Archeobotanika je vědecký obor, úzce související s environmentální archeologií. Zabývá se analýzou rostlinných makrozbytků (především semena rostlin) a mikrozbytků (pyl, fytolity, škrob) a interpretací rostlinných zbytků v rámci archeologických situací. Typickým příkladem jsou domestikované rostliny, na jejichž základě se rekonstruují společenské a ekonomické vztahy v pravěkých a historických společnostech. Laboratoř archeobotaniky a paleoekologie (LAPE) provádí výzkum v České republice, jižní Evropě a v Africe. Dalšími obory zájmu jsou archeozoologie, zabývající se zvířecími zbytky na archeologických lokalitách a paleoekologie, integrující vztahy lidských společností s přírodou v minulosti

Bryologie je obor, zabývající se všemi aspekty biologie mechorostů. Přes svou nenápadnost jsou mechorosty druhou největší skupinou vyšších rostlin, která je i u nás zastoupená téměř 900 druhy. Bryologická skupina na Katedře botaniky je součástí Systematiky vyšších rostlin, ale zpracováváme i ekologická témata a metodicky máme blízko ke skupinám které pro svou práci potřebují mikroskopické metody.

Zabýváme se ekologickou obnovou různých narušených ekosystémů, zejména po těžbě (různé kamenolomy, pískovny, vytěžená rašeliniště, odvaly, odkaliště atd.), ale také obnovou luk, opuštěných polí, lesů nebo mokřadů.
Soustředíme se zejména na využití spontánní sukcese, která spoléhá pouze na přírodní procesy. V poslední době se náš výzkum výrazněji zaměřuje také na asistovanou obnovu degradovaných stanovišť, např. s pomocí velkých býložravců nebo regionálních semenných směsí. Výsledky botanických výzkumů kombinujeme s poznatky z jiných oborů, např. entomologie, a publikujeme je v předních mezinárodních časopisech. Širším cílem je také popularizace a propagace oboru mezi odbornou veřejností a praktiky. Snažíme se také pozitivně ovlivňovat národní politiku a tvorbu resortních zákonů a směrnic.
Ekologie obnovy spojuje ekologickou teorii a praktické aplikace a zaměřuje se na obnovu narušených, degradovaných nebo dokonce zcela zničených ekosystémů. Jedná se o relativně mladou vědní disciplínu s velkou perspektivou, která umožňuje aktivní propojení vědy a praxe. Českobudějovická skupina patří k předním evropským týmům v oboru a je jediným pracovištěm s touto specializací v České republice.
Pracovní skupina je neformálním seskupením při Katedře botaniky Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, které spojuje lidi zabývající se tématem ekologie obnovy. Sdružuje nejen pracovníky a studenty Katedry botaniky, ale i lidi z dalších institucí (univerzity, ústavy Akademie věd ČR, nevládní organizace a další veřejné i soukromé instituce).

Tato skupina se soustředí především na procesy vedoucí k utváření a udržování rostlinné diverzity v druhově bohatých polopřirozených lučních společenstvech a na význam této diverzity pro všestranné fungování ekosystémů. Naše práce je motivována potřebou rozšířit a prohloubit znalosti o rozložení biodiverzity v prostoru a čase a o mechanismech, které za tímto rozložením stojí. V průběhu několika minulých let byly nashromážděny důkazy, které jasně ukazují, jak nahlížení na rostlinná uskupení z pohledu jejích funkčních vlastností (traitů) může přinést nový pohled na proces utváření rostlinných společenstev a soužití druhů v čase. Navíc funkční vlastnosti rostlin přímo odrážejí následky interakcí s dalšími trofickými úrovněmi (s kaskádovým vlivem na býložravce a rozkladače) a ovlivňují celou škálu funkcí ekosystémů (produktivita, kontrola invaze, koloběh živin, opylování, atd.), s přímými důsledky pro různé ekosystémové služby zajišťované druhově bohatými ekosystémy.

Náš výzkum soustředíme obzvláště na mechanismy uchycování druhů (dynamika mezer v porostu, reprodukční a klonální znaky), druhové interakce (kompetice, facilitace, poloparazitismus) a lokální adaptace (fenotypová plasticita a dědičná epigenetika) pomocí studia různých nadzemních i podzemních znaků rostlin. Kombinujeme rozsáhlé terénní pokusy, zahrnující dlouhodobé výzkumné plochy, s pokusy ve sklenících a růstových komorách k vyhodnocení vlivu změn ve funkčních vlastnostech na soužití druhů a na různé ekosystémové funkce.

Houby jsou extrémně druhově bohatou skupinou organismů zastávající v přírodě nezastupitelnou roli zejména jako rozkladači, symbionti (mykorhiza, lichenismus) a parazité. V současnosti je známo asi 150 tisíc druhů hub a lišejníků, reálný odhad je 2,2-3,8 milionů, o ekologii a rozšíření i těch popsaných toho často není moc známo. Každý živý organismus přitom s houbami nějak interaguje a ty makroskopických rozměrů na sebe vážou celá houbová společenstva. Proto jakákoliv změna cenných biotopů, kterými se prioritně zabýváme, s sebou přináší i změnu na ně vázaných houbových společenstev s možností vyhynutí vzácných druhů hub a lišejníků.

Algologie nebo také fykologie se věnuje studiu sinic a řas, ve všech jejich biotopech – od horkých po mrazové pouště, od třeboňských rybníků po tropické pralesy. V naší laboratoři se hlavně soustředíme na fylogenezi a ekologii sinic (Cyanobacteriota) a krásnooček (Euglenophyta), ale pracujeme také s parožnatkami (Charophyceae, ve spolupráci s orgány ochrany přírody) nebo rozsivkami (Bacillariophyceae, to zejména ve spolupráci s forenzním výzkumem s Kriminalistickým ústavem PČR). Kombinujeme terénní práci ve vodách a na skalách s prací u optických i elektronových mikroskopů i v molekulární laboratoři.

Co určuje morfologickou a genetickou variabilitu a geografické rozšíření rostlin? Studujeme evoluční procesy (např.  hybridizace, polyploidie, vznik druhů), reprodukci rostlin, i vliv historie (např. střídání dob ledových a meziledových). Jednotlivé poznatky se snažíme propojovat. Blízká nám jsou i témata spojená s ohroženými druhy a ochranou přírody. Pracujeme jak v terénu po celé Evropě (např. Šumava, Alpy, Skandinávie, Balkán), tak v molekulární laboratoři.