Skip to main content

PRF

Měřicí a výpočetní technika

Katedra fyziky

Aktuální informace o výuce pro studenty oboru Měřicí a výpočetní technika. V roce 2021/22 bude standardně otevřen první ročník pro denní studium. Kombinovaná forma studia již nebude otevírána..

  

Bloková výuka a rozvrhové změny studijních oborů:

  • Měřicí a výpočetní technika, prezenční studium (MVT PS)...všechny ročníky
  • Měřicí a výpočetní technika, kombinované studium (MVT KS)...2 a 3 ročník

Aktuality

LETNÍ SEMESTR 2020/21

První ročník bude otevřen v akademickém roce 2021/22

Kombinovaná forma studiu už nebude otevírána.



 Výuka běží dle rozvrhu. 

 

 V tuto chvíli není plánována žádná bloková výukka

 Výuka běží každé úterý dle rozvrhu

 Pro informace k blokové výuce studenti kontaktují přímo vyučující

 Výuka běží každý čtvrtek dle rozvrhu.

 

 V tuto chvíli není plánována žádná bloková výuka

 Pravidelná výuka běží vždy ve čtvrtek.

 Pro informace k blokové výuce studenti kontaktují přímo vyučující

Informace k odevzdávání bakalářských prací

Student bakalářskou práci (BP) odevzdá pouze v elektronické podobě do STAGu

  • Povolený formát PDF
  • Název BP:
    • Prijmení_Jmeno_rok_BP
    • například Novak_Jan_2020_BP.pdf
  • Přílohy se komprimují do jednoho souboru ZIP
  • Název přílohy BP:
    • Prijmení_Jmeno_rok_BP_prilohy
    • například Novak_Jan_2020_BP_prilohy.zip
  • Po vložení do STAGu je třeba následně potvrdit volby:
    • Zpřístupnění souboru na internetu => souhlasím
    • Časové zpřístupnění souboru => Ihned po odevzdání práce

Nové směrnice k náležitostem a způsobu odevzdávání bakalářských prací

Studijní proděkan dr. Hauer vydal upravené předpisy určených primárně pro studenty (Bc. a Mgr.), kterých by si však rámcově měli být vědomi i školitelé. Uvedené novinky vychází z nutnosti implementovat opatření rektora R452 o zveřejňování závěrečných prací, proto výjimečně vstupují v platnost během semestru, nikoli k začátku akademického roku.
Novinky v Opatření děkana D48 (studim v Bc. a Mgr. programech):
1) Má-li kvalifikační práce obsahovat utajované skutečnosti, tj. nemá být nikdy zveřejněna, musí využití takových skutečností odsouhlasit děkan nejpozději 6 měsíců před plánovaným odevzdáním práce. Formulář žádosti o souhlas je zde.
Skutečnosti mohou být utajované podle příslušného zákona, nebo na základě písemné smlouvy mezi fakultou/JU a jejím partnerem.
2) Je pozměněn formulář zadávacího protokolu. Pro jistotu dodávám, že zadávací protokol generovaný STAGem není možné použít. 
Do protokolu, mimo jiné, přibylo pole "Zvláštní poznámky pracoviště" . Lze využít třeba pro prohlášení studenta, že svým podpisem bere na vědomí pravidla a doporučení pro psaní kvalifikačních prací na tom kterém pracovišti. Vyplnění pole je nepovinné.
3) Po podání práce a jejím zaregistrováním studijním oddělením již do obhajoby není možné vzít práci zpět.
4) Obhajoba musí proběhnout i v případě, že posudky práce jsou negativní. Tím není dotčeno právo studenta od obhajoby odstoupit a nechat si zapsat "neprospěl".
5) Student Bc. studia si musí zvolit téma kvalifikační práce (= podat zadávací protokol) do konce 4. semestru (dříve bylo "na začátku pátého semestru"). Na studenty právě jsoucí ve 4. semestru nebude pravidlo aplikováno.

Opatření proděkana P5 (odevzdávání Bc., Mgr. a rigorózních prací):
1) Od 1. dubna nahrazuje opatření P1.
2) Definitivně se ruší tištěné verze prací.
3) Jsou nastavena či upřesněna pravidla postupu v případě požadavku na odložení zveřejnění (čekání na publikaci či patent) nebo nezveřejnění (utajované informace)..

Kurz UFY/PRX Praxe

Podmínkou udělení zápočtu z předmětu UFY/PRXK Praxe je absolvování brigády/práce v oblasti v předepsaném rozsahu 4 týdnů, který je příbuzný náplni vámi studovaného oboru (elektro, měření, IT, atd.). Tento zápočet se zapisuje do STAGu.

Od 24.3.2021 formuláře studenti předávají pouze a výhradně elektronicky sekretářce paní Kučerové, která je archivuje. Stačí naskenovaný podepsaný formulář nebo elektronicky podepsaný. Papírová forma nemůže být akceptována.

Formulář pro uznání UFY/PRX Praxe naleznete zde.

Kurz Bakalářská diplomová praxe UFY/891

Zápočet z předmětu Bakalářské diplomové praxe (UFY/891) Vám zapisuje vedoucí vaší kvalifikační. práce. Jeho splnění pak kontroluje studijní oddělení.

Výchozím zdrojem informací o rozvrhu je STAG.
Přírodovědecká fakulta, Branišovská 1760, 370 05 České Budějovice

Read more …Měřicí a výpočetní technika

  • Hits: 7993

Publications

Department of Physics

  • 2024

    1. B. S. Babu, P. Kayshap, S. C. Tripathi, P. Jelínek, B.N. Dwivedi, Spectroscopic Diagnostic of the Footpoints of the Cool Loops, MNRAS, 528, 2474, 2024. https://doi.org/10.1093/mnras/stae166
    2. R. Akbarzadeh, M. Předota, ReaxFF Molecular Dynamics of Graphene Oxide/NaCl Aqueous Solution Interfaces, Phys. Chem. Chem. Phys. 26, 2603-2612 (2024). https://doi.org/10.1039/D3CP04735K
    3. E. Rezlerová, F. Moučka, M. Předota, and M. Lísal, Structure and self-diffusivity of mixed-cation electrolytes between neutral and charged graphene sheets. J. Chem. Phys., 160, 094701, 2024. https://doi.org/10.1063/5.0188104
    4. Milan Novak, Petr Doležal, Ondřej Budík, Ladislav Ptáček, Jakub Geyer, Markéta Davídková, Miloš Prokýšek, Intelligent inspection probe for monitoring bark beetle activities using embedded IoT real-time object detection, Engineering Science and Technology, an International Journal, Volume 51, 2024, 101637, ISSN 2215-0986, https://doi.org/10.1016/j.jestch.2024.101637
    5. Özcan, E., Šímová, I., Bína, D., Litvín, R., Polívka, T., Ultrafast spectroscopy of the hydrophilic carotenoid crocin at various pH. Phys. Chem. Chem. Phys. 26, 10225-10233, 2024. https://doi.org/10.1039/D4CP00665H
    6. Sauer, P. V., Cupellini, L., Sutter, M., Bondanza, M., Dominguez-Martin, M. A., Kirst, H., Bína, D., Fujiet Koh, A., Kotecha, A., Greber, B. J., Nogales, E., Polívka, T., Mennucci, B., Kerfeld, C. A., Structural and quantum chemical basis for OCP-mediated quenching of phycobilisomes. Sci. Adv. 10, eadk7535, 2024. https://doi.org/10.1126/sciadv.adk7535
    7. Chrupková, P., van Stokkum, I., Budisa, N., Tseng, H-W., Moldenhauer, M., Friedrich, T., Cherepanov, D.A., Polívka, T., Maksimov, E.G., Kloz, M. Raman vibration signatures of excited states of echinenone in the orange carotenoid protein (OCP) and implications for its photoactivation mechganism. J. Mol. Biol. 436, 168625, 2024. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2024.168625
    8. Šímová, I., Chrupková, P., Gardiner, A.T., Koblížek, M., Kloz, M., Polívka, T. Femtosecond stimulated Raman spectroscopy of linear carotenoids. J. Phys. Chem. Lett. 15, 7466–7472, 2024. https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.4c01272
    9. Özcan, E., Keşan, G., Chábera, P., Litvín, R., Polívka, T. Synthesis and spectroscopic properties of carotenoid bis-phenylhydrazone astaxanthin: Extending conjugation to a C=N group. New J. Chem. 48, 12919-12928, 2024. https://doi.org/10.1039/D4NJ02282C
    10. W. Chen, O. Kroutil, M. Předota, S. Pezzotti, and M.-P. Gaigeot, Wetting of a Dynamically Patterned Surface Is a Time-Dependent Matter. J. Phys. Chem. B 128, 11914−11923, 2024. https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.4c05163
    11. P. Jelínek, M. Karlický, Turbulent plasma flow, its energies and structures: velocity vortices, magnetic field cocoons and plasmoids, Astronomy and Astrophysics,  692, A116, 2024. https://doi.org/10.1051/0004-6361/202449558
  • 2023

    1. S. K. Mishra, K. Sangal, P. Kayshap, P. Jelínek, A. K. Srivastava, S. P. Rajaguru, Origin of Quasi-Periodic Pulsation at the Base of Kink Unstable Jet, The Astrophysical Journal, 945, 2, 2023. https://doi.org/10.3847/1538-4357/acb058
    2. O. V. Kontkanen, D. Biriukov, Z. Futera: Applicability of Perturbed Matrix Method for Charge Transfer Studies at Bio/Metallic Interfaces: A Case of Azurin. Phys. Chem. Chem. Phys. 25, 12479–12489 (2023) https://doi.org/10.1039/d3cp00197
    3. Z. Futera, X. Wu, J. Blumberger: Tunneling-to-Hopping Transition in Multiheme Cytochrome Bioelectronic Junctions. J. Phys. Chem. Lett. 14, 445–452 (2023) https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.2c03361
    4. Özcan, E., Kuznetsova, V., Keşan, G., Fuciman, M., Litvín, R., Polívka, T.: Ultrafast excited states dynamics of metal ion complexes of the carotenoid astaxanthin. J. Photochem. Photobiol. A. 441, 114737, 2023. https://doi.org/10.1016/j.jphotochem.2023.114737
    5. Kuznetsova, V., Fuciman, M., Polívka, T.: Relaxation dynamics of high-energy excited states of carotenoids studied by UV excitation and pump-repump-probe transient absorption spectroscopy. Phys. Chem. Chem. Phys. 25, 22336-22344, 2023. https://doi.org/10.1039/D3CP02485G
    6. Keşan, G., Özcan, E., Chábera, P., Polívka, T., Fuciman, M.: Time-resolved spectro-electrochemical dynamics of carotenoid 8’-apo-β-carotenal. ChemPlusChem, e202300404, 2023. https://doi.org/10.1002/cplu.202300404
    7. E. Pitula, M. Janik, P. Sezemsky, K. P. Szymanska, M. Olszewski, V. Stranak, M. Koba, M. Smietana: Smartphone-based dynamic measurements of electro-optically modulated lossy-mode resonance and its biosensing applications, Measurement 206, (2023). https://doi.org/10.1016/j.measurement.2022.112349
    8. P. Sezemsky, M. Koba, P. Curda, R. Bogdanowicz, V. Stranak, M. Smietana: Electro-optical transducer based on indium-tin-oxide-coated optical fiber for analysis of ionized media, Measurement 212, (2023). https://doi.org/10.1016/j.measurement.2023.112695
    9. I. Dominguez, J.M. Corres, I. Del Villar, J.D. Mozo, R. Simerova, P. Sezemsky, V. Stranak, M. Śmietana, I. R. Matias, Electrochemical lossy mode resonance for detection of manganese ions, Sensors and Actuators B: Chemical 394, (2023). http://dx.doi.org/10.1016/j.snb.2023.134446
    10. P. Curda, D. Kaftan, T. Kozak, S. Kumar, P. Sezemsky, V. Stranak, High-defined and size-selective deposition of nanoparticles by their manipulation in an electrostatic field, Appl. Surf. Sci. 640, (2023). https://doi.org/10.1016/j.apsusc.2023.158307
    11. P. Curda, R. Hippler, M. Cada, O. Kylian, V. Stranak, Z. Hubicka, The role of dimers in the efficient growth of nanoparticles, Surf. Coat. Technol. 473, (2023). https://doi.org/10.1016/j.surfcoat.2023.130045
    12. D-S. Kouao, J. Hanus, O. Kylian, R. Simerova, P. Sezemsky, V. Stranak, K. Grochowska, K. Siuzdak, Photoelectrochemical and Electrochemical Activity of Anodic Semitransparent Aligned and Spaced Titania Nanotubes Formed out of Titanium−Silver Alloys, ACS Appl. Nano Mat. XX, (XXX), http://dx.doi.org/10.1021/acsanm
    13. B. Chu, D. Biriukov, M. Bischoff, M. Předota, S. Roke and A. Marchioro, Evolution of the Electrical Double Layer with Electrolyte Concentration Probed by Second Harmonic Scattering, Faraday Discuss. 246, 407-425 (2023). https://doi.org/10.1039/D3FD00036B
    14. E. Rezlerová, F. Moučka, M. Předota, and M. Lísal, Structure and self-diffusivity of alkali-halide electrolytes in neutral and charged graphene nanochannels, Phys. Chem. Chem. Phys. 25, 21579-21594 (2023). https://doi.org/10.1039/D3CP03027J
  • 2022

