Skip to main content

PRF

Napsáno dne . Zveřejněno v PRF.

MAID

Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích a Technická univerzita v Deggendorfu následuje tento trend a za tímto účelem se rozhodla spojit síly a spolupracovat na přípravě společného magisterského studijního programu „Umělá inteligence a datové vědy“.

Společnosti po celém světě a ve všech průmyslových odvětvích se se zaváděním prvků Industry 4.0 stále více spoléhají na umělou inteligenci (AI) a zpracování velkých objemů dat. Metody optimalizace zase podporuje ekonomické a sociální struktury v příhraničním regionu, což platí dvojnásob v době vysoké saturace pracovního trhu.

Popis projektu a cíle

Univerzity v příhraničním regionu CZ-BY, Deggendorf University of Technology a Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, společně připravuji navazující magisterský studijní program kurz v angličtině na téma „AI a Data Science“. Cílem projektu je nejen připravit společný studijní program, ale také překlenout právní, jazykové a kulturní překážky obou regionů regionální spolupráci ve vzdělávání. Ústředním prvkem projektu je zřízení špičkové laboratoře na obou stranách hranice, která bude nedílnou součástí pro podporu vzdělávání a výzkumu v této oblasti. V rámci této laboratoře bude možné prakticky osvojit dovednosti a prohloubit znalosti různých metod AI díky nově pořízenému HW a SW. Neméně důležitým úkolem projektu je také snížení kulturních a společenských bariér a rozdílů mezi zeměmi. Budou vytvořeny dlouhodobé sítě mezi těmito dvěma regiony a spolu s univerzitami budou regionální společnosti aktivně zapojeny do přípravy a uskutečňování magisterského programu a společných výzkumných aktivit a to tak, aby bylo zajištěno, že studijní program bude v souladu s jejich potřebami a zájmy. Projekt tak bude nadčasově přispívat k rozvoji regionu přípravou absolventů v oblasti, která se bude stávat stále perspektivnější a pokračující rozvojem infrastruktury také žádanější mezi zaměstnavateli. Spolupráci s nejrozvinutějším spolkovou zemí tak vznikne silné pouto v oblasti VŠ vzdělávání mezi regiony, která budě dlouhodobě přesahovat časový rámec projektu.

KLÍČOVÉ ÚDAJE

CÍLE PROJEKTU
Název projektu

Příprava společného přeshraničního magisterského studia AI a Data Science ve spolupráci Deggendorf University of Applied Sciences (THD).


Zřízení a provoz laboratoře AI pro výzkum a výuku.


Podpora rozvoje dolno-bavorského a jihočeského Industry 4.0 přípravou odborníků v oblasti AI a DS.


Posílení hospodářské spolupráce mezi těmito dvěma regiony.
MAID
Výzkumné téma
Informační technologie a Industry 4.0
Doba řešení
01.03.2019 - 28.02.2022
Poskytovatel
Program přeshraniční spolupráce Svobodný stát Bavorsko – Česká republika Cíl EÚS 2014–2020
Hlavní řešitel
Ing. Rudolf Vohnout, Ph.D.

  • Přečteno: 6447

Napsáno dne . Zveřejněno v PRF.

BarkBeeDet

  • Seznam štítků: PŘF

Katedra informatiky

Na celé severní polokouli představují škody způsobené lýkožroutem smrkovým rozsáhlý ekonomický problém. Dříve než se viditelně projeví napadení lýkožroutem smrkovým, dochází již k vytvoření nové generace a vysokému riziku gradace šíření. Následky takové gradace šíření jsou snadno pochopitelné z aktuální situace ve vyšších nadmořských výškách národních parků Bavorský les a Šumava. Včasná detekce napadení lýkožroutem smrkovým je v současnosti možná jen za pomoci nákladných a náročných pozemních pozorování. Různá šetření potvrzují naléhavou potřebu pro nalezení efektivní metody pro včasnou detekci přemnožení lýkožrouta smrkového.

Nejvíce předchozích řešení dané problematiky za pomoci metod dálkové snímání Země bylo neúspěšných díky:

  • Nedostatečnému množství pozemních referenčních dat
  • Nedostatku dat s vysokým rozlišením v daném čase
  • Malým měřítkům dat a problému smíšených pixelů.

