Sledování vodního režimu Sedmihorských mokřadů a posouzení vlivu historického odvodnění systematickou drenáží s ohledem na provedenou revitalizaci území.
Číst dál …Nabídka témat - krajina
Zooplankton hraje klíčovou roli v potravních sítích rybničních ekosystémů a zároveň indikuje stav prostředí. Množství a druhové složení zooplanktonu v rybnících je výrazně ovlivňováno fyzikálně-chemickými vlastnostmi vody, množstvím živin a hustotou a druhovou skladbou rybí obsádky. Studujeme, jak lze pomocí „vhodné“ rybí obsádky udržet filtrační účinnost zooplanktonu vůči nadměrné biomase fytoplanktonu a přispět tak k zachování kvality vody, její průhlednosti a stabilního kyslíkového režimu.
Zooplankton také využíváme jako modelovou skupinu, na které sledujeme vliv antropogenních změn prostředí na vodní bezobratlé.
Obojživelníci, vodní hmyz a další bezobratlí jsou významnou složkou sladkovodních společenstech na všech potravních úrovních od rozkladačů až po vrcholové predátory. Mnoho druhů je silně ovlivněno antropogenními vlivy včetně globálního oteplování, živinové zátěže a šíření nepůvodních druhů živočichů. Řada obojživelníků, vodního hmyzu a měkkýšů patří mezi bioindikátory znečištění nebo přítomnosti ryb, ale slouží i jako modelové druhy pro studium obecných ekologických principů.
Ryby jsou vrcholové části potravních řetězců, které ovlivňují nižší složky až po kvalitu vody. Zároveň jsou rybí obsádky formovány svým okolím a vzhledem k relativní dlouhověkosti integrují změny v prostředí za delší období. Ryby osídlily většinu vodních útvarů, a proto máme možnost studovat společenstva od pramenných částí přes říčky, rybníky, přehradní nádrže i přirozená a umělá jezera.
Studentům a studentkám se zájmem o komplexní studium vodních ekosystémů nabízíme i širší témata, která se neomezují na konkrétní druhy nebo taxonomické skupiny. Cílem je pochopit, jak vodní ekosystémy reagují na změny prostředí jako celek. Zaměřujeme se zejména na aktuální hrozby zahrnující globální změnu klimatu a antropogenní znečistění. Možné přístupy zahnují venkovní experimenty, analýzy publikovaných data nebo počítačové simulace.
Číst dál …Nabídka témat - voda
Bárta Jiří, doc. Ing. Ph.D.
Blabolil Petr, RNDr. Ph.D.
Borovec Jakub, RNDr. Ph.D.
Boukal David, prof. Ing. MgA. Ph.D.
Čapek Petr, RNDr. Ph.D.
Edwards Keith, doc. Ph.D.
Grill Stanislav, Mgr.
Hais Martin, RNDr. Ph.D.
Hejzlar Josef, doc. Ing. CSc.
Choma Michal, RNDr. Ph.D.
Jarić Ivan, Ph.D.
Jersáková Jana, doc. RNDr. Ph.D.
Kaňa Jiří, RNDr. Ph.D.
Kaštovská Eva, doc. Mgr. Ph.D.
Koblížek Michal, doc. Mgr. Ph.D.
Kolář Vojtěch, RNDr. Ing. Ph.D.
Kopáček Jiří, prof. Ing. Ph.D.
Kubečka Jan, prof. RNDr. CSc.
Kučera Tomáš, doc. RNDr. Ph.D.
Meador Travis, Ph.D.
Picek Tomáš, Ing. Ph.D.
Porcal Petr, doc. Ing. Ph.D.
Semančíková Eva, Ing. Ph.D.
Svitok Marek, Ing. Ph.D.
Šantrůčková Hana, prof. Ing. CSc.
Šimek Miloslav, prof. Ing. CSc.
Šimek Karel, prof. RNDr. CSc.
Šorf Michal, RNDr. Ph.D.
Šmilauer Petr, doc. RNDr. Ph.D.
Tahovská Karolina, RNDr. Ph.D.
Urbanová Zuzana, RNDr. Ph.D.
Vrba Jaroslav, prof. RNDr. CSc.
Vrbová Jana, PhDr. Ph.D.
Znachor Petr, doc. RNDr. Ph.D.
Berec Luděk, doc. Ing. Dr.
Bojková Jindřiška, Mgr. Ph.D.
Cienciala Emil, doc. Ing. Ph.D.
Devetter Miloslav, RNDr. Ph.D.
Křenová Zdenka, RNDr. Ph.D.
Kyrian Radek, Ing.
Lepš Jan, prof. RNDr. CSc.
Riegert Jan, doc. Mgr. Ph.D.
Rypl Jiří, doc. Mgr. Ph.D.
Sirová Dagmara, RNDR. Ph.D.
Straková Jitka, Mgr.
Tuháček Miloš, JUDr.
TBD
Asghar Usman, MSc.
Boukheloua Roudaina, MSc.
Bretón Felipe
Bužleta Filip, MSc.
Carillo Apolo Geyby Tatiana,, MSc. MSc.
Damnjanović Sara
Falcao Berness Peter
Fernandes Clafy
Glocker Bernhard
Hendrickx Björn, MSc,
Jabinski Stanislav
Jirků Daria, Mgr.
Kopáček Marek, Ing.
Kotrbová Lucie, Ing.
Królikiewicz Igor
Layoun Paul
Mahjoory Yalda
Maraia Heveakore
Marcou Thomas Georges Roger And
Nageen Yumna, MSc.
Nikagolla Nikagolle Gedara Dinusha Nayomi, Mgr.
Nweze Justus Amuche, MSc.
Ruka Adam
Saez Natacha Marion, MSc.
Sanniya Sekar
Şahin Yaprak, MSc.
Schweichhart Johannes Segej
Singh Anusha Priya, MSc.
Tapkir Sandip Dnyaneshwar, Mgr.
Thomas Kiran, MSc.
Tian Weitao
Waqas Muhammad
Přehled aktuálně řešených výzkumných a rozvojových projektů:
Registrační číslo projektu: SS07010077
Název projektu: Genetická diverzita populací sysla obecného v České republice
Hlavní řešitel: RNDr. Štěpánka Říčanová, Ph.D.
Partneři projektu: Jihočeská zoologická zahrada Hluboká nad Vltavou, ALKA Wildlife, o.p.s., Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta
Realizace projektu: 1. 4. 2024 – 31. 12. 2026
Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 6 752 400 Kč
Registrační číslo projektu: LUC23146
Název projektu: Ochrana máku proti patogenům a škůdcům s využitím váčkům-podobných nanočástic doručující exRNA
Hlavní řešitel: doc. Ing. Martin Janda, Ph.D.
Realizace projektu: 1. 9. 2023 - 31. 8. 2025
Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 3 826 250 Kč
„Tento projekt je realizovaného v rámci podprogramu INTER-COST (LUC23), programu INTER-EXCELLENCE II“
Registrační číslo projektu: SS73020006
Název projektu: Sledování půdní mikrobiální diverzity prostřednictvím rostlin a její vliv na dynamiku uhlíku napříč evropskými rašeliništi
Hlavní řešitel: RNDr. Tomáš Hájek, Ph.D.
Partneři projektu: Natural Resources Institute Finland (Luke), German Research Centre for Geosciences GFZ, University of Tartu
Realizace projektu: 01. 01. 2024 – 31. 12. 2026
Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 2 446 550 Kč
Registrační číslo projektu: SS73020009
Název projektu: Standardizovaný evropský monitoring interakcí rostlina-opylovač
Hlavní řešitel: doc. RNDr. Jana Jersáková, Ph.D.
Hlavní stránky projektu: Standardizovaný evropský monitoring interakcí mezi rostlinami a opylovači - Nová technologie pro monitorování opylovačů
Partneři projektu: Helmholtz-Centre for Environmental Research – UFZ, KU Leuven, University of Oulu, Centre for Ecological Research, Ente Parco Nazionale Gran Paradiso, Babeș-Bolyai University, Universirty of Latvia
Realizace projektu: 01. 01. 2024 – 31. 12. 2026
Výše dotace pro JČU: 3 115 894 Kč
Registrační číslo projektu: SS73020004
Název projektu: FunDive: Mapování a monitoring diverzity hub se zaměřením na druhovou ochranu
Hlavní řešitel JČU: Danny Haelewaters, Ph.D.
