Bednář, J., & Šantrůček, J. (2023). ¹³ CO₂ labelling as a tool for elucidating the mechanism of cuticle development: a case of Clusia rosea. The New Phytologist, 238(1), 202–215. https://doi.org/10.1111/nph.18716

  Kalistová, T., & Janda, M. (2023). Could a cuticle be an active component of plant immunity? Biologia plantarum, 67, 322-333. https://doi.org/10.32615/bp.2023.037

  Janda, M., Rybak, K., Krassini, L., Meng, C., Feitosa-Junior, O., Stigliano, E., Szulc, B., Sklenar, J., Menke, F. L. H., Malone, J. G., Brachmann, A., Klingl, A., Ludwig, C., & Robatzek, S. (2023). Biophysical and proteomic analyses of Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 extracellular vesicles suggest adaptive functions during plant infection. mBio, 14(4), e0358922. https://doi.org/10.1128/mbio.03589-22

  Awasthi, P., Mishra, A. K., Kocábek, T., Nath, V. S., Mishra, S., Hazzouri, K. M., Sudalaimuthuasari, N., Stajner, N., Jakše, J., Krofta, K., Hájek, T., & Amiri, K. M. A. (2023). CRISPR/Cas9-mediated mutagenesis of the mediator complex subunits MED5a and MED5b genes impaired secondary metabolite accumulation in hop (Humulus lupulus). Plant Physiology and Biochemistry, 201, 107851. https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2023.107851

  Visez, N., Hamzé, M., Vandenbossche, K., Occelli, F., de Nadaï, P., Tobon, Y., Hájek, T., & Choël, M. (2023). Uptake of ozone by allergenic pollen grains. Environmental Pollution, 331, 121793. https://doi.org/10.1016/j.envpol.2023.121793

  Krejčová, G., Morgantini, C., Zemanová, H., Lauschke, V. M., Kovářová, J., Kubásek, J., Nedbalová, P., Kamps-Hughes, N., Moos, M., Aouadi, M., Doležal, T., & Bajgar, A. (2023). Macrophage-derived insulin antagonist ImpL2 induces lipoprotein mobilization upon bacterial infection. The EMBO Journal, e114086. https://doi.org/10.15252/EMBJ.2023114086

  Vondrák, J., Svoboda, S., Zíbarová, L., Štenclová, L., Mareš, J., Pouska, V., Košnar, J., & Kubásek, J. (2023). Alcobiosis, an algal-fungal association on the threshold of lichenisation. Scientific Reports 2023 13:1, 13(1), 1–13. https://doi.org/10.1038/s41598-023-29384-4

  2022

  Kubásek, J., Hájek, T., Duckett, J., Pressel, S., & Šantrůček, J. (2022). Moss stomata do not respond to light and CO₂ concentration but facilitate carbon uptake by sporophytes: A gas exchange, stomatal aperture and ¹³C labelling study. New Phytologist, 230, 1815-1828. https://doi.org/10.1111/nph.17208

  Šantrůček, J. (2022). The why and how of sunken stomata: does the behaviour of encrypted stomata and the leaf cuticle matter? Annals of Botany, 130, 285-300. https://doi.org/10.1093/aob/mcac055

  Janda, M., & Robatzek, S. (2022). Extracellular vesicles from phytobacteria: Properties, functions and uses. Biotechnology advances, 58, 107934. https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2022.107934

  Barrio, I. C., Ehrich, D., Soininen, E. M., Ravolainen, V. T., Bueno, C. G., Gilg, O., Koltz, A. M., Speed, J. D. M., Hik, D. S., Mörsdorf, M., Alatalo, J. M., Angerbjörn, A., Bêty, J., Bollache, L., Boulanger-Lapointe, N., Brown, G. S., Eischeid, I., Giroux, M. A., Hájek, T., et al. (2022). Developing common protocols to measure tundra herbivory across spatial scales. Arctic Science, 8(3), 638-679. https://doi.org/10.1139/as-2020-0020