V tomto projektu bude vyvinuta metodologie pro včasnou detekci stromů napadených lýkožroutem za pomoci bezpilotních leteckých systémů (UAS = drony). Díky tomu budou použity současné sensory z oblasti dálkového průzkumu Země. Testováním dat různých měřítek (metoda „upscalingu“) bude analyzováno měřítko dat, ve kterém je ještě možné detekovat dopady šíření lýkožrouta smrkového. To bude základem praktického použití vyvinutých metod na co největším možném území za pomoci leteckých prostředků.

Pro vývoj metodiky jsou vybrány různé studijní plochy ve dvou národních parcích tak, aby bylo možné uvažovat maximální možnou variabilitu podmínek výskytu lýkožrouta smrkového. Výzkumem problematiky na území národních parků je možné zahrnout důsledně celý vývoj napadení lýkožroutem smrkovým bez lidského zásahu. Vývoj napadení lýkožroutem smrkovým a jeho jednotlivé fáze budou zachyceny pomocí dat velkého měřítka (vysoké prostorové rozlišení) s širokým rozsahem elektromagnetického spektra (vysoké spektrální rozlišení) a velmi často (vysoké časové rozlišení).

Pořízená data budou intenzivně zkoumána pomocí metod dálkového průzkumu Země. Výsledně bude demonstrován pracovní postup pro včasnou detekci napadení lýkožroutem smrkovým pomocí bezpilotních leteckých prostředků. To vyžaduje také brát v úvahu informace o požadovaném čase a měřítku snímků, spektrálním rozsahu (senzorech), spektrálním rozlišení a způsobu vyhodnocení dat. V rámci projektu budou v národních parcích pořízena příslušná data vázaná na jednotlivé fáze napadení lýkožroutem smrkovým. Data jsou primárně použita pro vývoj metodiky pro včasnou detekci napadení lýkožroutem smrkovým a budou volně přístupná veřejnosti. Mohou být použitá pro následný výzkum a vývoj. Vyvinutá metodika bude zveřejněna formou publikace a veřejného workshopu.



Číst dál …BarkBeeDet

  • Přečteno: 3080

Napsáno od Super User dne . Zveřejněno v PRF.

Kurzy katedry

Katedra molekulární biologie a genetiky

Kurzy katedry

Bakálářské kurzy

Zkratka kurzu Název kurzu Semestr Kredity Garant
KMB 023 Základy buněčné biologie ZS 5 'doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.'
KMB 215 Bioinformatics Project ZS 8 'prof. Ing. Miroslav Oborník, Dr.'
KMB 219 Introduction to Cell Biology ZS 2 'doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.'
KMB 240 Genetika LS 5 'RNDr. Magda Zrzavá, Ph.D.'
KMB 250 Molekulární biologie ZS 6 'RNDr. Alena Bruce, Ph.D.', 'RNDr. Alena Zíková, Ph.D.'
KMB 358 Introduction to Genomics LS 3 'Dr. Alexander William Bruce, Ph.D.', 'Mgr. Aleš Horák, Ph.D.'
KMB 601 Biologie buňky II. ZS 4 'prof. RNDr. Ivo Šauman, Ph.D.'
KMB 605 Introduction to Bioinformatics LS 6 'prof. Ing. Miroslav Oborník, Dr.'
KMB 608 Základní metody molekulární biologie ZS 8 'Mgr. Adam Bajgar, Ph.D.'
KMB 758 Molecular Biology and Genetics I ZS 3 'Dr. Alexander William Bruce, Ph.D.'
KMB 770 Methods in Molecular Biology ZS 4 'doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.'

