Laboratoř archeobotaniky a paleoekologie (LAPE) je od roku 2002 specializovaným univerzitním pracovištěm na Přírodovědecké fakultě Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích. Zpočátku byla LAPE součástí katedry botaniky, ale od roku 2014 je samostatnou organizační jednotkou fakulty, která se zabývá výzkumem a vzděláváním v oblasti environmentální archeologie.

Hlavním smyslem a náplní činnosti členů LAPE je základní výzkum v oblasti bioarcheologie a paleoekologie. Do těchto oblastí patří především archeobotanika, archeozoologie, ale i řada dalších specializací, zkoumajících interakci člověka a přírody v minulosti. V prostředí laboratoře vznikají bakalářské, magisterské a doktorské práce především v oboru botanika, zoologie a environmentální archeologie. V posledně jmenovaném oboru laboratoř úzce spolupracuje s Archeologickým ústavem Filozofické fakulty Jihočeské univerzity. Činnost LAPE zahrnuje výzkum jak na území České republiky, tak na řadě míst v zahraničí. LAPE také poskytuje řadu služeb archeologickým a jiným pracovištím. Vedle konzultací, týkajících se užití přírodovědných metod v archeologii, jsou to především analýzy v řadě bioarcheologických specializací. LAPE se podílí na vydávání mezinárodního časopisu Interdisciplinaria Archaeologica, Natural Sciences in Archaeology (IANSA).

Centrum polární ekologie (CPE) vzniklo v roce 2013 a jeho hlavním cílem je provádět a podporovat výzkum v polární ekologii pod záštitou Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích.

Centrum polární ekologie sídlí v Českých Budějovicích, v budově nově zrekonstuovaného statku, ve které je řada špičkově vybavených laboratoří, kultivační, chladová i přednášková místnost. Poskytuje tak zázemí různým výzkumným skupinám. Ty se věnují výzkumu například na Svalbardu, ve Finsku, na Aljašce, Islandu, v Grónsku či vysokých Andách Jižní Ameriky.

Studentům Přírodovědecké fakulty JU pak zprostředkovává nezapomenutelný zážitek dvoutýdenní Kurz polární ekologie na Svalbardu, na kterém získají komplexní znalosti z ekologie polárních oblastí. Kurz běží jednou za dva roky a je mezi studenty velmi oblíben.

Centrum matematické biologie

Katedra matematiky zabezpečuje výuku matematiky na Přírodovědecké fakultě JU. Garantuje bakalářské studijní programy Matematika pro vzdělávání a Aplikovaná matematika. První z těchto programů je určen pro studenty, kteří se chtějí stát středoškolskými učiteli matematiky a pokračovat v navazujícím magisterském studijním programu Učitelství matematiky pro střední školy. Studenti bakalářského programu Aplikovaná matematika mohou pokračovat v magisterském studiu aplikované matematiky na řadě jiných vysokých škol v Česku. Pracovníci Katedry matematiky řeší vědecké otázky v řadě matematických či matematicko-aplikačních disciplín a publikují své odborné práce v respektovaných mezinárodních časopisech. Součástí Katedry matematiky je Centrum matematické biologie, které se zabývá aplikacemi matematiky v biologii, převážně pak v ekologii, epidemiologii a evoluční biologii.

Katedra chemie