  Kosová, V., Hájek, T., Hadincová, V., & Münzbergová, Z. (2022). The importance of ecophysiological traits in response of Festuca rubra to changing climate. Physiologia Plantarum, 174(1), e13608. https://doi.org/10.1111/ppl.13608

  Kubásek, J., Svobodová, K., Půta, F., & Krejčí, A. B. (2022). Honeybees control the gas permeability of brood and honey cappings. iScience, 25(11), 105445. https://doi.org/10.1016/J.ISCI.2022.105445

  2021

  Kubásek, J., Hájek, T., Duckett, J., Pressel, S., & Šantrůček, J. (2021). Moss stomata do not respond to light and CO₂ concentration but facilitate carbon uptake by sporophytes: a gas exchange, stomatal aperture and ¹³C labelling study. New Phytologist, 230(5), 1815-1828. https://doi.org/10.1111/nph.17208

  Lubbe, F. C., Bitomský, M., Hájek, T., de Bello, F., Doležal, J., Jandová, V., Janeček, Š., Bartušková, A., Lanta, V., & Klimešová, J. (2021). A tale of two grasslands: how belowground storage organs coordinate their traits with water-use traits. Plant and Soil, 465(1-2), 533-548. https://doi.org/10.1007/s11104-021-05031-7

  Jílková, V., Devetter, M., Bryndová, M., Hájek, T., Kotas, P., Luláková, P., Meador, T., Navrátilová, D., Saccone, P., & Macek, P. (2021). Carbon Sequestration Related to Soil Physical and Chemical Properties in the High Arctic. Global Biogeochemical Cycles, 35(9), e2020GB006877. https://doi.org/10.1029/2020GB006877

  Martínková, J., Hájek, T., Adamec, L., & Klimešová, J. (2021). Growth, root respiration and photosynthesis of a root-sprouting short-lived herb after severe biomass removal. Flora, 284, 151915. https://doi.org/10.1016/j.flora.2021.151915

  Urbanová, Z., & Hájek, T. (2021). Revisiting the concept of ‘enzymic latch’ on carbon in peatlands. Science of The Total Environment, 779, 146384. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.146384

  Angst, G., Pokorný, J., Mueller, C. W., Prater, I., Preusser, S., Kandeler, E., Meador, T., Straková, P., Hájek, T., van Buiten, G., & Angst, Š. (2021). Soil texture affects the coupling of litter decomposition and soil organic matter formation. Soil Biology and Biochemistry, 159, 108302. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2021.108302

  Májeková, M., Hájek, T., Albert, Á. J., de Bello, F., Doležal, J., Götzenberger, L., Janeček, Š., Lepš, J., Liancourt, P., & Mudrák, O. (2021). Weak coordination between leaf drought tolerance and proxy traits in herbaceous plants. Functional Ecology, 35(6), 1299-1311. https://doi.org/10.1111/1365-2435.13792

  Vráblová, M., Marková, D., Vrábl, D., Koutník, I., Sokolová, B., & Hronková, M. (2021). Surface plasmon resonance: An innovative method for studying water permeability of plant cuticles. Plant Science, 310. https://doi.org/10.1016/j.plantsci.2021.110978

  Voon, C. P., Law, Y.-S., Guan, X., Lim, S.-L., Xu, Z., Chu, W.-T., Zhang, R., Sun, F., Labs, M., Leister, D., Pribil, M., Hronková, M., Kubásek, J., Cui, Y., Jiang, L., Tsuyama, M., Gardeström, P., Tikkanen, M., & Lim, B. L. (2021). Modulating the activities of chloroplasts and mitochondria promotes adenosine triphosphate production and plant growth. Quantitative Plant Biology, 2. https://doi.org/10.1017/qpb.2021.7

  2020

  Hájek, T. (2020). Interlinking moss functional traits. A commentary on: ‘Mechanisms behind species-specific water economy responses to water level drawdown in peat mosses’. Annals of Botany, 126(2), iv-v. https://doi.org/10.1093/aob/mcaa108

  Vicherová, E., Glinwood, R., Hájek, T., Šmilauer, P., & Ninkovic, V. (2020). Bryophytes can recognize their neighbours through volatile organic compounds. Scientific Reports, 10(1), 7405. https://doi.org/10.1038/s41598-020-64108-y

