Skip to main content

PRF

Napsáno od Eva Smolkova dne . Zveřejněno v PRF.

IMMUNETREH: Trehalóza jako zdroj pro nadřazenou imunitu v drozofile

Kazek Michalina, Katedra molekulární biologie a genetiky
01/01/2020 – 12/02/2023
EC, H2020-WF-01-2018, ID 867430

IMMUNETREH (ID 867430)
Název CZ: Trehalóza jako zdroj pro nadřazenou imunitu v drozofile
Název EN: Trehalose as a source for privileged immunity in Drosophila
Řešitel: Kazek Michalina
Mentor: Doležal Tomáš, Katedra molekulární biologie a genetiky
Realizace: 01/01/2020 – 12/02/2023
Rozpočet: 156 980,64 EUR (PřF)
Poskytovatel: EC, H2020-WF-01-2018
www

Abstrakt

Imunitní odpověď je energeticky náročný proces a imunitní buňky musí mít privilegovaný přístup k energii / živinám. Zatímco u savců je tohoto privilegovaného přístupu dosaženo např. na inzulínu nezávislém transportéru glukózy, jak je toho dosaženo u hmyzu není známo. Hostitelská laboratoř získala předběžné výsledky naznačující, že privilegovaného přístupu imunitních buněk octomilek k živinám lze dosáhnout použitím trehalózy místo glukózy. Je velmi dlouho známo, že primárním cukrem v hmyzu je trehalóza, ale že tento sacharid by mohl hrát důležitou roli v privilegovaném přístupu imunity ke zdrojům studováno dosud nebylo. Cílem tohoto projektu je proto otestovat, zda aktivované imunitní buňky octomilky přednostně absorbují trehalózu a přeměňují ji na glukózu intracelulárně, a jsou tedy nezávislé na systémové regulaci sacharidů, a jak důležité by to bylo pro efektivní imunitní odpověď. Projekt je založen na multidisciplinárních přístupech, kdy budou tkáňové specifické genetické nástroje použity k manipulaci metabolismu in vivo za účelem studia imunitní odpovědi pomocí technik molekulární biologie, vývojové biologie a imunologie a nejmodernějších metabolických přístupů. Cílem výzkumného pracovníka je naučit se používat genetiku octomilky a modely infekce dobře zavedené v hostitelské laboratoři a kombinovat je se svými odbornými znalostmi z fyziologie hmyzu, buněčných kultur a zejména metabolomiky.

Cíle

  • Chov a disekce octomilek.
  • Genetika octomilek včetně genetických křížení a různých genových manipulací.
  • Analýza genové exprese specifické pro tkáně / buňky / transkripty (zahrnuje použítí FlyBase).
  • Imunologie octomilek a modely infekce parazitoidními vosičkami a bakteriemi.
  • Aplikace biologie 13C a kombinace genetických manipulací s metabolomickou analýzou.
  • Soft skills – psaní návrhů a publikací a prezentace (zkušenosti školitele a prezentace na konferencích a seminářích fakulty, laboratorní schůzky), mentoring (práce se studenty v hostitelské laboratoři).

Výstupy

Číst dál …IMMUNETREH: Trehalóza jako zdroj pro nadřazenou imunitu v drozofile

  • Přečteno: 2747

Napsáno od Eva Smolkova dne . Zveřejněno v PRF.

ELIXIR-CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data

Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
01/01/2020 – 31/12/2022
MŠMT, Výzkumné infrastruktury


ELIXIR-CZ (LM2018131)
Název CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data
Název EN: Czech National Infrastructure for Biological Data
Koordinátor: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Partneři: Biologické centrum AV ČR, v. v. i., Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., CESNET, zájmové sdružení právnických osob, České vysoké učení technické v Praze, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Masarykova univerzita, Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i., Univerzita Karlova, Univerzita Palackého v Olomouci, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Západočeská univerzita v Plzni
Řešitel: Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
Realizace: 01/01/2020 – 31/12/2022
Rozpočet: 146 845 000 Kč (projekt) / 6 283 000 Kč (PřF)
Poskytovatel: MŠMT
Program: Výzkumné infrastruktury

www.elixir-czech.cz

Abstrakt

Elixír CZ je velká významná infrastruktura v oblasti věd o živé přírodě zaměřená na biologická data, jejich zpracování, uchovávání, sdílení a analýzu. Český uzel ELIXIR reprezentovaný ÚOCHB AV ČR jako národní uzel pro bioinformatiku, který zahrnuje pokročilé výpočetní prostředí, vyhrazené datové sbírky a jedinečné nástroje poskytované komunitě pro vědu o živé přírodě. Uzel je vytvořen a provozován jako distribuovaná infrastruktura, která v současné době zahrnuje čtrnáct organizací. Partnerské instituce poskytují českým vědcům a mezinárodní vědecké komunitě nástroje a databáze v režimu otevřeného přístupu. Jedním z partnerů je i Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích.

