Realizované projekty

• 

  Genetická diverzita populací sysla obecného v České republice

  www.tacr.cz  www.mzp.cz

  Registrační číslo projektu: SS07010077

  Název projektu: Genetická diverzita populací sysla obecného v České republice

  Hlavní řešitel: RNDr. Štěpánka Říčanová, Ph.D.

  Partneři projektu: Jihočeská zoologická zahrada Hluboká nad Vltavou, ALKA Wildlife, o.p.s., Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta

  Realizace projektu: 1. 4. 2024 – 31. 12. 2026 

  Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 6 752 400 Kč

• Ochrana máku proti patogenům a škůdcům s využitím váčkům-podobných nanočástic doručující exRNA

  Registrační číslo projektu: LUC23146

  Název projektu: Ochrana máku proti patogenům a škůdcům s využitím váčkům-podobných nanočástic doručující exRNA

  Hlavní řešitel: doc. Ing. Martin Janda, Ph.D.

  Realizace projektu: 1. 9. 2023 - 31. 8. 2025

  Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 3 826 250 Kč

  „Tento projekt je realizovaného v rámci podprogramu INTER-COST (LUC23), programu INTER-EXCELLENCE II“

• 

  Sledování půdní mikrobiální diverzity prostřednictvím rostlin a jí vliv na dynamiku uhlíku napříč evropskými rašeliništi

  Registrační číslo projektu: SS73020006

  Název projektu: Sledování půdní mikrobiální diverzity prostřednictvím rostlin a její vliv na dynamiku uhlíku napříč evropskými rašeliništi

  Hlavní řešitel: RNDr. Tomáš Hájek, Ph.D.

  Partneři projektu: Natural Resources Institute Finland (Luke), German Research Centre for Geosciences GFZ, University of  Tartu

  Realizace projektu: 01. 01. 2024 –  31. 12. 2026

  Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 2 446 550 Kč

  „Tento projekt je financován se státní podporou Technologické agentury ČR a Ministerstva životního prostředí ČR v rámci Programu
  Prostředí pro život.“

   

• 

  KOMPAKTNÍHO MEMS PIRANI MANOMETR PRO ROBUSTNÍ TECHNOLOGICKÉ APLIKACE

  Poskytovatel: TAČR-PROGRAM TREND 10

  Rozpočet projektu:

  Rozpočet za JU:

• Education for Ecosystem Ecology, Society and Management., EcoSocMan

  Registrační číslo projektu: 2023-1-DE01-KA220-HED-000153880

  Název projektu: Education for Ecosystem Ecology, Society and Management., EcoSocMan

  Hlavní řešitel: Ulm University (UULM), a public body, represented by its CFO and Chancellor Dieter Kaufmann

   

  Status JČU: partner s finančním příspěvkem

  Realizace projektu: 01.12.2023 - 30.11.2026

  Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 400 000 EUR/57 900 EUR

  Cíl projektu: Cílem tohoto projektu je zvýšit znalosti a povědomí o změnách životního prostředí vyvolaných změnou klimatu v celé Evropě a řešit dezinformace o ekologických otázkách ve veřejném diskurzu. Tento projekt chce propojit studenty, učitele a odborníky, aby vytvořili nadnárodní evropskou síť a usnadnili transdisciplinární a kooperativní učení propojením přírodních a společenských věd a dalších společenských aktérů.

   

  Stručný popis projektu: Klíčovými aktivitami k dosažení cílů projektu jsou každoroční online kurz a letní škola pořádaná ve vybrané partnerské zemi, kde každý partner přispěje konkrétními přednáškami. Tyto přednášky tvoří společný základ pro praktickou aplikaci získaných výsledků a jejich ověření během konání letní školy. Snahou je také zlepšit výukové materiály a metody, a to na základě průběžného hodnocení ze strany studentů a učitelů. Cílem je také zpřístupnit tyto materiály a metody širší veřejnosti.

   

• Vývoj diagnostických multiplex testů relevantních pro emergentní infekce přenášené klíšťaty

  Registrační číslo projektu: CZ.01.01.01/01/22_002/0000957 

  Název projektu: Vývoj diagnostických multiplex testů relevantních pro emergentní infekce přenášené klíšťaty

  Hlavní řešitel: GEN-TREND s.r.o

  Status JČU: partner s finančním příspěvkem

  Realizace projektu: 01.07.2024 – 30.06.2026

  Výše dotace projektu/Výše dotace pro JČU: 4 251 733,80 Kč

  Cíl projektu: 

  Výstupem předkládaného projektu budou tři diagnostické technologie, které především na českém trhu vytvoří zcela unikátní produkty. Spolu s Přírodovědeckou fakultou Jihočeské univerzity, která zaměstnává odborníky v oblasti genetiky, výzkumu klíšťat a klíšťaty přenášených onemocněních – budou přesně a správně interpretovány výsledky těchto inovovaných genetických i molekulárně-biologických produktů.

   

  Stručný popis projektu: 

  Předkládaný projekt přináší velmi aktuální tématiku emergentních nákaz přenášených klíšťaty. Klíšťata, jakožto krev sající členovci mají ve střední Evropě hojné rozšíření a přenášejí řadu závažných zoonóz. Mezi onemocnění s nejčastějším výskytem v České republice patří Lymeská borelióza (LB), u které se počet diagnostikovaných případů pohybuje okolo 4000 za rok. Vzhledem k nespecifickým příznakům bývá v první fázi často zaměněno za virózu. V pozdnějších stádiích je toto onemocnění již obtížně stanovitelné a léčitelné. Proto se odhaduje, že incidence onemocnění bude vyšší, než je hlášeno do národního informačního systému ISIN. I ostatní infekce přenášené klíšťaty mají v začátcích onemocnění nespecifické příznaky, pozdější stádia onemocnění bývají často provázena závažnými komplikacemi a jsou hůře léčitelná. Z tohoto důvodu je důležité včasné a správné stanovení diagnózy. Diagnostika infekcí již přímo v klíštěti, které sálo na inkriminované osobě, zvyšuje pravděpodobnost správného a včasného stanovení případné nákazy při propuknutí prvních příznaků. Zaváděná technologie však umožňuje diagnostiku onemocnění přenášených klíšťaty i z jiného biologického materiálu.

  https://www.gentrend.cz/cs/o-nas

  

• Dynamics of the Solar Corona in the Era of Data Intensive Observations

  Akronym: DynaSun

  Realizace: 1. 3. 2024 – 29. 2. 2028

  Hlavní řešitel: doc. RNDr. Petr Jelínek, Ph.D., Katedra fyziky

  Koordinátor projektu: KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN,

  Partneři projektu: UNIVERSITAET GRAZ, MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV, CONSEJO NACIONAL DE INVESTIGACIONES

  CIENTIFICAS Y TECNICAS, UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA, UNIVERSITY OF NORTHUMBRIA AT NEWCASTLE, THE UNIVERSITY OF WARWICK

  Typ grantu: HORIZON TMA MSCA Staff Exchanges

  Poskytovatel: European Research Executive Agency

  Rozpočet: 924 600 EUR

  Cílem tohoto projektu je navázat úzkou výzkumnou spolupráci mezi několika předními evropskými a jihoamerickými výzkumnými pracovišti, specializujícími se na sluneční fyziku a získat nové, paradigmatické poznatky o dynamických procesech ve sluneční atmosféře, prostřednictvím systematické výměny výzkumných pracovníků a znalostí a společného výzkumného úsilí s využitím stávajících dat a zařízení, včetně inovativních technik analýzy dat založených na přístupu strojového učení. Očekávaným vědeckým dopadem je významný rozvoj našich znalostí o klíčových fyzikálních procesech probíhajících ve sluneční atmosféře, včetně průlomu v odhalování mechanismu koronálního ohřevu, transformační pokrok v našem chápání impulsních energií, jako jsou sluneční erupce a CME, významný rozvoj teorie MHD vln a první použití technik strojového učení při studiu vlnových procesů ve sluneční atmosféře.

  Projekt zahrnuje čtyři vědecké pracovní balíčky, které se zabývají konkrétními klíčovými výzvami moderní sluneční fyziky a heliofyziky: kvazi-periodické pulzace ve slunečních erupcích, ohřev vln a spojení se spodní atmosférou, vývoj třídimenzionální morfologie CME, kinematické oscilace koronálních vyloučení hmoty a pracovní balíček pro komunikaci a šíření informací. Očekávané ekonomické a technologické dopady zahrnují získání přímých zkušeností s analýzou složitých oscilačních procesů, zkušenosti s navrhováním a používáním technik strojového učení pro rozpoznávání vzorů, nové technologie pro analýzu oscilačních procesů a pro diagnostické techniky vstupních parametrů pro modely předpovědi kosmického počasí, vytvoření zázemí pro výměnu znalostí se zahraničními partnery s místními průmyslovými odvětvími a přípravu vysoce kvalifikovaných odborníků v oblasti numerického modelování a analýzy dat. Očekávaný společenský dopad je posílení výzkumných vazeb mezi evropskými a americkými výzkumnými komunitami, zlepšení povědomí veřejnosti o problematice výzkumu a vývoje moderní sluneční a heliofyziky a motivace studentů škol k vědecké kariéře.

• IPMAI - Interpretable Prescriptive Maintenance using Artificial Intelligence

  Název CZ: Preskriptivní přenositelná údržba pomocí umělé inteligence
  Název EN: Interpretable Prescriptive Maintenance using Artificial Intelligence

  Číslo projektu: ATCZ00060
  Řešitel: doc. Ing. Ivo Bukovský, Ph.D.., Katedra informatiky
  Vedoucí partner: Software Competence Center Hagenberg GmbH, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Vysoká škola polytechnická Jihlava, Intemac Solutions, s.r.o., CDP Center for Digital Production GmbH, IPN Intelligent Predictive Networks GmbH,
  Partneři: FH OÖ Forschungs & Entwicklungs GmbH, AC2T research GmbH,  Business Upper Austria - OÖ Wirtschaftsagentur GmbH, dataPartner s.r.o.
  Realizace: 01/01/2024 – 31/12/2026
  Rozpočet: 1.730.661,50 EUR (projekt) / 162.257,76 EUR (PřF)
  Poskytovatel: Úřad Zemské vlády Dolní Rakousko
  Program: Interreg Rakousko - Česko 2021-2027
  

  Anotace

   IPMAI zavádí novou strategii údržby strojů s převodovkami založenou na umělé inteligenci.

   Cílem evropské politiky je podpořit vedoucí postavení evropského průmyslu v celosvětovém měřítku. Umělá inteligence přitom hraje ústřední roli, neboť významně přispívá k efektivnímu a udržitelnému průmyslu a výrobě (viz Green Deal). Rozšiřování efektivního a udržitelného průmyslu a výroby představuje také základní kámen hornorakouské hospodářské a výzkumné strategie #upperVision2030 a inovační strategie České republiky 2019-2030, a tedy ústřední lokalizační a konkurenční faktor Rakouska a České republiky.

