PRF

Napsáno od Lenka Chodáková dne 13. duben 2022. Zveřejněno v PRF.

Molekulární biologie a fyziologie rostlin

Koordinátor

prof. Ing. Jiří Šantrůček, CSc. (Přf JU)

Vědecké skupiny a školitelé

Stabilní izotopy, kutikula, průduchy - prof. Ing. Jiří Šantrůček, CSc.

Molekulární signalizace rostlin - doc. MSc. Michael Alois Wrzaczek, PhD.

Molekulární interakce rostlin s mikroorganismy - Ing. Martin Janda, Ph.D.

Ekofyziologie mechů / biologie rašeliníků; voda v rostlinách - RNDr. Tomáš Hájek, Ph.D.

Epigenetika rostlin - Mgr. Iva Mozgová, Ph.D.

Biofyzika a biochemie rostlin - prof. Hendrik Küpper, Ph.D.

Laboratoř fotosyntetických pigmentů - doc. Ing. Roman Sobotka, Ph.D.

Laboratoř fotosyntézy - prof. RNDr. Josef Komenda, CSc., DSc.

Ekofyziologie řas - prof. RNDr. Ondřej Prášil, Ph.D.

Sekundární metabolity sinic - RNDr. Pavel Hrouzek, Ph.D

Ukázka publikací našich studentů:

Pazderník, M, Mareš, J, Pilný, J, Sobotka, R: The antenna-like domain of the cyanobacterial ferrochelatase can bind chlorophyll and carotenoids in an energy-dissipative configuration. Journal of Biological Chemistry 294(29), 11131-11143, 2019. DOI:https://doi.org/10.1074/jbc.RA119.008434

Bučinská, L, Kiss, É, Koník, P, Knoppová, J, Komenda, J, Sobotka, R: The Ribosome-Bound Protein Pam68 Promotes Insertion of Chlorophyll into the CP47 Subunit of Photosystem II. Plant Physiology 176(4), 2931-2942, 2018. DOI: https://doi.org/10.1104/pp.18.00061

Bečková, M, Gardian, Z, Yu, J, Konik, P, Nixon, PJ, Komenda, J: Association of Psb28 and Psb27 Proteins with PSII-PSI Supercomplexes upon Exposure of Synechocystis sp. PCC 6803 to High Light. Molecular Plant 10(1), 62-72, 2017. DOI: https://doi.org/10.1016/j.molp.2016.08.001

Číst dál …Molekulární biologie a fyziologie rostlin

Přečteno: 9096

Napsáno od Lenka Chodáková dne 13. duben 2022. Zveřejněno v PRF.

Fyziologie a vývojová biologie živočichů

Koordinátor:

prof. RNDr. Dalibor Kodrík, CSc. (ENTÚ BC AV ČR) a doc. Alexander W. Bruce, Ph.D.

Vědecké skupiny a školitelé

Laboratoř biologie časného savčího vývoje - doc. Alexander W. Bruce, Ph.D.

Laboratoř molekulární integrativní fyziologie drozofily - doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.

Dmel macrophages squad - Mgr. Adam Bajgar, Ph.D.

Laboratoř fyziologie hmyzu - prof. RNDr. Dalibor Kodrík, CSc.

Laboratoř vývojové genetiky - prof. RNDr. Marek Jindra, CSc.

Laboratoř molekulární chronobiologie - Mgr. David Doležel, Ph.D.

Laboratoř diapauzy hmyzu - prof. Ing. Vladimír Košťál, CSc.

Laboratoř molekulární genetiky - prof. RNDr. Michal Žurovec, CSc.

Ukázka publikací našich studentů:

Kaniewska M., Vaněčková H., Doležel D., Kotwica-Rolinska J. (2020) Light and temperature synchronizes locomotor activity in the linden bug, Pyrrhocoris apterus. Frontiers in Physiology 11: DOI: 10.3389/fphys.2020.00242

Kotwica-Rolinska J., Chodáková L., Chvalová D., Krištofová L., Fenclová I., Provazník J., Wu C., Bertolutti M., Doležel D. (2019) CRISPR/Cas9 genome editing introduction and optimization in the non-model insect Pyrrhocoris apterus. Frontiers in Physiology 10: DOI: 10.3389/fphys.2019.00891

Lin Y.-H., Maaroufi H., Ibrahim E. A. S., Kučerová L., Žurovec M. (2019) Expression of human mutant huntingtin protein in Drosophila hemocytes impairs immune responses. Frontiers in Immunology 10: DOI: 10.3389/fimmu.2019.02405

Číst dál …Fyziologie a vývojová biologie živočichů

Přečteno: 9064

Napsáno od Lenka Chodáková dne 13. duben 2022. Zveřejněno v PRF.