Hlavní stránky projektu: https://fun-dive.eu/
Partneři projektu: Západočeská univerzita v Plzni, České vysoké učení technické v Praze, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, University of Copenhagen, University of Oslo, UNIWERSYTET WARSZAWSKI, Universität Bayreuth, Federal Institute For Forest, Snow And Landscape Research WSL, GEOPONIKO PANEPISTIMION ATHINON (AGRICULTURAL UNIVERSITY OF ATHENS), University of Cagliari, Naturalis Biodiversity Center, University of Tartu, CONSORCI CENTRE DE CIENCIA I TECNOLOGIA FORESTAL DE CATALUNYA, Research Group Mycology, Ghent University, University of Bologna, Eötvös Loránd University, University Bayreuth, CSIC, Associação BIOPOLIS, Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive, Helsingin yliopisto [University of Helsinki], Università degli Studi di Torino, MycoKey, Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart
Realizace projektu: 01. 01. 2024 – 31. 12. 2026
Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 3 975 098 Kč/671 593 Kč
Poskytovatel: TAČR-PROGRAM TREND 10
Rozpočet projektu:
Rozpočet za JU:
Registrační číslo projektu: 2023-1-DE01-KA220-HED-000153880
Název projektu: Education for Ecosystem Ecology, Society and Management., EcoSocMan
Hlavní řešitel: Ulm University (UULM), a public body, represented by its CFO and Chancellor Dieter Kaufmann
Status JČU: partner s finančním příspěvkem
Realizace projektu: 01.12.2023 - 30.11.2026
Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 400 000 EUR/57 900 EUR
Cíl projektu: Cílem tohoto projektu je zvýšit znalosti a povědomí o změnách životního prostředí vyvolaných změnou klimatu v celé Evropě a řešit dezinformace o ekologických otázkách ve veřejném diskurzu. Tento projekt chce propojit studenty, učitele a odborníky, aby vytvořili nadnárodní evropskou síť a usnadnili transdisciplinární a kooperativní učení propojením přírodních a společenských věd a dalších společenských aktérů.
Stručný popis projektu: Klíčovými aktivitami k dosažení cílů projektu jsou každoroční online kurz a letní škola pořádaná ve vybrané partnerské zemi, kde každý partner přispěje konkrétními přednáškami. Tyto přednášky tvoří společný základ pro praktickou aplikaci získaných výsledků a jejich ověření během konání letní školy. Snahou je také zlepšit výukové materiály a metody, a to na základě průběžného hodnocení ze strany studentů a učitelů. Cílem je také zpřístupnit tyto materiály a metody širší veřejnosti.
Registrační číslo projektu: CZ.01.01.01/01/22_002/0000957
Název projektu: Vývoj diagnostických multiplex testů relevantních pro emergentní infekce přenášené klíšťaty
Hlavní řešitel: GEN-TREND s.r.o
Status JČU: partner s finančním příspěvkem
Realizace projektu: 01.07.2024 – 30.06.2026
Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 4 251 733,80 Kč
Cíl projektu:
Výstupem předkládaného projektu budou tři diagnostické technologie, které především na českém trhu vytvoří zcela unikátní produkty. Spolu s Přírodovědeckou fakultou Jihočeské univerzity, která zaměstnává odborníky v oblasti genetiky, výzkumu klíšťat a klíšťaty přenášených onemocněních – budou přesně a správně interpretovány výsledky těchto inovovaných genetických i molekulárně-biologických produktů.
Stručný popis projektu:
Předkládaný projekt přináší velmi aktuální tématiku emergentních nákaz přenášených klíšťaty. Klíšťata, jakožto krev sající členovci mají ve střední Evropě hojné rozšíření a přenášejí řadu závažných zoonóz. Mezi onemocnění s nejčastějším výskytem v České republice patří Lymeská borelióza (LB), u které se počet diagnostikovaných případů pohybuje okolo 4000 za rok. Vzhledem k nespecifickým příznakům bývá v první fázi často zaměněno za virózu. V pozdnějších stádiích je toto onemocnění již obtížně stanovitelné a léčitelné. Proto se odhaduje, že incidence onemocnění bude vyšší, než je hlášeno do národního informačního systému ISIN. I ostatní infekce přenášené klíšťaty mají v začátcích onemocnění nespecifické příznaky, pozdější stádia onemocnění bývají často provázena závažnými komplikacemi a jsou hůře léčitelná. Z tohoto důvodu je důležité včasné a správné stanovení diagnózy. Diagnostika infekcí již přímo v klíštěti, které sálo na inkriminované osobě, zvyšuje pravděpodobnost správného a včasného stanovení případné nákazy při propuknutí prvních příznaků. Zaváděná technologie však umožňuje diagnostiku onemocnění přenášených klíšťaty i z jiného biologického materiálu.
https://www.gentrend.cz/cs/o-nas
Akronym: DynaSun
Realizace: 1. 3. 2024 – 29. 2. 2028
Hlavní řešitel: doc. RNDr. Petr Jelínek, Ph.D., Katedra fyziky
Koordinátor projektu: KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN,
Partneři projektu: UNIVERSITAET GRAZ, MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV, CONSEJO NACIONAL DE INVESTIGACIONES
CIENTIFICAS Y TECNICAS, UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA, UNIVERSITY OF NORTHUMBRIA AT NEWCASTLE, THE UNIVERSITY OF WARWICK
Typ grantu: HORIZON TMA MSCA Staff Exchanges
Poskytovatel: European Research Executive Agency
Rozpočet: 924 600 EUR
Cílem tohoto projektu je navázat úzkou výzkumnou spolupráci mezi několika předními evropskými a jihoamerickými výzkumnými pracovišti, specializujícími se na sluneční fyziku a získat nové, paradigmatické poznatky o dynamických procesech ve sluneční atmosféře, prostřednictvím systematické výměny výzkumných pracovníků a znalostí a společného výzkumného úsilí s využitím stávajících dat a zařízení, včetně inovativních technik analýzy dat založených na přístupu strojového učení. Očekávaným vědeckým dopadem je významný rozvoj našich znalostí o klíčových fyzikálních procesech probíhajících ve sluneční atmosféře, včetně průlomu v odhalování mechanismu koronálního ohřevu, transformační pokrok v našem chápání impulsních energií, jako jsou sluneční erupce a CME, významný rozvoj teorie MHD vln a první použití technik strojového učení při studiu vlnových procesů ve sluneční atmosféře.
Projekt zahrnuje čtyři vědecké pracovní balíčky, které se zabývají konkrétními klíčovými výzvami moderní sluneční fyziky a heliofyziky: kvazi-periodické pulzace ve slunečních erupcích, ohřev vln a spojení se spodní atmosférou, vývoj třídimenzionální morfologie CME, kinematické oscilace koronálních vyloučení hmoty a pracovní balíček pro komunikaci a šíření informací. Očekávané ekonomické a technologické dopady zahrnují získání přímých zkušeností s analýzou složitých oscilačních procesů, zkušenosti s navrhováním a používáním technik strojového učení pro rozpoznávání vzorů, nové technologie pro analýzu oscilačních procesů a pro diagnostické techniky vstupních parametrů pro modely předpovědi kosmického počasí, vytvoření zázemí pro výměnu znalostí se zahraničními partnery s místními průmyslovými odvětvími a přípravu vysoce kvalifikovaných odborníků v oblasti numerického modelování a analýzy dat. Očekávaný společenský dopad je posílení výzkumných vazeb mezi evropskými a americkými výzkumnými komunitami, zlepšení povědomí veřejnosti o problematice výzkumu a vývoje moderní sluneční a heliofyziky a motivace studentů škol k vědecké kariéře.
Název CZ: Preskriptivní přenositelná údržba pomocí umělé inteligence
Název EN: Interpretable Prescriptive Maintenance using Artificial Intelligence
Číslo projektu: ATCZ00060
Řešitel: doc. Ing. Ivo Bukovský, Ph.D.., Katedra informatiky
Vedoucí partner: Software Competence Center Hagenberg GmbH, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Vysoká škola polytechnická Jihlava, Intemac Solutions, s.r.o., CDP Center for Digital Production GmbH, IPN Intelligent Predictive Networks GmbH,
Partneři: FH OÖ Forschungs & Entwicklungs GmbH, AC2T research GmbH, Business Upper Austria - OÖ Wirtschaftsagentur GmbH, dataPartner s.r.o.