  Tveit, A. T., Kiss, A., Winkel, M., Horn, F., Hájek, T., Svenning, M. M., Wagner, D., & Liebner, S. (2020). Environmental patterns of brown moss- and Sphagnum-associated microbial communities. Scientific Reports, 10(1), 22412. https://doi.org/10.1038/s41598-020-79773-2

  Liancourt, P., Song, X., Macek, M., Santrucek, J., & Dolezal, J. (2020). Plant's-eye view of temperature governs elevational distributions. Global Change Biology, 26, 4094-4103. https://doi.org/10.1111/gcb.15129

  Canarini, A., Wanek, W., Watzka, M., Sandén, T., Spiegel, H., Šantrůček, J., & Schnecker, J. (2020). Quantifying microbial growth and carbon use efficiency in dry soil environments via ¹⁸O water vapor equilibration. Global Change Biology, 26, 5333-5341.  https://doi.org/10.1111/gcb.15168

  Hůnová, I., Hanusková, D., Jandová, K., Tesař, M., Květoň, J., Kukla, J. (2020). Estimates of the contribution of fog water to wet atmospheric deposition in Czech mountain forests based on its stable hydrogen and oxygen isotope composition: Preliminary results. European journal of environmental sciences, 10(2,) 89-97. https://doi.org/10.14712/23361964.2020.10

  Šolcová, A., Jamrichová, E., Horsák, M., Pařil, P., Petr, L., Heiri, O., Květoň, J., Křížek, M., Hartvich, F., Hájek, M., Hájková, P. (2020). Abrupt vegetation and environmental change since the MIS 2: A unique paleorecord from Slovakia (Central Europe). Quaternary Science Reviews, 230, 106170. https://doi.org/10.1016/j.quascirev.2020.106170

  Vráblová, M., Hronková, M., Vrábl, D., Kubásek, J., & Šantrůček, J. (2018). Light intensity-regulated stomatal development in three generations of Lepidium sativum. Environmental and Experimental Botany, 156. https://doi.org/10.1016/j.envexpbot.2018.09.012

  Vráblová, M., Vrábl, D., Sokolová, B., Marková, D., & Hronková, M. (2020). A modified method for enzymatic isolation of and subsequent wax extraction from Arabidopsis thaliana leaf cuticle. Plant Methods, 16(1). https://doi.org/10.1186/s13007-020-00673-7

  2019

  Šantrůček, J., Schreiber, L., Macková, J., Vráblová, M., Květoň, J., Macek, P., & Neuwirthová, J. (2019). Partitioning of mesophyll conductance for CO₂ into intercellular and cellular components using carbon isotope composition of cuticles from opposite leaf sides. Photosynthesis Research, 141, 33-51. https://doi.org/10.1007/s11120-019-00628-7

  Májeková, M., Martínková, J., Hájek, T., & Niu, S. (2019). Grassland plants show no relationship between leaf drought tolerance and soil moisture affinity, but rapidly adjust to changes in soil moisture. Functional Ecology, 33(5), 774-785. https://doi.org/10.1111/1365-2435.13312

  Vondrak, J., Urbanavichus, G., Palice, Z., Malicek, J., Urbanavichene, I., Kubásek, J., & Ellis, C. (2019). The epiphytic lichen biota of Caucasian virgin forests: a comparator for European conservation. Biodiversity and Conservation, 28(12), 3257–3276. https://doi.org/10.1007/s10531-019-01818-4

  Vondrak, J., Frolov, I., Davydov, E. A., Yakovchenko, L., Malicek, J., Svoboda, S., & Kubásek, J. (2019). The lichen family Teloschistaceae in the Altai-Sayan region (Central Asia). Phytotaxa, 396(1), 1-+. https://doi.org/10.11646/phytotaxa.396.1.1

  2018

  Plavcová, L., Hronková, M., Šimková, M., Květoň, J., Vráblová, M., Kubásek, J., & Šantrůček, J. (2018) Seasonal variation of d18O and d2H in leaf water of Fagus sylvatica L. and related water compartments. Journal of Plant Physiology, 227, 56-65. https://doi.org/10.1016/j.jplph 2018.03.009