    1. S. Kumar, J. Kratochvil, Y. Al-Muhkhrabi, E. Kratochvilova, D. Kahoun, D. Kaftan, J. Hanus, J. Sterba, V. Stranak, Surface anchored Ag nanoparticles prepared by gas aggregation source: Antibacterial effect and the role of surface free energy, Surfaces and Interfaces 30, (2022), 101818
    2. S. Kumar, J. Kratochvíl, Y. Al-Muhkhrabi, O. Kylián, D. Nikitin, V. Straňák, Ag nanoparticles immobilized on C:H:N:O plasma polymer film by elevated temperature for LSPR sensing, Plasma Processes Polym. 2022, e2100144
    3. D. Burnat, P. Sezemsky, K. Lechowicz, M. Koba, M. Janczuk-Richter, M. Janik, V. Stranak, J. Niedziolka-Jonson, R. Bogdanowicz, M. Smietana, Functional fluorine-doped tin oxide coating for opto-electrochemical label-free biosensors, Sensors and Actuators B – Chemical 367, (2022), 132145
    4. E. Pituła, M. Janik, P. Sezemsky, K. P. Szymańska, M. Olszewski, V. Stranak, M. Koba, M. Śmietana, Smartphone-Based Dynamic Analysis of Electro-Optically Modulated Lossy-Mode Resonance for Label-Free Biosensing, SSRN Electronic Journal, (2022), http://dx.doi.org/10.2139/ssrn.4129006
    5. V. V. Smirnova, Y. Tsap., P. Jelínek, M. Karlický, Transverse oscillations of quiet solar filament observed at the 304 Å EUV passband, Advances in Space Research, 70, 3257, 2022. https://doi.org/10.1016/j.asr.2022.08.064
    6. A. Hankova, A. Kuzminova, J. Hanus, P. Sezemsky, R. Simerova, V. Stranak, K. Grochowska, D.-S. Kouao, K. Siuzdak, M. Prochazka, T. Kosutova, O. Kylian, TiO2/Ag nanostructured coatings as recyclable platforms for surface-enhanced Raman scattering detection, Surfaces and Interfaces 35, (2022), http://dx.doi.org/10.1016/j.surfin.2022.102441
    7. M. Smietana, B. Janasek, K. Lechowicz, P. Sezemsky, M. Koba, D. Burnat, M. Kieliszczyk, V. Stranak, P. Szczepanski, Electro-optically modulated lossy-mode-resonance, Nanophotonics 11(3), (2022), 593
    8. D. Biriukov, H.-W. Wang, N. Rampal, C. Tempra, P. Kula, J. C. Neuefeind, A. G. Stack, and M. Předota: “The “Good,” the “bad,” and the “hidden” in neutron scattering and molecular dynamics of ionic aqueous solutions”, J. Chem. Phys. 156, 194505 (2022). https://doi.org/10.1063/5.0093643
    9. Qian, P., Gardiner, A.T., Šímová, I., Naydenova, K., Croll, T., Jackson, P.J., Nupur, Kloz, M., Čubáková, P., Kuzma, M., Zeng, Y., Castro-Hartmann, P., van Knippenberg, B., Goldie, K.N., Kaftan, D., Hrouzek, P., Hájek, J., Agirre, J., Siebert, C.A., Bína, D., Sader, K., Stahlberg, H., Sobotka, R., Russo, C.J., Polívka, T., Hunter, C.N., Koblížek, M. 2.4 Å structure of the double ring Gemmatimonas phototrophica photosystem. Sci. Adv. 8, eabk3139, 2022. https://doi.org/10.1126/sciadv.abk3139
    10. Khan, T., Kuznetsova, V., Dominguez-Martin, M.A., Kerfeld, C.A., Polívka, T. UV excitation of carotenoid binding proteins OCP and HCP: Excited-state dynamics and product formation. ChemPhotoChem, 6, e202100194, 2022. https://doi.org/10.1002/cptc.202100194
    11. Gray, C., Wei, T., Polívka, T., Daskalakis, V., Duffy, C.D.P. Trivial excitation energy transfer to carotenoids is an unlikely mechanism for non-photochemical quenching in LHCII. Front. Plant Sci., 12, 797373, 2022. https://doi.org/10.3389/fpls.2021.797373
    12. Šebelík, V., Duffy, C.D.P., Keil, E., Polívka, T., Hauer, J. Understanding ultrafast energy relaxation in carotenoids. J. Phys. Chem. B, 126, 3985-3994, 2022. https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.2c00996
    13. Dominguez-Martin, M.A., Sauer, P.V., Kirst, H., Sutter, M., Bína, D., Greber, B.J., Nogales, E., Polívka, T., Kerfeld, C.A. Structures of a phycobilisome in light-harvesting and photoprotected states. Nature, 609, 835-845, 2022. https://doi.org/10.1038/s41586-022-05156-4
    14. Šímová, I., Kuznetsova, V., Gardiner, A.T., Šebelík, V., Koblížek, M., Fuciman, M., Polívka, T. Carotenoid as a sensor of excess energy dissipation in the LH2 complex from Rhodoblastus acidophilus. Photosynth. Res. 154, 75-87, 2022. https://doi.org/10.1007/s11120-022-00952-5
    15. Zigmantas, D., Polívka, T., Persson, P., Sundström, V. Ultrafast laser spectroscopy uncovers mechanisms of light energy conversion in photosynthesis and sustainable energy materials. Chem. Phys. Rev. In press.
    16. P. Jelínek, S. Belov, M. Karlický, Numerical simulations of oscillations in solar corona excited by vortex shedding, The Astrophysical Journal, 941, 124, 2022. https://doi.org/10.3847/1538-4357/aca40d
    17. Y. Alvarez-Galvan, B. Minofar, Z. Futera, M. Francoeur, C. Jean-Marius, N. Brehm, Ch. Yacou, U. J. Jauregui-Haza, S. Gaspard: Adsorption of Hexavalent Chromium Using Activated Carbon Produced from Sargassum ssp.: Comparison between Lab Experiments and Molecular Dynamics Simulations. Molecules 27, 6040 (2022) https://doi.org/10.3390/molecules27186040
    18. J. P. Hill, P. A. Karr, R. A. Z. Uy, N. K. Subbaiyan , Z. Futera, K. Ariga, S. Ishihara, J. Labuta, F. D’Souza: Analyte Interactions with Oxoporphyrinogen Derivatives: Computational Aspects. Curr. Org. Chem. 26, 580–595 (2022) https://doi.org/10.2174/1385272826666220208101325
    19. O. V. Kontkanen, D. Biriukov, Z. Futera: Reorganization Free Energy of Copper Proteins in Solution, in Vacuum, and on Metal Surfaces. J. Chem. Phys. 156, 175101 (2022) https://doi.org/10.1063/5.0085141
    20. Y. Tateyama, Z. Futera, Y. Ootani, S. Iizuka, L. T. Anh: ”Computational Aspects of Surface and Interface of BDD Electrode” in: Einaga Y. (eds) Diamond Electrodes. Springer, Singapore (2022) https://doi.org/10.1007/978-981-16-7834-9_5
    21. H. Wu, M. R. Ghaani, Z. Futera, N. J. English: Effects of Externally Applied Electric Fields on the Manipulation of Solvated-Chignolin Folding: Static- versus Alternating-Field Dichotomy at Play. J. Phys. Chem. B 126, 376-386 (2022) https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.1c06857
    22. Z. Futera, N. J. English: Dielectric Properties of Ice VII under the Influence of Time-Alternating External Electric Fields. Phys. Chem. Chem. Phys. 24, 56-62 (2022) https://doi.org/10.1039/d1cp04165g
    23. D. T. Payne, J. Labuta, Z. Futera, V. Brezina, L. Hanykova, M. K. Chahal, J. P. Hill: Molecular Rotor Based on an Oxidized Resorcinarene. Org. Chem. Front. 9, 39 (2022) https://doi.org/10.1039/d1qo01479j
  • 2021