Evoluční molekulární biologie a genetika

Koordinátor:

RNDr. Petr Nguyen, Ph.D. (Přf JU)

Vědecké skupiny a školitelé:

Laboratoř chromozomiky - RNDr. Petr Nguyen, Ph.D.

Laboratoř molekulární cytogenetiky - prof. RNDr. František Marec, CSc.
- RNDr. Magda Zrzavá, Ph.D.

Laboratoř molekulární cytogenetiky - RNDr. Jiří Macas, Ph.D.

Arthropods, symbionts, microbiomes - doc. RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

Laboratoř evoluční protistologie - prof. Ing. Miroslav Oborník, Ph.D.

Laboratoř environmentální genomiky - Mgr. Aleš Horák, Ph.D.

Laboratoř molekulární ekologie a evoluce - doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

Laboratoř genomiky a diverzity protist - Mgr. Martin Kolísko, Ph.D.

Ukázka publikací našich studentů:

Avila Robledillo, L., Neumann, P., Koblizkova, A., Novak, P., Vrbova, I., Macas, J. (2020) – Extraordinary sequence diversity and promiscuity of centromeric satellites in the legume tribe Fabeae. Molecular Biology and Evolution. 37:2341-2356. doi.org/10.1093/molbev/msaa090

Vondrak, T., Avila Robledillo, L., Novak, P., Koblizkova, A., Neumann, P., Macas, J. (2020) – Characterization of repeat arrays in ultra-long nanopore reads reveals frequent origin of satellite DNA from retrotransposon-derived tandem repeats. The Plant Journal. 101:484-500. doi.org/10.1111/tpj.14546

Flegontova O., Flegontov P., Malviya S., Audic S., Wincker P., de Vargas C., Bowler C., Lukeš J., Horák A. (2016) Extreme diversity of diplonemid eukaryotes in the ocean Current Biology 26: 3060-3065. DOI: 10.1016/j.cub.2016.09.031

Číst dál …Evoluční molekulární biologie a genetika

Přečteno: 9143

Napsáno od Lenka Chodáková dne 13. duben 2022. Zveřejněno v PRF.

Molekulární a buněčná biologie

Koordinátor:

doc. Hassan Hashimi, Ph.D. (PARÚ BC AV ČR)

Vědecké skupiny a školitelé:

Laboratoř molekulární integrativní fyziologie drozofily - doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.

Dmel macrophages squad - Mgr. Adam Bajgar, Ph.D.

Laboratoř vývojové biologie - RNDr. Alena Krejčí, Ph.D.

Laboratoř molekulární biologie prvoků - prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc
- doc. Hassan Hashimi, Ph.D

Laboratoř funkční biologie protist - RNDr. Alena Panicucci Zíková, Ph.D

Laboratoř RNA biologie prvoků - RNDr. Zdeněk Paris, Ph.D.

Laboratoř imunologie vektorů - RNDr. Petr Kopáček, CSc
- RNDr. Daniel Sojka, Ph.D.
- RNDr. Radek Šíma, Ph.D

L aboratoř rybí protistologie - Dr. Astrid Holzer, Ph.D.

Laboratoř molekulární genetiky - prof. RNDr. Michal Žurovec, CSc.

Laboratoř výzkumu telomer - RNDr. Radmila Čapková Frydrychová, Ph.D.