Magisterské kurzy

KMB 180 Seminář mag. oborů - genetika ZS/LS 2 'Mgr. Aleš Horák, Ph.D.'
KMB 182 Seminář z molekulární biologie ZS/LS 2 'doc. Mgr. Hassan Hashimi, Ph.D.'
KMB 221 Evoluční genetika živočichů LS 3 'RNDr. Petr Nguyen, Ph.D.'
KMB 222 Forenzní genetika a biologie ZS 4 'doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.', 'RNDr. Daniel Vaněk, Ph.D.'
KMB 225 Bakteriální genetika ZS 3 'Mgr. Kateřina Petříčková, Ph.D.', 'RNDr. Magda Zrzavá, Ph.D.'
KMB 242 Reprodukční genetika člověka LS 3 'Mgr. Markéta Trubačová', 'RNDr. Magda Zrzavá, Ph.D.'
KMB 245 Cvičení z genetiky LS 3 'RNDr. Magda Zrzavá, Ph.D.'
KMB 603 Pokročilé metody molekulární biologie LS 9 doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.
KMB 604 Cytogenetika ZS 6 'RNDr. Magda Zrzavá, Ph.D.'
KMB 613 Bioinformatics for biologists LS 5 'Ing. Petr Novák, Ph.D.'
KMB 615 Bioinformatika pro biology LS 5 'Ing. Petr Novák, Ph.D.'
KMB 616 Epigenetika a regulace genové exprese LS 5 'Mgr. Lenka Gahurová, Ph.D.'
KMB 617 Vývojová biologie živočichů a člověka ZS 6 'doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.', 'Mgr. Hana Sehadová, Ph.D.'
KMB 696 Molekulární genetika modelových organismů a člověka ZS 6 'prof. RNDr. Michal Žurovec, CSc.'
KMB 705 Populační a evoluční genetika ZS 6 'doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.'
KMB 708 Genetika  člověka ZS 6 'Mgr. Ondřej Scheinost', 'RNDr. Magda Zrzavá, Ph.D.'
KMB 759 Molecular Biology and Genetics II ZS 3 'prof. RNDr. Michal Žurovec, CSc.'
KMB 777 Evoluční genomika ZS 3 'RNDr. Roman Hobza, CSc.', 'RNDr. Magda Zrzavá, Ph.D.'

Doktorské kurzy
KMB 217 Methods of Functional Genomics LS 5 'RNDr. Vladimír Beneš, CSc.', 'Mgr. David Doležel, Ph.D.'
KMB 218 Epigenetics ZS 3 'Mgr. Petr Svoboda, Ph.D.'
KMB 223 Techniky mikroskopie a analýzy obrazu pro biology LS 5 'Mgr. Hana Sehadová, Ph.D.'
KMB 618 Epigenetics and regulation of gene expression LS 5 'Mgr. Lenka Gahurová, Ph.D.'
KMB 602E Advanced methods of molecular biology 2 LS 4 Mgr. Lenka Gahurová, Ph.D.,  RNDr. Alena Panicucci Zíková, Ph.D.
KMB 622 Scientific Writing for Experimental Biologists ZS 5 'doc. Mgr. Hassan Hashimi, Ph.D.'

Číst dál …Kurzy katedry

  • Přečteno: 1211

Napsáno dne . Zveřejněno v PRF.

Doktorské studium Biofyzika

Katedra fyziky

  • Garant:

    prof. RNDr. Tomáš Polívka, PhD

  • +420 387 776 259

  • Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Požadavky na uchazeče

Úspěšné absolvování magisterského oboru přírodovědného (fyzika, chemie, matematika, nebo biologie) případně inženýrského směru.

Charakteristika doktorského oboru Biofyzika

Studijní obor biofyzika je zaměřen na vědeckou práci studentů v oblastech na hranicích fyziky, chemie a biologie. Studenti biofyziky se ve svých doktorských projektech zabývají především řešením problémů spadajících tematicky do biologie a/nebo chemie, a tyto problémy řeší pomocí fyzikálních metod. Nabízené doktorské projekty jsou jak teoretické tak experimentální, a dle konkrétního zaměření se mohou zabývat buď základním, nebo aplikovaným výzkumem. Během řešení doktorských projektů jsou studenti vedeni k samostatné vědecké práci, od navrhování a realizace experimentálních i teoretických přístupů, správného zpracování a interpretace naměřených nebo vypočtených dat, až po prezentaci výsledků. Okruhy témat disertačních prací vycházejí z vědeckého profilu jednotlivých odborných skupin a pokrývají širokou škálu moderních biofyzikálních metod od ultrarychlé laserové spektroskopie a spektroskopie jednotlivých molekul přes rentgenovou difrakční analýzu, molekulárně dynamické, kvantově chemické a semiempirické výpočty, techniky molekulárního modelování, až po pokročilé mikroskopické metody včetně elektronové mikroskopie nebo mikroskopie atomárních sil. Tyto metody jsou aplikovány na studium biologických systémů od úrovně molekul přes studium izolovaných proteinů, celých buněk až po modelování procesů v ekosystémech.

Okruhy témat doktorských prací

  • Ultrarychlá spektroskopie

    Spektroskopické využívající časové rozlišení v oblasti femtosekund umožňují sledovat extrémně rychlé procesy v různých materiálech. Naše projekty se pohybují na hranicích mezi fyzikou, chemií a biologií, a zaměřují se především na studium dynamiky excitovaných stavů molekul, především fotosyntetických pigmentů. Studujeme zejména procesy přenosu energie a/nebo elektronu ve fotosyntetických proteinech pomocí laserů generujících extrémně krátké světelné pulsy. Naše vědecká skupina ale také vyvíjí nové metody ultrarychlé spektroskopie jako například experimenty s multipulsní excitací, které umožňují manipulaci s populacemi excitovaných stavů molekul, nebo experimenty využívající dvoufotonovou excitaci.

