Správce dat

Unikátní chov afrických rypošů

Díky skrytému způsobu života byli podzemní savci po dlouhá léta velmi dobře ukryti před zraky laické i odborné veřejnosti. Jejich sledování bylo, a přes technologický pokrok stále je, velmi obtížné, neboť jsou celý život zalezlí v rozsáhlých komplexech podzemních tunelů. V posledních desetiletích se jejich výzkum zintenzivnil, neboť se zjistilo, že se u nich vyvinula řada zajímavých adaptací, které jim pomáhají k životu v prostředí velmi nehostinném. Nory jsou totiž bez světla, s velmi vysokou vzdušnou vlhkostí, často s nedostatkem kyslíku a zároveň přebytkem oxidu uhličitého a k potravě či partnerům je zapotřebí se prokousat půdou.

V posledních dvou dekádách nabral výzkum několika druhů podzemních savců ještě mnohem větších obrátek, neboť se zjistilo, že řada adaptací by mohla být využitelná v lidské medicíně. Řada druhů je dlouhověká, jejich stárnutí postupuje velmi pomalu, jsou odolní vůči rakovině a různým patologickým stavům, které doprovází nedostatek kyslíku jako jsou infarkty či mozkové příhody.

Mezi několika stovkami druhů podzemních savců jsou dvě skupiny bezkonkurenčními premianty v intenzitě a šířce výzkumu, a to i toho biomedicínského. První jsou afričtí rypošovití (Bathyergidae) a druhou slepcovití (Spalacidae), které najdeme hlavně ve východní Evropě (nejblíže k nám v Maďarsku) a na Blízkém východě. Máme to štěstí, že jako jediní na světě je zde v Českých Budějovicích obě skupiny chováme a studujeme.

Studium podzemních savců má na Přf JU dlouhou tradici, neboť již po čtvrt století se pomocí laboratorních a terénních přístupů snažíme odhalovat nejrůznější tajemství podzemních savců a to zejména smyslové, behaviorální, fyziologické, ekologické a morfologické adaptace na život v podzemí. Zabýváme se také druhovou pestrostí a taxonomií, a faktory které vedou ke vzniku jednotlivých druhů a jejich rozšíření. Zajímáme se i o jejich chování, sociální uspořádání a reprodukční systémy. Mimo současného chovu slepců a rypošů je náš výzkum unikátní v dalších aspektech. Snažíme důsledně integrovat výsledky terénního a laboratorních výzkumu (většina dalších týmů se soustředí na práci v laboratoři), máme největší celosvětových záběr zkoumaných taxonů podzemních hlodavců (Afriky, Blízký východ, Evropa, Čína a Jižní Amerika) a také chováme druhově nejpestřejší kolekci podzemních hlodavců (většina skupin studuje pouze jeden druh často rypoš lysý), což nám umožňuje využívat různé srovnávací přístupy. V současnosti chováme pět druhů rypošů (mj. rypoš obří, Ansellův, lysý), slepce galilejského a také jihoamerického kurura a to v nějakých 400 jedincích.

Naše chovy lákají zájemce z řad veřejnosti na prohlídky „rypošária“  a další vědecké skupiny k výzkumu.

Mimo kolegů na Katedře zoologie spolupracujeme se skupinou Lenky Gahurové z katedry molekulární biologie a genetiky na problematice reprodukční biologie a kvalitě oocytů. V rámci České republiky spolupracujeme především s O. Mikulou a J. Bryjou z Ústavu biologie obratlovců AV ČR  na diverzitě a taxonomii rypošů (a dalších afrických savců) a s H. Burdou na nejrůznějších aspektech biologie podzemních savců. V rámci zahraničních spoluprací za zmínku stojí ta s Nigelem C. Bennettem z Jihoafrické republiky, E. Nevem z Izraele a Sabine Begall z Německa.

Výzkumy a studie afrických rypošů Katedry zoologie dostupné zde:

• Výzkum drobných afrických savců
• Rypoši

• Počet jedinců v chovu je 400 rypošů.
• Spořádají 700 kg zeleniny měsíčně.
• Péči o chovy se věnuje jedna technička (ta se věnuje i dalším chovům). Když je potřeba – zejména o prázdninách - tak vypomáhají také studenti.
• Síla skusu je po zohlednění velikosti těla srovnatelná se savci s tím úplně nejsilnějším skusem, jako jsou hyeny skvrnité, které dokáží drtit i sloní kosti?
• V přírodě žijí v tunelech, které si sami hloubí a komplexy těchto tunelů mohou u sociálních druhů dosahovat délky kolem tři kilometrů?
• Žijí v monogamním uspořádání, kdy se rozmnožuje pouze jeden pár a ostatní jsou jejich nerozmnožující příbuzní? Pokud v chovech jeden z rodičů umře, tak se v rodině nikdo po celá léta nemnoží.
• Rypoši, kteří se rozmnožují, žijí dvakrát déle než ti, kteří tu možnost nemají?
• Některé druhy žijí velmi dlouho a to až několik desítek let?