Katedra chemie - Makrokomplex - RNDr. Zdeněk Franta, Ph.D

Ukázka publikací našich studentů:

Nenarokova A., Záhonová K., Krasilnikova M., Gahura O., McCulloch R., Zíková A., Yurchenko V., Lukeš J. (2019) Causes and effects of loss of classical nonhomologous end joining pathway in parasitic eukaryotes. mBio 10: e01541-19. DOI: 10.1128/mBio.01541-19

Krejcova G, Danielova A, Nedbalova P, Kazek M, Strych L, Chawla G, Tennessen JM, Lieskovská J, Jindra M, Dolezal T, Bajgar A (2019) Drosophila macrophages switch to aerobic glycolysis to mount effective antibacterial defense. eLife 14;8. pii: e50414. doi: 10.7554/eLife.50414.

Kaurov I, Vancová M, Schimanski B, Cadena LR, Heller J, Bílý T, Potěšil D, Eichenberger C, Bruce H, Oeljeklaus S, Warscheid B, Zdráhal Z, Schneider A, Lukeš J, Hashimi H. The Diverged Trypanosome MICOS Complex as a Hub for Mitochondrial Cristae Shaping and Protein Import. Current Biology. 2018 Nov 5;28(21):3393-3407.e5. doi: 10.1016/j.cub.2018.09.008.

Číst dál …Molekulární a buněčná biologie

Přečteno: 8947

Napsáno od Richard Sefl dne 13. duben 2022. Zveřejněno v PRF.

Laboratoře

Seznam štítků: PŘF

Laboratoře

Na naší katedře se nachází celkem 6 laboratoří. Jedná se o pokročilá výzkumná zařízení. Naleznete u nás Laboratoř 3D modelování a aditivní výroby, Laboratoř komunikačních systémů a IoT, Laboratoř embedded systémů a UAV, Laboratoř umělé inteligence (AI Lab), Laboratoř aplikovaného vývoje a výzkumu a Laboratoř bioinformatiky.

Laboratoř 3D modelování a aditivní výroby

Laboratoř 3D modelování a aditivní výroby je úzce propojena s laboratoří vestavných systémů a UAV. Zaměření laboratoře je především podpora aktivit a projektů fakulty, univerzity a Biologického centra AV. Specializujeme se na návrh a výrobu prototypů, technologický a materiálový výzkum. Realizujeme tvorbu komplexních 3D modelů, jejich analýzu a optimalizaci.

Členové laboratoře:

Mgr. Geyer Jakub
PhDr. Milan Novák, Ph.D.

Technologie

Primární technologií laboratoře 3D modelování a aditivní výroby je 3D tisk. Jedná se především o tiskárny českého výrobce Prusa Research z oblastí FFF (fused filament fabrication) a SLA (stereolithography). Disponujeme vlastními modifikacemi těchto tiskáren, např. Prusa i3 MK3 s dvojnásobnou tiskovou plochou nebo upravený Prusa MMU2 (multi-material upgrade). Díky tomu jsme schopni tisknout nejen z běžných materiálů (např. PET, PLA, ABS), ale rovnež z filamentů s příměsemi (např. dřevo, karbon. vlákno, apod.) nebo náročnějších materiálů (nylon, polykarbonát, flexibilní TPE/TPU, apod.) a s využitím rozpustných podpor. Často tiskneme například z PET-G s příměsí karbonového vlákna, FRJet (PET-G s retardérem hoření - samozhášivost) a HT-CPE. Na tiskárnách SLA vytváříme velmi detailní součástky, na kterých díky míchání pryskyřic můžeme realizovat specifické vlastnosti (tepelná odolnost, požadovaná pružnost, atd.).
3D tisk (aditivní proces výroby) lze také vhodně kombinovat se subtraktivními výrobními procesy (CNC, laserové řezení, atd.), díky čemuž lze realizovat komplexní prototypy.

Velkoformátový CO2 Laser (XM1490) umožňuje přesné řezání materiálů jako polykarbonát, PET nebo dřevo. Umožňuje také gravírování těchto materiálů a skla; nebo s použitím speciálních laků také permanentní značení/popisování kovů.
Výkon: 150W, Max. šířka materiálu: 140cm

CNC fréza (High-Z S-720/T) slouží k přesnému obrábění plastových, kovových či dřevěných dílů. Vhodná je také k modifikacím již existujících dílů (vrtání děr, frézování kapes, apod.).
Max. plocha 70x40x15cm.