    Kontaktní osoba: prof. Tomáš Polívka (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.), www.polivkalab.cz

  • Studium fotosyntetických procesů pomocí optických a biochemických metod

    Fotosyntéza je složitý proces vyžadující přesnou souhru mnoha molekul a proteinů, která vede k efektivnímu využití sluneční energie a její přeměně na energii chemickou. Studentské projekty v této oblasti jsou zaměřeny na studium účinnosti přenosu energie ve fotosyntetických proteinech i složitějších komplexech obsahujících více proteinů, na mechanismy ochrany fotosyntetických organismů před nadměrným ozářením, na vztahy mezi strukturou a funkcí fotosyntetického aparátu a na další biofyzikální aspekty fotosyntézy. Tyto projekty jsou řešeny pomocí různých optických a biochemických metod jako například absorpční a fluorescenční spektroskopie, cirkulární dichroismus nebo chromatografické metody.

    Kontaktní osoby: dr. David Bína (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.), dr. Radek Litvín (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

  • Mikroskopie atomárních sil (AFM)

    AFM umožňuje detailní zobrazení povrchu a mechano-elastických vlastností, včetně jejich dynamiky u živých buněk, biologických membrán, proteinů a jejich komplexů, peptidů, polynukleotidových řetězců, organických polymerů a jejich sloučenin a to jak v plynné tak kapalné fázi. Ve vzorcích v pevné fázi např. nanočástice a nano strukturované povrchy mohou být zobrazovány mapy vodivosti a kapacitance. AFM také slouží k měření sil působících mezi všemi výše zmíněnými objekty až na úroveň studia nekovalentních vazeb vznikajících mezi jednotlivými molekulami.

    Kontaktní osoba: dr. David Kaftan (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

  • Elektronová mikroskopie (EM)

    Projekty elektronové mikroskopie využívají technicky náročné metody, které umožňují lokalizaci jednotlivých komponent v buněčné ultrastruktuře (TEM) či povrchové morfologii vzorku (SEM). Součástí projektů je rovněž příprava biologických preparátů pro elektronovou a korelativní mikroskopii. Kromě klasické EM jsou naše projekty zaměřené i na Cryo EM strukturální studie virových částic nebo izolovaných proteinových komplexů. Výsledkem těchto projektů je 3D struktura zkoumaného preparátu. Další metoda, kterou je možné využít v naší laboratoři pro 3D struktury větších objektů (izolované organely) je elektronová tomografie.

    Kontaktní osoby: dr. Zdeno Gardian (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.), dr. Marie Vancova (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

  • Bio-aktivní nanostrukturované tenké vrstvy a povrchy

    Studenti se zabývají výzkum a vývojem tenkých, funkčních, nanostrukturovaných vrstev, které jsou schopné interakce s komplexy molekul; jedná se zejména o povrchy pro bio-senzory využívající metody LMR, SERS, LSPR, SPR detence; obohacené tenké vrstvy (např. vrstvy dopované antibiotiky); povrchy s funkčními vazbami atd. Nanostrukturované povrchy jsou typicky připravovány pomocí plazmatických metod PVD (Physical Vapour Deposition) nebo PECVD (Plasma Enhanced Chemical Vapour Deposition).

    Kontaktní osoba: Vítězslav Straňák (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.), www.prf.jcu.cz/plasma

  • Molekulární simulace rozhraní pevná látka-kapalina

    Molekulární simulace rozhraní mezi pevnou a kapalnou fází umožňují porozumět na molekulární úrovni struktuře, interakcím a dynamice iontů, molekul a biomolekul v blízkosti povrchů a vzniklého nehomogenního prostředí. Pevnou fázi mohou představovat minerály (např. oxid křemičitý), materiály na bázi uhlíku (grafen, oxid grafenový) nebo biomolekulární membrány (lipidové membrány). Kapalná fáze je ve většině případů vodný roztok obsahující ionty a (bio)molekuly. V současné době se zaměřujeme na předpověď nelineárních optických signálů (generace součtových frekvencí SFG, generace druhé harmonické rozptylem, SHS) a elektrokinetických jevů (elektroosmóza, elektroforéza) v závislosti na adsorbovaných složkách přítomných v systému a jejich koncentraci. Konečným cílem je poskytnout hlubší pochopení molekulárního původu různých experimentálních signálů a předpovídat je z počítačových simulací.