    1. P. Kayshap, D. Tripathi, P. Jelínek, Dynamics of Sunspot Shock Waves in the Chromosphere and Transition Region, The Astrophysical Journal, 906, 121, 2021. https://doi.org/10.3847/1538-4357/abcc6f
    2. Khan, T., Litvín, R., Šebelík, V., Polívka, T. Excited state evolution of keto-carotenoids after excess energy excitation in the UV region. ChemPhysChem. 22, 471-480, 2021. https://doi.org/10.1002/cphc.202000982
    3. Šebelík, V., Kuznetsova, V., Lokstein, H., Polívka, T. Transient absorption of chlorophylls and carotenoids after two-photon excitation of LHCII. J. Phys. Chem. Lett. 12, 3176-3181, 2021. https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.1c00122
    4. Biriukov, D., Futera, Z. Adsorption of Amino Acids at the Gold/Aqueous Interface: Effect of an External Electric Field. J. Phys. Chem. C 125, 7856-7867, 2021. https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.0c11248
    5. Futera, Z. Amino-acid interactions with the Au(111) surface: adsorption, band alignment, and interfacial electronic coupling. Phys. Chem. Chem. Phys. 23, 10257-10266, 2021. https://doi.org/10.1039/d1cp00218j
    6. Mrkyvkova, N., Cernescu, A., Futera, Z., Nebojsa, A., Dubroka, A., Sojkova, M., Hulman, M., Majkova, E., Jergel, M., Siffalovic, P., Schreiber, F. Nanoimaging of Orientational Defects in Semiconducting Organic Films. J. Phys. Chem. C 125, 9229-9235, 2021. https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.1c00059
    7. Kartha, K. K., Takai, A., Futera, Z., Labuta, J., Takeuchi, M. Dynamics of Meso-Chiral Interconversion in a Butterfly-Shape Overcrowded Alkene Rotor Tunable by Solvent Properties. Angew. Chem. Int. Ed. 60, 2-8, 2021. https://doi.org/10.1002/anie.202102719
    8. Futera, Z., English, N. J.: Water Breakup at Fe2O3 - Hematite/Water Interfaces: Influence of External Electric Fields from Nonequilibrium Ab Initio Molecular Dynamics. J. Phys. Chem. Lett. 12, 6818-6826, 2021. https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.1c01479
    9. N. Rampal, H.-W. Wang, D. Biriukov, A. B. Brady, J. C. Neuefeind, M. Předota, A.G. Stack: Local molecular environment drives speciation and reactivity of ion complexes in concentrated salt solution. J. Mol. Liq. 340, 116898, 2021. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2021.116898
    10. O. Kroutil, V. D. Nguyen, J. Volánek, A. Kučera, M. Předota, V. Vranová: Clinoptilolite/electrolyte Interface Probed by a Classical Molecular Dynamics Simulations and Batch Adsorption experiments, Microporous and Mesoporous Materials 328, 111406, 2021. https://doi.org/10.1016/j.micromeso.2021.111406
    11. A. K. Srivastava, S. K. Mishra, P. Jelínek, The Prominence Driven Forced Reconnection in the Solar Corona and Associated Plasma Dynamics, The Astrophysical Journal, 920, 18, 2021. https://doi.org/10.3847/1538-4357/ac1519
    12. M. Bischoff, D. Biriukov, M. Předota, and A. Marchioro: “Second Harmonic Scattering Reveals Ion-Specific Effects at the SiO2 and TiO2 Nanoparticle/Aqueous Interface”, J. Phys. Chem. C 125, 25261−25274, 2021. https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.1c07191
    13. I. Yaroshevich, E. Maksimov, N. Sluchanko, D. Zlenko, A. Stepanov, E. Slutskaya, Y. Slonimskiy, V. Botnarevskii, A. Remeeva, I. Gushchin, K. Kovalev, V. Gordeliy, I. Shelaev, F. Gostev, D. Khakhulin, V. Poddubnyy, T. Gostev, D. Cherepanov, T. Polívka, M. Kloz, T. Friedrich, V. Paschenko, V. Nadtochenko, A. Rubin, M. Kirpichnikov, Role of hydrogen bond alternation and charge transfer states in photoactivation of the Orange Carotenoid Protein. Communications Biology, 539, 2021. https://doi.org/10.1038/s42003-021-02022-3
    14. T. Khan, V. Kuznetsova, M.A. Dominguez-Martin, C.A. Kerfeld, T. Polívka, UV excitation of carotenoid binding proteins OCP and HCP: Excited-state dynamics and product formation. ChemPhotoChem, 5, 2021. https://doi.org/10.1002/cptc.202100194
    15. P. Skotnicová, H. Staleva-Musto, V. Kuznetsova, D. Bína, M.M. Konert, S. Lu, T. Polívka, R. Sobotka, Plant LHC-like proteins show robust folding and static non-photochemical quenching. Nature Communications, 12, 6890, 2021. https://doi.org/10.1038/s41467-021-27155-1
    16. J. Kratochvil, V. Prysiazhnyi, F. Dycka, O. Kylian, P. Kus, P. Sezemsky, J. Sterba, V. Stranak, Gas aggregated Ag nanoparticles as the inorganic matrix for laser desorption/ionization mass spectrometry, Appl. Surf. Sci. 541, (2021), 148469. https://doi.org/10.1016/j.apsusc.2020.148469
    17. A. Dettlaff, M. Brodowski, M. Kowalski, V. Stranak, V. Prysiazhnyi, E. Klugmann-Radziemska, J. Ryl, R. Bogdanowicz, Highly Oriented Zirconium Nitride and Oxynitride Coatings Deposited via High-Power Impulse Magnetron Sputtering: Crystal-Facet-Driven Corrosion Behavior in Domestic Wastewater, Advanced Engineering Materials (2021), 2001349. https://doi.org/10.1002/adem.202001349
    18. P. Sezemsky, D. Burnat, J. Kratochvil, H. Wulff, A. Kruth, K. Lechowicz, M. Janik, R. Bogdanowicz, M. Cada, Z. Hubicka, P. Niedziałkowski, W. Białobrzeska, V. Stranak, M. Smietana, Tailoring properties of indium tin oxide thin films for their work in both electrochemical and optical label-free sensing systems, Sensors and Actuators: B. Chemical 343, (2021), 130173. https://doi.org/10.1016/j.snb.2021.130173
    19. V. Prysiazhyi, J. Kratochvil, D. Kaftan, R. Ctvrtlik, V. Stranak, Growth of hard nanostructured ZrN surface induced by copper nanoparticles, Appl. Surf. Sci 562, (2021), 150230. https://www.doi.org/10.1016/j.apsusc.2021.150230
    20. A. Azinfar, S. Neuber, M. Vancova, J. Sterba, V. Stranak, C.A. Helm, Influence of deposition Steps and Drying in a Vacuum, Langmuir, Vol. 37, (2021). https://www.doi.org/10.1021/acs.langmuir.1c01409
    21. S. Kumar, J. Kratochvíl, Y. Al-Muhkhrabi, O. Kylián, D. Nikitin, V. Stranak, Ag nanoparticles immobilized on C:H:N:O plasma polymer film by elevated temperature for LSPR sensing, Plasma Processes Polym. 2021, e2100144. https://www.doi.org/10.1002/ppap.202100144
    22. Ziogos, O. G., Kubas, A., Futera, Z., Xie, W., Elstner, M., Blumberger, J.: HAB79: A New Molecular Dataset for Benchmarking DFT and DFTB Electronic Couplings Against High-Level Ab Initio Calculations. J. Chem. Phys. 155, 234115, 2021. https://doi.org/10.1063/5.0076010
    23. M. Śmietana, B. Janaszek, K. Lechowicz, P. Sezemsky, M. Koba, D. Burnat, M. Kieliszczyk, V. Stranak, P. Szczepański, Electro-optically modulated lossy-mode resonance, Nanophotonics, 2021. https://doi.org/10.1515/nanoph-2021-0687
  • 2020

    1. Kuznetsova, V., Dominguez-Martin, M.A., Bao, H., Gupta, S., Sutter, M., Kloz, M., Rebarz, M., Přeček, M., Chen, Y., Petzold, C.J., Ralston, C.Y., Kerfeld, C.A., Polívka, T. Comparative ultrafast spectroscopy and structural analysis of OCP1 and OCP2 from Tolypothrix. BBA-Bioenergetics, 1861, 148120, 2020. https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2019.148120
    2. P. Kayshap, A. K. Srivastava, S. K. Tiwari, P. Jelínek, M. Mathioudakis, Propagation of waves above a plage as observed by IRIS and SDO, Astronomy and Astrophysics 634, A63, 2020. https://doi.org/10.1051/0004-6361/201936070
    3. D. Biriukov, P. Fibich, M. Předota, Zeta Potential Determination from Molecular Simulations, J. Phys. Chem. C 124, 3159, 2020. https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.9b11371
    4. Futera, Z., Jiang, X., Blumberger, J. Ergodicity breaking in thermal biological electron transfer? Cytochrome c revisited II., J. Phys. Chem. B 124, 3336, 2020. https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c01414
    5. Staleva-Musto, H., Kuznetsova, V., Bína, D., Litvín, R., Polívka, T. Intramolecular charge transfer state of carotenoids siphonaxanthin and siphonein: Function of non-conjugated acyl-oxy group. Photosynth. Res. 144, 127-135, 2020. https://doi.org/10.1007/s11120-019-00694-x
    6. M. Rycewicz, L. Macewicz, J. Kratochvil, A. Stanisławska, M. Ficek, M. Sawczak, V. Stranak, M. Szkodo, R. Bogdanowicz, Physicochemical and Mechanical Performance of Freestanding Boron-Doped Diamond Nanosheets Coated with C:H:N:O Plasma Polymer, Materials, 13, (2020), 1861. https://doi.org/10.3390/ma13081861
    7. M. Bischoff, D. BiriukovM. Předota, S. Roke, A. Marchioro, Surface Potential and Interfacial Water Order at the Amorphous TiO2 Nanoparticle/Aqueous InterfaceJ. Phys. Chem. C 124, 10961, 2020. https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.0c01158
    8. P. Jelínek, M. Karlický, V. Smirnova, A. Solov'ev, Transverse oscillations of the double-structured solar filament, Astronomy and Astrophysics, 637, A42, 2020. https://doi.org/10.1051/0004-6361/201936836
    9. J. Kratochvíl, V. Stranak, J. Kousal, P. Kúš, O. Kylián, Theoretical and experimental analysis of defined 2D-graded two-metal nanoparticle-build surfaces, Applied Surface Science, 551, (2020), 145530. https://doi.org/10.1016/j.apsusc.2020.145530
    10. M. Vaidulych, P. Pleskunov, J. Kratochvíl, H. Mašková, P. Kočová, D. Nikitin, J. Hanuš, O. Kylián, J. Štěrba, H. Biederman, A. Choukourov, Convex vs concave surface nano-curvature of Ta2O5 thin films for tailoring the osteoblast adhesion, Surface and Coatings Technology, in press, 2020, 125805 https://doi.org/10.1016/j.surfcoat.2020.125805
    11. M. PředotaD. Biriukov, Electronic Continuum Correction without Scaled ChargesJ. Mol. Liq. 314, 113571 , 2020. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2020.113571
    12. O. Kroutil, S. Pezzotti, M.-P. Gaigeot, M. Předota, Phase-Sensitive Vibrational SFG Spectra from Simple Classical Force Fields Molecular Dynamics Simulations, J. Phys. Chem. C 124, 15253, 2020. https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.0c03576
    13. Adamec, F., Farci, D., Bína, D., Litvín, R., Khan, T., Fuciman, M., Piano, D., Polívka, T. Photophysics of deinoxanthin, the keto-carotenoid bound to the main S-layer unit of Deinococcus radioduransPhotobiol. Sci. 19, 495-503, 2020. https://doi.org/10.1039/d0pp00031k
    14. Futera, Z., Tse, J. S., English, N. J. Possibility of realizing superionic ice VII in external electric fields of planetary bodies. Sci. Adv. 6, eaaz2915, 2020. https://doi.org/10.1126/sciadv.aaz2915
    15. Khan, T., Dominguez-Martin, M.A., Šímová, , Fuciman, M., Kerfeld, C.A., Polívka, T. Excited state properties of canthaxanthin in cyanobacterial carotenoid-binding proteins HCP2 and HCP3. J. Phys. Chem. B, 124, 4896-4905, 2020. https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c03137
    16. Saccon, F., Durchan, M., Bína, D., Duffy, C.D.P., Ruban, A.V., Polívka, T. A protein environment-modulated energy dissipation channel in LHCII antenna complex. iScience, 23, 101430, 2020. https://doi.org/10.1016/j.isci.2020.101430
    17. Šebelík, V., Kloz, M., Rebarz, M., Přeček, M., Kang, E-H., Choi, T-L., Christensen, R.L., Polívka, T. Spectroscopy and excited state dynamics of nearly infinite polyenes. Chem. Chem. Phys. 22, 17867-17879, 2020. https://doi.org/10.1039/d0cp02465a
    18. Šebelík, V., West, R.G., Kuthanová Trsková, E., Kaňa, R., Polívka, T. Energy Transfer Pathways in the CAC Light-Harvesting Complex of Rhodomonas salinaBBA-Bioenergetics, 1861, 148280, 2020.https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2020.148280/
    19. Dominguez-Martin, M.A., Hammel, M., Gupta, S., Lechno-Yossef, S., Sutter, M., Rosenberg, D.J., Chen, Y., Petzold, C.J., Ralston, C., Polívka, T., Kerfeld, C.A. Structural analysis of a new carotenoid-binding protein: The C-terminal domain homolog of the OCP. Scientific Reports, 10, 15564, 2020. https://doi.org/10.1038/s41598-020-72383-y
    20. Saccon, F., Durchan, M., Polívka, T., Ruban, A.V. The robustness of the terminal emitter site in major LHCII complexes controls xanthophyll function during photoprotection. Photobiol. Sci. 19, 1308-1318, 2020. https://doi.org/10.1039/d0pp00174k
    21. Burnham, Ch. J., Futera, Z., Bacic, Z., English, N. J. Hydrogen intramolecular stretch redshift in the electrostatic environment of type II clathrate hydrates from Schrodinger equation treatment. Appl. Sci. 10, 8504, 2020. https://doi.org/10.3390/app10238504
    22. Futera, Z., Ide, I., Kayser, B., Garg, K., Jiang, X., van Wonderen, J. H., Butt, J. N., Ishii, H., Pecht, I., Sheves, M., Cahen, D., Blumberger, J. Coherent electron transport across a 3 nm bioelectronic junction made of multi-heme proteins. J. Phys. Chem. Lett. 11, 9766, 2020. https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.0c02686
    23. Bould, J., Lang, , Kirakci, K., Cerdán, L., Roca-Sanjuan, D., Frances, A., Clegg, W., Waddell, P.G., Fuciman, M., Polívka, T., Londesborough, M.G.S. A Series of ultra-efficient blue borane fluorophores. Inorg. Chem.in presshttps://doi.org/10.1021/acs.inorgchem.0c02277
    24. V. Prysiazhnyi, F. Dycka, J. Kratochvil, J. Sterba, V. Stranak, Gas-aggregated Ag nanoparticles for detection of small molecules using LDI MS, Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2020 https://doi.org/10.1007/s00216-019-02329-5
    25. M. Smietana, M. Koba, P. Sezemsky, K. Szot-Karpinska, D. Burnat, V. Stranak, J. Niedziołka-Jonsson, R. Bogdanowicz, Simultaneous optical and electrochemical label-free biosensing with ITO-coated lossy-mode resonance sensor, Biosensors and Bioelectronics 154 (2020) 112050. https://doi.org/10.1016/j.bios.2020.112050
    26. V. Prysiaznyi, F. Dycka, J. KratochvilV. Stranak, V. Popok, Effect of Ag Nanoparticle Size on Ion Formation in Nanoparticle Assisted LDI MS, Appl. Nano 1, (2020), 3–13; https://doi.org/10.3390/applnano1010002
    27. Janik, P. Niedzialkowski, K. Lechowicz, M. Koba, P. Sezemsky, T. Ossowski, M. Smietana, Electrochemically directed biofunctionalization of a lossy-mode resonance optical fiber sensor, Optical Express 28, (2020), 15934-15942. https://doi.org/10.1364/OE.390780
    28. B. Michalak, P. SezemskyV. Stranak, M. Smietana, Effect of thermal annealing on sensing properties of optical fiber sensors coated with indium tin oxide nano-overlays, Photonics Letters of Poland 12, (2020), 58-60. http://photonics.pl/PLP/index.php/letters/article/view/12-20
    29. V. Prysiaznyi, F. Dycka, J. KratochvilV. Stranak, Gas aggregated Ag nanoparticles as the inorganic matrix for laser desorption/ionization mass spectrometry, J. Nanoparticle Res. 22, (2020) 351. https://doi.org/10.1007/s11051-020-05082-4
  • 2019

