Katedra biologie ekosystémů garantuje studijní programy bakalářského studijního oboru Péče o životní prostředí. Katedra dále garantuje magisterský studijní obor Biologie ekosystémů se specializacemi Ekologie, Hydrobiologie, Půdní biologie, Aplikovaná ekologie a Biologie ochrany přírody a doktorské studijní obory Biologie ekosystémů a Hydrobiologie.