  Stejně jako předchozí projekt PredMAIn se tedy i projekt IPMAI zabývá tématem umělé inteligence specificky se zaměřením na malé a střední podniky, avšak s jiným a rozšířeným cílem. To je důležité, protože průmysl a společnost se v důsledku nedávného vývoje v oblasti umělé inteligence (dále AI – artificia intelligence) nacházejí v období převratných změn. Nové systémy AI, jako je ChatGPT (USA) a Aleph Alpha (Evropa), to jasně ukazují.

  Zejména pro průmysl v programové oblasti (většinou malé a střední podniky) má AI obrovský potenciál. Zpřístupnění výhod AI se ziskem malým a středním podnikům je proto motivací IPMAI. Pouze pokud budou MSP v programovém regionu schopny AI správně využívat, lze zaručit, že výše zmíněná lokalizační a konkurenční výhoda bude zachována. Zatímco v jiných regionech světa, např. v Číně, se pěstuje poměrně neomezené využívání AI, Evropa zavedla nedávno přijatým zákonem o AI první zákon o AI na světě. Ústřední roli v něm hraje důvěryhodnost systémů AI. Pokud budou lidé, např. obsluha strojů, rozumět výsledkům systémů AI, jako jsou předpovědi očekávaných chyb stroje apod, budou schopní je akceptovat . Zásadním krokem k této důvěryhodnosti je vysvětlení výsledků systémů AI lidem - "vysvětlitelná AI". A právě zde přichází na řadu projekt IPMAI.

   Inovace

   Cílem projektu IPMAI je výrazně zjednodušit údržbu prostřednictvím vysvětlitelné AI pro všechna průmyslová výrobní zařízení s převodovkami. Díky IPMAI bude možné využívat AI nejen k určování údržby, ale také k optimalizaci provozu. Vezmeme-li jako příklad COBOTS (průmyslové roboty, které se používají zejména pro spolupráci s lidmi převážně na výrobních linkách. Mohou vykonávat úkoly zahrnující vysokou přesnost, rychlost zpracování nebo zatížení, které nemůže provádět lidská obsluha.

  Přístup IPMAI je obecně použitelný díky vysvětlením generovaným umělou inteligencí, která jsou inovativní 1) z hlediska přijetí uživatelem a 2) díky použití převodovky jako obecného indikátoru opotřebení.

   Pro lepší pochopení této novinky: stroje se skládají z mnoha součástí ovládaných převodovkou. Až dosud musely být všechny tyto komponenty sledovány odděleně. Inovace IPMAI spočívá v tom, že nyní je třeba sledovat pouze převodovku, aby bylo možné identifikovat případnou potřebu údržby ostatních částí stroje ovládaných touto převodovkou (např. vysoké tření poháněné součásti v důsledku špatného mazání). Tím se snižuje počet nákladných oprav a prodlužuje se životnost strojů. Výrobci převodovek a výrobních strojů s těmito převodovkami se nacházejí v programové oblasti. Velký počet vyjádření zájmu ze strany těchto společností (především malých a středních podniků) potvrzuje význam této inovace v programové oblasti.

   Nový systém údržby výrobních strojů s převodovkami rovněž poskytuje vysvětlení pro jejich optimální využití a usnadňuje tak technikům a obsluze strojů manipulaci se systémem údržby. Těmito vysvětlivkami (například o procesech opotřebení a prognózách zbývající doby provozu stroje) se IPMAI odlišuje od předchozího projektu PredMAIn a rozšiřuje jej. Zvyšuje tak přijatelnost nových typů systémů umělé inteligence a umožňuje, aby tuto práci vykonával i personál s pouze průměrným vzděláním. To zmírňuje problém nedostatku kvalifikovaných pracovníků a přispívá tak k zajištění umístění malých a středních podniků v programovém regionu.

  Realizace a konsorcium

  Pro IPMAI bylo sestaveno konsorcium ze všech šesti regionů programové oblasti, které spojuje všechny potřebné kompetence. Kromě toho je zajištěno, že zjištění a výše uvedené změny související s AI v průmyslu a společnosti jsou šířeny ve všech regionech programového území Interreg AT-CZ. Toto šíření zajišťuje klastrová organizace Biz-up.

• PANVIPREP - Vývoj širokospektrálních antivirotik pro pandemickou připravenost

  Název CZ: Vývoj širokospektrálních antivirotik pro pandemickou připravenost
  Název EN: Developing broad-spectrum antiviral drugs for pandemic preparedness
  Řešitel: prof. Mgr. Ivana Kutá Smatanová, Ph.D., Katedra chemie
  Koordinátor: ACADEMISCH ZIEKENHUIS LEIDEN, Nizozemí
  Partneři: UNIVERSITE D'AIX MARSEILLE, Francie,CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE, Francie, INSTITUT NATIONAL DE LA , Belgie, CENTRUM VOOR INNOVATIE EN STIMULATIE VAN MEDICIJNONTWIKKELING LEUVEN VZW, Belgie, UNIVERSITEIT UTRECHT, Nizození, UNIVERSITAET zu LUEBECK, Německo, HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH, Německo, JANSSEN PHARMACEUTICA NV, Belgie, VYSOKA SKOLA CHEMICKO-TECHNOLOGICKA V PRAZE, AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS, Španělsko, Zafiro Business Solutions Korlatolt Felelossegu Tarsasag, Maďarsko
  Realizace: 01/01/2024 – 31/12/2027
  Rozpočet: 7 999 295.00 EUR (projekt) / 250 000.00 EUR (PřF)
  Poskytovatel: Evropská komise
  Program: HORIZON-HLTH-2023-DISEASE-03
  https://www.panviprep.eu/Article/Home

  Jak nedávno ukázala pandemie COVID-19, známé i nově se objevující RNA viry nadále představují velkou hrozbu pro veřejné zdraví, a to v důsledku kombinace společenských, ekologických a ekonomických faktorů. Kromě vakcín, jejichž vývoj a výroba trvá mnoho měsíců, by náš soubor nástrojů připravenosti na budoucí propuknutí virů měl zahrnovat také účinná a bezpečná antivirotika. Malomolekulární sloučeniny zaměřené na základní funkce při replikaci virů nabízejí důležitou, ale podceňovanou možnost profylaktického a terapeutického zásahu. Léčiva s potvrzenou širokospektrou účinností proti danému rodu nebo rodině virů lze skladovat, aby byla k dispozici pro okamžitou distribuci v krizové situaci. Takováto přímo působící antivirotika jsou však v současné době k dispozici pouze pro několik rodin virů.

  Konsorcium PANVIPREP zahrnuje 14 evropských partnerů s doplňujícími se odbornými znalostmi v oblasti virologie, strukturní biologie, medicinální chemie, farmakologie a strojového učení. Společně se snaží přispět k antivirové připravenosti na pandemii tím, že pilotují a rozvíjejí vývoj antivirových léčiv, zejména prostřednictvím:

  • vývoje a rozvoje širokospektrálních antivirových sloučenin zaměřených na pět vybraných rodin RNA virů s vysokým epidemickým nebo pandemickým potenciálem;
  • poskytování nových poznatků o RNA virech a nástrojů, včetně molekul, které blokují nové molekulární cíle v cyklu virové replikace;
  • zavádění technologických inovací pro urychlení objevování a vývoje antivirových léčiv.

• MATTER - Mechanismy a patologie imunitní a metabolické dysfunkce u neurovývojových poruch

  Fencková Michaela, Katedra molekulární biologie a genetiky
  01/07/2021 – 30/06/2023
  MŠMT OPVVV, 02-20-079 MSCA IF IV, ID CZ.02.2.69/0.0/0.0/20_079/0017633

   Projektový manažer: Mgr. Ivana Očásková

  MATTER mobilita (ID CZ.02.2.69/0.0/0.0/20_079/0017633)
  Název CZ: Mechanismy a patologie imunitní a metabolické dysfunkce u neurovývojových poruch
  Název EN: Mechnanisms and pathology of immune and metabolic dysfunction in neurodevelopmental disorders
  Řešitel: Fencková Michaela
  Mentor: Doležal Tomáš, Katedra molekulární biologie a genetiky
  Realizace: 01/07/2021 – 30/06/2023
  Rozpočet: 4 006 392 CZK (PřF)
  Poskytovatel: MŠMT

  Výzva: OPVVV, 02-20-079 MSCA IF IV

  www

  Abstrakt

  Mentální poruchy (ID) a poruchy autistického spektra (ASD) jsou devastující a současně se vyskytující neurovývojové poruchy. Doprovodné imunitní a metabolické patologie mají velký dopad na morbiditu a mortalitu onemocnění, ale léčebné strategie jsou omezené. Jsem přesvědčena, že identifikace základních kauzálních mechanismů to může změnit a vést k vývoji účinné léčby. Chci prozkoumat roli genetických defektů, které jsou zodpovědné za kognitivní a behaviorální deficity u ID/ASD při imunitní a metabolické dysfunkci. Použiji model octomilky Drosophila melanogater, se silnou genetickou a biologickou podobností s lidmi. Budu manipulovat ortologické geny ID/ASD s důležitou kognitivní funkcí, zvýšenou transkripční aktivitou v imunitní odpovědi a spojením s imunitními nebo metabolickými anomáliemi u jedinců s ID/ASD. Budu hledat ty, které způsobují snížené přežití při bakteriální infekci. Dále určím, které mechanismy jsou základem defektů přežití, ověřím jejich roli v imunitní odpovědi a imunitně podmíněných metabolických procesech a pokusím se interferencí s nimi o obnovu funkce těchto procesů. Očekávám, že objevím nové léčebné cíle a strategie , které lze převést do kliniky a eliminovat imunitní a metabolické patologie u osob s ID/ASD. Kromě toho budu zkoumat vztah imunitní metabolické dysfunkce ke kognitivním deficitům, což je základní rys ID/ASD. Pokud najdu propojení, mohou být nově objevené léčebné strategie také užitečné při léčbě kognitivních příznaků. Můj výzkum má tedy velký potenciál k otevření zcela nového biologického tématu v neurovývojových poruchách. Vylepšený výzkumný směr zavedený v tomto projektu na modelu drozofily mi umožní zachytit klinickou složitost poruch ID/ASD, posunout mé znalosti o základních mechanismech a pomoci mi splnit mé dlouhodobé výzkumné poslání: najít léčbu ID/ASD.

  Cíle

  • Výzkum mechanismů a patologie imunitní a metabolické dysfunkce u neurovývojových poruch (porucha autistického spektra, ASD)
  • Identifikace základních kauzálních mechanismů k rozvoji účinné léčby.
  • Výzkum role genetických defektů, které jsou zodpovědné za kognitivní a behaviorální deficity u ID/ASD onemocnění v imunitní a metabolické dysfunkci.