  Vráblová, M., Hronková, M., Vrábl, D., Kubásek, J., & Šantrůček, J. (2018). Light intensity-regulated stomatal development in three generations of Lepidium sativum. Environmental and Experimental Botany, 156: 316-324, 2018. https://doi.org/10.1016/j.envexpbot.2018.09.012

  Světlíková, P., Hájek, T., & Těšitel, J. (2018). Water-stress physiology of Rhinanthus alectorolophus, a root-hemiparasitic plant. PLOS ONE, 13(8), e0200927. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200927

  Světlíková, P., Hájek, T., & Těšitel, J. (2018). A hemiparasite in the forest understorey: photosynthetic performance and carbon balance of Melampyrum pratense. Plant Biology, 20(1), 50-58. https://doi.org/10.1111/plb.12638

  Bengtsson, F., Rydin, H., & Hájek, T. (2018). Biochemical determinants of litter quality in 15 species of Sphagnum. Plant and Soil, 425(1-2), 161-176. https://doi.org/10.1007/s11104-018-3579-8

  Bjorkman, A. D., Myers‐Smith, I. H., Elmendorf, S. C., Normand, S., Thomas, H. J. D., …Hájek, T. et al. (2018). Tundra Trait Team: A database of plant traits spanning the tundra biome. Global Ecology and Biogeography, 27(12), 1402-1411. https://doi.org/10.1111/geb.12821

  Juřicková, L., Pokorný, P., Hošek, J., Horáčková, J., Květoň, J., Zahajská, P., Jansová, A., Ložek, V. (2018). Early postglacial recolonisation, refugial dynamics and the origin of a major biodiversity hotspot. A case study from the Mala Fatra mountains, Western Carpathians, Slovakia. Holocene, 28(4), 583-594. https://doi.org/10.1177/0959683617735592

  2017

  Stolárik, T., Hedtke, B., Šantrůček, J., Ilík, P., Grimm, B., & Pavlovič, A. (2017). Transcriptional and post-transcriptional control of chlorophyll biosynthesis by dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase in Norway spruce. Photosynthesis Research, 132, 165-179. https://doi.org/10.1007/s11120-017-0354-2

  Vráblová, M., Vrábl, D., Hronková, M., Kubásek, J., & Šantrůček, J. (2017). Stomatal function, density and pattern, and CO₂ assimilation in Arabidopsis thaliana tmm1 and sdd1-1 mutants. Plant Biology, 19, 689-701. https://doi.org/10.1111/plb.12577

  Korrensalo, A., Alekseychik, P., Hájek, T., Rinne, J., Vesala, T., Mehtätalo, L., Mammarella, I., & Tuittila, E. -S. (2017). Species-specific temporal variation in photosynthesis as a moderator of peatland carbon sequestration. Biogeosciences, 14(2), 257-269. https://doi.org/10.5194/bg-14-257-2017

  Vicherová, E., Hájek, M., Šmilauer, P., & Hájek, T. (2017). Sphagnum establishment in alkaline fens: Importance of weather and water chemistry. Science of The Total Environment, 580, 1429-1438. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2016.12.109

  2016

  Šantrůčková, H., Kubešová, J., Šantrůček, J., Kaštovská, E., & Rejmánková, E. (2016). The effect of P enrichment on exudate quantity and bioavailability - a comparison of two macrophyte species. Wetlands, 36, 789-798. https://doi.org/10.1093/jxb/erv233

  Čada, V., Šantrůčková, H., Šantrůček, J., Kubištová, L., Seedre, M., & Svoboda, M. (2016). Complex physiological response of Norway spruce to atmospheric pollution – decreased carbon isotope discrimination and unchanged tree biomass increment. Frontiers in Plant Science, 7(805). https://doi.org/10.3389/fpls.2016.00805