• Že se v rodinách může vyskytovat několik desítek či dokonce stovek jedinců?
• Ačkoliv mají miniaturní oči, které nerozlišují tvary a nejsou schopny vnímat pohyb, dokáží hluboko ve svých tunelech vnímat i odražené měsíční světlo?
• Nemají čípky pro červené světlo, takže vidí modrozeleně?
• (téměř) nemají rakovinu? Za tuto vlastnost může pravděpodobně kyselina hyaluronová, která jím a naším drahým polovičkám pomáhá zvláčňovat kůži.
• Rypoš lysý dokáže přežít v prostředí bez jakéhokoliv kyslíku téměř 20 minut?
• Jedinci některých druhů spolu komunikují pomoci bubnování zadních končetin do podlahy tunelů?
• Že tělní teplota rypoše lysého z velké části kopíruje teplotu okolí?
• Stále rostoucí řezáky, které slouží, jako hlavní pracovní nástroje (krumpáče), rostou rychlostí až 1cm za týden? Když se nějaký u nás v chovech zlomí a pak špatně roste, musíme jednou týdně ucvaknout přerostlou část.

Správce dat má za úkol pomáhat na Přírodovědecké fakultě při správě výzkumných dat.

Jak Vám správce dat může pomoci?

• Správa metadat, zajištění důkladné dokumentace, tvorba data management plánu (DMP) pro podporu efektivní správy dat, která je povinnou součástí projektů Horizon, GAČR a TAČR.
• Implementace principů FAIR se zaměřením na dohledatelnost, dostupnost, interoperabilitu a opětovnou použitelnost.
• Pomoc s ukládáním výzkumných dat do důvěryhodného úložiště, jako je Figshare, Dryad, Zenodo nebo univerzitní datové úložiště. Tato úložiště umožňují veřejný přístup a dlouhodobé uchování dat.
• Zpřístupnění vašich výzkumných dat pod příslušnou licencí, která definuje míru publicity a práva na použití vašich dat.

Pro pomoc s výzkumnými daty a správou dat, prosím, kontaktujte MSc. Manali Das (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.).

Pracoviště:
Přírodovědecká fakulta, budova C, číslo místnosti 00055.

Úřední hodiny:
pondělí (10:00 - 18:00)
středa (10:00 - 18:00)
čtvrtek (10:00 - 18:00)

Brání Vašemu výzkumu nekvalitní data?

Nejčastěji bývají problémy se spolehlivostí dat, s jejich přesností, úplností a relevancí.

Špatná dokumentace.
Nekonzistentní formáty, nestandardní zkratky, jednotky, formáty.
Data, která postrádají metadata nebo vysvětlení o tom, jak byla shromážděna, zpracována nebo interpretována.
Data, která neodpovídají zavedeným standardům nebo protokolům.
Údaje shromážděné bez řádného souhlasu nebo v rozporu se zákony a předpisy na ochranu soukromí.

Kvalitní výzkumná data se těchto problémů musí vyvarovat. Dobrá kvalita dat usnadňuje reprodukovatelnost a opakované použití tím, že poskytuje organizovaná data spolu s komplexní doplňkovou dokumentací.

Poskytněte přístup k nezpracovaným, podrobným datům z pozorování, průzkumů, senzorů atd.
Používejte široce kompatibilní a strojově čitelné formáty souborů, které mohou využívat ostatní.
Data formátujte standardizovaným, konzistentním a strukturovaným způsobem.
Sestavte podrobnou kontextovou dokumentaci a popisné popisky proměnných/kódové knihy, které ostatním umožní interpretovat data.

Užitečné odkazy:

• Jsou Vaše data FAIR?: https://zenodo.org/records/3405141
• Open Data: https://www.lib.jcu.cz/en/open-science/open-data
• Open Acces: https://www.lib.jcu.cz/en/open-science/open-access
• Metadata: https://www.lib.jcu.cz/en/open-science/metadata