  Výstupy

  • Publikování výsledků výzkumu ve špičkových časopisech s otevřeným přístupem (PLOS Biology, eLife, Nature Communications).
  • Prezentace poznatků na mezinárodních konferencích.
  • Účast na různých akcích, jako jsou návštěvy školy, dny otevřených dveří, kurzy a Evropská noc vědců.

  

• EvoGamesPlus - Evoluční hry a populační dynamika: od teorie k aplikacím

  Křivan Vlastimil, Katedra matematiky
  01/03/2021 – 28/02/2025
  EC, H2020-MSCA-ITN-2020, ID 955708

  Projektový manažer: Mgr. Kateřina Máchalová Zemanová

  

  EvoGamesPlus (ID 955708)
  Název CZ: Evoluční hry a populační dynamika: od teorie k aplikacím
  Název EN: Evolutionary games and population dynamics: from theory to applications
  Řešitel: Křivan Vlastimil, Katedra matematiky
  Koordinátor: Staňková Kateřina, University of Maastricht, Nizozemí
  Partneři: City University of London, London, UK; Max-Planck-Gesellschaft zur Forderung der Wissenschaften EV, Munich, Germany; Okologiai kutatokozpont, Tihany, Hungary; Technische Universiteit Delft, Delft, Netherlands; University College Cork - National University of Ireland, Cork, Ireland; Uniwersytet Warszawski, Warszawa, Poland; Medizinische Universitaet Wien, Vienna, Austria; Queen Mary University of London, London, UK; Universita degli Studi di Torino, Torino, Italy; The University of Liverpool, Liverpool, United Kingdom; Szegedi Tudomanyegyetem, Szeged, Hungary; Jihoceska univerzita v Ceskych Budejovicich, CZ; Instituto per L´Interscambio Scientifico, Torino, Italy
  Realizace: 01/03/2021 – 28/02/2025
  Rozpočet: 3 980 389,90 EUR (projekt) / 234 871,42 EUR (PřF)
  Poskytovatel: Evropská komise
  Program: H2020-MSCA-ITN-2020
  www

  Abstrakt

  Evoluční teorie her (ETH) byla vyvinuta jako matematický prostředek pro popis Darwinovy evoluce. Hrála klíčovou roli v objasnění evoluce agresivity (model jestřábi a hrdličky) a evoluci kooperace (vězňovo dilema). Původní modely se zaměřovaly na popis změn procentuálního zastoupení jednotlivých strategií (fenotypů) v populaci a neuvažovaly důležité faktory, jako jsou např. změny ve velikosti populace, interakce mezi dvěma nebo více populacemi, sociální vztahy atd. V průběhu času byla řada těchto faktorů zohledněna v rámci ETH a byla vyvinuta řada nových metodologií. ETH byla také použita v oblastech jako je ekonomie, sociální vědy, politologie a medicína. Jedná se tedy o rychle se rozvíjející oblast jak v oblasti základní metodologie, tak i aplikací. Vzhledem k tomu, že rozvoj a aplikace ETH vyžadují mezioborové znalosti jak v matematice, tak i v biologii, nabízí tento projekt začínajícím výzkumným pracovníkům dobrou příležitost takové znalosti získat. Projektu se účastní 15 evropských institucí a dále 15 spolupracujících institucí z celého světa. Projekt se zaměřuje na 4 výzkumná témata, která jednak rozvíjejí metodické přístupy ETH (např. modelování strukturovaných populací, diferenciální rovnice) a dále se zaměřují na aplikace (modelování rakoviny, modelování dynamiky interagujících populací a epidemiologií).

  Cíle

  Cílem projektu EvoGamesPlus je vyškolit 15 mladých výzkumných pracovníků, kteří se seznámí se současným stavem poznání v oblasti ETH a budou schopni získané znalosti aplikovat na řešení problémů v reálném světě. EvoGamesPlus se zaměřuje na následující oblasti:

  • Vývoj modelů ETH popisujících interakce ve strukturovaných populacích.
  • Dynamické aspekty ETH.
  • Aplikace ETH na modelování rakoviny a návrhy nových přístupů pro léčbu.
  • Vývoj ekologických a epidemiologických modelů.

  Výstupy

  • Publikace ve vědeckých časopisech a konferenčních sbornících.
  • Pravidelné prezentace výsledků na mezinárodních vědeckých konferencích ze strany ESR a dalších výzkumných pracovníků působících v rámci tohoto projektu.
  • Prezentace výsledků studentům místních vysokých škol akademických institucí.
  • Konference v rámci ITN budou přístupné všem vědcům a prezentace budou volně dostupné na webových stránkách sítě.
  • Kdykoli je to možné, budou data volně dostupná prostřednictvím veřejného úložiště dat.
  • Každý ESR bude během svého doktorského programu nejméně dvakrát absolvovat krátkodobou stáž na pracovištích v rámci ITN.

  PhD pozice

  PhD projekt pod vedením prof. Vlastimila Křivana zaměřený na “Models of eco-evolutionary dynamics of population interaction networks” je dostupný do 31. 3. 2021 na Euraxess a v PDF.

  

• EU-PolarNET2

  Elster Josef, Centrum polární ekologie
  01/01/2021 – 31/12/2024
  EC, H2020-LC-CLA-2020-1, ID 101003766

  Projektový manažer: Mgr. Kateřina Máchalová Zemanová

  

• INTERACT 3 - Mezinárodní síť pro pozemní výzkum a monitorování v Arktidě

  Pechar Jan, Polární stanice
  01/01/2020 – 31/12/2023
  EC, H2020-INFRAIA-2019-1, ID 871120

  Projektový manažer: Mgr. Kateřina Máchalová Zemanová

  INTERACT 3 (ID 871120)
  Název CZ: Mezinárodní síť pro pozemní výzkum a monitorování v Arktidě
  Název EN: International Network for Terrestrial Research and Monitoring in the Arctic
  Řešitel: Pechar Jan, Polární stanice
  Realizace: 01/01/2020 – 31/12/2023
  Rozpočet:  1.120.937,50 CZK (PřF)
  Poskytovatel: Evropská komise
  Program: H2020-MSCA-ITN-2020
  www

  Abstrakt

  Planeta Země čelí bezprecedentním změnám životního prostředí, které ovlivní všechny členy společnosti. Oteplování arktického klimatu je více než dvojnásobné oproti globálnímu tempu a nepředvídatelné extrémní události mají velký dopad na ekosystémy a lidi. Cirkulace arktické atmosféry však způsobuje extrémní události a společenské škody za Arktidou, které vyžadují mezinárodní výzkum a monitorování, aby bylo možné pochopit a předvídat. Kromě toho je třeba změnit postoje po celém světě prostřednictvím dosahu, zatímco další generace musí být vybavena pro život v jiném světě. INTERACT III inovuje panarktickou síť 86 výzkumných stanic v 16 severních zemích, aby poskytoval služby pro 155 globálních a regionálních sítí. Globální pověst INTERACT navíc přilákala přední světové partnery a podniky, aby se podíleli na snižování dopadů nebezpečných změn a zároveň maximalizovali příležitosti vyplývající z nových technologií. Konkrétně INTERACT III zajišťuje komplexní koordinaci 64 partnerů a 86 výzkumných stanic. Manažeři stanic navrhují osvědčené postupy, aby zajistili vynikající výzkum, monitorování, vzdělávání a dosah. INTERACT III staví na mimořádně úspěšném programu nadnárodního přístupu, který již zaplnil Artic 900 výzkumnými pracovníky, aby dále poskytoval vynikající vědu a zároveň omezoval ekologické stopy výzkumných pracovníků zlepšením vzdáleného a virtuálního přístupu. Nadnárodnost přístupu zajišťuje novou spolupráci, inovativní vědu a vědeckou diplomacii v době zvýšeného geopolitického napětí. Manažeři stanic, nadnárodní přístup a společné výzkumné aktivity spolupracují na řešení hlavních společenských výzev v plně integrované infrastruktuře, zatímco jejich data a porozumění jsou globálně zpřístupněny prostřednictvím mimořádného dosahu a vzdělávání a politických brífinků pro osoby s rozhodovací pravomocí.

  Cíle

  Výstupy

• Regionální směsi osiv jako účinný nástroj ochrany diverzity lučních biotopů

  Kamila Vítovcová, Katedra botaniky

  15/04/2022 – 30/04/2024
  Norské fondy, Program CZ-ENVIRONMENT

  Projektový manažer: Ing. Lucie Marková

  Regionální směsi osiv jako účinný nástroj ochrany diverzity lučních biotopů (Č. 3211100009)
  Název CZ: Regionální směsi osiv jako účinný nástroj ochrany diverzity lučních biotopů
  Název EN: Regional seed mix as an effective tool for protecting the diversity of meadow biotopes
  Koordinátor: Český svaz ochránců přírody
  Partneři: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
  Řešitel: Kamila Vítovcová, Katedra botaniky
  Realizace: 15/04/2022 – 30/04/2024
  Rozpočet: 3 347 316 Kč
  Poskytovatel: Norské fondy
  Program: CZ-ENVIRONMENT

   

  Abstrakt

   

  Cíle

   

  Výstupy

• MV OPSEC - Využití analýzy druhového složení společenstev rozsivek (Bacillariophyceae) ve forenzní praxi

  Jan Kaštovský Katedra botaniky
  01/01/2023 – 31/12/2025
  Ministerstvo vnitra České republiky

  Projektový manažer: Mgr. Ivana Očásková

  Využití analýzy druhového složení společenstev rozsivek (Bacillariophyceae) ve forenzní praxi (VK01010069)
  Název CZ: Využití analýzy druhového složení společenstev rozsivek (Bacillariophyceae) ve forenzní praxi
  Název EN: Applications of species composition analysis of diatom (Bacillariophyceae) communities in forensic practice.
  Řešitel: Jan Kaštovský, Katedra botaniky
  Realizace: 01/01/2023 – 31/12/2025

  Hlavní uchazeč: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
  Další uchazeči: Fakultní nemocnice Bulovka, Ministerstvo vnitra
  Rozpočet: 6 842 128 Kč
  Poskytovatel: Ministerstvo vnitra

  Program: VK - Otevřené výzvy v bezpečnostním výzkumu 2023 - 2029

  Podprogram: Podprogram 1 - Rozvoj schopností vymáhání práva

  www.MV_OPSEC.cz

  Abstrakt

  Rozsivky jsou velmi rozšířené mikroskopické řasy se specifickými schránkami. Vdechnutí vody s rozsivkami způsobí jejich přechod do krevního oběhu a ukládání jejich schránek ve vnitřních orgánech utonulého. Jejich přítomnost v nich tak prozradí sám fakt tonutí v přírodní vodě, analýza druhového složení těchto rozsivek pak může pomoci i k upřesnění místa, kde k utonutí došlo. Podobnou analýzu je možno provádět i na oděvech a kůži utonulých. Rozsivková analýza je v České republice i v zahraničí v rámci soudně-lékařské praxe používána, ale pouze v omezené míře a nevyužívá veškerého potenciálu těchto organizmů. Zavedení rozsivkové (ev. řasové) analýzy v kriminalistické praxi může vést ke stanovení dalšího důkazního materiálu v rámci trestního řízení.