Realizace: 01/01/2024 – 31/12/2026
Rozpočet: 1.730.661,50 EUR (projekt) / 162.257,76 EUR (PřF)
Poskytovatel: Úřad Zemské vlády Dolní Rakousko
Program: Interreg Rakousko - Česko 2021-2027
Anotace
IPMAI zavádí novou strategii údržby strojů s převodovkami založenou na umělé inteligenci.
Cílem evropské politiky je podpořit vedoucí postavení evropského průmyslu v celosvětovém měřítku. Umělá inteligence přitom hraje ústřední roli, neboť významně přispívá k efektivnímu a udržitelnému průmyslu a výrobě (viz Green Deal). Rozšiřování efektivního a udržitelného průmyslu a výroby představuje také základní kámen hornorakouské hospodářské a výzkumné strategie #upperVision2030 a inovační strategie České republiky 2019-2030, a tedy ústřední lokalizační a konkurenční faktor Rakouska a České republiky.
Stejně jako předchozí projekt PredMAIn se tedy i projekt IPMAI zabývá tématem umělé inteligence specificky se zaměřením na malé a střední podniky, avšak s jiným a rozšířeným cílem. To je důležité, protože průmysl a společnost se v důsledku nedávného vývoje v oblasti umělé inteligence (dále AI – artificia intelligence) nacházejí v období převratných změn. Nové systémy AI, jako je ChatGPT (USA) a Aleph Alpha (Evropa), to jasně ukazují.
Zejména pro průmysl v programové oblasti (většinou malé a střední podniky) má AI obrovský potenciál. Zpřístupnění výhod AI se ziskem malým a středním podnikům je proto motivací IPMAI. Pouze pokud budou MSP v programovém regionu schopny AI správně využívat, lze zaručit, že výše zmíněná lokalizační a konkurenční výhoda bude zachována. Zatímco v jiných regionech světa, např. v Číně, se pěstuje poměrně neomezené využívání AI, Evropa zavedla nedávno přijatým zákonem o AI první zákon o AI na světě. Ústřední roli v něm hraje důvěryhodnost systémů AI. Pokud budou lidé, např. obsluha strojů, rozumět výsledkům systémů AI, jako jsou předpovědi očekávaných chyb stroje apod, budou schopní je akceptovat . Zásadním krokem k této důvěryhodnosti je vysvětlení výsledků systémů AI lidem - "vysvětlitelná AI". A právě zde přichází na řadu projekt IPMAI.
Inovace
Cílem projektu IPMAI je výrazně zjednodušit údržbu prostřednictvím vysvětlitelné AI pro všechna průmyslová výrobní zařízení s převodovkami. Díky IPMAI bude možné využívat AI nejen k určování údržby, ale také k optimalizaci provozu. Vezmeme-li jako příklad COBOTS (průmyslové roboty, které se používají zejména pro spolupráci s lidmi převážně na výrobních linkách. Mohou vykonávat úkoly zahrnující vysokou přesnost, rychlost zpracování nebo zatížení, které nemůže provádět lidská obsluha.
Přístup IPMAI je obecně použitelný díky vysvětlením generovaným umělou inteligencí, která jsou inovativní 1) z hlediska přijetí uživatelem a 2) díky použití převodovky jako obecného indikátoru opotřebení.
Pro lepší pochopení této novinky: stroje se skládají z mnoha součástí ovládaných převodovkou. Až dosud musely být všechny tyto komponenty sledovány odděleně. Inovace IPMAI spočívá v tom, že nyní je třeba sledovat pouze převodovku, aby bylo možné identifikovat případnou potřebu údržby ostatních částí stroje ovládaných touto převodovkou (např. vysoké tření poháněné součásti v důsledku špatného mazání). Tím se snižuje počet nákladných oprav a prodlužuje se životnost strojů. Výrobci převodovek a výrobních strojů s těmito převodovkami se nacházejí v programové oblasti. Velký počet vyjádření zájmu ze strany těchto společností (především malých a středních podniků) potvrzuje význam této inovace v programové oblasti.
Nový systém údržby výrobních strojů s převodovkami rovněž poskytuje vysvětlení pro jejich optimální využití a usnadňuje tak technikům a obsluze strojů manipulaci se systémem údržby. Těmito vysvětlivkami (například o procesech opotřebení a prognózách zbývající doby provozu stroje) se IPMAI odlišuje od předchozího projektu PredMAIn a rozšiřuje jej. Zvyšuje tak přijatelnost nových typů systémů umělé inteligence a umožňuje, aby tuto práci vykonával i personál s pouze průměrným vzděláním. To zmírňuje problém nedostatku kvalifikovaných pracovníků a přispívá tak k zajištění umístění malých a středních podniků v programovém regionu.
Realizace a konsorcium
Pro IPMAI bylo sestaveno konsorcium ze všech šesti regionů programové oblasti, které spojuje všechny potřebné kompetence. Kromě toho je zajištěno, že zjištění a výše uvedené změny související s AI v průmyslu a společnosti jsou šířeny ve všech regionech programového území Interreg AT-CZ. Toto šíření zajišťuje klastrová organizace Biz-up.
Název CZ: Vývoj širokospektrálních antivirotik pro pandemickou připravenost
Název EN: Developing broad-spectrum antiviral drugs for pandemic preparedness
Řešitel: prof. Mgr. Ivana Kutá Smatanová, Ph.D., Katedra chemie
Koordinátor: ACADEMISCH ZIEKENHUIS LEIDEN, Nizozemí
Partneři: UNIVERSITE D'AIX MARSEILLE, Francie,CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE, Francie, INSTITUT NATIONAL DE LA , Belgie, CENTRUM VOOR INNOVATIE EN STIMULATIE VAN MEDICIJNONTWIKKELING LEUVEN VZW, Belgie, UNIVERSITEIT UTRECHT, Nizození, UNIVERSITAET zu LUEBECK, Německo, HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH, Německo, JANSSEN PHARMACEUTICA NV, Belgie, VYSOKA SKOLA CHEMICKO-TECHNOLOGICKA V PRAZE, AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS, Španělsko, Zafiro Business Solutions Korlatolt Felelossegu Tarsasag, Maďarsko
Realizace: 01/01/2024 – 31/12/2027
Rozpočet: 7 999 295.00 EUR (projekt) / 250 000.00 EUR (PřF)
Poskytovatel: Evropská komise
Program: HORIZON-HLTH-2023-DISEASE-03
https://www.panviprep.eu/Article/Home
Jak nedávno ukázala pandemie COVID-19, známé i nově se objevující RNA viry nadále představují velkou hrozbu pro veřejné zdraví, a to v důsledku kombinace společenských, ekologických a ekonomických faktorů. Kromě vakcín, jejichž vývoj a výroba trvá mnoho měsíců, by náš soubor nástrojů připravenosti na budoucí propuknutí virů měl zahrnovat také účinná a bezpečná antivirotika. Malomolekulární sloučeniny zaměřené na základní funkce při replikaci virů nabízejí důležitou, ale podceňovanou možnost profylaktického a terapeutického zásahu. Léčiva s potvrzenou širokospektrou účinností proti danému rodu nebo rodině virů lze skladovat, aby byla k dispozici pro okamžitou distribuci v krizové situaci. Takováto přímo působící antivirotika jsou však v současné době k dispozici pouze pro několik rodin virů.