Cíle

  • Poskytování služeb s nimi souvisejících nástrojů a databáze, a to na excelentní úrovni se zaměřením na bioinformatickou a Life Science uživatelskou komunitu v ČR a Evropě včetně podpory těchto nástrojů.
  • Zaměření se na nové disciplíny věd o živé přírodě generující data a nově vznikajících uživatelských komunit.
  • Poskytování řešení pro unifikovaný přístup k datům dodržováním a aplikací FAIR principů.
  • Aplikace principů pro unifikovanou správu dat a zajištění nástrojů pro generování Data managementu plánu na úrovni jak národní, tak evropské.
  • Propojení dat a nástrojů.
  • Tvorba nástrojů datové strategie a její aplikace v heterogenním národním prostředí.
  • Nedílnou součástí Node je specializované výpočetní a úložné prostředí spravované významnými národními akademickými poskytovateli cloud / grid a odrážející skutečné potřeby České republiky v Evropském měřítku a na úrovni ELIXIR Hub.
  • Důležitým rysem navrhovaného uzlu ELIXIR je těsné propojení a spolupráce s infrastrukturními projekty ESFRI v České republice – zejména INSTRUCT, EATRIS, BBMRI, EuroBioimaging a EU-OPENSCREEN a další.

Výstupy

Spojení mezi národními a celoevropskými výzkumnými strukturami ve třech silných oblastech:
1) Nejpokročilejší a nejrozvinutější oblast patří do oblasti strukturní bioinformatiky se zaměřením především na služby a vývoj konkrétních nástrojů. Strukturální oblast bioinformatiky je velmi úzce spojena s českými partnery pro IT infrastrukturu výzkumu - konkrétně CESNET a CERIT SC, které poskytují nejen výpočetní a úložnou kapacitu, ale také know-how v oblasti sítí a využívání heterogenních zdrojů.
2) Druhou největší oblast představují kurátorované databáze ve dvou hlavních oblastech - specifické sbírky genomových údajů o mikroorganismech a rostlinách a databáze cheminformatiky, které slouží také jako propojovací prvek mezi dalšími projekty biomedicínské infrastruktury, jako jsou EU-OPENSCREEN a EATRIS.
3) V neposlední řadě jsou IT specializovaná řešení pro infrastrukturu ELIXIR vyvíjena IT partnery a jejich zapojení do dalších projektů ELIXIR CZ představuje společnou platformu pro sjednocení a efektivitu celého procesu. Uzel slouží také jako koordinační platforma národních bioinformatických aktivit a je zodpovědný za jednotnost dat, aplikaci standardů ELIXIR a za celosvětovou přístupnost v celém výzkumném prostoru v České republice.

Číst dál …ELIXIR-CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data

  • Přečteno: 3249

Napsáno od Eva Smolkova dne . Zveřejněno v PRF.

EvoGamesPlus: Evoluční hry a populační dynamika: od teorie k aplikacím

Křivan Vlastimil, Katedra matematiky
01/03/2021 – 28/02/2025
EC, H2020-MSCA-ITN-2020, ID 955708