    Kontaktní osoba: doc. Milan Předota (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

  • Výpočty elektronových struktur (bio)molekulárních systémů

    Studenti si osvojí klasické a kvantové výpočetní metody sloužící k určení strukturního uspořádání, dynamických vlastností, i elektronových vlastností organických molekul a biomolekul jako jsou peptidy, proteiny a nukleové kyseliny. Studenti se naučí například studovat vibrace a strukturní změny makromolekul, kvantifikovat protein-ligandové interakce, analyzovat a predikovat optická spektra, ale i simulovat transportní procesy jako jsou elektronové přenosy. Získané znalosti v oblasti kvantově-chemických výpočtů a teorie hustotních funkcionálů (DFT), na jejichž základech tyto výpočty zpravidla stojí, jsou uplatnitelné v poměrně široké oblasti vědy, výzkumu, i aplikací.

    Kontaktní osoba: Dr. Z. Futera (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

  • Krystalizace a proteinová krystalografie

    s cílem připravit krystaly a určit struktury proteinů a proteinových komplexů pomocí rentgenové difrakční analýzy. Znalost detailní struktury proteinů je zásadní pro pochopení jejich funkce. Studenti se zabývají celým procesem vedoucím k určení struktury proteinu od izolace a purifikace proteinu pomocí molekulárně biologických a biochemických metod, přes vlastní přípravu krystalů až po rentgenovou strukturní analýzu. Celá řada enzymů, virových a jiných proteinů důležitých pro biomedicínu, farmakologii, biotechnologie nebo biotransformace jsou k dispozici k detailnímu studiu. 

    Kontaktní osoba: prof. Ivana Kutá Smatanová (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

    https://www.prf.jcu.cz/en/uchbch/research/laboratory-of-structural-chemistry.html

  • Skládání virových částic – od modelových systémů k buněčnému zobrazování v reálném čase

    Viry jsou původci mnoha infekčních onemocnění negativně ovlivňující lidské zdraví, zemědělskou výrobu a vedoucí k značným ekonomickým ztrátám. Vývoj nových léčiv vyžaduje znalost replikačního cyklu viru v infikované buňce. Naše laboratoř se zaměřuje na RNA viry z rodiny Reoviridae, rotavirus a ptačí reovirus, které způsobují významné infekční onemocnění. Tyto viry se replikují v takzvaných viroplasmách, což jsou virem in dukované cytoplasmické struktury. Dosavadní výzkum prokázal že viroplasmy se tvoří fázovou separací, ale zůstávají v tekutém stavu. Tento projekt se zaměřuje na vývoj modelových systému pro studium této fázové separace a aplikaci nových biofyzikálních a zobrazovacích metod.

    Kontaktní osoba: prof. Roman Tůma (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

  • Struktura a funkce receptoru juvenilního hormonu

    Juvenilní hormony (JH) jsou lipofilní signální molekuly, které jsou specifické pro členovce a koordinují postembryonální vývoj od larvy k dospělcům. Receptor JH je cílem endokrinních disruptorů specifických pro hmyz, tj. syntetických agonistů, které slouží jako účinné insekticidy. Avšak strukturní základ aktivace receptoru je neznámý. Plánujeme určit strukturu komplexu receptor-ligand a objasnit mechanismus aktivace. To bude provedeno pomocí integrovaného přístupu strukturní biologie, který zahrnuje elektronovou mikroskopii, molekulární modelování a hmotnostní spektrometrii. Struktura a MD simulace budou sloužit, spolu s vysoce průchodným, kvantitativním screenováním aktivity ligandu, jako základ pro návrh nových, selektivních insekticidů pomocí metod strojového učení a umělé inteligence (AI). Hledáme studenty se zájmem o výpočetní chemii/biologii a AI, kteří se připojí k našemu interdisciplinárnímu týmu.

    Tento projekt je spolupráce s prof. Markem Jindrou, Ústav entomologie, Biologické centrum AV ČR.