Přehled software
OnShape, Fusion360, SolidWorks, FreeCAD, Blender, SketchUp, PrusaSlicer, Cura, Simplify3D, Meshmixer, OctoPrint, Meshroom, VXelements, ConstruCAM, WinPC-NC, LightBurn, a další

Publikace a výstupy

Publikace

Novák M., Geyer J., et al. (2021) Construction of a Multisensor UAV System for Early Detection of Forest Pests. In: Shakhovska N., Medykovskyy M.O. (eds) Advances in Intelligent Systems and Computing V. CSIT 2020. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 1293. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-030-63270-0_78

Příručka 3D modelování a tisk pro SŠ a příručka 3D modelování a tisk pro ZŠ, Impuls pro kariéru, 2021

Patenty, užitné vzory
Patent: Digital remote control of analog potentiometers for guitar amplifier (EP 19160447.9, 2021), Ptáček L., Novák M.
Užitný vzor: Systém ke sledování kůrovcových aktivit (U1: 35641, 2021), Novák M., Ptáček L., Doležal P., Geyer J., Davídková M.

Závěrečné práce
Beránek Karel, Modifikace 3D tiskárny Prusa i3 MK3 na uzavřený koncept s dvojnásobnou tiskovou plochou
Čechová Jana, Tvorba 3D modelů existujících budov
Scholz Luděk, Systém pro řízení chytré domácnosti
Švarc Jakub, Konstrukce a řízení kolového robotického prostředku (probíhající)
Trtílek Ondřej, Konstrukce robotické ruky pro mobilní podvozek (probíhající)
Laboratoř embedded systémů a UAV
Laboratoř poskytuje zázemí pro projekty zaměřené na vestavěné systémy, elektroniku, robotiku, bezpilotní systémy. Laboratoř se podílí na vývoji specifických systémů pro dílčí projekty ve spolupráci s ostatními součástmi PřF. Jedná se především o senzorické systémy pro bezpilotní prostředky, systém pro regulaci a automatizaci apod.
Laboratoř embedded systémů a UAV disponuje několika bezpilotními stroji:
1. DJI Matrice 600Pro
2. DJI S1000
3. DJI Phantom 4 Adv
Kromě uvedených strojů, které se využívají pro získávání převážně environmentálních dat se zabýváme vývojem vlastních UAV pro speciální aplikace s využitím autopilotů Pixhawk.

Pro testování algoritmů a výuku využíváme platformu CrazyFlie.

Bezpilotní prostředky jsou nosiči pro snímače, které se využívají v závislosti na potřebách získávání dat: Nejčastěji se jedná o termokamery WIRIS 2gn, WIRIS PRO, spektrální a hyperspektrální kamery nebo specifické senzory.

K vývoji specifických zařízeních jako jsou senzorické sítě, elektronické komponenty nebo snímače pro UAV jsou v laboratoři k dispozici:
1. Oscioloskopy.
2. Spektrální analyzér.
3. Generátory.
4. Pájecí stanice.
5. CNC fréza LPKF E44 pro výrobu PCB.
6. A vše potřebné pro práci s procesory při vytváření prototypových zařízeních.
Laboratoř disponuje také experimentální fotovoltaickou elektrárnou pro testování elektroniky pro aktivní chlazení FVP apod.
Laboratoř komunikačních systémů

Tým se zabývá komunikačními technologiemi a to jak drátovými, tak bezdrátovými a to v široké škále aplikací. Od optických komunikačních systémů až po bezdrátové senzorické sítě, či efektivní hospodařením se spotřebou elektrické energie. Tým spolupracuje úzce s týmem Vestavných systému a aditivní výroby a provozuje laboratoř Komunikačnách systému a IoT. Spolupracuje se dalšími partnery v ČR a zahraničí, např. se sdružením CESNET.

Vedoucí týmu:

Ing. Rudolf Vohnout, Ph.D.

Příklady projektů:

SmartGrid – Chytré sítě ve venkovských oblastech a MSP, projekt č. 144, přeshraniční spolupráce Česká republika - Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020. Více na: http://smartgrid.science/

ELIXIR CZ – Česká národní infrastruktura pro biologická data, projekt velké výzkumné infrastruktury, ID LM2015047 + LM2018131. Řešení společně s týmem Bioinformatiky. Více na: https://elixir-czech.cz/