Konsorcium PANVIPREP zahrnuje 14 evropských partnerů s doplňujícími se odbornými znalostmi v oblasti virologie, strukturní biologie, medicinální chemie, farmakologie a strojového učení. Společně se snaží přispět k antivirové připravenosti na pandemii tím, že pilotují a rozvíjejí vývoj antivirových léčiv, zejména prostřednictvím:
Fencková Michaela, Katedra molekulární biologie a genetiky
01/07/2021 – 30/06/2023
MŠMT OPVVV, 02-20-079 MSCA IF IV, ID CZ.02.2.69/0.0/0.0/20_079/0017633
Projektový manažer: Mgr. Ivana Očásková
Mentální poruchy (ID) a poruchy autistického spektra (ASD) jsou devastující a současně se vyskytující neurovývojové poruchy. Doprovodné imunitní a metabolické patologie mají velký dopad na morbiditu a mortalitu onemocnění, ale léčebné strategie jsou omezené. Jsem přesvědčena, že identifikace základních kauzálních mechanismů to může změnit a vést k vývoji účinné léčby. Chci prozkoumat roli genetických defektů, které jsou zodpovědné za kognitivní a behaviorální deficity u ID/ASD při imunitní a metabolické dysfunkci. Použiji model octomilky Drosophila melanogater, se silnou genetickou a biologickou podobností s lidmi. Budu manipulovat ortologické geny ID/ASD s důležitou kognitivní funkcí, zvýšenou transkripční aktivitou v imunitní odpovědi a spojením s imunitními nebo metabolickými anomáliemi u jedinců s ID/ASD. Budu hledat ty, které způsobují snížené přežití při bakteriální infekci. Dále určím, které mechanismy jsou základem defektů přežití, ověřím jejich roli v imunitní odpovědi a imunitně podmíněných metabolických procesech a pokusím se interferencí s nimi o obnovu funkce těchto procesů. Očekávám, že objevím nové léčebné cíle a strategie , které lze převést do kliniky a eliminovat imunitní a metabolické patologie u osob s ID/ASD. Kromě toho budu zkoumat vztah imunitní metabolické dysfunkce ke kognitivním deficitům, což je základní rys ID/ASD. Pokud najdu propojení, mohou být nově objevené léčebné strategie také užitečné při léčbě kognitivních příznaků. Můj výzkum má tedy velký potenciál k otevření zcela nového biologického tématu v neurovývojových poruchách. Vylepšený výzkumný směr zavedený v tomto projektu na modelu drozofily mi umožní zachytit klinickou složitost poruch ID/ASD, posunout mé znalosti o základních mechanismech a pomoci mi splnit mé dlouhodobé výzkumné poslání: najít léčbu ID/ASD.
Křivan Vlastimil, Katedra matematiky
01/03/2021 – 28/02/2025
EC, H2020-MSCA-ITN-2020, ID 955708
Projektový manažer: Mgr. Kateřina Máchalová Zemanová
EvoGamesPlus (ID 955708)
Název CZ: Evoluční hry a populační dynamika: od teorie k aplikacím
Název EN: Evolutionary games and population dynamics: from theory to applications
Řešitel: Křivan Vlastimil, Katedra matematiky
Koordinátor: Staňková Kateřina, University of Maastricht, Nizozemí
Partneři: City University of London, London, UK; Max-Planck-Gesellschaft zur Forderung der Wissenschaften EV, Munich, Germany; Okologiai kutatokozpont, Tihany, Hungary; Technische Universiteit Delft, Delft, Netherlands; University College Cork - National University of Ireland, Cork, Ireland; Uniwersytet Warszawski, Warszawa, Poland; Medizinische Universitaet Wien, Vienna, Austria; Queen Mary University of London, London, UK; Universita degli Studi di Torino, Torino, Italy; The University of Liverpool, Liverpool, United Kingdom; Szegedi Tudomanyegyetem, Szeged, Hungary; Jihoceska univerzita v Ceskych Budejovicich, CZ; Instituto per L´Interscambio Scientifico, Torino, Italy
Realizace: 01/03/2021 – 28/02/2025
Rozpočet: 3 980 389,90 EUR (projekt) / 234 871,42 EUR (PřF)
Poskytovatel: Evropská komise
Program: H2020-MSCA-ITN-2020
www
Evoluční teorie her (ETH) byla vyvinuta jako matematický prostředek pro popis Darwinovy evoluce. Hrála klíčovou roli v objasnění evoluce agresivity (model jestřábi a hrdličky) a evoluci kooperace (vězňovo dilema). Původní modely se zaměřovaly na popis změn procentuálního zastoupení jednotlivých strategií (fenotypů) v populaci a neuvažovaly důležité faktory, jako jsou např. změny ve velikosti populace, interakce mezi dvěma nebo více populacemi, sociální vztahy atd. V průběhu času byla řada těchto faktorů zohledněna v rámci ETH a byla vyvinuta řada nových metodologií. ETH byla také použita v oblastech jako je ekonomie, sociální vědy, politologie a medicína. Jedná se tedy o rychle se rozvíjející oblast jak v oblasti základní metodologie, tak i aplikací. Vzhledem k tomu, že rozvoj a aplikace ETH vyžadují mezioborové znalosti jak v matematice, tak i v biologii, nabízí tento projekt začínajícím výzkumným pracovníkům dobrou příležitost takové znalosti získat. Projektu se účastní 15 evropských institucí a dále 15 spolupracujících institucí z celého světa. Projekt se zaměřuje na 4 výzkumná témata, která jednak rozvíjejí metodické přístupy ETH (např. modelování strukturovaných populací, diferenciální rovnice) a dále se zaměřují na aplikace (modelování rakoviny, modelování dynamiky interagujících populací a epidemiologií).
Cílem projektu EvoGamesPlus je vyškolit 15 mladých výzkumných pracovníků, kteří se seznámí se současným stavem poznání v oblasti ETH a budou schopni získané znalosti aplikovat na řešení problémů v reálném světě. EvoGamesPlus se zaměřuje na následující oblasti:
PhD projekt pod vedením prof. Vlastimila Křivana zaměřený na “Models of eco-evolutionary dynamics of population interaction networks” je dostupný do 31. 3. 2021 na Euraxess a v PDF.
Elster Josef, Centrum polární ekologie
01/01/2021 – 31/12/2024
EC, H2020-LC-CLA-2020-1, ID 101003766
Projektový manažer: Mgr. Kateřina Máchalová Zemanová
Pechar Jan, Polární stanice
01/01/2020 – 31/12/2023
EC, H2020-INFRAIA-2019-1, ID 871120
Projektový manažer: Mgr. Kateřina Máchalová Zemanová
INTERACT 3 (ID 871120)
Název CZ: Mezinárodní síť pro pozemní výzkum a monitorování v Arktidě
Název EN: International Network for Terrestrial Research and Monitoring in the Arctic
Řešitel: Pechar Jan, Polární stanice
Realizace: 01/01/2020 – 31/12/2023
Rozpočet: 1.120.937,50 CZK (PřF)
Poskytovatel: Evropská komise
Program: H2020-MSCA-ITN-2020
www
Planeta Země čelí bezprecedentním změnám životního prostředí, které ovlivní všechny členy společnosti. Oteplování arktického klimatu je více než dvojnásobné oproti globálnímu tempu a nepředvídatelné extrémní události mají velký dopad na ekosystémy a lidi. Cirkulace arktické atmosféry však způsobuje extrémní události a společenské škody za Arktidou, které vyžadují mezinárodní výzkum a monitorování, aby bylo možné pochopit a předvídat. Kromě toho je třeba změnit postoje po celém světě prostřednictvím dosahu, zatímco další generace musí být vybavena pro život v jiném světě. INTERACT III inovuje panarktickou síť 86 výzkumných stanic v 16 severních zemích, aby poskytoval služby pro 155 globálních a regionálních sítí. Globální pověst INTERACT navíc přilákala přední světové partnery a podniky, aby se podíleli na snižování dopadů nebezpečných změn a zároveň maximalizovali příležitosti vyplývající z nových technologií. Konkrétně INTERACT III zajišťuje komplexní koordinaci 64 partnerů a 86 výzkumných stanic. Manažeři stanic navrhují osvědčené postupy, aby zajistili vynikající výzkum, monitorování, vzdělávání a dosah. INTERACT III staví na mimořádně úspěšném programu nadnárodního přístupu, který již zaplnil Artic 900 výzkumnými pracovníky, aby dále poskytoval vynikající vědu a zároveň omezoval ekologické stopy výzkumných pracovníků zlepšením vzdáleného a virtuálního přístupu. Nadnárodnost přístupu zajišťuje novou spolupráci, inovativní vědu a vědeckou diplomacii v době zvýšeného geopolitického napětí. Manažeři stanic, nadnárodní přístup a společné výzkumné aktivity spolupracují na řešení hlavních společenských výzev v plně integrované infrastruktuře, zatímco jejich data a porozumění jsou globálně zpřístupněny prostřednictvím mimořádného dosahu a vzdělávání a politických brífinků pro osoby s rozhodovací pravomocí.
Kamila Vítovcová, Katedra botaniky
Projektový manažer: Ing. Lucie Marková
Regionální směsi osiv jako účinný nástroj ochrany diverzity lučních biotopů (Č. 3211100009)
Název CZ: Regionální směsi osiv jako účinný nástroj ochrany diverzity lučních biotopů
Název EN: Regional seed mix as an effective tool for protecting the diversity of meadow biotopes
Koordinátor: Český svaz ochránců přírody
Partneři: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Řešitel: Kamila Vítovcová, Katedra botaniky
Realizace: 15/04/2022 – 30/04/2024
Rozpočet: 3 347 316 Kč
Poskytovatel: Norské fondy
Program: CZ-ENVIRONMENT
Jan Kaštovský Katedra botaniky
01/01/2023 – 31/12/2025
Ministerstvo vnitra České republiky
Projektový manažer: Mgr. Ivana Očásková
Využití analýzy druhového složení společenstev rozsivek (Bacillariophyceae) ve forenzní praxi (VK01010069)
Název CZ: Využití analýzy druhového složení společenstev rozsivek (Bacillariophyceae) ve forenzní praxi
Název EN: Applications of species composition analysis of diatom (Bacillariophyceae) communities in forensic practice.