  Cíle

  • Hlavním cílem projektu, v reakci na požadavky orgánů činných v trestním řízení (OČTŘ), je navrhnout, otestovat a do kriminalistické praxe implementovat nové metody zpracování vzorků a druhové analýzy rozsivkových společenstev (ev. i společenstev jiných řas) v rámci násilné trestné činnosti.
  • Předkládaný projekt zahrnuje vytvoření a certifikaci robustní metodiky, umožňující zapojení rozsivkové analýzy v rámci znaleckých výstupů v odvětví biologie-botanika.
  • Cíle bude dosaženo na základě vlastního zkoumání v podmínkách ČR v kombinaci se zahraničními zkušenostmi.
  • Vedlejším cílem je publikace dvou recenzovaných vědeckých článků.

  Výstupy

   

  
• 

  Elixír - Česká národní infrastruktura pro biologická data

  Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
  01/01/2023 - 31/12/2026
  MŠMT, Výzkumné infrastruktury

  Projektový manažer: Ing. Lucie Marková

  ELIXIR-CZ (LM2023055)

  Název CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data
  Název EN: Czech National Infrastructure for Biological Data
  Koordinátor: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
  Partneři: Biologické centrum AV ČR, v. v. i., Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., CESNET, zájmové sdružení právnických osob, České vysoké učení technické v Praze, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Masarykova univerzita, Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i., Univerzita Karlova, Univerzita Palackého v Olomouci, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Západočeská univerzita v Plzni
  Řešitel: Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
  Realizace: 01/01/2023 – 31/12/2026
  Rozpočet: 12 942 000 Kč
  Poskytovatel: MŠMT
  Program: Výzkumné infrastruktury

   www.elixir-czech.cz

  Abstrakt

  Elixír CZ je velká významná infrastruktura v oblasti věd o živé přírodě zaměřená na biologická data, jejich zpracování, uchovávání, sdílení a analýzu. Český uzel ELIXIR reprezentovaný ÚOCHB AV ČR jako národní uzel pro bioinformatiku, který zahrnuje pokročilé výpočetní prostředí, vyhrazené datové sbírky a jedinečné nástroje poskytované komunitě pro vědu o živé přírodě. Uzel je vytvořen a provozován jako distribuovaná infrastruktura, která v současné době zahrnuje čtrnáct organizací. Partnerské instituce poskytují českým vědcům a mezinárodní vědecké komunitě nástroje a databáze v režimu otevřeného přístupu. Jedním z partnerů je i Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích.

  Cíle

  • Poskytování služeb s nimi souvisejících nástrojů a databáze, a to na excelentní úrovni se zaměřením na bioinformatickou a Life Science uživatelskou komunitu v ČR a Evropě včetně podpory těchto nástrojů.
  • Zaměření se na nové disciplíny věd o živé přírodě generující data a nově vznikajících uživatelských komunit.
  • Poskytování řešení pro unifikovaný přístup k datům dodržováním a aplikací FAIR principů.
  • Aplikace principů pro unifikovanou správu dat a zajištění nástrojů pro generování Data managementu plánu na úrovni jak národní, tak evropské.
  • Propojení dat a nástrojů.
  • Tvorba nástrojů datové strategie a její aplikace v heterogenním národním prostředí.
  • Nedílnou součástí Node je specializované výpočetní a úložné prostředí spravované významnými národními akademickými poskytovateli cloud / grid a odrážející skutečné potřeby České republiky v Evropském měřítku a na úrovni ELIXIR Hub.
  • Důležitým rysem navrhovaného uzlu ELIXIR je těsné propojení a spolupráce s infrastrukturními projekty ESFRI v České republice – zejména INSTRUCT, EATRIS, BBMRI, EuroBioimaging a EU-OPENSCREEN a další.

  Výstupy

   

• LUABA22 - Výzkumné partnerství: optimalizace procesů při výrobě v chemickém průmyslu pomocí umělé inteligence

  Ivo Bukovský Katedra informatiky
  01/07/2022 – 31/12/2024
  MŠMT, INTER-ACTION-LUABA22

  Projektový manažer: Ing. Lucie Marková

  Výzkumné partnerství: optimalizace procesů při výrobě v chemickém průmyslu pomocí umělé inteligence (ID LUABA22069)
  Název CZ: Výzkumné partnerství: optimalizace procesů při výrobě v chemickém průmyslu pomocí umělé inteligence 
  Název EN: Research partnership: process optimization during production in chemical industry by artificial intelligence
  Řešitel: Bukovský, Ivo,  Katedra informatiky
  Realizace: 01/07/2022 – 31/12/2024

  Koordinátor: MŠMT
  Partneři: Technische Hochshule Rosenheim
  Rozpočet: 1 200 000 Kč
  Poskytovatel: MŠMT

  Program: MŠMT, INTER-ACTION-LUABA22

  www

  Abstrakt

  Na rozdíl od aplikací jako je např. zpracování obrazu, překlady jazyka, či rekomendační systémy, zůstává umělá inteligence v oblasti průmyslových procesů převážně v teoretické rovině výzkumu. Neznámé variace vlastností vstupních materiálů a okolních podmínek, limitovaná trénovací data, potřeba efektivního řešení v reálném čase, nutnost garance stability a konvergence algoritmů se strojovým učením, a také i skutečná efektivita jejich nasazení jsou stále výzvou k výzkumu pro rozšíření do průmyslové praxe.
  Projekt má cíl společně ověřit využití koncepcí metod umělé inteligence (Ul) s fúzí senzorů pro optimalizaci chemicko-technologického procesu a ukázat implementaci Ul v různých operacích procesních technologií. český tým navrhne koncepty využití umělé inteligence pro optimalizaci chemicko­technologického procesu pro reálné zařízení úpravy částic, kterým disponuje německý partner a zajistí aplikovanou část výzkumu.
  Spolupráce na ověření slibných konceptů Ul na reálném zařízení vyústí v přípravu EU projektu ve větším konsorciu s průmyslovou spolupráci.

  Cíle

  • Návrh konceptů využití analýzy dat a fúze senzorů reálného chemicko-technologického procesu a extrakce příznaků pro monitorování a aproximaci dynamiky procesu s využitím umělé inteligence. 
  • Návrh konceptů využití umělé inteligence pro optimalizaci technologického procesu s využitím měřených dat a extrahovaných příznaků. 
  • Příprava navazujícího společného evropského projektu v oblasti optimalizace chemicko-technologických a výrobních procesů pomocí umělé inteligence pro průmyslovou praxi ve větším konsorciu vědeckých pracovišť a průmyslových partnerů 

  Výstupy

  

• IMMUNETREH - Trehalóza jako zdroj pro nadřazenou imunitu v drozofile

  Kazek Michalina, Katedra molekulární biologie a genetiky
  01/01/2020 – 12/02/2023
  EC, H2020-WF-01-2018, ID 867430

  Projektový manažer: Mgr. Kateřina Máchalová Zemanová

  

  IMMUNETREH (ID 867430)
  Název CZ: Trehalóza jako zdroj pro nadřazenou imunitu v drozofile
  Název EN: Trehalose as a source for privileged immunity in Drosophila
  Řešitel: Kazek Michalina
  Mentor: Doležal Tomáš, Katedra molekulární biologie a genetiky
  Realizace: 01/01/2020 – 12/02/2023
  Rozpočet: 156 980,64 EUR (PřF)
  Poskytovatel: EC, H2020-WF-01-2018
  www

  Abstrakt

  Imunitní odpověď je energeticky náročný proces a imunitní buňky musí mít privilegovaný přístup k energii / živinám. Zatímco u savců je tohoto privilegovaného přístupu dosaženo např. na inzulínu nezávislém transportéru glukózy, jak je toho dosaženo u hmyzu není známo. Hostitelská laboratoř získala předběžné výsledky naznačující, že privilegovaného přístupu imunitních buněk octomilek k živinám lze dosáhnout použitím trehalózy místo glukózy. Je velmi dlouho známo, že primárním cukrem v hmyzu je trehalóza, ale že tento sacharid by mohl hrát důležitou roli v privilegovaném přístupu imunity ke zdrojům studováno dosud nebylo. Cílem tohoto projektu je proto otestovat, zda aktivované imunitní buňky octomilky přednostně absorbují trehalózu a přeměňují ji na glukózu intracelulárně, a jsou tedy nezávislé na systémové regulaci sacharidů, a jak důležité by to bylo pro efektivní imunitní odpověď. Projekt je založen na multidisciplinárních přístupech, kdy budou tkáňové specifické genetické nástroje použity k manipulaci metabolismu in vivo za účelem studia imunitní odpovědi pomocí technik molekulární biologie, vývojové biologie a imunologie a nejmodernějších metabolických přístupů. Cílem výzkumného pracovníka je naučit se používat genetiku octomilky a modely infekce dobře zavedené v hostitelské laboratoři a kombinovat je se svými odbornými znalostmi z fyziologie hmyzu, buněčných kultur a zejména metabolomiky.

  Cíle

  • Chov a disekce octomilek.
  • Genetika octomilek včetně genetických křížení a různých genových manipulací.
  • Analýza genové exprese specifické pro tkáně / buňky / transkripty (zahrnuje použítí FlyBase).
  • Imunologie octomilek a modely infekce parazitoidními vosičkami a bakteriemi.
  • Aplikace biologie 13C a kombinace genetických manipulací s metabolomickou analýzou.
  • Soft skills – psaní návrhů a publikací a prezentace (zkušenosti školitele a prezentace na konferencích a seminářích fakulty, laboratorní schůzky), mentoring (práce se studenty v hostitelské laboratoři).

  Výstupy

   

   

  

• Mobility2 - Rozvoj JU – Mezinárodní Mobility II

  Přírodovědecká fakulta, Jelínek Petr
  01/01/2020 – 30/06/2023
  MŠMT OPVVV 02-18-053

  Projektový manažer: Ing. Andrea Kadlecová

   

  Mobility2 (CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_053/0016975)

  Název CZ: Rozvoj JU – Mezinárodní Mobility II
  Název EN: Development of USB – International Mobilities II
  Koordinátor: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
  Řešitel: Přírodovědecká fakulta, Jelínek Petr
  Realizace: 01/01/2020 – 30/06/2023
  Rozpočet: 21 997 393,00 Kč (projekt): 20 897 523,35 Kč (dotace MŠMT) + 1 099 869,65 Kč (5% spolufinancování JU)
  7 379 194,00 Kč (PřF): 7 010 234,30 Kč (dotace MŠMT) + 368 959,70 Kč (5% spolufinancování PřF)
  Poskytovatel: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR (MŠMT)
  Program: Operační program Výzkum, vývoj a vzdělávání (OPVVV) 02_18_053

  www

  Abstrakt

  Mobilita je zaměřena na založení a rozvoj nových výzkumných programů usilujících o zodpovězení klíčových ekologických, evolučních či vývojových otázek. Příchozí mobilitou se obohatí a rozšíří stávající výzkumné aktivity PřF, bude se sdílet nové know-how, implementují se nové metody a techniky, podpoří se mezioborový přístup a spolupráce. Nejcennějším výstupem příchozí mobility bude integrace tří excelentních výzkumníků do struktury PřF, zavedení nových výzkumných směrů, podání a získání navazujících výzkumných grantů, vznik nových nezávislých výzkumných skupin. Od příchozích seniorních postdoků se očekává velká míra nezávislosti, aktivity, kreativity a inovativnosti řešit vlastní výzkumné otázky. Pozice postdoků budou obsazeny v otevřeném mezinárodním výběrovém řízení daném evropskými standardy HR Award.