  Risi, C., Ogée, J., Bony, S., Bariac, T., Raz-Yaseef, N., Wingate, L., Welker, J., Knohl, A., Kurz-Besson, C., Leclerc, M., Zhang, G., Buchmann, N., Santrucek, J., Hronkova, M., David, T., Peylin, P., & Guglielmo, F. (2016). The Water Isotopic Version of the Land-Surface Model ORCHIDEE: Implementation, Evaluation, Sensitivity to Hydrological Parameters. Hydrology Current Research 7, 1-11. https://doi.org/10.4172/2157-7587.1000258

  Skalák, J., Cerný, M., Jedelský, P., Dobrá, J., Ge, E., Novák, J., Hronková, M., Dobrev, P., Vanková, R., & Brzobohatý, B. (2016). Stimulation of ipt overexpression as a tool to elucidate the role of cytokinins in high temperature responses of Arabidopsis thaliana. Journal of Experimental Botany, 67(9). https://doi.org/10.1093/jxb/erw129

  Pichrtová, M., Arc, E., Stöggl, W., Kranner, I., Hájek, T., Hackl, H., Holzinger, A., & Elster, J. (2016). Formation of lipid bodies and changes in fatty acid composition upon pre-akinete formation in Arctic and Antarctic Zygnema (Zygnematophyceae, Streptophyta) strains. FEMS Microbiology Ecology, 92(7), fiw096. https://doi.org/10.1093/femsec/fiw096

  Pichrtová, M., Hájek, T., & Elster, J. (2016). Annual development of mat-forming conjugating green algae Zygnema spp. in hydro-terrestrial habitats in the Arctic. Polar Biology, 39(9), 1653-1662. https://doi.org/10.1007/s00300-016-1889-y

  Plesková, Z., Jiroušek, M., Peterka, T., Hájek, T., Dítě, D., Hájková, P., Navrátilová, J., Šímová, A., Syrovátka, V., Hájek, M., & Wildi, O. (2016). Testing inter‐regional variation in pH niches of fen mosses. Journal of Vegetation Science, 27(2), 352-364. https://doi.org/10.1111/jvs.12348

  Korrensalo, A., Hájek, T., Vesala, T., Mehtätalo, L., & Tuittila, E. -S. (2016). Variation in photosynthetic properties among bog plants. Botany, 94(12), 1127-1139. https://doi.org/10.1139/cjb-2016-0117

  Kubásek, J. (2016). Optical Spectroscopy for Analysis of the Ratio of Stable Isotopes. Competition or Alternative for Conventional Mass Spectroscopy of Stable Isotopes (IRMS)? Chemické listy, 110(3), 166–173.

  2015

  Hronková, M., Wiesnerová, D., Šimková, M., Skůpa, P., Dewitte, W., Vráblová, M., Zažímalová, E., & Šantrůček, J. (2015). Light induced STOMAGEN-mediated stomatal development in Arabidopsis leaves. Journal of Experimental Botany, 66, 4621-4630. https://doi.org/10.1093/jxb/erv233

  Světlíková, P., Hájek, T., & Těšitel, J. (2015). Hydathode trichomes actively secreting water from leaves play a key role in the physiology and evolution of root-parasitic rhinanthoid Orobanchaceae. Annals of Botany, 116(1), 61-68. https://doi.org/10.1093/aob/mcv065

  Vicherová, E., Hájek, M., & Hájek, T. (2015). Calcium intolerance of fen mosses: Physiological evidence, effects of nutrient availability and successional drivers. Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics, 17(5), 347-359. https://doi.org/10.1016/j.ppees.2015.06.005

  Hájek, M., Jiroušek, M., Navrátilová, J., Horodyská, E., Peterka, T., Plesková, Z., Navrátil, J., Hájková, P., & Hájek, T. (2015). Changes in the moss layer of Czech fens indicate early succession triggered by nutrient enrichment. Preslia, 87(2), 279-301.