Řešitel: Jan Kaštovský, Katedra botaniky
Realizace: 01/01/2023 – 31/12/2025
Rozsivky jsou velmi rozšířené mikroskopické řasy se specifickými schránkami. Vdechnutí vody s rozsivkami způsobí jejich přechod do krevního oběhu a ukládání jejich schránek ve vnitřních orgánech utonulého. Jejich přítomnost v nich tak prozradí sám fakt tonutí v přírodní vodě, analýza druhového složení těchto rozsivek pak může pomoci i k upřesnění místa, kde k utonutí došlo. Podobnou analýzu je možno provádět i na oděvech a kůži utonulých. Rozsivková analýza je v České republice i v zahraničí v rámci soudně-lékařské praxe používána, ale pouze v omezené míře a nevyužívá veškerého potenciálu těchto organizmů. Zavedení rozsivkové (ev. řasové) analýzy v kriminalistické praxi může vést ke stanovení dalšího důkazního materiálu v rámci trestního řízení.
Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
01/01/2023 - 31/12/2026
MŠMT, Výzkumné infrastruktury
Projektový manažer: Ing. Lucie Marková
ELIXIR-CZ (LM2023055)
Název CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data
Název EN: Czech National Infrastructure for Biological Data
Koordinátor: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Partneři: Biologické centrum AV ČR, v. v. i., Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., CESNET, zájmové sdružení právnických osob, České vysoké učení technické v Praze, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Masarykova univerzita, Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i., Univerzita Karlova, Univerzita Palackého v Olomouci, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Západočeská univerzita v Plzni
Řešitel: Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
Realizace: 01/01/2023 – 31/12/2026
Rozpočet: 12 942 000 Kč
Poskytovatel: MŠMT
Program: Výzkumné infrastruktury
Elixír CZ je velká významná infrastruktura v oblasti věd o živé přírodě zaměřená na biologická data, jejich zpracování, uchovávání, sdílení a analýzu. Český uzel ELIXIR reprezentovaný ÚOCHB AV ČR jako národní uzel pro bioinformatiku, který zahrnuje pokročilé výpočetní prostředí, vyhrazené datové sbírky a jedinečné nástroje poskytované komunitě pro vědu o živé přírodě. Uzel je vytvořen a provozován jako distribuovaná infrastruktura, která v současné době zahrnuje čtrnáct organizací. Partnerské instituce poskytují českým vědcům a mezinárodní vědecké komunitě nástroje a databáze v režimu otevřeného přístupu. Jedním z partnerů je i Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích.
Ivo Bukovský Katedra informatiky
01/07/2022 – 31/12/2024
MŠMT, INTER-ACTION-LUABA22
Projektový manažer: Ing. Lucie Marková
Výzkumné partnerství: optimalizace procesů při výrobě v chemickém průmyslu pomocí umělé inteligence (ID LUABA22069)
Název CZ: Výzkumné partnerství: optimalizace procesů při výrobě v chemickém průmyslu pomocí umělé inteligence
Název EN: Research partnership: process optimization during production in chemical industry by artificial intelligence
Řešitel: Bukovský, Ivo, Katedra informatiky
Realizace: 01/07/2022 – 31/12/2024
Na rozdíl od aplikací jako je např. zpracování obrazu, překlady jazyka, či rekomendační systémy, zůstává umělá inteligence v oblasti průmyslových procesů převážně v teoretické rovině výzkumu. Neznámé variace vlastností vstupních materiálů a okolních podmínek, limitovaná trénovací data, potřeba efektivního řešení v reálném čase, nutnost garance stability a konvergence algoritmů se strojovým učením, a také i skutečná efektivita jejich nasazení jsou stále výzvou k výzkumu pro rozšíření do průmyslové praxe.
Projekt má cíl společně ověřit využití koncepcí metod umělé inteligence (Ul) s fúzí senzorů pro optimalizaci chemicko-technologického procesu a ukázat implementaci Ul v různých operacích procesních technologií. český tým navrhne koncepty využití umělé inteligence pro optimalizaci chemickotechnologického procesu pro reálné zařízení úpravy částic, kterým disponuje německý partner a zajistí aplikovanou část výzkumu.
Spolupráce na ověření slibných konceptů Ul na reálném zařízení vyústí v přípravu EU projektu ve větším konsorciu s průmyslovou spolupráci.
Kazek Michalina, Katedra molekulární biologie a genetiky
01/01/2020 – 12/02/2023
EC, H2020-WF-01-2018, ID 867430
Projektový manažer: Mgr. Kateřina Máchalová Zemanová
IMMUNETREH (ID 867430)
Název CZ: Trehalóza jako zdroj pro nadřazenou imunitu v drozofile
Název EN: Trehalose as a source for privileged immunity in Drosophila
Řešitel: Kazek Michalina
Mentor: Doležal Tomáš, Katedra molekulární biologie a genetiky
Realizace: 01/01/2020 – 12/02/2023
Rozpočet: 156 980,64 EUR (PřF)
Poskytovatel: EC, H2020-WF-01-2018
www
Imunitní odpověď je energeticky náročný proces a imunitní buňky musí mít privilegovaný přístup k energii / živinám. Zatímco u savců je tohoto privilegovaného přístupu dosaženo např. na inzulínu nezávislém transportéru glukózy, jak je toho dosaženo u hmyzu není známo. Hostitelská laboratoř získala předběžné výsledky naznačující, že privilegovaného přístupu imunitních buněk octomilek k živinám lze dosáhnout použitím trehalózy místo glukózy. Je velmi dlouho známo, že primárním cukrem v hmyzu je trehalóza, ale že tento sacharid by mohl hrát důležitou roli v privilegovaném přístupu imunity ke zdrojům studováno dosud nebylo. Cílem tohoto projektu je proto otestovat, zda aktivované imunitní buňky octomilky přednostně absorbují trehalózu a přeměňují ji na glukózu intracelulárně, a jsou tedy nezávislé na systémové regulaci sacharidů, a jak důležité by to bylo pro efektivní imunitní odpověď. Projekt je založen na multidisciplinárních přístupech, kdy budou tkáňové specifické genetické nástroje použity k manipulaci metabolismu in vivo za účelem studia imunitní odpovědi pomocí technik molekulární biologie, vývojové biologie a imunologie a nejmodernějších metabolických přístupů. Cílem výzkumného pracovníka je naučit se používat genetiku octomilky a modely infekce dobře zavedené v hostitelské laboratoři a kombinovat je se svými odbornými znalostmi z fyziologie hmyzu, buněčných kultur a zejména metabolomiky.
Přírodovědecká fakulta, Jelínek Petr
01/01/2020 – 30/06/2023
MŠMT OPVVV 02-18-053
Název CZ: Rozvoj JU – Mezinárodní Mobility II
Název EN: Development of USB – International Mobilities II
Koordinátor: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Řešitel: Přírodovědecká fakulta, Jelínek Petr
Realizace: 01/01/2020 – 30/06/2023
Rozpočet: 21 997 393,00 Kč (projekt): 20 897 523,35 Kč (dotace MŠMT) + 1 099 869,65 Kč (5% spolufinancování JU)
7 379 194,00 Kč (PřF): 7 010 234,30 Kč (dotace MŠMT) + 368 959,70 Kč (5% spolufinancování PřF)
Poskytovatel: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR (MŠMT)
Program: Operační program Výzkum, vývoj a vzdělávání (OPVVV) 02_18_053
www
Mobilita je zaměřena na založení a rozvoj nových výzkumných programů usilujících o zodpovězení klíčových ekologických, evolučních či vývojových otázek. Příchozí mobilitou se obohatí a rozšíří stávající výzkumné aktivity PřF, bude se sdílet nové know-how, implementují se nové metody a techniky, podpoří se mezioborový přístup a spolupráce. Nejcennějším výstupem příchozí mobility bude integrace tří excelentních výzkumníků do struktury PřF, zavedení nových výzkumných směrů, podání a získání navazujících výzkumných grantů, vznik nových nezávislých výzkumných skupin. Od příchozích seniorních postdoků se očekává velká míra nezávislosti, aktivity, kreativity a inovativnosti řešit vlastní výzkumné otázky. Pozice postdoků budou obsazeny v otevřeném mezinárodním výběrovém řízení daném evropskými standardy HR Award.