  Cíle

  Cílem projektu je získání tří nadějných seniorních postdoků s předchozí zkušeností na prestižní zahraniční výzkumné instituci. Zkušení postdoci přinesou na PřF nové zkušenosti, know-how, techniky, metodiky a přístupy a především vlastní výzkumné programy zaměřené na ekologické, evoluční či vývojové aspekty biologických procesů. Příchozí mobilita zvýší internacionalizaci PřF.

  Výstupy

  • Příjezd juniorského postdoktorského výzkumníka na PřF (24 měsíců): Segrestin Jules
  • Příjezd juniorského postdoktorského výzkumníka na PřF (24 měsíců): Janda Martin
  • Příjezd juniorského postdoktorského výzkumníka na PřF (12 měsíců)
  • Výjezd THP zahraniční oddělení na University of Finland (3 dny)
  • Výjezd THP propagační oddělení na University of Finland (4 dny)
  • Výjezd THP propagační oddělení na University of Finland (4 dny)

  

• LIFE for MIRES - Přeshraniční revitalizace rašelinišť na podporu biodiverzity a vodního režimu na Šumavě a v Bavorském lese

  Urbanová Zuzana, Katedra biologie ekosystémů
  01/08/2018 – 31/12/2024
  EC, Program LIFE

  Projektový manažer: Mgr. Kateřina Máchalová Zemanová

  LIFE for MIRES (LIFE17 NAT/CZ/000452 LIFE for MIRES)
  Název CZ: Přeshraniční revitalizace rašelinišť na podporu biodiverzity a vodního režimu na Šumavě a v Bavorském lese
  Název EN: Trans-boundary restoration of mires for biodiversity and landscape hydrology in Sumava and Bavaria Forest
  Koordinátor: Správa národního parku Šumava
  Partneři: BUND Naturschutz in Bayern e.V., Správa národního parku Bavorský les, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
  Řešitel: Urbanová Zuzana, Katedra biologie ekosystémů
  Realizace: 01/08/2018 – 31/12/2024
  Rozpočet: 5 853 160 EUR (projekt) / 204 616 EUR (PřF)
  Poskytovatel: Evropská komise
  Program: LIFE

  http://life.npsumava.cz/ 

  Abstrakt

  Obnova mokřadních biotopů je jednou z možných cest ke snižování dopadů klimatické změny. Mnohé z mokřadů, na Šumavě především rašeliniště, jsou ostrovy biologické rozmanitosti, kde nachází své přirozené prostředí nespočet vzácných rostlinných i živočišných druhů. Mokřady hrají nezastupitelnou roli v hydrologii krajiny a koloběhu vody, čímž působí velmi příznivě na místní podnebí. Z krajiny se však po staletí intenzivní lidské činnosti voda vytrácela, mokřady byly odvodňovány a měněny na obdělávanou půdu. V dnešní době, kdy sucho začíná být vážným problémem, je potřeba se věnovat nápravě a obnově přirozeného vodního režimu krajiny. Proto vznikl projekt LIFE for MIRES – život pro mokřady, který vrací vodu do míst, kde od pradávna byla a utvářela prostředí kolem sebe.

  Cíle

  • Přeshraniční obnova rašelinišť, mokřadů a přírodního vodního režimu na ploše 2059 hektarů.
  • Zlepšení stavu biotopů pro tetřívka obecného.
  • Zapojení veřejnosti do obnovy rašelinišť a zvýšení informovanosti o mokřadech a jejich významu pro vodní režim v krajině včetně zmírnění dopadu klimatické změny.
  • Inovace v oblasti monitoringu vlivu revitalizací na kvalitu vody, odtokové poměry, vegetaci, hladinu vody a půdní vlhkost.
  • Vývoj metody monitoringu možného vlivu revitalizací při zmírňování klimatické změny
  • Přímé zapojení veřejnosti do obnovy rašelinišť a vývoj demonstračních objektů revitalizovaných v blízkosti lidských sídel.
  • Sdílení a prezentace know-how a zkušeností získaných při obnově rašelinišť a hydrologie krajiny. 

  Výstupy

  

• HUNTER - Videostream Hunter

  Fesl Jan, Katedra informatiky
  01/10/2021 – 31/12/2022
  Fond rozvoje CESNET, z.s.p.o.

  Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová

  HUNTER (ID ATCZ279)
  Název CZ: Videostream Hunter
  Název EN: Videostream Hunter
  Řešitel: Fesl, Jan,  Katedra informatiky
  Realizace: 01/10/2021 – 31/12/2022

  Koordinátor: České vysoké učení technické v Praze, Fakulta informačních technologií
  Rozpočet: 1 272 000 CZK (projekt), 415 274 CZK (Přf)
  Poskytovatel: Fond rozvoje CESNET, z.s.p.o.

   

  www

  Abstrakt

  V současné době je velké množství multimediálního obsahu (audio/video) nabízeno prostřednictvím on-line platforem, typicky na vyžádání uživatele (Video-on-Demand). Tato praktika je dnes naprosto běžná u placených služeb (např. online videopůjčovny), avšak objevuje se i u platforem pro sdílení dat  (např. Ulož.to), u kterých legálnost původu dat nelze zaručit. Objevují se dokonce i platformy , u kterých lze (viz. dokument "V síti") dokonce tvrdit, že vlastní obsah bez ohledu na původ může být mimořádně závadný (např. terorismus, dětská pornografie, atd.). celou věc navíc komplikuje skutečnost, že velká většina toho provozu je v současné chvíli šifrována pomocí protokolu HTTPS, což značně znesnadňuje jeho identifikaci. Účelem projektu je hledat cesty a mechanismy pro nalezení otisku konkrétních videostreamů a tyto následně identifikovat ze síťového provozu reportovaného prostřednictvím protokolu NetFlow/IPFIX.

  Cíle

  • Ověření a rozvoj výše navrženého konceptu  resp. hlubší rozpracování možností způsobů detekce neznámého videostreamu zachyceného sondami síťového provozu na základě jeho shody se záznamy existující v databázi konkrétních otisků již známých streamů.
  • Studium aspektů ovlivňujících způsoby detekce např. vliv streamovací platformy potažmo typu používaného videopřehrávače  (např. Uloz.to, Youtube, Netflix), opakovatelná použitelnost otisku videostreamu pro jeho různé kvality, možnost detekce videostreamu na základě otisku pouze ze zachycené části streamu (např. uživatel se dívá jen na malou část filmu), možnosti vzniku nejednoznačnosti otisků (je otisk při velkém množství záznamů v databázi skutečně unikátní?), volba ideální reprezentace otisku videa, obecný více-faktorový vliv nastavení sondy síťového provozu na jednoznačnost otisku video streamu.

  Výstupy

  • Vytvoření detekčních modelů (statistické či založené na metodách strojového učení) a zhodnotíme jejich úspěšnost s ohledem i na jejich výpočetní náročnost. 
  • Pro nejlepší modely realizace utility, která bude tyto modely využívat pro identifikaci konkrétních streamů.

  

• PREDMAIN - Prediktivní údržba založena na umělé inteligenci

  Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
  01/10/2021 – 31/12/2022
  Interreg V-A Rakousko – Česká republika

  Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová

  PREDMAIN (ID ATCZ279)
  Název CZ: Prediktivní údržba založena na umělé inteligenci
  Název EN: AI-based Predictive Maintenance 
  Řešitel: Vohnout, Rudolf,  Katedra informatiky
  Realizace: 01/10/2021 – 31/12/2022

  Koordinátor: Software Competence Center Hagenberg GmbH
  Partneři: Intemac Solutions, s.r.o., AC2T research GmbH,  Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Compas automatizace, spol. s.r.o., Profactor GmbH
  Rozpočet: 500 668,84 EUR (projekt), 69 993,46 EUR (Přf)
  Poskytovatel: Úřad zemské vlády Dolního Rakouska

  Program: Interreg V-A Rakousko – Česká republika

  www

  Abstrakt

  Prediktivní údržba (Predictive maintenance, PM) je v současnosti považována za hlavní aplikaci umělé inteligence (AI) ve výrobě. Související potenciál výrobních malých a středních podniků, které jsou v programovém regionu velmi silně zastoupeny, není z několika důvodů dostatečně využíván. Podmínky pro široké uplatnění umělé inteligence v prediktivní údržbě ze strany malých a středních podniků do značné míry chybí. K tomu patří i snadné a nekomplikované použití provozním personálem na místě. Na rozdíl od pracovníků údržby ve velkých společnostech nejsou tito pracovníci často speciálně vyškolení v možných aplikacích, výhodách a potenciálních nebezpečích umělé inteligence v prediktivní údržbě. Cílem projektu je tedy vytvoření a přenos obecných a přenositelných znalostí pro výrobní malé a střední podniky o prediktivní údržbě (výstup) založené na umělé inteligenci použitelné v široké škále výrobních a zpracovatelských odvětví.

  Cíle

  • Výzkum a demonstrace algoritmů umělé inteligence pro prediktivní údržbu se zvláštním zřetelem na znalosti a potřeby malých a středních podniků v programovém regionu.
  • Přeshraniční propojení příslušných výzkumných partnerů v této oblasti s cílem navázat dlouhodobou spolupráci zaměřenou na syntézu, výměnu a společný rozvoj stavu znalostí v oblasti prediktivní údržby zařízení nebo součástí náchylných k opotřebení založené na umělé inteligenci pro výrobní malé a střední podniky.
  • Vytvoření a přenos obecných a přenositelných znalostí pro výrobní malé a střední podniky o prediktivní údržbě (výstup) založené na umělé inteligenci použitelné v široké škále výrobních a zpracovatelských odvětví.

  Výstupy

  • Obecné a přenositelné znalosti pro malé a střední podniky v oblasti prediktivní údržby založené na umělé inteligenci.