    1. P. Niedziałkowski, W. Białobrzeska, D. Burnat, P. SezemskyV. Stranak, H. Wulff, T. Ossowski, R. Bogdanowicz, M. Koba, M. Smietana, Electrochemical performance of indium-tin-oxide-coated lossy-mode resonance optical fiber sensor, Sensors and Actuators B, (2019), 127043 https://doi.org/10.1016/j.snb.2019.127043
    2. P. SezemskyV. StranakJ. KratochvilM. Čada, R. Hippler, M. Hrabovsky, Z. Hubicka, Modified high frequency probe approach for diagnostics of highly reactive plasma, Plasma Sources Science and Technology, 28 (2019), 115009 https://doi.org/10.1088/1361-6595/ab506c
    3. Dominguez-Martin, M.A., Polívka, T., Sutter, M., Ferlez, B. Lechno-Yossef, S., Montgomery, B., Kerfeld, C. Structural and spectroscopic characterization of HCP2. BBA-Bioenergetics, 1860, 414-424, 2019.
    4. M. Smietana, P. Niedziałkowski, W. Białobrzeska, D. Burnat, P. Sezemsky, M. Koba, V. Stranak, K. Siuzdak, T. Ossowski, R. Bogdanowicz, Study on Combined Optical and Electrochemical Analysis Using Indium-tin-oxide-coated Optical Fiber Sensor, Electroanalysis, 31, 1 –8 (2019) https://doi.org/10.1002/elan.201800638
    5. R. Hippler , M. Cada , V. Stranak, C. A. Helm , Z. Hubicka, Pressure dependence of singly and doubly charged ion formation in a HiPIMS discharge, J. Appl. Phys. 125, 013301 (2019) https://doi.org/10.1063/1.5055356
    6. V. Prysiazhnyi, F. Dycka, J. KratochvilV. Stranak, P. Ksirova, Z. Hubicka, Silver nanoparticles for solvent-free detection of small molecules and mass-to-charge calibration of laser desorption/ionization mass spectrometry, Journal of Vacuum Science & Technology B, 37, 012906, (2019) https://doi.org/10.1116/1.5050878
    7. Bína, D., Durchan, M., Kuznetsova, V., Vácha, F., Litvín, R., Polívka, T. Energy transfer dynamics in a red-shifted violaxanthin-chlorophyll a light harvesting complex. BBA-Bioenergetics, 1860, 111-120, 2019.
    8. M. L. Machesky, M. K. Ridley, D. Biriukov, O. Kroutil, M. Předota: “Oxalic Acid Adsorption on Rutile: Experiments and Surface Complexation Modeling to 150 °C”, Langmuir 35, 7631-7640 (2019), https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.8b03982
    9. Balevičius, V., Wei, T., Di Tommaso, D., Abramavicius, D., Hauer, J., Polívka, T., Duffy, C. The full dynamics of energy relaxation in large organic molecules: from photo-excitation to solvent heating. Chemical Science, 10, 4792-4804, 2019.
    10. P. Jelínek, M. Karlický, Pulse-beam heating of deep atmospheric layers, their oscillations and shocks modulating the flare reconnection, Astronomy and Astrophysics 625, A3, 2019. https://doi.org/10.1051/0004-6361/201935188
    11. V. Prysiazhnyi, J. Kratochvíl, O. Kylián, V. Stranak, Reactive sputtering deposition of plasma polymerized nylon films with embedded NHx groups, Surface & Coatings Technology, 363, 120-127 (2019) https://doi.org/10.1016/j.surfcoat.2019.02.046
    12. D. Biriukov, O. Kroutil, M. Kabeláč, M. K. Ridley, M. L. Machesky, M. Předota: “Oxalic Acid Adsorption on Rutile: Molecular Dynamics and ab Initio Calculations”, Langmuir 35, 7617-7630 (2019), https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.8b03984
    13. R. Hippler, M. Čada, V. Stranak, Z. Hubička, Ion formation in an argon and argon-oxygen gas mixture of a magnetron sputtering discharge, J. Phys. Commun., 3, 055011 (2019) https://doi.org/10.1088/2399-6528/ab1e82
    14. M. Sobaszek, D. Burnat, P. Sezemsky, V. Stranak, R. Bogdanowicz, M. Koba, K. Siuzdak, M. Śmietana, Enhancing electrochemical properties of an ITO-coated lossy-mode resonance optical fiber sensor by electrodeposition of PEDOT:PSS, Optical Materials Express, 9, 3069-3078 (2019) https://doi.org/10.1364/OME.9.003069
    15. Šebelík, V., Fuciman, M., West, R., Polívka, T. Time-resolved two-photon spectroscopy of carotenoids. Chem. Phys. 522, 171-177, 2019.
    16. J. Kratochvíl, D. Kahoun, O. Kylián, J. Štěrba, T. Kretková, J. Kousal, J. Hanuš, J. Vaclová, V. Prysiazhnyi, P. Sezemský, P. Fojtíková, J. Lieskovská, H. Langhansová, I. Krakovský, V. Straňák, Nitrogen enriched C:H:N:O thin films for improved antibiotics doping, Applied Surface Science, (2019) https://doi.org/10.1016/j.apsusc.2019.07.135
    17. Koliada I. , Balk H., Tušer M., Ptáček L., Kubečka J. (2019) Limitations of target detection in horizontal acoustic surveys of extremely shallow water bodies, Fisheries Research 218: 94-104. DOI: 10.1016/j.fishres.2019.05.005
    18. Prysiazhnyi, V.Kratochvíl, J.Straňák, V., Tailored wettability of plasma polymers made of C-F, C-H, and N-H, Plasma processes and Polymers (2019) e1900076, DOI: 10.1002/ppap.201900076
    19. Janczuk-Richter, M., Piestrzynska, M., Burnat, D., Sezemsky, P.Stranak, V., Bock, W.J., Bogdanowicz, R., Niedziolka-Jonsson, J., Smietana, M., Optical investigations of electrochemical processes using a long-period fiber grating functionalized by indium tin oxide, Sensors and actuators B-chemical (2019)DOI: 10.1016/j.snb.2018.10.001
    20. A. K. Srivastava, S. K. Mishra, P. Jelínek, T. Samanta, H. Tian, V. Pant, P. Kayshap, D. Banerjee, J. G. Doyle, B. N. Dwivedi, On the Observations of Rapid Forced Reconnection in the Solar Corona, The Astrophysical Journal 887, 2, 2019. https://doi.org/10.3847/1538-4357/ab4a0c5
    21. A. Marchioro, M. Bischoff, C. Lütgebaucks, D. BiriukovM. Předota and S. Roke, Surface Characterization of Colloidal Silica Nanoparticles by Second Harmonic Scattering: Quantifying the Surface Potential and Interfacial Water Order, J. Phys. Chem. C 123, 20393−20404 (2019), DOI: 10.1021/acs.jpcc.9b05482
    22. Staleva-Musto, H., West, R.G., Trathnigg, M., Bína, D., Litvín, R., Polívka, T. Carotenoid-chlorophyll energy transfer in the fucoxanthin-chlorophyll complex binding a fucoxanthin acyloxy derivative. Faraday Discussions, 216, 460-475, 2019.
    23. Wei, T., Balevičius, V., Polívka, T. Ruban, A.V., Duffy, C.D.P. How carotenoid distortions determine optical properties: Lessons from the Orange Carotenoid Protein. Phys. Chem. Chem. Phys. 21 23187-23197, 2019.
    24. Saccon, F., Durchan, M., Kaňa, R., Prášil, O., Ruban, A.V., Polívka, T. Spectroscopic properties of carotenoid triplet states in LHCII are independent of carotenoid composition. J. Phys. Chem. B, 123, 9312-9320, 2019.
    25. Yamini K. Rao, Abhishek K. Srivastava, Pradeep Kayshap, and Bhola N. Dwivedi, Signatures of red-shifted foot points in the quiescent coronal loop system, Ann. Geophys., 2019, 765, 35
    26. Yamini K. Rao, Abhishek K. Srivastava, Pradeep Kayshap, Klaus Wilhelm, and Bhola N. Dwivedi, Plasma Flows in the Cool Loop Systems, 2019, ApJ, 874,56 http://dx.doi.org/10.48550/arXiv.1902.05237
    27.  
  • 2018

