• Úvod
  • Fakulta
  • Aktuálně
  • Martin7 - Referenční databáze DNA evropských epifytických lišejníků

Martin7 - Referenční databáze DNA evropských epifytických lišejníků

 

Identifikace organismů pomocí DNA sekvencí je dnes běžnou praxí a stále častěji se druhy identifikují z environmentálních vzorků. U většiny organismů však stále postrádáme komplexní referenční DNA databáze, které by umožnily identifikovat získané sekvence.

Lichenologové v čele s J. Vondrákem vytvořili referenční databázi pro přesnou molekulární identifikaci epifytických lišejníků (mykobiontů) střední Evropy. Databáze jménem Martin7 zahrnuje sekvence nejčastějších lišejníkových „DNA barkódů“, jaderný úsek ITS a mitochondriální SSU. Celkem databáze obsahuje 1172 druhů a je veřejně dostupná zde.

Název databáze Martin7 je odvozen od druhého jména Karla Martina Redingera, významného rakouského lichenologa, který zemřel v roce 1940 ve věku 33 let a během sedmi let vytvořil významná lichenologická díla. Například jeho monografie Arthoniaceae, vydaná v roce 1937, je dodnes nepřekonána.

Bylo zjištěno: 

  • Ve většině případů DNA barkódy umožňují rozlišit druhy tak, jak jsou v současné době vymezeny, ale u několika málo skupin jeden z barkódů jednoznačně nerozlišuje morfologicky rozlišované druhy.
  • Byla prokázána existence mnoha předpokládaných nepopsaných druhů.
  • Některé druhy lišejníků, které vypadají stejně, jsou ve skutečnosti různé druhy a mají odlišnou DNA, ale okem jsou od sebe nerozeznatelné.

Vondrák J., Svoboda S., Košnar J., Malíček J., Šoun J., Frolov I., Svensson M., Novotný P. & Palice Z. (2023) Martin7: a reference database of DNA barcodes for European epiphytic lichens and its taxonomic implications. – Preslia 95: 311–345, https://doi.org/10.23855/preslia.2023.311

Kontakt: doc. Mgr. Jan Vondrák, Ph.D. (hans at prf.jcu.cz)

Obrázek: Nové druhy: (A) Bacidina acerina, Vondrák 24353, PRA, sorediate thallus. (B) Bacidina paradoxa, Palice 33646, PRA, scattered soralia. (C) Chrysothrix fagicola, holotype, sorediate thallus with needle-like crystals of zeorin. (D, E) Japewia gyrophorica, Palice 32415, PRA, older thallus with eroded soralia (D), holotype, young thallus (E). (F, G) Lecanora arachnoidea, Vondrák 13908, PRA, thallus with soralia (F), fibrillous prothallus (G). All scales: 0.5 mm.

Přihlaste si
odběr newsletteru

Zůstaňme v kontaktu na
sociálních sítích

Branišovská 1645/31a, 370 05 České Budějovice Tel. 387 776 201 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Branišovská 1645/31a, 370 05 České BudějoviceTel. 387 776 201 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

© 2024 Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Cookies

1

0