Cílem projektu je získání tří nadějných seniorních postdoků s předchozí zkušeností na prestižní zahraniční výzkumné instituci. Zkušení postdoci přinesou na PřF nové zkušenosti, know-how, techniky, metodiky a přístupy a především vlastní výzkumné programy zaměřené na ekologické, evoluční či vývojové aspekty biologických procesů. Příchozí mobilita zvýší internacionalizaci PřF.
Urbanová Zuzana, Katedra biologie ekosystémů
01/08/2018 – 31/12/2024
EC, Program LIFE
Projektový manažer: Mgr. Kateřina Máchalová Zemanová
LIFE for MIRES (LIFE17 NAT/CZ/000452 LIFE for MIRES)
Název CZ: Přeshraniční revitalizace rašelinišť na podporu biodiverzity a vodního režimu na Šumavě a v Bavorském lese
Název EN: Trans-boundary restoration of mires for biodiversity and landscape hydrology in Sumava and Bavaria Forest
Koordinátor: Správa národního parku Šumava
Partneři: BUND Naturschutz in Bayern e.V., Správa národního parku Bavorský les, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Řešitel: Urbanová Zuzana, Katedra biologie ekosystémů
Realizace: 01/08/2018 – 31/12/2024
Rozpočet: 5 853 160 EUR (projekt) / 204 616 EUR (PřF)
Poskytovatel: Evropská komise
Program: LIFE
Obnova mokřadních biotopů je jednou z možných cest ke snižování dopadů klimatické změny. Mnohé z mokřadů, na Šumavě především rašeliniště, jsou ostrovy biologické rozmanitosti, kde nachází své přirozené prostředí nespočet vzácných rostlinných i živočišných druhů. Mokřady hrají nezastupitelnou roli v hydrologii krajiny a koloběhu vody, čímž působí velmi příznivě na místní podnebí. Z krajiny se však po staletí intenzivní lidské činnosti voda vytrácela, mokřady byly odvodňovány a měněny na obdělávanou půdu. V dnešní době, kdy sucho začíná být vážným problémem, je potřeba se věnovat nápravě a obnově přirozeného vodního režimu krajiny. Proto vznikl projekt LIFE for MIRES – život pro mokřady, který vrací vodu do míst, kde od pradávna byla a utvářela prostředí kolem sebe.
Přehled ukončených výzkumných a rozvojových projektů:
Fesl Jan, Katedra informatiky
01/10/2021 – 31/12/2022
Fond rozvoje CESNET, z.s.p.o.
Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová
V současné době je velké množství multimediálního obsahu (audio/video) nabízeno prostřednictvím on-line platforem, typicky na vyžádání uživatele (Video-on-Demand). Tato praktika je dnes naprosto běžná u placených služeb (např. online videopůjčovny), avšak objevuje se i u platforem pro sdílení dat (např. Ulož.to), u kterých legálnost původu dat nelze zaručit. Objevují se dokonce i platformy , u kterých lze (viz. dokument "V síti") dokonce tvrdit, že vlastní obsah bez ohledu na původ může být mimořádně závadný (např. terorismus, dětská pornografie, atd.). celou věc navíc komplikuje skutečnost, že velká většina toho provozu je v současné chvíli šifrována pomocí protokolu HTTPS, což značně znesnadňuje jeho identifikaci. Účelem projektu je hledat cesty a mechanismy pro nalezení otisku konkrétních videostreamů a tyto následně identifikovat ze síťového provozu reportovaného prostřednictvím protokolu NetFlow/IPFIX.
Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
01/10/2021 – 31/12/2022
Interreg V-A Rakousko – Česká republika
Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová
Prediktivní údržba (Predictive maintenance, PM) je v současnosti považována za hlavní aplikaci umělé inteligence (AI) ve výrobě. Související potenciál výrobních malých a středních podniků, které jsou v programovém regionu velmi silně zastoupeny, není z několika důvodů dostatečně využíván. Podmínky pro široké uplatnění umělé inteligence v prediktivní údržbě ze strany malých a středních podniků do značné míry chybí. K tomu patří i snadné a nekomplikované použití provozním personálem na místě. Na rozdíl od pracovníků údržby ve velkých společnostech nejsou tito pracovníci často speciálně vyškolení v možných aplikacích, výhodách a potenciálních nebezpečích umělé inteligence v prediktivní údržbě. Cílem projektu je tedy vytvoření a přenos obecných a přenositelných znalostí pro výrobní malé a střední podniky o prediktivní údržbě (výstup) založené na umělé inteligenci použitelné v široké škále výrobních a zpracovatelských odvětví.
Fesl Jan, Katedra informatiky
01/06/2021 – 31/12/2022
Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020
Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová
Projekt je prvním krokem k implementaci mobilních technologií v oblasti kulturního cestovního ruchu v česko-bavorské příhraniční oblasti. Partneři vyvinou mobilní aplikaci, která podpoří turisty tím, že jim nabídne na míru šitý obsah v reálném čase a in situ v oblasti kulturního dědictví. Pilotní aplikace představí specifický segment místní kultury - venkovské středověké kostely (kaple, volně stojící architektury, sochy, malby) v podhůří Šumavy a Českého lesa. Tato oblast architektonického dědictví byla často podceňována vzhledem k omezené pozornosti sakrální architektuře v této oblasti po vyhnání německého obyvatelstva po druhé světové válce, za druhé kvůli hlavnímu zájmu památkové péče primárně o města, hrady atd. a nakonec kvůli k roztříštěnému charakteru církevní farní správy, která zůstala mimo koordinované snahy na podporu cestovního ruchu. Obsah lze také rozšířit o další oblasti kulturního dědictví.
Štech Milan, Katedra botaniky
01/01/2019 – 31/12/2021 (prodlouženo do 30/6/2022)
Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020
Realizace projektu byla prodloužena do 30/6/2022.
Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová
Květena Šumavy (BY-CZ 216)
Název CZ: Květena Šumavy
Název DE: Flora des Böhmerwaldes
Koordinátor: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Partneři: Správa Národního parku Šumava, Přírodovědné sbírky Bavorska, Správa národního parku Bavorský les
Řešitel: Štech Milan, Katedra botaniky
Realizace: 01/01/2019 – 31/12/2021
Rozpočet: 1 150 700,41 EUR (projekt) / 418 926,22 EUR (PřF)
Poskytovatel: Bavorské státní ministerstvo hospodářství, energie a technologie
Program: Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020
www.florasilvaegabretae.eu/homepage/project
Výzkum šumavské květeny má sice na obou stranách hranice dlouhou tradici, celková syntéza však dosud narážela na odlišné metodické přístupy v jednotlivých zemích, různou prozkoumanost jednotlivých regionů a z jazykových, či politických důvodů omezenou spolupráci mezi odborníky. Předkládaný projekt proto zcela unikátním způsobem rozšíří a spojí dostupná data o rozšíření a ekologických nárocích cévnatých rostlin na Šumavě bez ohledu na státní hranice. Kritické zhodnocení těchto údajů umožní prezentovat na společné webové stránce aktuální a historické rozšíření a hojnost cévnatých rostlin mj. v podobě síťových map výskytu s ekologickými informacemi o těchto druzích. Tyto informace jsou zcela zásadní pro tvorbu koncepčních opatření v rámci rozhodování o prioritách druhové i ekosystémové ochrany na obou stranách hranice. K tomu patří i monitoring vývoje populací vzácných a ohrožených druhů. Snadná dostupnost znalostí o květeně a jejích změnách bude zvyšovat nejenom zájem o další zkoumání rostlin na Šumavě ale i ochotu veřejnosti převzít odpovědnost za její uchování.
