(Spolu)řešitel na KBE: Jaroslav Vrba
Poskytovatel: Grantová agentura České republiky
Doba trvání: 2015 - 2017

Cíle projektu: 
Hlavními cíli projektu je zpracování vzorků zooplanktonu a analýzy dosud nevyhodnocených datových řad o stratifikaci, chemismu a planktonu, získaných během ~60 let dlouhodobého ekologického výzkumu Slapské nádrže.

Popis projektu: 
Projekt je zaměřen na dosud neprobádané dědictví české nádržové limnologie: téměř 60-letá data o stratifikaci, chemismu a planktonu Slapské nádrže. Jejich zpracování umožní popsat změny v druhovém složení, fenologii, množství biomasy a velikostní struktuře klanonožců a perlooček a určit druhově specifické odpovědi na antropogenní a klimatické změny v celém povodí Slapské nádrže od výstavby Vltavské kaskády. Výstupy projektu prohloubí obecné porozumění řídícím vlivům v ekologii plankonu, hlavně vlivům klimatu, hydrologie a teplotní stratifikace, hydrodynamiky nádrže a zatížení živinami na strukturu a sezonní vývoj planktonních společenstev. Získané závěry budou použitelné zejména pro morfologicky podobné nádrže mírného pásma.

Řešitel: prof. RNDr. Karel Šimek, CSc.
(Spolu)řešitel na KBE: Karel Šimek
Nositel projektu: Hydrobiologický ústav
Doba trvání: 2013 - 2017

Cíle projektu: 
S využitím terénních i laboratorních pokusu s izolovanými kmeny dvou důležitých skupin Betaproteobacteria porovnat jejich hlavní ekofyziologické a genomické charakteristiky v návaznosti na jejich roli v přenosu uhlíku do vyšších trofických hladin prostřednictvím heterotrofních bicíkovců.

Popis projektu: 
V projektu děláme výzkum životních strategií bakterií a charakteristik genomu reprezentativních kmenů ze dvou klíčových skupin Betaproteobacteria, rodu Limnohabitans a rodu Polynucleobacter, jejichž ekofyziologické vlastnosti a pro ně typická vodní prostředí jsou velmi odlišná. Předpokládáme, že různé druhy těchto skupin bakterií, které jsou početné v přírodních vodách, se liší jak růstovým potenciálem, tak i rychlostí, s jakou jsou pohlcovány bičíkovci. Právě interakce bakterie – fagotrofní bičíkovci také významně ovlivňuje jejich roli v toku uhlíku do vyšších trofických úrovní. Úspěšně jsme izolovali velkou sbírku kmenů z obou cílových skupin bakterií, která umožní studium jejich diverzity, ekologických a genomických charakteristik. Navrhujeme soubor specifických in situ pokusů, které usnadní testovat fyziologické charakteristiky a přenos uhlíku z testových skupin (ale i z jednotlivých kmenů) bakterií do bičíkovců ve čtyřech různých nádržích a jezerech. Tato data přináší nové náhledy do životních strategií planktonních bakterií a umožní i určitou revizi jejich současných konceptů. Vedle toho jsou vyvíjeny nové genetické sondy (metoda CARD-FISH), které umožňují detekci a stanovení početnosti různých genetických linií bakterií rodu Limnohabitans přímo ve vodním prostředí. Projektové aktivity kombinují práce s bakteriálními kulturami a řadu terénních pokusů zejména na nádrži Římov a na Jiřické nádrži v Novohradských horách

(Spolu)řešitel na KBE: Eva Kaštovská
Poskytovatel: Grantová agentura České republiky
Doba trvání: 2016 - 2018

Cíle projektu: 
Hlavním cílem projektu je pochopit a popsat vztah mezi C:N stechiometrií rostlinné biomasy, jejími fyziologickými projevy a aktivitou mikroorganismů v rhizosféře a dále zjistit jak posuny v C:N poměru rostliny a s tím související fyziologické změny ovlivňují cykly C a N v půdě.

Popis projektu: 
Rostliny významně ovlivňují procesy probíhající v půdě. Děje se tak především prostřednictvím organických látek uvolňovaných z kořenů. Ty mění fyzikálně-chemické prostředí v okolí kořenů, ovlivňují složení půdního mikrobního společenstva v rhizosféře a  představují klíčový zdroj snadno dostupného substrátu pro tyto mikroorganismy. Zvýšená mikrobiální aktivita vede k rozkladu stabilnější půdní organické hmoty, z níž se uvolňují živiny limitující primární produkci a jsou tak dostupnější pro kořeny. Tento projekt je zaměřen na studium vztahů mezi C:N stechiometrií rostlinné biomasy a látek uvolňovaných z kořenů do půdy a jejich následný vliv na mikrobiální aktivitu a transformace C a N v půdě. Předpokládáme, že C:N poměr rostlinné biomasy je úzce spojen se složením rostlinných metabolitů a s C:N poměrem kořenových exsudátů.  Výsledný C:N poměr kořenových exsudátů významně ovlivňuje mikrobiální procesy v půdě, produkci extracelulárních enzymů a s tím související rozklad organické hmoty . Dosud však tyto vztahy nebyly systematicky studovány ani v rámci rostliny, ani v rámci systému rostlina-půda. Ke studiu těchto vztahů chceme využít manipulativní mesokosmový pokus se dvěma druhy rostlin s odlišnou nutriční strategií, konzervativní a kompetitivní. Hnojením N na list ovlivníme C:N stechiometrii rostlinné biomasy. Výchozí podmínky v půdě však zůstanou stejné a kořenové rhizodepozice budou představovat jediný dodatečný vstup N do půdy. Pomocí biochemických a analytických metod včetně značení stabilními izotopy C a N a rostlinné metabolomiky budeme sledovat vztah mezi zvýšenou koncentrací N v rostlinné biomase a dalšími funkčními znaky rostliny a jejich následný vliv na cykly C a N v půdě.

Řešitel: David Boukal
(Spolu)řešitel na KBE: David Boukal
Poskytovatel: Grantová agentura České republiky
Doba trvání: 2017 - 2019

Popis projektu: 
Pochopení způsobů, jakými klimatická změna ovlivní ekosystémy, je jednou z velkých výzev současné ekologie a biologie ochrany přírody. Ohrožení řady sladkovodních ektotermů stoupajícími teplotami vzhledem k jejich omezeným schopnostem šíření může být alespoň částečně vyváženo jejich fenotypovou plasticitou. Pomocí laboratorních experimentů a počítačových simulací proto zkoumáme, jakou roli v životních cyklech a mezidruhových vztazích sladkovodních ektotermů vystavených předpokládané klimatické změně hrají teplotně závislá výkonnost jedinců a teplotně indukovaná fenotypová plasticita. Našimi modelovými skupinami jsou vodní hmyz a čolci (ve spolupráci s Lumírem Gvoždíkem z Ústavu biologie obratlovců AV ČR).