    Kontaktní osoba: prof. Roman Tůma: (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.). http://makrokomplex.cz/

  • Replikace viru klíšťové encefalitidy

    Virus klíšťové encefalitidy patří do skupiny pozitivních jednovláknových RNA virů. Tyto viry se v hostitelské buňce replikují na membráně endoplasmatického retikula, kde dochází k vytvoření dynamického útvaru nazývaného replikační komplex. Navzdory tomu, že replikační komplex je nezbytný pro replikaci viru, naše informace o struktuře tohoto komplexu či interakcích vedoucích ke vzniku komplexu a replikaci virové genomové RNA jsou značně limitované. V našem přístupu kombinujeme široké spektrum metod (od molekulárně biologických po biofyzikální či strukturní), které pomohou objasnit vznik replikačního komplexu v membráně endoplasmatického retikula a replikaci virové RNA.

    Kontaktní osoba: dr. Zdeněk Franta (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) Školitelé: dr. Zdeněk Franta, dr. Filip Dyčka (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.), dr. Zdeno Gardian (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.), dr. Tomáš Fessl (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.), prof. Roman Tůma (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

  • Alosterická komunikace a dynamika v membránových proteinových komplexech

    Alostericky modulované molekulové motory se účastní mnoha klíčových procesů v bakteriálních i eukaryotních buňkách. Obecnou vlastností těchto motorů je, že prochází opakovanými cykly hydrolýzy nukleotidů a že rychle přechází mezi mnoha konformačními stavy. Tyto přechody jsou realizovány za pomoci vazby nukleotidů a jejich hydrolýzou (přeměnou energie z chemické na mechanickou). Celý proces je řízen alostericky. Plné porozumění těmto procesům na molekulární úrovni tak bude od studentů vyžadovat aplikaci alosterické teorie a její další rozvoj. Práce s membránové proteiny je výrazně složitější než zkoumání těch ve vodě rozpustných, právě proto, že ke své optimální funkci vyžadují přítomnost biologické membrány. Navíc standardní biofyzikální a biochemické metody nejsou na membránové proteinové komplexy běžně aplikovatelné kvůli jejich inherentní heterogenitě, dynamice a komplexnosti jejich nativního prostředí. Proto jsme jako hlavní výzkumný nástroj zvolili  fluorescenční spektroskopii jednotlivých molekul, která si s těmito aspekty dokáže poradit. Cílem navržených projektů je zmapovat kompletní alosterickou síť regulující procesy v různých membránových proteinových komplexech za použití jedno-molekulových metod v kombinaci s in silico analýzou a hydrogen-deuterium exchange hmotnostní spektroskopií.

    Kontaktní osoba: prof. Roman Tůma (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

    Školitelé: dr. Tomáš Fessl (fluorescence jednotlivých molekul + molekulární motory), dr. Filip Dyčka (hmotnostní spektrometrie), dr. Alexey Bondar (membránové proteiny) and prof. Roman Tůma (makromolekulární komplexy).

Požadavky na disertační práci

Disertační práce v oboru Biofyzika musí splňovat obecné požadavky stanovené Opatřením děkana č. 62. Oborová rada Biofyziky nad rámec tohoto opatření stanovuje rozšiřující požadavky na úvod a závěr v případě, že se disertační skládá z úvodu doplněného již publikovanými pracemi. V tomto případě úvodní část musí být originální text v rozsahu alespoň 20-30 normostran (5000-7500 slov), obrázky, tabulky a citace se do tohoto rozsahu nepočítají. Úvodní část práce musí obsahovat přehled problematiky, současný stav poznání v oboru, popis použitých metod (nad rámec stručného popisu běžně používaného v publikacích), cíle disertační práce. Kromě tohoto úvodu musí disertační práce rovněž obsahovat závěr, který shrnuje výsledky disertační práce, případně naznačuje další možnosti využití výsledků prezentovaných v disertační práci.

Požadavky na státní zkoušku

Oborová rada doporučuje státní zkoušku složit během třetího roku doktorského studia. Státní zkouška se skládá ze ze dvou částí. První část obsahuje zkoušku z pilotních doktorských kurzů, které student během studia absolvoval. Druhá část je zaměřena na konkrétní problematiku souvisejícís tématem disertační práce.

Číst dál …Doktorské studium Biofyzika

  • Přečteno: 1728

Napsáno dne . Zveřejněno v PRF.

ELIXIR_CZ

  • Přečteno: 6008

Další články …

Přihlaste si
odběr newsletteru

formulář pro odběr

Zůstaňme v kontaktu na
sociálních sítích

Přijímací zkoušky

Studium

Věda & výzkum

Přihlásit se

Branišovská 1645/31a, 370 05 České Budějovice Tel. 387 776 201 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Branišovská 1645/31a, 370 05 České BudějoviceTel. 387 776 201 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

© 2024 Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Cookies

1

0