Lovci nebo zahradníci? Transkriptomický pohled na symbiotické interakce mezi masožravou rostlinou a mikroorganismy

Řešitel: RNDr. Lubomír Adamec, CSc.
(Spolu)řešitel na KBE: Jaroslav Vrba
Nositel projektu: Hydrobiologický ústav
Doba trvání: 2011 - 2014

Cíle projektu: 
Pochopení role mikroorganismů v ekofyziologii, zejména ve výživě bezkořenných rostlin, s využitím masožravého rodu Utricularia jako modelu. Masivní sekvenování nové generace umožní studovat kvalitativní i kvantitativní rozdíly v expresi genů rostlin v různých fázích mikrobiální kolonizace pastí.

Popis projektu: 
Bezkořenná Utricularia je nejpočetnějším rodem masožravých rostlin s jedním z nejmenších známých genomů u krytosemenných. Soudíme, že mutualistická interakce rostlina-mikroorganismy v pastech vodních bublinatek má velký vliv na ekofyziologii rostlin, zejména příjem živin (N a P), a vede ke změně růstu i charakteru rostlinné genové exprese. Tento předpoklad se pokusíme ověřit identifikací hlavních metabolických drah závislých na mikroorganismech, což nám umožní poznat úlohu mikroorganismů v získávání živin u bublinatek. Využijeme moderní, vysoce účinné sekvenační metody, které dovolují srovnání celých transkriptomů axenicky rostoucích U. vulgaris a rostlin v různých stádiích mikrobiální kolonizace. Analýza celogenomové diferenciální exprese RNA poskytne hlubší vhled do biologických (metabolických) procesů a molekulárních mechanismů, které jsou podstatou symbiozy rostlin a mikroorganismů. Transkriptomické údaje budou doplněny daty z růstových pokusů, analýz živin v pastech, z translokace stabilních izotopů C a N i studiem vývoje mikrobiálního společenstva a jeho fyziologického stavu.

Odkazy na jiné weby: 
http://utricularia.prf.jcu.cz