Tůma Roman, Katedra chemie
01/01/2017 – 31/10/2022
MŠMT OPVVV 02-15-003
Projekt prodloužen do 30/06/2023
Projektový manažer: Ing. Renata Krinesová
Mechanismy (CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000441)
Název CZ: Mechanismy a dynamika makromolekulárních komplexů: Od jednotlivých molekul po buňky
Název EN: Mechanisms and dynamics of macromolecular complexes: from single molecules to cells
Řešitel: Tůma Roman, Katedra chemie
Realizace: 01/01/2017 – 31/10/2022
Rozpočet: 207 409 734,00 Kč (projekt): 176 298 273,90 (dotace MŠMT) + 10 370 486,70 Kč (5% spolufinancování JU)
Poskytovatel: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR (MŠMT)
Program: Operační program Výzkum, vývoj a vzdělávání (OPVVV) 02_15_003
Obsahem projektu je vytvoření mezinárodního vědeckého týmu, v čele s KZVP Dr. Romanem Tůmou, který se zabývá molekulárními mechanismy fungování velkých makromolekulárních komplexů. Projekt je zaměřen na vybudování multidisciplinárního centra, které bude integrovat jednotlivé specializované přístupy pro řešení společných cílů. Tento multidisciplinární přístup umožní překonat omezení jednotlivých metod, jako je například limitované časové a prostorové rozlišení a poskytne úplný popis jejich funkce na molekulární a atomární úrovni.
Cílem projektu je objasnit mechanismus skládání a fungování velkých makromolekulárních komplexů jako jsou anténní komplexy fotosyntetických pigmentů, roli RNA v replikaci a skládání virů a v regulaci buněčných pochodů, mechanismus rekombinace v leukocytech a jak může způsobovat některé druhy leukemie, mechanismus přestavby chromatinu a fungování membránových komplexů v bakteriích a prvocích. Projekt zahrnuje propojení biofyzikálních a strukturních metod a jejich aplikaci na studium fotosyntetických pigmentů, roli RNA v replikace virů a regulaci, mechanismus V(D)J rekombinace, přestavba chromatinu a fungování membránových komplexů. Tento projekt využije vybudovanou přístrojovou infrastrukturu a rozšíří mezinárodní propojenost a profil centra a povede k iniciaci nových kolaborativních výzkumných programů s dalšími předními vědeckými skupinami v rámci centra, strategických partnerů (Univerzita Johanna Keplera, Leeds University) a institucí v České republice a zahraničí.
Prokýšek Miloš, Katedra informatiky
01/08/2021 – 31/12/2022
Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020
Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová
Obsahem projektu je vytvoření přeshraniční sítě zaměřené na rozvoj spolupráce a propojování vlastníků otevřených dat a poskytovatelů digitálních služeb v regionu jižní Čechy - Bavorsko. Projekt je navržen s ohledem na podporu digitálního propojení česko-bavorského regionu. Hlavní cílovou skupinu tvoří především státní správa, samosprávy a veřejné organizace, které jsou v otevírání dat nejaktivnější. Cílíme na subjekty v blízkosti fyzické hranice, sekundárně pak na zkušené subjekty v regionu, jako nositele dobré praxe. Samotné otevírání dat by pak nemělo smysl bez poskytovatelů služeb (MSP z oblasti IT), kteří mají potřebné znalosti pro tvorbu služeb a aplikací, založených na otevřených datech. První fází projektu bude mapování cílových skupin prostřednictvím dotazníkového šetření a jejich oslovení s nabídkou zapojení do sítě. Následně proběhnou společná setkání vlastníků dat, zaměřená na výměnu zkušeností, navázání aktivní spolupráce a podporu spolupráce s odborníky. Ve druhé fázi projektu dojde ke sloučení obou pracovních skupin (vlastníci dat a poskytovatelé služeb). Jako nástroje pro podporu spolupráce v sítí budou využity hackathony. Jejich cílem bude rozvoj aktivní spolupráce cílových skupin, vzájemné pochopení potřeb a možností spolupráce na konkrétních aplikačních výstupech (prototypy aplikací). Informace získané v průběhu budování sítě budou zpracovány do situační analýzy, včetně návrhů na opatření podporujících rozvoj datově orientovaných digitálních služeb. Informace o členech sítě a jejich aktivitách budou publikovány v podobě otevřené datové sady a vizualizovány prostřednictvím mapové aplikace vznik nových česko-bavorských partnerství a poskytnuty impulsy pro rozvoj zcela nových služeb.
Doc. PhDr. Jaromír Beneš, Ph.D., Katedra botaniky, laboratoř archeobotaniky a paleoekologie
01/07/2021 – 31/12/2022
Program přeshraniční spolupráce Česká republika - Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 - 2020 (č. projektu 343)
Interreg BY-CZ
Projektový manažer: Ing. Andrea Kadlecová
Program: Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020
Cílem projektu je posílit základní výzkum v oblasti botaniky, etnobotaniky a archeobotaniky. Česko-bavorský prostor se vyvíjel vegetačně a zemědělsky shodně, ale byl po druhé světové válce násilně rozdělen. Cílem projektu je vyvinutí inovativní metody a nástroje umožňující rekonstrukci historie vegetace pomocí rostlinných zbytků v česko-bavorském regionu pomocí přístupů umělé inteligence. Od neolitu přibývají přímé doklady přítomnosti nejstarších zemědělců, reprezentované archeologickými nálezy semen rostlin, ale i rostlinných mikrozbytků. Laboratoř archeobotaniky a paleoekologie Jihočeské univerzity (LAPE) a Institut für Pflanzenwissenschaften Universität Regensburg (IPW UR) řadu let spolupracovaly v rámci evropské platformy PAPAVER na výzkumu archeologických lokalit. LAPE disponuje četnými soubory dat z různých typů archeobotanických analýz, IPW UR systematicky shromažďovala semena současné i historické flóry (soubor cca 2000 botanických taxonů). Nicméně dosud chybí jednotná metodika a databáze, která by spojila výzkum současné vegetace s archeobotanickými nálezy. V rámci projektu bude nejprve A) vytvořena Open Access digitální databáze rostlinných makrozbytků (včetně 3D modelů) a mikrozbytků s důrazem na principy FAIR dat. V další fázi B) bude pro pilotní sérii semen, rostlinných fytolitů a škrobů vytvořen modul schopný poloautomaticky identifikovat semena rostlin. V závěrečné fázi C) bude navržen identifikační klíč, schopný identifikovat další botanické taxony. Metodika bude sloužit jako nástroj při rekonstrukci minulého přírodního prostředí a interakcí mezi člověkem a přírodou v česko-bavorském prostoru od pravěku do současnosti. V rámci tohoto přístupu bude vytvořena propojená online mikrofotografická a alfanumerická online databáze obsahující digitální objekty a data. Vytvořené analytické a databázové prostředky umožní botanikům i archeologům identifikovat rostlinné zbytky z archeologických výzkumů. Vzniklé společné analytické nástroje a metodiky, včetně Open Access databáze, by byly první svého druhu. Navrhovaná metodika založená na digitální a analogové mikrofotografii, strojovém učení rostlinných zbytků a 3D modelech rostlinných semen ve vysokém rozlišení umožní inovativní determinaci rostlinného materiálu, která často vyžaduje jinak časově náročnější, a ne vždy úspěšné postupy. Tento nástroj zefektivní společné využití vědeckých dat na obou stranách hranice.
archeologie, botaniky, ekologie a informačních technologií.
Data vzniklá v rámci projektu Archaeoplant jsou k dispozici v databázi UniCatDB, vyvíjené a spravované Jihočeskou univerzitou v rámci Elixir-CZ. Byla zde vytvořena speciální struktura pro data z projektu a veškerá relevantní data vniklá z mikroskopů a 3D skeneru byla importována, včetně transformovaných relevantních metadat (v případě dat z mikroskopu Keyence bylo nutno metadata extrahovat přímo z obrázků zakódované v EXIF). Databáze je pro čtení přístupná na https://app.unicatdb.org/ (uživatel: public, heslo: public).