EvoGamesPlus (ID 955708)
Název CZ: Evoluční hry a populační dynamika: od teorie k aplikacím
Název EN: Evolutionary games and population dynamics: from theory to applications
Řešitel: Křivan Vlastimil, Katedra matematiky
Koordinátor: Staňková Kateřina, University of Maastricht, Nizozemí
Partneři: City University of London, London, UK; Max-Planck-Gesellschaft zur Forderung der Wissenschaften EV, Munich, Germany; Okologiai kutatokozpont, Tihany, Hungary; Technische Universiteit Delft, Delft, Netherlands; University College Cork - National University of Ireland, Cork, Ireland; Uniwersytet Warszawski, Warszawa, Poland; Medizinische Universitaet Wien, Vienna, Austria; Queen Mary University of London, London, UK; Universita degli Studi di Torino, Torino, Italy; The University of Liverpool, Liverpool, United Kingdom; Szegedi Tudomanyegyetem, Szeged, Hungary; Jihoceska univerzita v Ceskych Budejovicich, CZ; Instituto per L´Interscambio Scientifico, Torino, Italy
Realizace: 01/03/2021 – 28/02/2025
Rozpočet: 3 980 389,90 EUR (projekt) / 234 871,42 EUR (PřF)
Poskytovatel: Evropská komise
Program: H2020-MSCA-ITN-2020
www

Abstrakt

Evoluční teorie her (ETH) byla vyvinuta jako matematický prostředek pro popis Darwinovy evoluce. Hrála klíčovou roli v objasnění evoluce agresivity (model jestřábi a hrdličky) a evoluci kooperace (vězňovo dilema). Původní modely se zaměřovaly na popis změn procentuálního zastoupení jednotlivých strategií (fenotypů) v populaci a neuvažovaly důležité faktory, jako jsou např. změny ve velikosti populace, interakce mezi dvěma nebo více populacemi, sociální vztahy atd. V průběhu času byla řada těchto faktorů zohledněna v rámci ETH a byla vyvinuta řada nových metodologií. ETH byla také použita v oblastech jako je ekonomie, sociální vědy, politologie a medicína. Jedná se tedy o rychle se rozvíjející oblast jak v oblasti základní metodologie, tak i aplikací. Vzhledem k tomu, že rozvoj a aplikace ETH vyžadují mezioborové znalosti jak v matematice, tak i v biologii, nabízí tento projekt začínajícím výzkumným pracovníkům dobrou příležitost takové znalosti získat. Projektu se účastní 15 evropských institucí a dále 15 spolupracujících institucí z celého světa. Projekt se zaměřuje na 4 výzkumná témata, která jednak rozvíjejí metodické přístupy ETH (např. modelování strukturovaných populací, diferenciální rovnice) a dále se zaměřují na aplikace (modelování rakoviny, modelování dynamiky interagujících populací a epidemiologií).

Cíle

Cílem projektu EvoGamesPlus je vyškolit 15 mladých výzkumných pracovníků, kteří se seznámí se současným stavem poznání v oblasti ETH a budou schopni získané znalosti aplikovat na řešení problémů v reálném světě. EvoGamesPlus se zaměřuje na následující oblasti:

  • Vývoj modelů ETH popisujících interakce ve strukturovaných populacích.
  • Dynamické aspekty ETH.
  • Aplikace ETH na modelování rakoviny a návrhy nových přístupů pro léčbu.
  • Vývoj ekologických a epidemiologických modelů.

Výstupy

  • Publikace ve vědeckých časopisech a konferenčních sbornících.
  • Pravidelné prezentace výsledků na mezinárodních vědeckých konferencích ze strany ESR a dalších výzkumných pracovníků působících v rámci tohoto projektu.
  • Prezentace výsledků studentům místních vysokých škol akademických institucí.
  • Konference v rámci ITN budou přístupné všem vědcům a prezentace budou volně dostupné na webových stránkách sítě.
  • Kdykoli je to možné, budou data volně dostupná prostřednictvím veřejného úložiště dat.
  • Každý ESR bude během svého doktorského programu nejméně dvakrát absolvovat krátkodobou stáž na pracovištích v rámci ITN.

PhD pozice

PhD projekt pod vedením prof. Vlastimila Křivana zaměřený na “Models of eco-evolutionary dynamics of population interaction networks” je dostupný do 31. 3. 2021 na Euraxess a v PDF.

Číst dál …EvoGamesPlus: Evoluční hry a populační dynamika: od teorie k aplikacím

  • Přečteno: 3527

Napsáno od Eva Smolkova dne . Zveřejněno v PRF.

