Skip to main content

PRF

Archeoplant

ARCHAEOPLANT - výzkum identifikace rostlin pomocí umělé inteligence

Doc. PhDr. Jaromír Beneš, Ph.D., Katedra botaniky, laboratoř archeobotaniky a paleoekologie
01/07/2021 – 31/12/2022
Program přeshraniční spolupráce Česká republika - Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 - 2020 (č. projektu 343)
Interreg BY-CZ

Projektový manažer: Ing. Andrea Kadlecová

ARCHAEOPLANT (č. projektu 343)
Název CZ: ARCHAEOPLANT -  výzkum identifikace rostlin pomocí umělé inteligence
Název EN: ARCHAEOPLANT - Erforschung von Pflanzen mit künstlicher Intelligenz
Řešitel:Doc. PhDr. Jaromír Beneš, Katedra botaniky, laboratoř archeobotaniky a paleoekologie
Partneři: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU), Institut für Pflanzenwissenschaften Universität Regensburg
Realizace: 01/07/2021 – 31/12/2022
Rozpočet: 470 270,37 EUR (projekt), 224 212,60 EUR (PřF JU), 246 057,77 EUR (IPW UR)
Poskytovatel: Česká republika – Ministerstvo pro místní rozvoj, Odbor evropské územní spolupráce

Program: Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020

Abstrakt

Cílem projektu je posílit základní výzkum v oblasti botaniky, etnobotaniky a archeobotaniky. Česko-bavorský prostor se vyvíjel vegetačně a zemědělsky shodně, ale byl po druhé světové válce násilně rozdělen. Cílem projektu je vyvinutí inovativní metody a nástroje umožňující rekonstrukci historie vegetace pomocí rostlinných zbytků v česko-bavorském regionu pomocí přístupů umělé inteligence. Od neolitu přibývají přímé doklady přítomnosti nejstarších zemědělců, reprezentované archeologickými nálezy semen rostlin, ale i rostlinných mikrozbytků. Laboratoř archeobotaniky a paleoekologie Jihočeské univerzity (LAPE) a Institut für Pflanzenwissenschaften Universität Regensburg (IPW UR) řadu let spolupracovaly v rámci evropské platformy PAPAVER na výzkumu archeologických lokalit. LAPE disponuje četnými soubory dat z různých typů archeobotanických analýz, IPW UR systematicky shromažďovala semena současné i historické flóry (soubor cca 2000 botanických taxonů). Nicméně dosud chybí jednotná metodika a databáze, která by spojila výzkum současné vegetace s archeobotanickými nálezy. V rámci projektu bude nejprve A) vytvořena Open Access digitální databáze rostlinných makrozbytků (včetně 3D modelů) a mikrozbytků s důrazem na principy FAIR dat. V další fázi B) bude pro pilotní sérii semen, rostlinných fytolitů a škrobů vytvořen modul schopný poloautomaticky identifikovat semena rostlin. V závěrečné fázi C) bude navržen identifikační klíč, schopný identifikovat další botanické taxony. Metodika bude sloužit jako nástroj při rekonstrukci minulého přírodního prostředí a interakcí mezi člověkem a přírodou v česko-bavorském prostoru od pravěku do současnosti. V rámci tohoto přístupu bude vytvořena propojená online mikrofotografická a alfanumerická online databáze obsahující digitální objekty a data. Vytvořené analytické a databázové prostředky umožní botanikům i archeologům identifikovat rostlinné zbytky z archeologických výzkumů. Vzniklé společné analytické nástroje a metodiky, včetně Open Access databáze, by byly první svého druhu. Navrhovaná metodika založená na digitální a analogové mikrofotografii, strojovém učení rostlinných zbytků a 3D modelech rostlinných semen ve vysokém rozlišení umožní inovativní determinaci rostlinného materiálu, která často vyžaduje jinak časově náročnější, a ne vždy úspěšné postupy. Tento nástroj zefektivní společné využití vědeckých dat na obou stranách hranice.