  Mikulášková, E., Hájek, M., Veleba, A., Johnson, M. G., Hájek, T., & Shaw, J. A. (2015). Local adaptations in bryophytes revisited: the genetic structure of the calcium‐tolerant peatmoss Sphagnum warnstorfii along geographic and pH gradients. Ecology and Evolution, 5(1), 229-242. https://doi.org/10.1002/ece3.1351

  Tazoe, Y., Santrucek, J. (2015). Superimposed behavior of g_m under ABA-induced stomata closing and low CO₂. Plant, Cell and Environment, 38, 385-387. https://doi.org/10.1111/pce.12437

  ---

  Pro zobrazení publikací vyexportovaných z univerzitní databáze za předchozí kalendářní rok klikněte zde.

• Projekty

• "Know-how"

  Na naší katedře disponujeme několika unikátními přístroji a "know-how", které rádi nabídneme jako možnost ke spolupráci v rámci jakéhokoliv slibného projektu. Nejlepší odměnou je spoluautorství na publikaci (u dražších analýz cena domluvou).

  

  Systémy pro měření plynové výměny rostlin
  LI-6800 (LiCor, Nebrasca, USA)
  Bližší informace budou doplněny
  2x Li-6400XT (LiCor, Nebrasca, USA)
  Měření fotosyntézy, transpirace a dalších důležitých parametrů fyziologie listu (typicky 6 cm² listu).
  Protože máme přístroje dva, uzpůsobili jsme také k měření zvláště svrchní a spodní strany listu (což skoro nikdo jiný nedělá).
  A protože přístroj měří velmi přesně změny koncentrace CO₂ a vodní páry, lze použít na mnoho jiných účelů (třeba měření dýchání drobného i většího hmyzu).
  
  

  Fluorescenční kamera – 2D imaging fluorimeter)
  FluorCam FC800-C (PSI, Brno, Czech Republic)
  Měření fluorescence chlorofylu s prostorovým rozlišením 720 × 560 bodů
  Mnoho kinetických parametrů včetně oblíbených Fv/Fm a NPQ
  Zoomovatelný objektiv (plocha záběru od ca 5 × 4 cm po asi 20 × 15 cm)
  Červené a bílé aktinické světlo s intenzitou až plného slunečního světla.
  Kompletně LED osvětlení
  Vhodné nejen pro rostliny, ale také řasy (např. možnost vyhodnocovat současně 96 mikrovzorků v imunodestičce) a jiné aplikace (může být například upraveno pro zobrazování GFP konstruktů)
  
  

  Plynový chomatograf s izotopovým detektorem (GC-IRMS)
  Trace 1310 + Delta V Advantage (Thermo, Bremen, Germany)
  Měření koncentrací a izotopového složení plynů a rozličných GC dělitelných látek (viz  dále).
  100 µl vzduchu (41 nl, 1.83 nmol nebo 85 ng CO₂) stačí na δ¹³C měření CO₂ (na koncentraci i méně).
  Typicky 10 ng uhlíku vyžadováno pro δ¹³C měření (semi) volatilních látek (pro koncentraci < 1 ng).
  Měření izotopů uhlíku (δ¹³C), vodíku (δ²D) (snadno rozšiřitelné na dusík δ¹⁵N a nesnadno na kyslík δ¹⁸O).
  Máme různé chromatografické kolony, které umí dělit nepolární i částečně polární látky o počtu uhlíků od 1 (metan) až po ca 50 (alkany, alkoholy, ketony, steroly, estery, terpeny a mnohé jiné).
  

  Izotopový hmotový spektrometr s periferiemi pro měření pevných, kapalných a plynných vzorků
  Delta XL (Thermo, Bremen, Germany)
  Prvkový analyzáror (EA) pro měření obsahu a izotopového poměru uhlíku a dusíku v pevných a kapalných vzorcích (potřebná navážka: desítky µg až jednotky mg).
  Pyrolyzní reaktor (TC-EA) pro měření izotopů vodíku a kyslíku ve vodě (vstřikuje se typicky 1 µl z 12 ml Exetainerů).
  „Plynová lavice“ (Thermo tomu říká: „Gas bench“) s kolonou na dělení plynů. Měří koncentrace a izotopové poměry například v CO₂ ve vzduchu (a koncentrovanějších vzorcích) a metanu (atmosferický obsah musí být předem zakoncentrován) v 12 ml Exetainerech.