    1. Abhishek Kumar Srivastava, Krzysztof Murawski, Blażej Kuźma, Dariusz Patryk Wójcik, Teimuraz V. Zaqarashvili , Marco Stangalini , Zdzislaw E. Musielak, John Gerard Doyle, Pradeep Kayshap, and Bhola, N. Dwivedi, Confined pseudo-shocks as an energy source for the active solar corona, Nature Astronomy, 2018, 2, 951
    2. Pech J., Novak M., Ptacek L., Kalova J.: Construction of Vertical Scanner for Laser Analysis of Gel Samples. IV International Conference on Information Technologies in Engineering Education (Inforino). 2018. DOI: 10.1109/INFORINO.2018.8581832
    3. Hurbanova K., Nebesarova J., Ruzicka F., Krzyzanek V. 2018: The innovation of cryo-SEM freeze-fracturing methodology demonstrated on high pressure frozen biofilm. Micron, 110, 28-35.
    4. Kučera D., Pernicová I., Kovalčík A., Koller M., Mullerova I., Sedláček P., Mravec F., Nebesářová J., Kalina M., Marová I., Krzyzanek V., Obruča S. 2018: Characterization of the promising poly(3-hydroxybutyrate) producing halophilic bacterium Halomonas halophila. Bioresour Technol, 256, 552-556
    5. Ptáček, L.: Automatické rozpoznávání a identifikace ptáků, Automatic bird identification and verification. Skripta. Jihočeská Univerzita v Č. Budějovicích, Přírodovědecká fakulta. 2018, ISBN 978-80-7394-722-4.
    6. Ptáček, L., Dolejší, M.: Měření a práce s audio analyzátorem Audio Precision. Technická příručka. Jihočeská Univerzita v Č. Budějovicích, Přírodovědecká fakulta. 2018, ISBN 978-80-7394-723-1.
    7. Matoušková M.; Bílý T.; Bruňanská M.; Mackiewicz J.S., Nebesářová J. 2018: Ultrastructure, cytochemistry and electron tomography analysis of Caryophyllaeides fennica (Schneider, 1902) (Cestoda: Lytocestidae) reveals novel spermatology characteristics in the Eucestoda. Parasitology Research, doi: 10.1007/s00436-018-6001-9
    8. Kratochvíl, J. Štěrba, J. Lieskovská, H. Langhansová, A. Kuzminova, I. Khalakhan, O. Kylián,V. Straňák. Antibacterial effect of Cu/C:F nanocomposites deposited on PEEK substrates, Materials Letters, 230 (2018) 96-99
    9. Stranak, R. Bogdanowicz,P. Sezemsky, H. Wulff, A. Kruth, M. Smietana,J. Kratochvil, M. Cada, Z. Hubicka. Towards high quality ITO coatings: The impact of nitrogen admixture in HiPIMS discharges, Surface & Coatings Technology 335 (2018) 126-133
    10. Biriukov, O. Kroutil, M. Předota. Modeling of the Solid-Liquid Interface using Scaled Charges: Rutile (110), Physical Chemistry Chemical Physics 20, 23954 - 23966 (2018).https://doi.org/10.1039/C8CP04535F
    11. McLaughlin, V. M. Nakariakov, M. Dominique, P. Jelínek, S. Takasao, Modelling Quasi-periodic Pulsations in Solar and Stellar Flares, Space Sci. Rev. 214, 45, 2018. https://doi.org/10.1007/s11214-018-0478-5
    12. Murawski , P. Kayshap, A. K. Srivastava, D. J. Pascoe, P. Jelínek, B. Kuźma, V. Fedun, Magnetic swirls and associated kink waves in a solar chromospheric flux tube, Monthly Notices of the Royal Astronomical Society 474 (1), 77, 2018. https://doi.org/10.1093/mnras/stx2763
    13. Šlouf, V., Keşan, G., Litvín, R., Swainsbury, D.J.K., Martin, E.C., Hunter, C.N., Polívka, T. Carotenoid to bacteriochlorophyll energy transfer in the RC-LH1-PufX complex from Rhodobacter sphaeroides containing the extended conjugation keto-carotenoid diketospirilloxanthin. Photosynth. Res. 135, 33-43, 2018.
    14. West, R.G., Bína, D., Fuciman, M., Kuznetsova, V., Litvín, R., Polívka, T. Ultrafast multi-pulse transient absorption spectroscopy of fucoxanthin chlorophyll a protein from Phaeodactylum tricornutum. BBA-Bioenergetics, 1859, 357-365, 2018.
    15. Staleva-Musto, H., Kuznetsova, V., West, R.G., Keşan, G., Minofar, B., Fuciman, M., Bína, D., Litvín, R., Polívka, T. Non-conjugated acyloxy group deactivates the intramolecular charge transfer state in the carotenoid fucoxanthin. J. Phys. Chem. B. 122, 2922-2930, 2018.
    16. Hontani, Y., Kloz, M., Polívka, T., Shukla, M.K., Sobotka, R., Kennis, J.T.M. Molecular origin of photoprotection in oxygenic photosynthesis probed by femtosecond Raman spectroscopy. J. Phys. Chem. Lett. 9, 1788-1792, 2018.
    17. West, R,G., Fuciman, M., Staleva-Musto, H., Šebelík, V., Bína, D., Durchan, M., Kuznetsova, V., Polívka, T. Equilibration dependence of fucoxanthin S1 and ICT signatures on polarity, proticity, and temperature by multi-pulse femtosecond absorption spectroscopy. J. Phys. Chem. B, 122, 7264-7276, 2018.
    18. Brkljača, D. Namjesnik, J. Lützenkirchen,M. Předota, and T. Preočanin. Quartz/Aqueous Electrolyte Solution Interface: Molecular Dynamic Simulation and Interfacial Potential Measurements, J. Phys. Chem. C 122, 24025-24036 (2018). https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcc.8b04035
  • 2017

    1. Kratochvíl, D. Kahoun, J. Štěrba, H. Langhansová, J. Lieskovská, P. Fojtíková, J. Hanuš, J. Kousal, O. Kylián,V. Straňák. Plasma polymerized C:H:N:O thin films for controlled release of antibiotic substances, Plasma processes and Polymers 15 (2018) e1700160
    2. Dachev, M., Bína, D., Sobotka, R., Moravcová, L., Gardian, Z., Kaftan, D., Šlouf, V., Fuciman, M., Polívka, T., Koblížek, M. Unique double concentric ring organization of light harvesting complexes in Gemmatimonas phototrophicaPloS Biol 15 (12), e2003943, 2017.
    3. Stranak, V.Kratochvil, J., Olejnicek, J., Ksirova, P., Sezemsky, P., Cada, M., Hubicka, Z., Enhanced oxidation of TiO2 films prepared by high power impulse magnetron sputtering running in metallic mode, Journal of Applied Physics 121, 17, 2017.
    4. P. Jelínek, M. Karlický, T. Van Doorsselaere, M. Bárta, Oscillations excited by plasmoids formed during magnetic reconnection in vertical gravitationally stratified current-sheet, The Astrophysical Journal847, 98, 2017. https://doi.org/10.3847/1538-4357/aa88a6
    5. O. Kroutil, M. Předota, M. Kabeláč: “Force Field Parametrization of Hydrogenoxalate and Oxalate Anions with Scaled Charges”, J. Mol. Model.23:327, 2017. https://dx.doi.org/10.1007/s00894-017-3490-x
    6. Šlouf, V., Kuznetsova, V., Fuciman, M., Bourcier de Carbon, C., Wilson, A., Kirilovsky, D., Polívka, T. Ultrafast spectroscopy tracks carotenoid configurations in the Orange and Red Carotenoid Proteins from cyanobacteria. Photosynth. Res. 131, 105, 2017.
    7. Dvorakova, V., Ptacek, L., Hrouzkova, E., Muller, L., Sumbera, R.:  Mashona Mole-Rat Automatic Individual Identification Based on the Mating Calls, 2017, bioRxiv /2017/129452; doi: https://doi.org/10.1101/ 129452
    8. Ptacek, L., Vanek, J., Eisner, J., Pruchova, A., Linhart, P., Muller, L., Jirotkova, D.: Bird-Adapted Filter for Avian Species and Individual Identification Systems Improvement. International Journal of Physical and Mathematical Sciences, Vol:4, No:6, 2017.
    9. Llansola-Portoles, M.J., Sobotka, R., Kish, E., Shukla, M.K., Pascal, A.A., Polívka, T., Robert, B. Twisting a β-carotene, an adaptive trick from nature for dissipating energy during photoprotection. J. Biol. Chem. 292, 1396, 2017.
    10. Kuznetsova, V., Southall, J., Cogdell, R.J., Fuciman, M., Polívka, T. Spectroscopic properties of the S1 state of linear carotenoids after excess energy excitation. Chem. Phys. Lett. 683, 448, 2017.
    11. Kuznetsova, V., Chábera, P., Litvín, R., Polívka, T., Fuciman, M. Effect of isomerization on excited-state dynamics of the carotenoid fucoxanthin. J. Phys. Chem. B 121, 4438, 2017.
    12. Šlouf, V., Keşan, G., Litvín, R., Swainsbury, D.J.K., Martin, E.C., Hunter, C.N., Polívka, T. Carotenoid to bacteriochlorophyll energy transfer in the RC-LH1-PufX complex from Rhodobacter sphaeroides containing the extended conjugation keto-carotenoid diketospirilloxanthin. Photosynth. Res. In press.
  • 2016

    M. Předota, M. L. Machesky, D. J. Wesolowski, Molecular Origins of the Zeta Potential, Langmuir 32, 10189–10198, 2016.

    M. Karlický, P. Jelínek, Quasi-periodic processes in the flare loop generated by sudden temperature enhancements at loop footpoints, Astronomy and Astrophysics, 590, A4, 2016. https://doi.org/10.1051/0004-6361/201527306

    V. M. Nakariakov,  V. Pilipenko,  B. Heilig, P. Jelínek,  M. Karlický,  D. Y. Klimushkin, D. Y. Kolotkov,  D.-H. Lee,  G. Nisticò,  T. Van Doorsselaere,  G. Verth,  I.V. Zimovets, Magnetohydrodynamic Oscillations in the Solar Corona and Earth's Magnetosphere: Towards Consolidated Understanding, Space Sci. Rev., 200(1), 75, 2016. https://doi.org/10.1007/s11214-015-0233-0

    O. Kroutil, M. Předota, and Z. Chval, Pt···H Nonclassical Interaction in Water-Dissolved Pt(II) Complexes: Coaction of Electronic Effects with Solvent-Assisted Stabilization, Inorg. Chem. 55, 3252–3264 (2016).

    Keşan, G., Litvín, R., Bína, D., Durchan, M., Šlouf, V. Polívka, T. Efficient light-harvesting using non-carbonyl carotenoids: Energy transfer dynamics in the VCP complex from Nannochloropsis oceanica. Biochim. Biophys. Acta, 1857, 370-379, 2016.

    Kvíčalová, Z., Alster, J., Johanning, S., Hofmann, E., Khoroshyy, P., Litvín, R., Bína, D., Polívka, T., Pšenčík, J. Triplet-triplet energy transfer from chlorophylls to carotenoids in two antenna complexes from dinoflagellate Amphidinium carterae. Biochim. Biophys. Acta, 1857, 341-349, 2016.

    Adamec, F., Greco, J.A., LaFountain, A.M., Magdaong, N.M., Fuciman, M., Birge, R.R., Polívka, T., Frank, H.A. Spectroscopic investigation of a brightly colored psittacofulvin pigment from parrot feathers. Chem. Phys. Lett, 648, 195-199, 2016.

    West, R., Keşan, G., Trsková, E., Sobotka, R., Kaňa, R., Fuciman, M., Polívka, T. Spectroscopic properties of the triple bond carotenoid alloxanthin. Chem. Phys. Lett. 653, 167-172, 2016.

    Niedzwiedzki, D.M., Tronina, T., Liu, H., Staleva, H., Komenda, J., Sobotka, R., Blankenship, R.E., Polívka, T. Carotenoid-induced non-photochemical quenching in the cyanobacterial chlorophyll synthase-HliC/D complex. BBA-Bioenergetics, 1857, 1430-1439, 2016.

    Kloz, M., Weissenborn, J., Polívka, T., Frank, H. A., Kennis, J.T.M. Spectral watermarking in Raman spectroscopy. Phys. Chem. Chem. Phys. 18, 14619-14628, 2016.

    Balevičius, V., Abramavicius, D., Pour, A. G., Polívka, T., Hauer, J. A unified picture of S* in carotenoids. J. Phys. Chem. Lett. 7, 3347-3352, 2016.

    Pinnola, A., Staleva-Musto, H., Capaldi, S., Ballottari, M., Bassi, R., Polívka, T. Electron transfer between carotenoid and chlorophyll contributes to quenching in the LHCSR1 protein from Physcomitrella patens.  BBA-Bioenergetics 1857, 1870-1878, 2016.

  • 2015

    Kesan G., Durchan M., Tichý J., Minofar B., Kuznetsova V., Fuciman M., Šlouf V., Parlak C., Polívka T. Different Response of Carbonyl Carotenoids to Solvent Proticity Helps To Estimate Structure of the Unknown Carotenoid from Chromera velia. J. Phys. Chem. B 119, 12653-12663, 2015.

    P. Jelínek, M. Karlický, K. Murawski,  Electric current filamentation at a non-potential magnetic null-point due to pressure perturbation, The Astrophysical Journal 812, 105, 2015.

    P. Jelínek, A. K. Srivastava, K. Murawski, P. Kayshap, B.N. Dwivedi, Spectroscopic Observations and Modelling of Impulsive Alfven Waves Along a Polar Coronal Jet, Astronomy and Astrophysics 581, A131, 2015.

    P. Jelínek, M. Karlický, Structured mass density slab as a waveguide of fast magnetoacoustic waves, Cent. Eur. Aphys. Bull 39 (1), 51, 2015.

    Fuciman, M., Keşan, G., LaFountain, A., Frank, H.A., Polívka, T. Tuning the spectroscopic properties of aryl carotenoids by slight changes in structure. J. Phys. Chem. B. 119, 1457–1467, 2015.

    Staleva, H., Komenda, J., Shukla, M., K., Šlouf, V., Kaňa, R., Polívka, T., Sobotka, R. Mechanism of photoprotection in the cyanobacterial ancestor of plant antenna proteins. Nat. Chem. Biol. 11, 287-291, 2015.

    Kroutil, O., Chval, Z., Skelton, A. A., Předota, M. Computer Simulations of Quartz (101)–Water Interface over a Range of pH Values, J. Phys. Chem. C,119, 9274–9286, 2015.