Cíle

  • Hlavním cílem projektu je vývoj analytických metod pro studium vegetační a zemědělské historie Čech a Bavorska
  • Posílení základního výzkumu v oblasti botaniky, etnobotaniky a archeobotaniky.
  • Vyvinutí inovativní metody a nástroje umožňující rekonstrukci historie vegetace rostlinných zbytků v česko-bavorském regionu pomocí přístupů umělé inteligence.
  • Prohloubení přeshraniční vědecké spolupráce, prohloubení interdisciplinární spolupráce v oblasti

    archeologie, botaniky, ekologie a informačních technologií.

Výstupy

  • Vytvoření Open Access digitální databáze rostlinných makrozbytků (včetně 3D modelů) a mikrozbytků s důrazem na principy FAIR dat.
  • Pro pilotní sérii semen, rostlinných fytolitů a škrobů bude vytvořen modul, schopný poloautomaticky identifikovat semena rostlin.
  • Vytvoření identifikačního klíče, schopného identifikovat další botanické taxony.

Online databáze

Data vzniklá v rámci projektu Archaeoplant jsou k dispozici v databázi UniCatDB, vyvíjené a spravované Jihočeskou univerzitou v rámci Elixir-CZ. Byla zde vytvořena speciální struktura pro data z projektu a veškerá relevantní data vniklá z mikroskopů a 3D skeneru byla importována, včetně transformovaných relevantních metadat (v případě dat z mikroskopu Keyence bylo nutno metadata extrahovat přímo z obrázků zakódované v EXIF). Databáze je pro čtení přístupná na https://app.unicatdb.org/ (uživatel: public, heslo: public).

Číst dál …Archeoplant

  • Přečteno: 5418

obhajoby Katedra chemie / Defences Dept. of Chemistry 06 2023

Back to Dept. of Chemistry

Obhajoby diplomových prací/MSc theses defences

Datum konání/Date: 22. 5. 2023, Místo konáni/Place: C 6

                          10:00       Řešení struktur serpinů IRS-1 a IRS-4 z Ixodes ricinus

                          11:00      Sbírka laboratorních úloh pro střední školy a gymnázia

                          12:00      Výuka chemie na SŠ nechemického zaměření z pohledu standardního a STEM přístupů  

                         13:00      Molekulárně biologická a strukturní studie bakteriálních lysostafinů a jejich mutantních forem

                         13:50      Identifikace glykosylovaných proteinů klišťat nesoucích imunogenní epitopy

                          14:40      Molecular, biochemical, and structural characterization of secreted ferritn II from Ixodes ricinus.            

                                 

Datum konání/Date: 23. 5. 2023, Místo konání/Place: C 3

                        11:40        Characterization of nuclear and cytoplasmatic interactome of tick-borne encephalitis virus capsid protein

                        13:30        Cyklické organosirné sloučeniny cibule kuchyňské (Allium cepa)

                        14:30        Příprava workshopu pro žáky středních škol na téma stanovení vápníku a hořčíku ve vodě

                        15:30        Ověření vlivu primárních imunitních buněk a jejich detekovatelných markerů během časné fáze infekce virem klíšťové encefalitidy

          

Datum konání/Date: 24. 5. 2023, Místo konání/Place: C 3

                          8:30           Charakteristika přírodních látek v povodí řeky Otavy

                           9:30           Optimalizace dávkování chlordioxidu do chladicího okruhu JE Temelín

 

Obhajoby bakalářských prací/BSc theses defences

Datum konání/Date: 22. 5. 2023, Místo konání/Place: C 3

                         10:00       Možnosti stanovení vybraných pohlavních a stresových hormonů savců pomocí APCI-LC/MS

                         11:00         Možnosti fotochemické degradace sulfonamidů a antibiotik ze skupiny diaminopyrimidinů          

                         11:50         Antikoagulanty – možnosti fotochemické degradace

                         12:40      Stanovení vybraných fenolů v cigaretových nedopalcích pomocí kapalinové chromatografie