  

• Informační systém pro středověké památky v česko-bavorském příhraničí

  Fesl Jan, Katedra informatiky
  01/06/2021 – 31/12/2022
  Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020

  Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová

  Informační systém pro středověké památky v česko-bavorském příhraničí (č. 335)

  Název CZ: Informační systém pro středověké památky v česko-bavorském příhranič
  Název DE: Informationssystem für mittelalterliche Denkmäler im tschechisch-bayerischen Grenzgebiet
  Řešitel: Fesl, Jan,  Katedra informatiky
  Realizace: 01/06/2021 – 31/12/2022

  Vedoucí partner: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích

  Partneři: Technische Hochschule Deggendorf, Jihočeská centrála cestovního ruchu
  Rozpočet: 558.383,23EUR (projekt), 266.707,50 EUR (Přf)
  Poskytovatel: Bavorské státní ministerstvo hospodářství, energie a technologie

  Program: Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 20

  www

  Abstrakt

  Projekt je prvním krokem k implementaci mobilních technologií v oblasti kulturního cestovního ruchu v česko-bavorské příhraniční oblasti. Partneři vyvinou mobilní aplikaci, která podpoří turisty tím, že jim nabídne na míru šitý obsah v reálném čase a in situ v oblasti kulturního dědictví. Pilotní aplikace představí specifický segment místní kultury - venkovské středověké kostely (kaple, volně stojící architektury, sochy, malby) v podhůří Šumavy a Českého lesa. Tato oblast architektonického dědictví byla často podceňována vzhledem k omezené pozornosti sakrální architektuře v této oblasti po vyhnání německého obyvatelstva po druhé světové válce, za druhé kvůli hlavnímu zájmu památkové péče primárně o města, hrady atd. a nakonec kvůli k roztříštěnému charakteru církevní farní správy, která zůstala mimo koordinované snahy na podporu cestovního ruchu. Obsah lze také rozšířit o další oblasti kulturního dědictví.

  Cíle

  • vývoj metody ke zlepšení digitálního přístupu ke kulturnímu a přírodnímu bohatství regionu,
  • podpora cestovního ruchu v opomíjené oblasti středověkých sakrálních staveb a duchovní kultury v česko-bavorské příhraniční oblasti pomocí nejnovějších mobilních IT technologií, které jsou nasazeny na místě a v reálném čase,
  • vzdělávání a šíření povědomí o specifikách duchovní kultury v příhraniční oblasti prostřednictvím představení málo známé části kulturního dědictví, která poskytuje překvapivé informace o vzájemných přeshraničních vztazích,
  • křesťanské misii a vlivech v oblasti architektury a umění a o každodenním životě místních lidí a jejich myšlenkovém zázemí,
  • zvýšení atraktivity středověkých venkovských lokalit prostřednictvím moderního formátu prezentace založeném na nejnovějších IT metodách, který bude přístupný prostřednictvím obecně dostupných a technicky nenáročných prostředků (mobilního telefonu nebo tabletu) jako dlouhodobě udržitelný a ekologický nástroj pro prezentaci sdílené historie, který bude motivovat přeshraniční cestovní ruch,
  • posílení cestovního ruchu a zprostředkování kulturního dědictví okrajového pohraničního regionu moderními prostředky.

  Výstupy

  • pilotně testovaná verze aplikace umožňující identifikaci objektů kulturního dědictví přímo z terénu. Další funkcí bude to, že aplikace poskytne ke konkrétnímu objektu dodatečné informace,
  • webové stránky využívající služeb navrženého vyhledávacího enginu umožňující identifikaci objektů kulturního dědictví na základě jejich vizuální podoby,
  • metodika návrhu a vývoje nástrojů, která popíše způsoby a možnosti použití doporučovacích systémů jako nástrojů fungujících pro zvýšení atraktivity konkrétních objektů v daném regionu,
  • metodika využívání doporučujících systémů v cestovním ruchu, která popíše způsoby a možnosti použití doporučovacích systémů jako nástrojů fungujících pro zvýšení atraktivity konkrétních objektů v daném regionu.

  

• Květena Šumavy

  Štech Milan, Katedra botaniky

  01/01/2019 – 31/12/2021 (prodlouženo do 30/6/2022)
  Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020
  Realizace projektu byla prodloužena do 30/6/2022.

  Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová

  Květena Šumavy (BY-CZ 216)

  Název CZ: Květena Šumavy
  Název DE: Flora des Böhmerwaldes
  Koordinátor: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
  Partneři: Správa Národního parku Šumava, Přírodovědné sbírky Bavorska, Správa národního parku Bavorský les
  Řešitel: Štech Milan, Katedra botaniky
  Realizace: 01/01/2019 – 31/12/2021
  Rozpočet: 1 150 700,41 EUR (projekt) / 418 926,22 EUR (PřF)
  Poskytovatel: Bavorské státní ministerstvo hospodářství, energie a technologie
  Program: Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020

  www.florasilvaegabretae.eu/homepage/project

  Abstrakt

  Výzkum šumavské květeny má sice na obou stranách hranice dlouhou tradici, celková syntéza však dosud narážela na odlišné metodické přístupy v jednotlivých zemích, různou prozkoumanost jednotlivých regionů a z jazykových, či politických důvodů omezenou spolupráci mezi odborníky. Předkládaný projekt proto zcela unikátním způsobem rozšíří a spojí dostupná data o rozšíření a ekologických nárocích cévnatých rostlin na Šumavě bez ohledu na státní hranice. Kritické zhodnocení těchto údajů umožní prezentovat na společné webové stránce aktuální a historické rozšíření a hojnost cévnatých rostlin mj. v podobě síťových map výskytu s ekologickými informacemi o těchto druzích. Tyto informace jsou zcela zásadní pro tvorbu koncepčních opatření v rámci rozhodování o prioritách druhové i ekosystémové ochrany na obou stranách hranice. K tomu patří i monitoring vývoje populací vzácných a ohrožených druhů. Snadná dostupnost znalostí o květeně a jejích změnách bude zvyšovat nejenom zájem o další zkoumání rostlin na Šumavě ale i ochotu veřejnosti převzít odpovědnost za její uchování.

  Cíle

  • Shromáždění veškerých dostupných dat o rozšíření rostlin do národních nálezových databází
  • Propojení české a bavorské databáze a společná prezentace údajů rozšíření
  • Přeshraniční průzkum kritických skupin rostlin
  • Vytvoření společného Červeného seznamu ohrožených druhů rostlin celé Šumavy
  • Aktivní ochrana nejohroženějších druhů

  Výstupy

  • Webová aplikace dynamicky propojující národní databáze a společný červený seznam ohrožených druhů cévnatých rostlin celé Šumavy
  • Opatření ke stabilizaci populací budou v rámci projektu provedeny pomocí aktivního managementu na ploše cca 20 ha

  

• Mechanismy - Mechanismy a dynamika makromolekulárních komplexů: Od jednotlivých molekul po buňky

  Tůma Roman, Katedra chemie
  01/01/2017 – 31/10/2022
  MŠMT OPVVV 02-15-003

  Projekt prodloužen do 30/06/2023

  Projektový manažer: Ing. Renata Krinesová

  

  Mechanismy (CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000441)
  Název CZ: Mechanismy a dynamika makromolekulárních komplexů: Od jednotlivých molekul po buňky
  Název EN: Mechanisms and dynamics of macromolecular complexes: from single molecules to cells
  Řešitel: Tůma Roman, Katedra chemie
  Realizace: 01/01/2017 – 31/10/2022
  Rozpočet: 207 409 734,00 Kč (projekt): 176 298 273,90 (dotace MŠMT) + 10 370 486,70 Kč (5% spolufinancování JU)
  Poskytovatel: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR (MŠMT)
  Program: Operační program Výzkum, vývoj a vzdělávání (OPVVV) 02_15_003

  http://makrokomplex.cz/

  Abstrakt

  Obsahem projektu je vytvoření mezinárodního vědeckého týmu, v čele s KZVP Dr. Romanem Tůmou, který se zabývá molekulárními mechanismy fungování velkých makromolekulárních komplexů. Projekt je zaměřen na vybudování multidisciplinárního centra, které bude integrovat jednotlivé specializované přístupy pro řešení společných cílů. Tento multidisciplinární přístup umožní překonat omezení jednotlivých metod, jako je například limitované časové a prostorové rozlišení a poskytne úplný popis jejich funkce na molekulární a atomární úrovni.

  Cíle

  Cílem projektu je objasnit mechanismus skládání a fungování velkých makromolekulárních komplexů jako jsou anténní komplexy fotosyntetických pigmentů, roli RNA v replikaci a skládání virů a v regulaci buněčných pochodů, mechanismus rekombinace v leukocytech a jak může způsobovat některé druhy leukemie, mechanismus přestavby chromatinu a fungování membránových komplexů v bakteriích a prvocích. Projekt zahrnuje propojení biofyzikálních a strukturních metod a jejich aplikaci na studium fotosyntetických pigmentů, roli RNA v replikace virů a regulaci, mechanismus V(D)J rekombinace, přestavba chromatinu a fungování membránových komplexů. Tento projekt využije vybudovanou přístrojovou infrastrukturu a rozšíří mezinárodní propojenost a profil centra a povede k iniciaci nových kolaborativních výzkumných programů s dalšími předními vědeckými skupinami v rámci centra, strategických partnerů (Univerzita Johanna Keplera, Leeds University) a institucí v České republice a zahraničí.

  Výstupy

  • Počet nových výzkumných pracovníků v podporovaných subjektech (CO 24): 10
  • Počet výzkumných pracovníků, kteří pracují v modernizovaných výzkumných infrastrukturách (CO25): 14,6
  • Počet nově vybudovaných, rozšířených či modernizovaných výzkumných infrastruktur a center excelence (2 4000): 1
  • Počet účastí podpořených výzkumných týmů v realizovaných v programech mezinárodní spolupráce (2 03 12): 2
  • Podíl odborných publikací ve spoluautorství domácích a zahraničních výzkumníků (2 02 14): 40

  

• Otevřená data - Česko-bavorská síť pro Otevřená data

  Prokýšek Miloš, Katedra informatiky
  01/08/2021 – 31/12/2022
  Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020

  Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová 

  Česko-bavorská síť pro Otevřená data (č. 340)
  Název CZ: Česko-bavorská síť pro Otevřená data

  Název DE: Tschechisch-Bayerisches Open Data Netzwerk

  Řešitel: Prokýšek, M., Katedra informatiky

  Realizace: 01/08/2021 – 31/12/2022

  Vedoucí partner: Jihočeský vědeckotechnický park, a.s.