    Machesky, M. L., Předota, M.,  Ridley, M. K., Wesolowski, D. J.: Constrained Surface Complexation Modeling: Rutile in RbCl, NaCl, and NaCF3SO3 Media to 250 °C, J. Phys. Chem. C 119, 15204–15215, 2015.

    Ptacek, L., Machlica, L., Linhart, P., Jaska, P., Muller, L.: Automatic Recognition of Bird Individual on the Open Set using as-is Recordings. Bioacoustic Journal, 2015. DOI: 10.1080/09524622.2015.1089524.

    A. Majumdar, S.Ch. Das, V. Stranak, R. Hippler, Electronic Bond Structure of Carbon Nitride Thin Film Deposited by HiPIMS and dc Magnetron Plasma. J. Coat. Sci. Technol. 2, (2015), 28-37.

    J. Alami, V. Stranak, A-P. Herrendorf, Z. Hubicka, R. Hippler, Design of magnetic field configuration for controlled discharge properties in highly ionized plasma, Plasma Sources Sci. Technol. 24 (2015) 045016.

    P. Dytrych, P. Kluson, O. Solcova, S. Kment, V. Stranak, M. Cada, Z. Hubicka, Shape selective photoinduced electrochemical behavior of thin ZnO layers prepared by surfatron, Thin Solid Films 597, (2015), 131.

    Staleva, H., Zeeshan, M., Chábera, P., Partali, V., Sliwka, H.R., Polívka, T. Ultrafast dynamics of long homologs of carotenoid zeaxanthin. J. Phys. Chem. A, 119, 11304-11312, 2015.

  • 2014

    Durchan, M., Keşan, G., Šlouf, V., Fuciman, M., Staleva, H., Tichý, J., Litvín, R., Bína, D., Vácha, F., Polívka, T. Highly efficient energy transfer from a carbonyl carotenoid to chlorophyll-a in the main light harvesting complex of Chromera velia. Biochim. Biophys. Acta, 1837, 1748-1755, 2014.

    Polívka, T., Hofmann, E. Structure-function relationship in peridinin-chlorophyll proteins. In: The Structural Basis of Biological Energy Generation (ed. M. F. Hohmann-Marriott). Vol. 39 of the series Advances in Photosynthesis and Respiration. p. 39-58, Springer, Dordrecht, The Netherlands, 2014.

    Polívka, T., Frank, H. A. Spectroscopic investigation of carotenoids involved in nonphotochemical quenching. In: Nonphotochemical Quenching and Energy Dissipation in Plants, Algae and Cyanobacteria (ed. B. Demmig-Adams). Vol. 40 of the series Advances in Photosynthesis and Respiration. p. 203-227, Springer, Dordrecht, The Netherlands, 2014.

    H. Mészárosová, M. Karlický, P. Jelínek, J. Rybák, Magnetoacoustic waves propagating along a dense slab and Harris current sheet and their wavelet spectra, The Astrophysical Journal 788, 44, 2014.

    S. Parez, M. Předota, and M. Machesky: “Dielectric Properties of Water at Rutile and Graphite Surfaces: Effect of Molecular Structure”, J. Phys. Chem. C 118, 4818-4834 (2014).

  • 2012

    P. Jelínek, M. Karlický, Magnetoacoustic waves in diagnostics of the flare current sheets, Astronomy and Astrophysics 537, A46, 2012.

    P. Jelínek, M. Karlický, K. Murawski, Magnetoacoustic waves in a vertical flare current-sheet in a gravitationally stratified solar atmosphere, Astronomy and Astrophysics 546, A49, 2012.

    Vredenberg, W., Durchan, M., Prášil, O.: The analysis of PS II photochemical aktivity using single and multi-turnover excitations. J. Photochem. Photobiol. B 107: 45-54, 2012.

    Durchan, M., Tichý, J., Litvin, R., Šlouf, V., Gardian, Z., Hříbek, P., Vácha, F., Polívka, T.: Role of carotenoids in light-harvesting processes in an antenna protein from the chromophyte Xanthonema debile. J. Phys. Chem. B 116: 8880-8889, 2012.

    Durchan, M., Fuciman, M., Šlouf, V., Keşan, G., Polívka, T.: Excited-state dynamics of monomeric and aggregated carotenoid 8´-apo-β-carotenal. J. Phys. Chem. A 116: 12330-12338, 2012.

    S. Pařez and M. Předota: “Determination of Distance-dependent Viscosity of Mixtures in Parallel Slabs using Non-equilibrium Molecular Dynamics”, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 3640-3650 (2012).

    I. Romancová, Z. Chval and M. Předota: “Influence of the Environment on the Specificity of the Mg(II) Binding to Uracil”, J. Phys. Chem. A 116, 1786−1793 (2012).

    M. Kabeláč, O. Kroutil, M. Předota, F. Lankaš and M. Šíp: “Influence of a Charged Graphene Surface on the Orientation and Conformation of Covalently Attached Oligonucleotides: A Molecular Dynamics Study”, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 4217–4229 (2012).

    D. J. Wesolowski, J. O. Sofo, A. V. Bandura, Z. Zhang, E. Mamontov, M. Předota, N. Kumar, J. D. Kubicki, P. R. C. Kent, L. Vlcek, M. L. Machesky, P. A. Fenter, P. T. Cummings, L. M. Anovitz, A. Skelton, J. Rosenqvist: “The Rutile (110)-Water Interface: A comment on “Structure and Dynamics of Liquid Water on Rutile TiO2(110)” by L.-M. Liu, C. Zhang, G. Thornton and A. Michaelides”, Phys. Rev. B 85, 167401 (2012).

    Dall’Osto L., Holt N.E., Kaligotla S., Fuciman M., Cazzaniga S., Carbonera D., Frank H.A., Alric J., Bassi R.: Zeaxanthin Protects Plant Photosynthesis by Modulating Chlorophyll Triplet Yield in Specific Light-harvesting Antenna Subunits, J. Biol. Chem. DEC 2012, 287, 41820-41834.

    Fuciman M., Enriquez M.M., Polívka T., Dall’Osto L., Bassi R., Frank H.A.: Role of Xanthophylls in Light Harvesting in Green Plants: A Spectroscopic Investigation of Mutant LHCII and Lhcb Pigment-Protein Complexes, J. Phys. Chem. B MAR 2012, 116, 3834-3849.

    Maiuri M., Polli D., Brida D., Lueer L., LaFountain A.M., Fuciman M., Cogdell R.J., Frank H.A., Cerullo G.: Solvent-dependent activation of intermediate excited states in the energy relaxation pathways of spheroidene, Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 6312-6319.

    V. Šlouf, P. Chábera, J.D. Olsen, E.C. Martin, P. Qian, C.N. Hunter, T. Polívka. Photoprotection in a purple phototrophic bacterium mediated by oxygen-dependent alteration of carotenoid excited-state properties. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, 8570–8575, 2012.

  • 2011

    M. Karlický, P. Jelínek, H. Mészárosová, Magnetoacoustic waves in the narrowband dm-spikes sources, Astronomy and Astrophysics 529, A96, 2011.

    P. Jelínek, G. Hensler, The Collisions of High Velocity Clouds with Galactic Halo, Comp. Phys. Commun. 182, 1784-1789, 2011.

    Chábera, P., Durchan, M., Shih, P.M., Kerfeld, C.A., Polívka, T.: Excited-state properties of the 16 kDa red carotenoid protein from Arthrospira maxima. Biochim. Biophys. Acta 1807: 30-35, 2011.

    M. Machesky, D. Wesolowski, J. Rosenqvist, M. Předota, L. Vlcek, M. Ridley, V. Kohli, Z. Zhang, P. Fenter, P. Cummings, S. Lvov, M. Fedkin, V. Rodriguez-Santiago, J. Kubicki, and A. Bandura: “Comparison of Cation Adsorption by Isostructural Rutile and Cassiterite”, Langmuir 27, 4585–4593 (2011).

    Niedźwiedzki D., Fuciman M., Kobayashi M., Frank H.A., Blankenship R.E.: Ultrafast time-resolved spectroscopy of the light-harvesting complex 2 (LH2) from the photosynthetic bacterium Thermochromatium tepidum, Photosynth. Res. OCT 2011, 110, 49-60.

    Bould J., Base T., Londesborough M.G.S., Oro L.A., Macias R., Kennedy J.D., Kubát P., Fuciman M., Polívka T., Lang K.: Reversible Capture of Small Molecules On Bimetallaborane Clusters: Synthesis, Structural Characterization, and Photophysical Aspects, Inorg. Chem. AUG 2011, 50, 7511-7523.

    Niedźwiedzki D.M., Fuciman M., Frank H.A., Blankenship R.E.: Energy transfer in an LH4-like light harvesting complex from the aerobic purple photosynthetic bacterium Roseobacter denitrificans, BBA-Bioenergetics MAY 2011, 1807, 518-528.

    Fuciman M., Enriquez M.M., Kaligotla S., Niedźwiedzki D.M., Kajikawa T., Aoki K., Katsumura S., Frank H.A.: Singlet and Triplet State Spectra and Dynamics of Structurally Modified Peridinins, J. Phys. Chem. B APR 2011, 115, 4436-4445.

    Zhang Y., LaFountain A.M., Magdaong N., Fuciman M., Allen J.P., Frank H.A., Rusling J.F.: Thin Film Voltammetry of Wild Type and Mutant Reaction Center Proteins from Photosynthetic Bacteria, J. Phys. Chem. B MAR 2011, 115, 3226-3232.

    Kubát P., Šebera J., Záliš S., Langmaier J., Fuciman M., Polívka T., Lang K.: Charge transfer in porphyrin-calixarene complexes: ultrafast kinetics, cyclic voltammetry, and DFT calculations, Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 6916-6923.

    V. Šlouf, S.P. Balashov, J.K. Lanyi, T. Pullerits, T. Polívka. Carotenoid response to retinal excitation and photoisomerization dynamics in xanthorhodopsin. Chem. Phys. Lett. 516, 96–101, 2011.

  • 2010

    P. Jelínek, M. Karlický, Impulsively Generated Wave Trains in a Solar Coronal Loop, IEEE Trans. Plasma Sci. 38, No. (9), 2243-2248, 2010.

    Durchan, M., Herbstová, M., Fuciman, M., Gardian, Z., Vácha, F., Polívka, T.: Carotenoids in energy transfer and quenching processes in Pcb and Pcb-PS I complexes from Prochlorothrix hollandica. J. Phys. Chem. B 114: 9275-9282, 2010.

    M. Předota, I. Nezbeda, and S. Pařez: “Coarse-grained potential for interaction with a spherical colloidal particle and planar wall”, Collect. Czech. Chem. Commun. 75, 527-545 (2010).

    Fuciman M., Chábera P., Župčanová A., Hříbek P., Arellano J.B., Vácha F., Pšenčík J., Polívka T.: Excited state properties of aryl carotenoids, Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 3112-3120.

    Enriquez M.M., Fuciman M., LaFountain A.M., Wagner N.L., Birge R.R., Frank H.A.: The Intramolecular Charge Transfer State in Carbonyl-Containing Polyenes and Carotenoids, J. Phys. Chem. B OCT 2010, 114, 12416-12426.

    Chábera P., Fuciman M., Naqvi K.R., Polívka T.: Ultrafast dynamics of hydrophilic carbonyl carotenoids - Relation between structure and excited-state properties in polar solvents, Chem. Phys. JUL 2010, 373, 56-64.

    Enriquez M.M., LaFountain A.M., Budarz J., Fuciman M., Gibson G.N., Frank H.A.: Direct determination of the excited state energies of the xanthophylls diadinoxanthin and diatoxanthin from Phaeodactylum tricornutum, Chem. Phys. Lett. JUN 2010, 493, 353-357.

  • 2009

    P. Jelínek, M. Karlický, Computational Study of Impulsively Generated Waves in a Solar Coronal Loop, Eur. Phys. J. D 54, 305-311, 2009.

    P. Bartoš, J. Blažek, P. Jelínek, P. Špatenka, Hybrid Computer Simulations: Electrical Charging of Dust Particles in Low-Temperature Plasma, Eur. Phys. J. D 54, 319-323, 2009.

