Půdní témata se zabývají především tím, jak se působením přirozených či lidských vlivů mění biologické půdní procesy v různých ekosystémech. Práce kombinují terénní i laboratorní přístup.

Hlavní okruhy jsou fungování půd v souvislosti s: disturbancemi lesních ekosystémů nejen na Šumavě, revitalizací šumavských rašelinišť a reakce alpinských ekosystémů na změnu klimatu.

Zajímá vás, co se děje pod vodní hladinou nebo co ohrožuje vodní ekosystémy? Nabízíme vám možnost studia vodních ekosystémů od jednotlivých skupin organismů od planktonu a dalších bezobratlých přes obojživelníky po ryby nebo fungování vodních ekosystémů jako celku. Práce často kombinují terénní i laboratorní přístupy a mohou být motivovány jak ochranou přírody, tak snahou porozumět základním dějům ve vodních ekosystémech.

Krajinná témata se zabývají strukturou, funkcemi a jejich změnami v přírodním, venkovském i městském prostředí.