  Míchací linka na plyny
  GMS 150 (PSI, Brno, Česká Republika)
  Umožňuje míchat 4 plyny (typicky N₂, He, O₂ a CO₂) prakticky v libovolném poměru a celkovém průtoku až 2 litry za minutu. Hodí se tak pro experimenty manipulující fotorespiraci rostlin (změna pO₂) a difusivitu v plynné fázi (nahrazení části nebo všeho dusíku heliem).

  Míchací linka pro velké objemy vzduchu
  Atmosferický vzduch (až 120 l min^-1) prochází odlučovačem vody a CO₂ a následně je zvlhčován a ve čtyřech nezávislých proudech (každý až 20 l min^-2) obohacován na potřebnou koncentraci CO₂. Používáme na experimenty vlivu [CO₂] na růst rostlin a vývoj jejich průduchů; ale použitelné i pro jiné dlouhodobé experimenty rostlin v uzavřeném mezokosmu (viz obrázek).
  

  Boxy pro kontrolovaný růst rostlin
      Sanyo-Fytotron
      Percival
  Klasické růstové boxy (půdorys přibližně 120 x 40 cm) s možností regulace teploty, ozářenosti a částečně i relativní vlhkosti vzduchu; programovatelné pružně v čase. Osvětlení fluorescenčními trubicemi („zářivky“) je plynule regulovatelné a programovatelné v čase od tmy po přibližně 2/3 plného slunečního svitu (≈ 1000 µmol fotonů m^-2 s^-1). Zářivky umožňují změnu intenzity v horizontu sekund, čímž se boxy hodí i pro studium dynamiky fotosyntézy a vlivu časové heterogenity ozářenosti (v přírodě velmi rozšířené) na rostliny. 
  

  Fluorescenční mikroskop s kamerou Canon 750D
  Olympus BX61
  Klasický laboratorní mikroskop vyšší třídy pro pozorování a fotografování v procházejícím světle, odraženém světle (prstýnkový osvětlovací zdroj na objektivu z dílny Jiřího Kubáska) a fluorescence (jak autofluorescence, tak různé fluorochromy). Excitace: UV, modré a zelené světlo. Emisní filtry pro pigmenty DAPI, FITC (fluorescein), TRITC (tetramethylrodamin), TXRED (Texas red). Objektivy 4–50× (suché) a 40× a 100× (imerzní).
  Více

• Manuály

  1. Manuál k zobrazovacímu fluorimetru FluorCam (PSI)
  2. Manuál ke gasometru Li6400 (Licor)
  3. Manuál k psychrometru WESCOR HR-33T a komůrce C-52
  4. Manuál ke Scholanderově tlakové bombě (PWSC 3000)
  5. Manuál k fytotronu Sanyo Gallenkamp (starý)
  6. Manuál k analytickým váhám KERN ABT 220-5DM
  7. Manuál k pH metru Orion Star Plus (Thermo Fisher Scientific)
  8. Manuál k pH metru inoLab pH Level 2 (WTW)
  9. Manuál k teplotnímu a vlhkostnímu loggeru S3121 (Comet); základní software s ovladačem
  10. Manuál k velké sušárně Memmert UFE 500 (+ servisní informace)
  11. Manuál k světelnému zdroji Schott KL 2500 LCD

• Spolupráce

  Vědeckou aktivitu rozvíjíme ve spolupráci s:

  Ústavem molekulární biologie rostlin AV ČR v Českých Budějovicích
  Mikrobiologickým ústavem AV ČR v Třeboni
  Ústavem molekulární a buněčné botaniky Univerzity v Bonnu
  Ústavem experimentální botaniky AV ČR (transkriptomika, fytohormony, fytopatologie)
  AG Ecophysiology for Plants, TUM Mnichov, Německo (stabilní izotopy)
  VŠCHT Praha (Biochemie rostlin, liposomy)
  Ústavem genetiky, LMU Mnichov (interakce rostlin s mikroorganismy)

Katedra experimentální biologie rostlin

Nabídka témat

Témata nabízených kvalifikačních prací