    Pavlovič, A., Demko, V., Durchan, M., Hudák, J.: Feeding with aminolevulinic acid increased chlorophyll content in Norway spruce (Picea abies) in the dark. Photosynthetica 47: 631-634, 2009.

    Pavlovič, A., Slováková, Ľ., Demko, V., Durchan, M., Mikulová, K., Hudák, J.: Chlorophyll biosynthesis and chloroplast development in etiolated seedlings of Ginkgo biloba L. Photosynthetica 47: 510-516, 2009.

    Vredenberg, W., Durchan, M., Prášil, O.: Photochemical and photoelectrochemical quenching of chlorophyll fluorescence in photosystem II. Biochim. Biophys. Acta 1787: 1468-1478, 2009.

    Chábera P., Fuciman M., Hříbek P., Polívka T.: Effect of carotenoid structure on excited-state dynamics of carbonyl carotenoids, Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 8795-8803.

  • 1996 - 2008

    Polívka, T., Pšenčík, J., Kroh, P., Engst, D., Prášil, O., Falkowski, P.G., Hála, J. Hole-burning study of energy transfer in antenna proteins of Dunaliella tertiolecta affected by iron-limitation. Mol. Cryst. Liq. Cryst. 291, 111, 1996.

    Engst, D., Kroh, P., Polívka, T., Pšenčík, J., Nedbal L., Hála, J.: Hole burning and low temperature absorption and fluorescence spectroscopy of algae affected by UV-B stress, Mol. Cryst. Liq. Cryst. 291, 103, 1996.

    Kroh, P., Pšenčík, J., Polívka, T., Engst, D., Hála, J.: Laser induced hole filling in bacteriochlorophyll d monomers and aggregates of  green sulphur photosynthetic bacteria antennae, Mol. Cryst. Liq. Cryst. 291, 201, 1996

    Polívka, T., Kroh, P., Pšenčík, J., Engst, D., Komenda, J., Hála, J

Read more …Publications

  • Hits: 617

Grants

Department of Physics

  • Ongoing

     

     

    2024-2028 "PHOTOMACHINES - Reorganizace fotosyntetických buněk za účelem vysoké produkce terapeutických peptidů“, OP JAK Špičkový výzkum CZ.02.01.01/00/22_008/0004624, Tomáš Polívka, spoluřešitel
    2024-2028 HORIZON-MSCA-2022-SE-01-01 — MSCA Staff Exchanges 2022, DynaSun -  Dynamics of the solar corona in the era of data intensive observations, Petr Jelínek, spoluřešitel
    2024-2026 "Ultrarychlé zhášení ve fotosyntéze", standardní projekt GAČR 24-11344S, Tomáš Polívka, řešitel
    2023-2026 "Compact mems pirani manometer for robust technological applications", TAČR TREND FW10010337, Vítězslav Straňák, spoluřešitel
    2023-2026 "Sensing for the 21st century", TAČR NCK MATCA TN02000069/001N, Vítězslav Straňák, spoluřešitel
    2023-2026 "Diagnostics of Chemicals in Water", TAČR NCK MATCA TN02000069/007, Vítězslav Straňák, spoluřešitel
    2022-2024 Počítačové modelování nelineárních optických signálů na rozhraních", standardní projekt GAČR 22-02972S, Milan Předota, řešitel
    2021-2024 "Kapacitní deionizace: Porozumění pomocí molekulárního modelování", standardní projekt GA ČR 21-27338S, Milan Předota, řešitel
    2021-2024 "Opticky polopropustné nanostruktury oxidu titanu na površích s komplexní geometrií pro zvýšení fotokonverze a citlivosti snímačů", mezinárodní Lead Agency projekt GAČR 21-05030K, Vítězslav Straňák, spoluřešitel

     

  • Finished

     

    2021-2023 "Sub-THz pásmo: nový přístup ke studiu původu slunečních a hvězdných erupcí pomocí pozorování a numerických simulací", mezinárodní bilaterální projekt GAČR 21-16508J
    2021-2023 "Plazmový surfatron s definovaným tokem iontů pro čištění citlivých povrchů s nízkou energetickou zátěží" projekt OP PIK CZ.01.1.02/0.0/0.0/20_321/0023906
    2019-2023 "Vztah mezi strukturou a funkcí karotenoidů: Nové cesty k řešení nezodpovězených otázek", GAČR EXPRO 19-28323X
    2021-2022 "Bezdrátová sonda pro monitoring kůrovce", projekt TAČR GAMA-2 TP01876221
    2021-2022 "Laserový nano -tisk z plazmonických nanočástic připravených pomocí plynně agregačního zdroje", projekt TAČR GAMA-2 TP01010019
    2020-2022 "Přenos elektrického náboje na nabitých heterogenních rozhraních s redoxními metaloproteiny", juniorský projekt GAČR 20-02067Y
    2020-2022 "Zařízení pro přenos MIDI signálů s expanzní konstrukcí", projekt TAČR GAMA-2 TP01010019
    2020-2021 "Antivirové povrchy pro zdravotnický materiál", projekt TAČR GAMA-2 TP01010019 COV-01
    2019-2022 "Výzkum a vývoj nových produktů - Suchá pístová vývěva a chemicky odolná suchá pístová vývěva", projekt OP PIK CZ.01.1.02/0.0/0.0/17_176 /0015637
    (2019)-2021 "Plasma Coating 2" – Třetí etapa aplikovaného výzkumu depozičního procesu ochranných tribologických vrstev na substráty s komplexním tvarem. TAČR NCK MATCA TN10000038/11, https://matca.cz
    2019-2021 "Biosenzory na optickém vlákně pro detekci spirochét Lymské boreliózy", projekt MŠMT Mobility 8JPL19012
    2019-2021 "Nanostruktury pro LSPR senzory na optickém vlákně", standardní projekt GAČR 19-20168S
    2019-2020 "Vývoj automatizovaného zařízení pro manipulaci s elektronickými součástkami", projekt JVTP 91-0071, Jihočeský vědeckotechnický park
    2018-2020 "Ultrarychlá časová spektroskopie jako nástroj pro studium vztahu mezi strukturou a funkcí karotenoproteinů u sinic", standardní projekt GAČR 18-21631S
    2018-2019 "Waves in expanding magnetic flux tubes embedded in the solar atmosphere", Mobility MŠMT ČR, projekt 8J18AT031, spolupráce JU a Karl-Franzens-Universität, Graz, Rakousko
    2018-2019 “Optimalizace logistických procesů zavedením elektronické výměny dat”, projekt JVTP 91-0064, Jihočeský vědeckotechnický park
    2017-2021 “Molekulární simulace procesů na rozhraní pevná látka - kapalina”, projekt LTAUSA17163, INTER-EXCELLENCE, podprogram INTER-ACTION, spolupráce s Oak Ridge National Laboratory (USA)
    2017-2019 “Ultra-Sensitive Opto-Electrochemical Detection of Liquid Explosives”, projekt NATO, SPS G5147
    2017-2019 "Konstrukce boxu pro měření dýchacího ústrojí drobných hlodavců", projekt KTT č. 48: Vybudování znalostního a technologického transferu v příhraničním prostoru Jihočeského kraje a Dolního Bavorska/ Aufbau des Wissens- und Technologietransfers im Grenzraum Südböhmen/Niederbayern, EUS
    2017-2019 "Snímání průtoku vzduchu", projekt KTT č. 49: Vybudování znalostního a technologického transferu v příhraničním prostoru Jihočeského kraje a Dolního Bavorska/ Aufbau des Wissens- und Technologietransfers im Grenzraum Südböhmen/Niederbayern, EUS
    2017-2019 “Vývoj a výzkum součástí elektronového mikroskopu pro čištění tubusu, vytvoření vakua a rozvody inertních plynů v tubusu", projekt OP PIK, CZ.01.1.02/0.0/0.0/15_019/0004732
    2017-2019 “Molekulární popis jevů v elektrické dvojvrstvě - predikce a interpretace experimentálních dat počítačovými simulacemi”, standardní projekt GAČR 17-10734S
    2017-2018 “Dálková regulace elektronických přístrojů s využitím servomotoru”, projekt TAČR GAMA TG03010027
    2017-2018 "Demonstrační zařízení pro snímání a regulaci neelektrických fyzikálních veličin", projekt JVTP, FIS 011.400.222
    2016-2018 “Výzkum růstu tenkých nanostrukturovaných vrstev připravovaných pomocí plazmatu”, standardní projekt GAČR 16-14024S
    2016-2018 “Magnetoakustické vlny v diagnostice plazmatu ve sluneční koróně: nový pohled prostřednictvím pokročilých numerických simulací”, standardní projekt GAČR 16-13277S
    2016-2018 “Světlosběrné a fotoprotektivní funkce karotenoidů - nové přístupy pomocí multipulsní femtosekundové spektroskopie”, standardní projekt GAČR 16-10417S
    2016-2017 Smluvní výzkum pro firmu BOSCH
    2016-2017 “Plasma-assisted deposition of thin antimicrobial films” bilaterální projekt Mobility MŠMT ČR - DAAD SRN, spolupráce s Department of Physics, University of Greifswald
    2016-2017 “Zpracování soustavy kompaktních elementů do výukového programu fyziky”, projekt JVTP,  FIS 011.600.490.
    2015-2017 “Studium stavů přenosu náboje u karotenoidů pomocí multidimenzionální Starkovy spektroskopie”, MŠMT Kontakt II, LH15126, spolupráce s Department of Physics, University of Michigan, USA
    2013-2016 “Počítačové modelování interakcí organické hmoty a biomolekul s minerálními povrchy”, standardní projekt GAČR 13-08651S
    2012-2018 “Centrum fotosyntetického výzkumu”, projekt na podporu excelence v základním výzkumu GBP501/12/G055
    2011-2015 “Přenos excitační energie v pigment-proteinových komplexech mikroorganismů”, standardní projekt GAČR GAP205/11/1164
    2011-2013 “Pokročilý experimentální výzkum výbojových zdrojů plazmatu použitých pro přípravu nanostrukturovaných tenkých vrstev”, standardní projekt GAČR, GAP205/11/0386
    2010-2012 Energetické procesy ve sluneční atmosféře: vztahy mezi simulacemi a pozorováními”, standardní projekt GAČR, GAP209/10/1680
    2010-2012 “Fotofyzika a fotochemie samoorganizovaných nanostruktur”, standardní projekt GAČR, GAP208/10/1678
    2009-2012 Excitované stavy karbonylových karotenoidů a jejich role ve fotochemických reakcích, MŠMT - Kontakt, ME09037, spolupráce s Department of Chemistry, University of Connecticut
    2009-2012 “Excitované stavy karotenoidových agregátů”, standardní projekt GAČR, GA202/09/1330
    2009-2012 “Studium struktury a dynamiky minerálních povrchů a biomembrán a jejich interakcí s organickými a anorganickými ligandy pomocí počítačového modelování”, MŠMT - Kontakt, ME 09062, spolupráce s Departmenf of Chemical and Biomolecular Engineering, Vanderbilt University, Nashville
    2008-2011 Počítačové modelování strukturních, dynamických a transportních vlastností tekutin v nanorozměrech”, standardní projekt GAČR 203/08/0094

     

Read more …Grants

  • Hits: 610

Achivements

Katedra molekulární biologie a genetiky

Jak fungují proteinové „stroje“ v buněčných elektrárnách eukaryotických organismů

Jak přesně fungují proteinové „stroje“ v buněčných elektrárnách eukaryotických organismů popisuje nová studie parazitologů z Jihočeské Univerzity, která byla publikována na začátku listopadu v prestižním vědeckém časopise Current Biology. Editoři časopisu vybrali studii jako stěžejní článek aktuálního vydání a zpřístupnili ho bezplatně jako tzv. open access  on-line.

Mitochondrie, důležité a starobylé součásti eukaryotických buněk (mezi eukaryota patříme my, lidé, houby a rostliny), fungují jako buněčné elektrárny, které vyrábí energii pro celou buňku. Tyto elektrárny mají složitou stavbu, kterou rámují dvě membrány - vnější a vnitřní. Mezi oběma membránami se nachází mezimembránový prostor a zcela uvnitř mitochondrie, uzavřený vnitřní membránou je tzv. matrix, vnitřní prostor.

