Charakteristiky životních strategií vybraných skupin Betaproteobacteria ve vztahu k jejich roli v přenosu uhlíku do vyšších trofických hladin
Řešitel: prof. RNDr. Karel Šimek, CSc.
(Spolu)řešitel na KBE: Karel Šimek
Nositel projektu: Hydrobiologický ústav
Doba trvání: 2013 - 2017
Cíle projektu:
S využitím terénních i laboratorních pokusu s izolovanými kmeny dvou důležitých skupin Betaproteobacteria porovnat jejich hlavní ekofyziologické a genomické charakteristiky v návaznosti na jejich roli v přenosu uhlíku do vyšších trofických hladin prostřednictvím heterotrofních bicíkovců.
Popis projektu:
V projektu děláme výzkum životních strategií bakterií a charakteristik genomu reprezentativních kmenů ze dvou klíčových skupin Betaproteobacteria, rodu Limnohabitans a rodu Polynucleobacter, jejichž ekofyziologické vlastnosti a pro ně typická vodní prostředí jsou velmi odlišná. Předpokládáme, že různé druhy těchto skupin bakterií, které jsou početné v přírodních vodách, se liší jak růstovým potenciálem, tak i rychlostí, s jakou jsou pohlcovány bičíkovci. Právě interakce bakterie – fagotrofní bičíkovci také významně ovlivňuje jejich roli v toku uhlíku do vyšších trofických úrovní. Úspěšně jsme izolovali velkou sbírku kmenů z obou cílových skupin bakterií, která umožní studium jejich diverzity, ekologických a genomických charakteristik. Navrhujeme soubor specifických in situ pokusů, které usnadní testovat fyziologické charakteristiky a přenos uhlíku z testových skupin (ale i z jednotlivých kmenů) bakterií do bičíkovců ve čtyřech různých nádržích a jezerech. Tato data přináší nové náhledy do životních strategií planktonních bakterií a umožní i určitou revizi jejich současných konceptů. Vedle toho jsou vyvíjeny nové genetické sondy (metoda CARD-FISH), které umožňují detekci a stanovení početnosti různých genetických linií bakterií rodu Limnohabitans přímo ve vodním prostředí. Projektové aktivity kombinují práce s bakteriálními kulturami a řadu terénních pokusů zejména na nádrži Římov a na Jiřické nádrži v Novohradských horách