  Partneři: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Technische Hochschule Deggendorf,, ILE Nationalparkgemeinden e.V., Europaregion Donau-Moldau e.V. (EDM)

  Rozpočet: 351.222,86 EUR (projekt), 100.665,00 EUR (Přf)

  Poskytovatel: Bavorské státní ministerstvo hospodářství, energie a technologie

  Program: Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 20

   

  www

  www.regionaldata.online

  Abstrakt

  Obsahem projektu je vytvoření přeshraniční sítě zaměřené na rozvoj spolupráce a propojování vlastníků otevřených dat a poskytovatelů digitálních služeb v regionu jižní Čechy - Bavorsko. Projekt je navržen s ohledem na podporu digitálního propojení česko-bavorského regionu. Hlavní cílovou skupinu tvoří především státní správa, samosprávy a veřejné organizace, které jsou v otevírání dat nejaktivnější. Cílíme na subjekty v blízkosti fyzické hranice, sekundárně pak na zkušené subjekty v regionu, jako nositele dobré praxe. Samotné otevírání dat by pak nemělo smysl bez poskytovatelů služeb (MSP z oblasti IT), kteří mají potřebné znalosti pro tvorbu služeb a aplikací, založených na otevřených datech. První fází projektu bude mapování cílových skupin prostřednictvím dotazníkového šetření a jejich oslovení s nabídkou zapojení do sítě. Následně proběhnou společná setkání vlastníků dat, zaměřená na výměnu zkušeností, navázání aktivní spolupráce a podporu spolupráce s odborníky. Ve druhé fázi projektu dojde ke sloučení obou pracovních skupin (vlastníci dat a poskytovatelé služeb). Jako nástroje pro podporu spolupráce v sítí budou využity hackathony. Jejich cílem bude rozvoj aktivní spolupráce cílových skupin, vzájemné pochopení potřeb a možností spolupráce na konkrétních aplikačních výstupech (prototypy aplikací). Informace získané v průběhu budování sítě budou zpracovány do situační analýzy, včetně návrhů na opatření podporujících rozvoj datově orientovaných digitálních služeb. Informace o členech sítě a jejich aktivitách budou publikovány v podobě otevřené datové sady a vizualizovány prostřednictvím mapové aplikace vznik nových česko-bavorských partnerství a poskytnuty impulsy pro rozvoj zcela nových služeb.

  Cíle

  • proaktivní podpora přeshraniční spolupráce mezi obcemi otevírajícími data, poskytovateli služeb a jejich uživateli (občany) v regionu jižní Čechy – Bavorsko, snaha zmapovat rozsah publikovaných dat a spektrum služeb (aplikací), které je využívají a propojit klíčové partnery v této oblasti do jedné sítě,
  • edukace, přenos know-how do přeshraničního regionu formou příkladů dobré praxe a zavádění společných standardů a postupů vedoucí k harmonizaci dat a podpoře vývoje nových přeshraničních digitálních služeb pro jejich zhodnocení,
  • zmapování cílových skupin a jejich potřeb, jež budou zpracovány do výsledné situační analýzy, která je jedním z hlavních výstupů projektu,
  • publikování informací formou otevřené datové sady, která bude obsahovat data z obou zemí a stane se příkladem harmonizovaného datového zdroje, využitelného napříč česko - bavorským regionem,
  • vytvoření prototypů konkrétních služeb (aplikací) které vzniknou v rámci plánovaných technologických workshopů (hackathlonů) a které budou využívat otevřená data regionu.

  Výstupy

  • česko-bavorská síť otevřených dat, jejíž základem jsou partneři projektu, kteří celou síť řídí a organizují její realizaci, a následný rozvoj. Vytváří prostředí pro společnou diskusi partnerů zapojených v síti spolu s externími odborníky, která přispívá k lepšímu porozumění přeshraničního prostředí otevřených dat, seznamuje partnery navzájem s datovými katalogy a datovými sadami v obou zemích a snaží se o edukaci, přenos know-how do přeshraničního regionu formou příkladů dobré praxe, zavádění společných standardů a postupů a podpory vývoje nových přeshraničních digitálních služeb.
  • Situační analýza aktuálního stavu otevřených dat v regionu, která zmapuje potřeby zapojených organizací a identifikace úspěšných projektů. Ověří perspektivních oblastí možné spolupráce a případných rizik a návrh opatření podporujících rozvoj datově orientovaných digitálních služeb
  • Mapová aplikace, jejímž prostřednictvím budou zveřejněny informace o členech sítě a jejich aktivitách formou otevřené datové sady a vizualizace výstupů projektu.

  

• ARCHAEOPLANT - výzkum identifikace rostlin pomocí umělé inteligence

  Doc. PhDr. Jaromír Beneš, Ph.D., Katedra botaniky, laboratoř archeobotaniky a paleoekologie
  01/07/2021 – 31/12/2022
  Program přeshraniční spolupráce Česká republika - Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 - 2020 (č. projektu 343)
  Interreg BY-CZ

  Projektový manažer: Ing. Andrea Kadlecová

  ARCHAEOPLANT (č. projektu 343)
  Název CZ: ARCHAEOPLANT -  výzkum identifikace rostlin pomocí umělé inteligence
  Název EN: ARCHAEOPLANT - Erforschung von Pflanzen mit künstlicher Intelligenz
  Řešitel:Doc. PhDr. Jaromír Beneš, Katedra botaniky, laboratoř archeobotaniky a paleoekologie
  Partneři: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU), Institut für Pflanzenwissenschaften Universität Regensburg

  Realizace: 01/07/2021 – 31/12/2022
  Rozpočet: 470 270,37 EUR (projekt), 224 212,60 EUR (PřF JU), 246 057,77 EUR (IPW UR)
  Poskytovatel: Česká republika – Ministerstvo pro místní rozvoj, Odbor evropské územní spolupráce

  Program: Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020

  Abstrakt

  Cílem projektu je posílit základní výzkum v oblasti botaniky, etnobotaniky a archeobotaniky. Česko-bavorský prostor se vyvíjel vegetačně a zemědělsky shodně, ale byl po druhé světové válce násilně rozdělen. Cílem projektu je vyvinutí inovativní metody a nástroje umožňující rekonstrukci historie vegetace pomocí rostlinných zbytků v česko-bavorském regionu pomocí přístupů umělé inteligence. Od neolitu přibývají přímé doklady přítomnosti nejstarších zemědělců, reprezentované archeologickými nálezy semen rostlin, ale i rostlinných mikrozbytků. Laboratoř archeobotaniky a paleoekologie Jihočeské univerzity (LAPE) a Institut für Pflanzenwissenschaften Universität Regensburg (IPW UR) řadu let spolupracovaly v rámci evropské platformy PAPAVER na výzkumu archeologických lokalit. LAPE disponuje četnými soubory dat z různých typů archeobotanických analýz, IPW UR systematicky shromažďovala semena současné i historické flóry (soubor cca 2000 botanických taxonů). Nicméně dosud chybí jednotná metodika a databáze, která by spojila výzkum současné vegetace s archeobotanickými nálezy. V rámci projektu bude nejprve A) vytvořena Open Access digitální databáze rostlinných makrozbytků (včetně 3D modelů) a mikrozbytků s důrazem na principy FAIR dat. V další fázi B) bude pro pilotní sérii semen, rostlinných fytolitů a škrobů vytvořen modul schopný poloautomaticky identifikovat semena rostlin. V závěrečné fázi C) bude navržen identifikační klíč, schopný identifikovat další botanické taxony. Metodika bude sloužit jako nástroj při rekonstrukci minulého přírodního prostředí a interakcí mezi člověkem a přírodou v česko-bavorském prostoru od pravěku do současnosti. V rámci tohoto přístupu bude vytvořena propojená online mikrofotografická a alfanumerická online databáze obsahující digitální objekty a data. Vytvořené analytické a databázové prostředky umožní botanikům i archeologům identifikovat rostlinné zbytky z archeologických výzkumů. Vzniklé společné analytické nástroje a metodiky, včetně Open Access databáze, by byly první svého druhu. Navrhovaná metodika založená na digitální a analogové mikrofotografii, strojovém učení rostlinných zbytků a 3D modelech rostlinných semen ve vysokém rozlišení umožní inovativní determinaci rostlinného materiálu, která často vyžaduje jinak časově náročnější, a ne vždy úspěšné postupy. Tento nástroj zefektivní společné využití vědeckých dat na obou stranách hranice.

  Cíle

  • Hlavním cílem projektu je vývoj analytických metod pro studium vegetační a zemědělské historie Čech a Bavorska
  • Posílení základního výzkumu v oblasti botaniky, etnobotaniky a archeobotaniky.
  • Vyvinutí inovativní metody a nástroje umožňující rekonstrukci historie vegetace rostlinných zbytků v česko-bavorském regionu pomocí přístupů umělé inteligence.
  • Prohloubení přeshraniční vědecké spolupráce, prohloubení interdisciplinární spolupráce v oblasti

    archeologie, botaniky, ekologie a informačních technologií.

  Výstupy

  • Vytvoření Open Access digitální databáze rostlinných makrozbytků (včetně 3D modelů) a mikrozbytků s důrazem na principy FAIR dat.
  • Pro pilotní sérii semen, rostlinných fytolitů a škrobů bude vytvořen modul, schopný poloautomaticky identifikovat semena rostlin.
  • Vytvoření identifikačního klíče, schopného identifikovat další botanické taxony.

  Online databáze

  Data vzniklá v rámci projektu Archaeoplant jsou k dispozici v databázi UniCatDB, vyvíjené a spravované Jihočeskou univerzitou v rámci Elixir-CZ. Byla zde vytvořena speciální struktura pro data z projektu a veškerá relevantní data vniklá z mikroskopů a 3D skeneru byla importována, včetně transformovaných relevantních metadat (v případě dat z mikroskopu Keyence bylo nutno metadata extrahovat přímo z obrázků zakódované v EXIF). Databáze je pro čtení přístupná na https://app.unicatdb.org/ (uživatel: public, heslo: public).

  Archeoplant

  

• Rozvoj JU - ESF 2

  Přírodovědecká fakulta, Hauer Tomáš
  01/01/2020 – 31/12/2022
  MŠMT OPVVV 02-18-056

  Projektový manažer: Ing. Andrea Kadlecová

  ESF2 (CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013061)
  Název CZ: Rozvoj JU – ESF II
  Název EN: Development of USB – ESF II
  Koordinátor: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
  Řešitel: Přírodovědecká fakulta, Hauer Tomáš
  Realizace: 01/01/2020 – 31/12/2022
  Rozpočet: 22 650 748,96 Kč (projekt): 21 518 211,51 Kč (dotace MŠMT) + 1 132 537,45 Kč (5% spolufinancování JU)
  8 330 940,80 Kč (PřF): 7 914 393,76 Kč (dotace MŠMT) + 416 547,04 Kč (5% spolufinancování PřF)
  Poskytovatel: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR (MŠMT)
  Program: Operační program Výzkum, vývoj a vzdělávání (OPVVV) 02_18_056

  www

  Abstrakt

  Klíčová aktivita 2 ESF2 projektu je zaměřena na komplexní restrukturalizaci bakalářského studia biologie na Přírodovědecké fakultě JU a zkvalitnění vzdělávací činnosti. Na základě mezinárodních zkušeností si je fakulta vědoma potřeby posilovat kompetence studentů akademicky zaměřených studijních programů. Klíčovým inovačním prvkem, který chce fakulta zavést do výuky, je modulární výukový systém a badatelsky orientovaná výuka. Důraz je kladen na posílení schopnosti analýzy a syntézy hlubších oborových znalostí a dovedností v dané oblasti vzdělávání a porozumění mezioborovým souvislostem. Předměty budou sdruženy do ucelených oborově zaměřených modulů, které spojují znalosti a dovednosti jednotlivých profilujících odborností. Uvedený koncept zahrnuje oslabení frontální výuky a zvyšuje důraz na praktické získávání znalostí a tvůrčí práci studentů.