                         13:30       Ergothionein – biologicky aktivní sekundární metabolit hub    

                         14:20     Vývoj metody pro stanovení vybraných aromatických aminů pomocí LC/MS

 

Datum konání/Date: 23. 5. 2023, Místo konání/Place: C 3

                          9:00      Studies of expression and localization of endogenous G-protein subunits using bioluminiscence imaging

                          9:50      Vliv vybraných podmínek prostředí na obsah a distribuci pigmentů v buňkách bakterie  Deinococcus radiodurans

 

Datum konání/Date: 29. 5. 2023, Místo konání/Place: C 3

                         13:00     Optimalizace exprese a purifikace fúzních konstruktů ptačho reovirálního proteinu mNS

                         13:50       Krystalizační studie ptačího reovirálního proteinu  sNS

                         14:40        Výuka biochemie na ZŠ, SŠ a všech stupních gymnázií, použití modelů při výuce chemie

 

Obhajoby bakalářských prací/BSc theses defences

Datum konání/Date: 15. 6. 2023, Místo konání/Place: C 4

08:00-08:45    Encapsulation of bacterial photosynthetic reaction centers into viral capsids.

08:45-09:30    T Regulatory Lymphocytes During MBTA Immunotherapy of Pancreatic Adenocarcinoma

09:30-10:15    Differential expression of genes in replicative (spiral) and persistent (biofilms) forms of the causative agent of human Lyme borreliosis

10:15-11:00    The effect of cutting and fertilization under controlled conditions on photosynthesis and plant growth of two wet grassland species (Carex canescens and Phalaris arundinacea) representative of the competitive and conservative plant functional types

11:00-11:45    Three-dimensional flight trajectories in three European butterfly species

12:30-13:15    Role of the serotonin receptor type 7 (5-HT7) in autoimmune disease.

13:15-14:00    Sirtuins as regulators of apoptosis induced proliferation in the eye of Drosphila melanogaster.

14:00-14:45    Three-Dimensional Visualization of Tick-Borne Encephalitis Virus Infection in Mouse Brain Tissue.

14:45-15:30    Volume Scanning Electron Microscopy and Stereology for Investigation of SARS-CoV-2 Infected Murine Lung Tissues

 

 

 

Aktuálně - UCH

Číst dál …obhajoby Katedra chemie / Defences Dept. of Chemistry 06 2023

  • Přečteno: 10284

Sinice a řasy v akváriích

Každý akvarista, který čas od času drhne sklo svého akvária od nárostů, na řasy a sinice nadává a chtěl by se jich zbavit. Ony ale jsou organickou součástí vodních biotopů – tedy i akvárií – a navíc jsou při bližším pohledu velmi estetickými organizmy.

 Cílem práce by bylo obejít množství svých známých a kamarádů, obchodů s rybičkami, možná i zoologických zahrad a podobně a odebrat si od nich vzorky, ty pokud možno začerstva zmikroskopovat a vyfotit. Z těchto výsledků pak bude sestaveno na webu něco jako atlas řas pro akvaristy.

Vedoucí práce:  prof. RNDr. Jan Kaštovský, Ph.D. (hanys_at_prf.jcu.cz)

Katedra:  botaniky (Na Zlaté stoce 1, České Budějovice)

Zaměření práce: kombinace terénu a laboratorní práce

Předpokládaná hodinová dotace:  2 - 3 hodiny/týden

Souvislost praxe: práce může být rozdělena podle potřeb studenta

Znalost anglického jazyka:  mírně pokročilý

Číst dál …Sinice a řasy v akváriích

  • Přečteno: 34262

Přihlaste si
odběr newsletteru

Zůstaňme v kontaktu na
sociálních sítích

Branišovská 1645/31a, 370 05 České Budějovice Tel. 387 776 201 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Branišovská 1645/31a, 370 05 České BudějoviceTel. 387 776 201 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

© 2024 Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Cookies

1

0