Přírodovědecká fakulta, Hauer Tomáš
01/01/2020 – 31/12/2022
MŠMT OPVVV 02-18-056
Projektový manažer: Ing. Andrea Kadlecová
ESF2 (CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013061)
Název CZ: Rozvoj JU – ESF II
Název EN: Development of USB – ESF II
Koordinátor: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Řešitel: Přírodovědecká fakulta, Hauer Tomáš
Realizace: 01/01/2020 – 31/12/2022
Rozpočet: 22 650 748,96 Kč (projekt): 21 518 211,51 Kč (dotace MŠMT) + 1 132 537,45 Kč (5% spolufinancování JU)
8 330 940,80 Kč (PřF): 7 914 393,76 Kč (dotace MŠMT) + 416 547,04 Kč (5% spolufinancování PřF)
Poskytovatel: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR (MŠMT)
Program: Operační program Výzkum, vývoj a vzdělávání (OPVVV) 02_18_056
www
Klíčová aktivita 2 ESF2 projektu je zaměřena na komplexní restrukturalizaci bakalářského studia biologie na Přírodovědecké fakultě JU a zkvalitnění vzdělávací činnosti. Na základě mezinárodních zkušeností si je fakulta vědoma potřeby posilovat kompetence studentů akademicky zaměřených studijních programů. Klíčovým inovačním prvkem, který chce fakulta zavést do výuky, je modulární výukový systém a badatelsky orientovaná výuka. Důraz je kladen na posílení schopnosti analýzy a syntézy hlubších oborových znalostí a dovedností v dané oblasti vzdělávání a porozumění mezioborovým souvislostem. Předměty budou sdruženy do ucelených oborově zaměřených modulů, které spojují znalosti a dovednosti jednotlivých profilujících odborností. Uvedený koncept zahrnuje oslabení frontální výuky a zvyšuje důraz na praktické získávání znalostí a tvůrčí práci studentů.
Zkvalitnění vzdělávací činnosti v oblasti vzdělávání botaniky, zoologie, biologie ekosystémů, experimentální biologie rostlin, molekulární biologie a genetiky, medicínské biologie a parazitologie spočívající v modernizaci výukových metod a způsobu organizace výuky.
1) Badatelsky orientovaná výuka: zahraniční podněty pro inovaci výuky na PřF JU (neveřejné)
Pracovní materiál, inspirace a podněty pro vnitrofakultní diskusi (01/2020 – 02/2021)
2) Vyučovací předměty v OV Biologie, ekologie a ochrana životního prostředí na PřF JU (neveřejné)
Pracovní materiál, analytický podklad pro vnitrofakultní diskusi (02/2020 – 04/2021)
3) Podněty a doporučení k inovaci výuky na PřF JU (neveřejné)
Pracovní materiál, konkretizace bodů k rozpracování v podobě metodiky implementace nového pojetí výuky na PřF JU (03/2021 – 08/2021)
4) Modulový systém výuky na PřF JU (neveřejné)
Pracovní materiál, podklad pro vnitrofakultní diskusi a analýzu časové a prostorové náročnosti výuky, ve finální podobě součást Metodiky badatelsky orientované výuky (09/2021 – 06/2022)
5) Metodika badatelsky orientované výuky na PřF JU (veřejné)
Metodický dokument stanovující zásady implementace badatelsky orientované výuky na PřF JU, vodítko pro vyučující, garanty předmětů a studijních programů, vedoucí kateder a rozvrháře (04/2022 – 09/2022)
6) Implementace modulové výuky do vnitřních předpisů PřF (veřejné)
Oficiální dokument upravující pravidla studia v rámci inovovaného systému výuky v návaznosti na Studijní a zkušební řád JU (10/2022 – 12/2022)
Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
01/01/2020 - 31/12/2022
MŠMT, Výzkumné infrastruktury
Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová
ELIXIR-CZ (LM2018131)
Název CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data
Název EN: Czech National Infrastructure for Biological Data
Koordinátor: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Partneři: Biologické centrum AV ČR, v. v. i., Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., CESNET, zájmové sdružení právnických osob, České vysoké učení technické v Praze, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Masarykova univerzita, Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i., Univerzita Karlova, Univerzita Palackého v Olomouci, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Západočeská univerzita v Plzni
Řešitel: Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
Realizace: 01/01/2020 – 31/12/2022
Rozpočet: 146 845 000 Kč (projekt) / 6 283 000 Kč (PřF)
Poskytovatel: MŠMT
Program: Výzkumné infrastruktury
Elixír CZ je velká významná infrastruktura v oblasti věd o živé přírodě zaměřená na biologická data, jejich zpracování, uchovávání, sdílení a analýzu. Český uzel ELIXIR reprezentovaný ÚOCHB AV ČR jako národní uzel pro bioinformatiku, který zahrnuje pokročilé výpočetní prostředí, vyhrazené datové sbírky a jedinečné nástroje poskytované komunitě pro vědu o živé přírodě. Uzel je vytvořen a provozován jako distribuovaná infrastruktura, která v současné době zahrnuje čtrnáct organizací. Partnerské instituce poskytují českým vědcům a mezinárodní vědecké komunitě nástroje a databáze v režimu otevřeného přístupu. Jedním z partnerů je i Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích.
Spojení mezi národními a celoevropskými výzkumnými strukturami ve třech silných oblastech:
1) Nejpokročilejší a nejrozvinutější oblast patří do oblasti strukturní bioinformatiky se zaměřením především na služby a vývoj konkrétních nástrojů. Strukturální oblast bioinformatiky je velmi úzce spojena s českými partnery pro IT infrastrukturu výzkumu - konkrétně CESNET a CERIT SC, které poskytují nejen výpočetní a úložnou kapacitu, ale také know-how v oblasti sítí a využívání heterogenních zdrojů.
2) Druhou největší oblast představují kurátorované databáze ve dvou hlavních oblastech - specifické sbírky genomových údajů o mikroorganismech a rostlinách a databáze cheminformatiky, které slouží také jako propojovací prvek mezi dalšími projekty biomedicínské infrastruktury, jako jsou EU-OPENSCREEN a EATRIS.
3) V neposlední řadě jsou IT specializovaná řešení pro infrastrukturu ELIXIR vyvíjena IT partnery a jejich zapojení do dalších projektů ELIXIR CZ představuje společnou platformu pro sjednocení a efektivitu celého procesu. Uzel slouží také jako koordinační platforma národních bioinformatických aktivit a je zodpovědný za jednotnost dat, aplikaci standardů ELIXIR a za celosvětovou přístupnost v celém výzkumném prostoru v České republice.
Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
01/03/2019 – 28/02/2022 (prodlouženo do 30/9/2022)
Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020
Realizace projektu je prodloužena do 30/9/2022.
Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová
MAID (BY-CZ 260)
Název CZ: Magisterské studium umělé inteligence a Data Science
Název DE: Masterstudium der Künstlichen Intelligenz und Data Science
Koordinátor: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Partneři: Technische Hochschule Deggendorf
Řešitel: Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
Realizace: 01/03/2019 – 28/02/2022
Rozpočet: 937 584,87 EUR (projekt) / 449 984,87 EUR (PřF)
Poskytovatel: Bavorské státní ministerstvo hospodářství, energie a technologie
Program: Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020
www
V rámci tohoto projektu Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích a Technická vysoká škola v Deggendorfu realizují společný přeshraniční magisterský studijní program zaměřený na umělou inteligenci, data science, big data a data mining. Předmětem projektu je připravit akreditační materiály, úspěšně projít akreditačním procesem na české i bavorské straně, jehož výstupem bude akreditovaný double joint program zakončený společným diplomem. Společný studijní program se skládá z povinného semestru na každé z obou vysokých škol. Vyučovacím jazykem je angličtina. Na vědecké úrovni je program velmi moderní a zaměřuje se na špičková témata jako je strojové učení, autonomní inteligentní systémy a automatické zpracování big dat. Do přípravy se společně s oběma partnerskými univerzitami zapojí i regionální firmy, aby obsah programu naplňoval jejich potřeby a zájmy jako budoucích zaměstnavatelů absolventů studia. Projekt přispěje k dlouhodobému rozvoji technologických odvětví v regionu jedinečným a udržitelným způsobem.
prof. Ing. Josef Elster, CSc.
01/09/2019 – 30/04/2023
Projektový manažer: Ing. Renata Krinesová
Cílem projektu je vytvoření vysokoškolské učebnice Polární ekologie Svalbardu. Svalbard je souostroví v Severním ledovém oceánu, nacházející se severně od kontinentální Evropy. Svalbard je dobře prozkoumaná část světa a nejvíce prozkoumaná oblast v Arktidě. Cílem projektu je napsat učebnici polárního ekologie, která bude zaměřena na živé vědy a na příkladech ze Svalbardu bude dokumentovat ekologické jevy, vztahy a zákonitosti.
Zároveň učebnice představí vysokoškolské studium na univerzitě v Longyearbyenu a na Přírodovědecké fakultě, Jihočeské univerzitě v Českých Budějovicích, v Centru polární ekologii (CPE). Kniha bude dvojjazyčná, v angličtině a v češtině. Autory budou odborníci z různých oborů arktických studií z obou institucí. Kniha bude k dispozici v PDF na stránkách CPE ke stažení zdarma.
Číst dál …Projekty Přírodovědecké fakulty JU financované z fondů EU