  Cíle

  Zkvalitnění vzdělávací činnosti v oblasti vzdělávání botaniky, zoologie, biologie ekosystémů, experimentální biologie rostlin, molekulární biologie a genetiky, medicínské biologie a parazitologie spočívající v modernizaci výukových metod a způsobu organizace výuky.

  Výstupy

  1) Badatelsky orientovaná výuka: zahraniční podněty pro inovaci výuky na PřF JU (neveřejné)
  Pracovní materiál, inspirace a podněty pro vnitrofakultní diskusi (01/2020 – 02/2021)

  2) Vyučovací předměty v OV Biologie, ekologie a ochrana životního prostředí na PřF JU (neveřejné)
  Pracovní materiál, analytický podklad pro vnitrofakultní diskusi (02/2020 – 04/2021)

  3) Podněty a doporučení k inovaci výuky na PřF JU (neveřejné)
  Pracovní materiál, konkretizace bodů k rozpracování v podobě metodiky implementace nového pojetí výuky na PřF JU (03/2021 – 08/2021)

  4) Modulový systém výuky na PřF JU (neveřejné)
  Pracovní materiál, podklad pro vnitrofakultní diskusi a analýzu časové a prostorové náročnosti výuky, ve finální podobě součást Metodiky badatelsky orientované výuky (09/2021 – 06/2022)

  5) Metodika badatelsky orientované výuky na PřF JU (veřejné)
  Metodický dokument stanovující zásady implementace badatelsky orientované výuky na PřF JU, vodítko pro vyučující, garanty předmětů a studijních programů, vedoucí kateder a rozvrháře (04/2022 – 09/2022)

  6) Implementace modulové výuky do vnitřních předpisů PřF (veřejné)
  Oficiální dokument upravující pravidla studia v rámci inovovaného systému výuky v návaznosti na Studijní a zkušební řád JU (10/2022 – 12/2022)

  

• Elixír - Česká národní infrastruktura pro biologická data

  Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
  01/01/2020 - 31/12/2022
  MŠMT, Výzkumné infrastruktury

  Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová

  ELIXIR-CZ (LM2018131)

  Název CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data
  Název EN: Czech National Infrastructure for Biological Data
  Koordinátor: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
  Partneři: Biologické centrum AV ČR, v. v. i., Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., CESNET, zájmové sdružení právnických osob, České vysoké učení technické v Praze, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Masarykova univerzita, Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i., Univerzita Karlova, Univerzita Palackého v Olomouci, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Západočeská univerzita v Plzni
  Řešitel: Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
  Realizace: 01/01/2020 – 31/12/2022
  Rozpočet: 146 845 000 Kč (projekt) / 6 283 000 Kč (PřF)
  Poskytovatel: MŠMT
  Program: Výzkumné infrastruktury

  www.elixir-czech.cz

  Abstrakt

  Elixír CZ je velká významná infrastruktura v oblasti věd o živé přírodě zaměřená na biologická data, jejich zpracování, uchovávání, sdílení a analýzu. Český uzel ELIXIR reprezentovaný ÚOCHB AV ČR jako národní uzel pro bioinformatiku, který zahrnuje pokročilé výpočetní prostředí, vyhrazené datové sbírky a jedinečné nástroje poskytované komunitě pro vědu o živé přírodě. Uzel je vytvořen a provozován jako distribuovaná infrastruktura, která v současné době zahrnuje čtrnáct organizací. Partnerské instituce poskytují českým vědcům a mezinárodní vědecké komunitě nástroje a databáze v režimu otevřeného přístupu. Jedním z partnerů je i Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích.

  Cíle

  • Poskytování služeb s nimi souvisejících nástrojů a databáze, a to na excelentní úrovni se zaměřením na bioinformatickou a Life Science uživatelskou komunitu v ČR a Evropě včetně podpory těchto nástrojů.
  • Zaměření se na nové disciplíny věd o živé přírodě generující data a nově vznikajících uživatelských komunit.
  • Poskytování řešení pro unifikovaný přístup k datům dodržováním a aplikací FAIR principů.
  • Aplikace principů pro unifikovanou správu dat a zajištění nástrojů pro generování Data managementu plánu na úrovni jak národní, tak evropské.
  • Propojení dat a nástrojů.
  • Tvorba nástrojů datové strategie a její aplikace v heterogenním národním prostředí.
  • Nedílnou součástí Node je specializované výpočetní a úložné prostředí spravované významnými národními akademickými poskytovateli cloud / grid a odrážející skutečné potřeby České republiky v Evropském měřítku a na úrovni ELIXIR Hub.
  • Důležitým rysem navrhovaného uzlu ELIXIR je těsné propojení a spolupráce s infrastrukturními projekty ESFRI v České republice – zejména INSTRUCT, EATRIS, BBMRI, EuroBioimaging a EU-OPENSCREEN a další.

  Výstupy

  Spojení mezi národními a celoevropskými výzkumnými strukturami ve třech silných oblastech:
  1) Nejpokročilejší a nejrozvinutější oblast patří do oblasti strukturní bioinformatiky se zaměřením především na služby a vývoj konkrétních nástrojů. Strukturální oblast bioinformatiky je velmi úzce spojena s českými partnery pro IT infrastrukturu výzkumu - konkrétně CESNET a CERIT SC, které poskytují nejen výpočetní a úložnou kapacitu, ale také know-how v oblasti sítí a využívání heterogenních zdrojů.
  2) Druhou největší oblast představují kurátorované databáze ve dvou hlavních oblastech - specifické sbírky genomových údajů o mikroorganismech a rostlinách a databáze cheminformatiky, které slouží také jako propojovací prvek mezi dalšími projekty biomedicínské infrastruktury, jako jsou EU-OPENSCREEN a EATRIS.
  3) V neposlední řadě jsou IT specializovaná řešení pro infrastrukturu ELIXIR vyvíjena IT partnery a jejich zapojení do dalších projektů ELIXIR CZ představuje společnou platformu pro sjednocení a efektivitu celého procesu. Uzel slouží také jako koordinační platforma národních bioinformatických aktivit a je zodpovědný za jednotnost dat, aplikaci standardů ELIXIR a za celosvětovou přístupnost v celém výzkumném prostoru v České republice.

  

• MAID - Magisterské studium umělé inteligence a Data Science

  Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
  01/03/2019 – 28/02/2022 (prodlouženo do 30/9/2022)
  Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020
  
  Realizace projektu je prodloužena do 30/9/2022.

  Projektový manažer: Mgr. Radka Bunešová

  MAID (BY-CZ 260)
  Název CZ: Magisterské studium umělé inteligence a Data Science
  Název DE: Masterstudium der Künstlichen Intelligenz und Data Science
  Koordinátor: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
  Partneři: Technische Hochschule Deggendorf
  Řešitel: Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
  Realizace: 01/03/2019 – 28/02/2022
  Rozpočet: 937 584,87 EUR (projekt) / 449 984,87 EUR (PřF)
  Poskytovatel: Bavorské státní ministerstvo hospodářství, energie a technologie
  Program: Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020

  www

  Abstrakt

  V rámci tohoto projektu Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích a Technická vysoká škola v Deggendorfu realizují společný přeshraniční magisterský studijní program zaměřený na umělou inteligenci, data science, big data a data mining. Předmětem projektu je připravit akreditační materiály, úspěšně projít akreditačním procesem na české i bavorské straně, jehož výstupem bude akreditovaný double joint program zakončený společným diplomem. Společný studijní program se skládá z povinného semestru na každé z obou vysokých škol. Vyučovacím jazykem je angličtina. Na vědecké úrovni je program velmi moderní a zaměřuje se na špičková témata jako je strojové učení, autonomní inteligentní systémy a automatické zpracování big dat. Do přípravy se společně s oběma partnerskými univerzitami zapojí i regionální firmy, aby obsah programu naplňoval jejich potřeby a zájmy jako budoucích zaměstnavatelů absolventů studia. Projekt přispěje k dlouhodobému rozvoji technologických odvětví v regionu jedinečným a udržitelným způsobem.

  Cíle

  • Implementace přeshraničního magisterského studijního programu Aplikovaná informatika se zaměřením na umělou inteligenci a data science
  • Povinný semestr v zahraničí na partnerské univerzitě
  • Akreditovaný double joint degree program zakončený společným diplomem
  • Implementace moderních metod výuky
  • Vytvoření kvalifikace akceptovatelné na obou stranách hranice
  • Zvýšení počtu absolventů pro kvalitní pracovní místa
  • Zvýšení počtu žen v MINT-studiích
  • Snižování mezikulturních a jazykových bariér v příhraničním regionu
  • Propojení škol, univerzit, firem a studentů v příhraničí

  Výstupy

  • Zpracované akreditační materiály, které úspěšně projdou akreditačním procesem
  • Vybavené laboratoře pro podporu praktické výuky

  

• Polar Ecology Textbook

  prof. Ing. Josef Elster, CSc.
  01/09/2019 – 30/04/2023

  Projektový manažer: Ing. Renata Krinesová

  Polar Ecology Textbook (EHP-BFNU-OVNKM-2-025-2019)
  Název: Polar Ecology Textbook
  Řešitel: Josef Elster, Centrum polární ekologie
  Realizace: 01/09/2019 – 30/04/2023 
  Rozpočet: 341 000 Kč
  Poskytovatel: Česká republika - Ministerstvo financí

  Program: Fondy EHP a Norska 2014 - 2021

  Abstrakt

  Cíle

  Cílem projektu je vytvoření vysokoškolské učebnice Polární ekologie Svalbardu. Svalbard je souostroví v Severním ledovém oceánu, nacházející se severně od kontinentální Evropy. Svalbard je dobře prozkoumaná část světa a nejvíce prozkoumaná oblast v Arktidě. Cílem projektu je napsat učebnici polárního ekologie, která bude zaměřena na živé vědy a na příkladech ze Svalbardu bude dokumentovat ekologické jevy, vztahy a zákonitosti.

  Zároveň učebnice představí vysokoškolské studium na univerzitě v Longyearbyenu a na Přírodovědecké fakultě, Jihočeské univerzitě v Českých Budějovicích, v Centru polární ekologii (CPE). Kniha bude dvojjazyčná, v angličtině a v češtině. Autory budou odborníci z různých oborů arktických studií z obou institucí. Kniha bude k dispozici v PDF na stránkách CPE ke stažení zdarma.

  Výstupy