Informační systémy: Informační systém pro středověké památky v česko-bavorském příhraničí

Fesl Jan, Katedra informatiky
01/06/2021 – 31/12/2022
Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 2020

Informační systém pro středověké památky v česko-bavorském příhraničí (č. 335)
Název CZ: Informační systém pro středověké památky v česko-bavorském příhranič
Název DE: Informationssystem für mittelalterliche Denkmäler im tschechisch-bayerischen Grenzgebiet
Řešitel: Fesl, Jan,  Katedra informatiky
Realizace: 01/06/2021 – 31/12/2022
Vedoucí partner: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Partneři: Technische Hochschule Deggendorf, Jihočeská centrála cestovního ruchu
Rozpočet: 558.383,23EUR (projekt), 266.707,50 EUR (Přf)
Poskytovatel: Bavorské státní ministerstvo hospodářství, energie a technologie
Program: Přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014 – 20

www

Abstrakt

Projekt je prvním krokem k implementaci mobilních technologií v oblasti kulturního cestovního ruchu v česko-bavorské příhraniční oblasti. Partneři vyvinou mobilní aplikaci, která podpoří turisty tím, že jim nabídne na míru šitý obsah v reálném čase a in situ v oblasti kulturního dědictví. Pilotní aplikace představí specifický segment místní kultury - venkovské středověké kostely (kaple, volně stojící architektury, sochy, malby) v podhůří Šumavy a Českého lesa. Tato oblast architektonického dědictví byla často podceňována vzhledem k omezené pozornosti sakrální architektuře v této oblasti po vyhnání německého obyvatelstva po druhé světové válce, za druhé kvůli hlavnímu zájmu památkové péče primárně o města, hrady atd. a nakonec kvůli k roztříštěnému charakteru církevní farní správy, která zůstala mimo koordinované snahy na podporu cestovního ruchu. Obsah lze také rozšířit o další oblasti kulturního dědictví.

Cíle

  • vývoj metody ke zlepšení digitálního přístupu ke kulturnímu a přírodnímu bohatství regionu,
  • podpora cestovního ruchu v opomíjené oblasti středověkých sakrálních staveb a duchovní kultury v česko-bavorské příhraniční oblasti pomocí nejnovějších mobilních IT technologií, které jsou nasazeny na místě a v reálném čase,
  • vzdělávání a šíření povědomí o specifikách duchovní kultury v příhraniční oblasti prostřednictvím představení málo známé části kulturního dědictví, která poskytuje překvapivé informace o vzájemných přeshraničních vztazích,
  • křesťanské misii a vlivech v oblasti architektury a umění a o každodenním životě místních lidí a jejich myšlenkovém zázemí,
  • zvýšení atraktivity středověkých venkovských lokalit prostřednictvím moderního formátu prezentace založeném na nejnovějších IT metodách, který bude přístupný prostřednictvím obecně dostupných a technicky nenáročných prostředků (mobilního telefonu nebo tabletu) jako dlouhodobě udržitelný a ekologický nástroj pro prezentaci sdílené historie, který bude motivovat přeshraniční cestovní ruch,
  • posílení cestovního ruchu a zprostředkování kulturního dědictví okrajového pohraničního regionu moderními prostředky.

Výstupy

  • pilotně testovaná verze aplikace umožňující identifikaci objektů kulturního dědictví přímo z terénu. Další funkcí bude to, že aplikace poskytne ke konkrétnímu objektu dodatečné informace,
  • webové stránky využívající služeb navrženého vyhledávacího enginu umožňující identifikaci objektů kulturního dědictví na základě jejich vizuální podoby,
  • metodika návrhu a vývoje nástrojů, která popíše způsoby a možnosti použití doporučovacích systémů jako nástrojů fungujících pro zvýšení atraktivity konkrétních objektů v daném regionu,
  • metodika využívání doporučujících systémů v cestovním ruchu, která popíše způsoby a možnosti použití doporučovacích systémů jako nástrojů fungujících pro zvýšení atraktivity konkrétních objektů v daném regionu.

Číst dál …Informační systémy: Informační systém pro středověké památky v česko-bavorském příhraničí

  • Přečteno: 3324

Další články …

Přihlaste si
odběr newsletteru

formulář pro odběr

Zůstaňme v kontaktu na
sociálních sítích

Přijímací zkoušky

Studium

Věda & výzkum

Přihlásit se

Branišovská 1645/31a, 370 05 České Budějovice Tel. 387 776 201 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Branišovská 1645/31a, 370 05 České BudějoviceTel. 387 776 201 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

© 2024 Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Cookies

1

0