Vnitřní membrána má poměrně komplikovanou strukturu. Je zvlněna do záhybů, tzv. krist, které tvarem připomínají prsty natahující se do matrixu. Kristy jsou sidla proteinových komplexů; můžeme si je představit jako molekulární stroje, ve kterých pracuje množství nejrůznějších bílkovin, z nichž každá představuje nepostradatelnou součástku pro správné fungování životně důležitých buněčných procesů, jako je dýchání a vyrábění energie.

Vzhledem k tomu, že mitochondrie i jejich kristy jsou evolučně starobylé části buněk, vyskytují se v široké škále nejrůznějších eukaryot. Máme je my, lidé, houby a rostliny, ale také naši vzdálenější příbuzní, jednobuněčná eukaryota, tzv. prvoci. Do této různorodé a fascinující skupiny prvoků patří i původce spavé nemoci, parazit Trypanozoma spavičná (Trypanosoma brucei). A právě tohoto parazita si vybral tým molekulárních biologů z Přírodovědecké fakulty JU a Parazitologického ústavu BC AV ČR pod vedením Hassana Hashimiho jako modelový organismus pro výzkum funkcí bílkovinných komplexů vnitřní mitochondriální membrány.

Vědci se rozhodli zodpovědět následující otázky: jaké části výše zmiňovaných molekulárních strojů jsou společné napříč celou říší eukaryot, a jaké části se naopak odlišují a jsou specifické jen pro určité druhy eukaryot? Zaměřili se na bílkovinný komplex MICOS (mitochondrial contact site and cristae organization system). U kvasinek (blízkého příbuzného hub) a člověka (nadále je budeme společně nazývat "kvověk") je známé, že tento proteinový komplex dává kristám tvar, vytváří místa, kde vnitřní a vnější membrána přicházejí do těsného kontaktu a také kde se připojují kristy ke zbytku vnitřní membrány. Pokud se tento MICOS „stroj“ rozbije, kristy se oddělí od vnitřní membrány a plují v matrixu.

V trypanozomě byl původně nalezen pouze jeden gen pro jedinou bílkovinu MICOSového komplexu.  Díky této informaci dokázali vědci u trypanozomy izolovat celý bílkovinný komplex MICOS, stejným způsobem jako, když vytáhnete viditelnou úchytku šuplíku, abyste zjistili, co je uvnitř,  a podívat se na to, v čem je podobný a v čem naopak rozdílný ve srovnání s MICOSem u kvověka. Badatelé zjistili, že kontaktní místo vnitřní a vnější membrány i připojení krist k vnitřní membráně jsou stejnéjak u trypanosomy, tak i u kvověka. Vzhledem k tomu, že tyto dva typy organismů jsou si příbuzensky tak vzdálené, jak jen si lze představit, lze s jistotou tvrdit, že tato role MICOSu je shodná a zásadní napříč všemi eukaryoty.

S pomocí kolegů z Laboratoře elektronové mikroskopie na Biologickém centru mohl tým vědců rovněž přímo pozorovat komplex MICOS na mitochondriálních kristách a sledovat i to, jaké důsledky má  genetické odstranění MICOSu na tvar krist.

Překvapující byly rozdíly, které vědci objevili. Kromě již zmiňované osamělé bílkoviny MICOSového komplexu se ostatní proteiny velmi liší od těch, které najdeme u kvověka. Navíc se ukazuje, že jeden z proteinů má úplně odlišnou roli než jakýkoli známý protein u kvověčího MICOSu, a to, že pomáhá zachytit proteiny, které patří do mezimembránového prostoru.  Mezi proteiny v mezimembránovém prostoru jsou totiž malé proteiny, které jsou součástí bílkovinných komplexů, respiračního řetězu nacházejícího se v kristách.

Tato studie prokazuje, že bílkovinný komplex MICOS u trypanozomy nejen pomáhá dát kristám tvar, ale také umístit proteinové komplexy v té části mitochondrií, která je zodpovědná za buněčné dýchání. Nezodpovězenou otázkou zatím zůstává, zda je MICOS u trypanozomy výjimkou, protože tuto funkci má, anebo zda je výjimkou MICOS u kvověka, když takový protein vůbec nemá.

Iosif Kaurov, Marie Vancová, Bernd Schimanski, Lawrence Rudy Cadena, Jiří Heller, Tomáš Bílý, David Potěšil, Claudia Eichenberger, Hannah Bruce, Silke Oeljeklaus, Bettina Warscheid, Zbyněk Zdráhal, André Schneider, Julius Lukeš, Hassan Hashimi

Read more …Achivements

  • Hits: 4451

Doctoral studies

Katedra molekulární biologie a genetiky

V našem programu máme více než 50 PhD studentů, z nichž polovina je zahraničních. Studenti se podílejí na špičkových vědeckých projektech, jejich práce se nedávno objevily například v časopisech eLife nebo Current Biology (podívej se na Research Achievements). Studenti využívají skvělého zázemí fakulty a několika ústavů akademie věd, mají přístup k jednomu z nejlépe vybavených středisek elektronové mikroskopie v ČR, konfokálním mikroskopům, metabolomických a proteomických center (fakulta například disponuje nejmodernějším přístrojem „Bruker Daltonics timsTOF Pro“ pro proteomiku ve střední Evropě). Studenti si mohou vybrat z různých kurzů a každý týden se účastní katedrového semináře, kde prezentují zvaní přednášející. Jednou ročně pořádáme pro PhD studenty katedrový retreat, který je skvělou příležitostí prezentovat svou práci a potkat se na celý víkend ve velmi neformální atmosféře. Každý rok také pořádáme pro studenty soutěž o nejlepší vědecký obrázek.

Aktuální informace pro zájemce o studium:

Podávání příhlášek do 22. 6. 2020, příjímací řízení budou probíhat v druhé polovině července.

Informace o programu:

Garant oboru: doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.

  • Složení oborové rady

    Obor Molekulární a buněčná biologie a genetika se standardní dobou studia 4 roky

    Rozšíření akreditace: Biologické centrum AV ČR, v.v.i. České Budějovice
    Rozšíření akreditace: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

    Předseda oborové rady: Doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D. (PřF JU)
    telefon: 38 777 2229 e‐mail: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

    Zástupce: Prof. Ing. Miroslav Oborník, Ph.D. (PřF JU, BC AV ČR ‐ PaÚ Č. Budějovice)

    Členové oborové rady:
    MVDr. Martin Anger, Ph.D. (CEITEC Brno)
    doc. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D. (PřF OU Ostrava)
    Prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc. (PřF JU, BC AV ČR ‐ PaÚ Č. Budějovice)
    Prof. RNDr. Marek Jindra, CSc. (BC AV ČR – EntÚ Č.Budějovice)
    Prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc. (BC AV ČR ‐ PaÚ Č. Budějovice, PřF JU)
    RNDr. Jiří Macas, Ph.D. (BC AV ČR – ÚMBR České Budějovice)
    Prof. RNDr. Jiří Masojídek, CSc. (MBÚ AV ČR Třeboň)
    Prof. RNDr. František Marec, CSc. (BC AV ČR ‐ EntÚ Č. Budějovice)
    Prof. RNDr. Ivo Šauman, CSc. (PřF JU, BC AV ČR – EntÚ Č.Budějovice)
    RNDr. Martin Tichý, Ph.D. ( MBÚ AV ČR Třeboň)
    RNDr. Ladislav Anděra, CSc. (ÚMG AV ČR Praha)
    Prof. RNDr. Jan Tachezy, CSc. (PřF UK Praha)

  • Práva a povinnosti doktorandů

    Základní práva a povinnosti studentů studujících v doktorských studijních programech na PřF JU

    Práva a povinnosti studentů vyplývají z novely zákona č. 111/1998 o vysokých školách, ze Studijního a zkušebního řádu Jihočeské univerzity v Č. Budějovicích, Opatření děkana o organizaci studia v doktorksých studijních programech na PřF JU a o stipendiu studentů v doktorských studijních programech. Tyto předpisy obsahují plné znění všech práv a povinností studentů.

    1. Po obdržení oznámení o přijetí ke studiu se student ve stanoveném termínu dostaví na studijní oddělení, obdrží “Výkaz o studiu na vysoké škole” (index). Zároveň si povinně zřídí fakultní e-mailovou adresu (pokud se rozhodne ji nepoužívat, je jeho povinností a zájmem přesměrovat si došlé zprávy na jinou používanou adresu) a Identifikační kartu studenta JU. Návod pro první přihlášení najdete na adrese: https://www.prf.jcu.cz/struktura-prf/it-sluzby.html

    2. Studentům v prezenční formě studia náleží po standardní dobu studia stipendium. Jeho výši stanoví Opatření děkana.

    3. Do 2 měsíců od zahájení studia předloží student oborové radě prostřednictvím studijního oddělení „Plán doktorského studia“ (1 výtisk + elektronicky), který vypracoval s navrženým školitelem na základě závěrů přijímacího řízení. Plán doktorského studia tvoří povinně a) vyplněný formulář, který je k dispozici na studijním oddělení nebo na www PřF, b) rozbor zadání doktorské disertace; obsah, formu a rozsah stanoví oborová rada.

    4. Po celou dobu studia, tj. do obhájení disertační práce, musí být student veden ve stavu studentů – tato evidence se obnovuje zápisem před začátkem každého semestru, kdy si student zapíše předmět “Doktorandská praxe” a případně další, studijním plánem stanovené předměty včetně jazykových kurzů (zapisuje si je postupně po semestrech, kdy bude skládat zápočet či zkoušku). Na konci prvního roku studia a na konci každého akademického roku musí student předložit “Výkaz o studiu” na studijní oddělení ke kontrole.

    5. Samostatnou práci studenta potvrzuje školitel každý semestr udělením zápočtu předmětu “Doktorandská praxe”.

    6. Nejpozději do konce prvního roku studia student vypracuje a předloží kritickou literární rešerši problematiky disertační práce a na semináři prezentuje metodiku a záměry disertace. Školitelem schválený výtisk rešerše předá a v el. podobě zašle na studijní oddělení; rešerši posoudí oborová rada. Zápočet za splnění předmětů Literární rešerše a Doktorandský seminář uděluje předseda Oborové rady.

    7. Student každoročně prezentuje pokroky a výsledky své práce na semináři schváleném oborovou radou. Zápočet za splnění předmětu Doktorandský seminář uděluje předseda Oborové rady.

    8. Každoročně student odevzdá na předepsaném formuláři „Výroční zprávu o průběhu studia“, ve které uvede plnění svých povinností a stručně popíše pokroky ve své vědecké práci (uvedou se mj. absolvované předměty, plnění pedagogických povinností, prezentace výsledků na konferencích, publikování dílčích výsledků disertační práce, zahraniční stáže a pod.). Výroční zprávu v elektronické podobě plus školitelem schválenou zprávu s podpisy garantů kurzů, ve kterých student plnil pedagogickou praxi, předloží student vždy k 31.10. prostřednictvím studijního oddělení oborové radě.

    9. Do konce standardní doby studia musí student prokázat (např. formou zápisů ve výročních zprávách, jiným písemným potvrzením) a) pedagogickou činnost v rozsahu 42 hodin za dobu studia; b) úspěšné absolvování stanovených předmětů a angličtiny, c) prezentaci svých výsledků na mezinárodní konferenci, do konce studia dále publikaci alespoň části výsledků své doktorské práce (v časopise s IF nad 0,5) a absolvování zahraniční stáže (možno absolvovat jako více pobytů o minimální délce jednotlivého 14 dní, celková doporučená délka jsou 3 měsíce). Povinnost pedagogické činnosti neplatí pro studenty v kombinované formě studia.

    10. Standardní doba studia v doktorském programu je 4 roky. Před jejím koncem se musí student přihlásit ke státní doktorské zkoušce. Disertační práci a ostatní náležitosti k obhajobě práce musí student odevzdat tak, aby nepřekročil maximální délku studia, která je pro prezenční studium 5 a pro kombinované 6 let. Do doby studia se nezapočítává přerušení studia, jež může celkově činit až 2 roky, a mateřská/rodičovská dovolená.

    11. Studenti jsou povinni důsledně dbát na etiku vědecké práce včetně publikování získaných výsledků. Na všech publikacích vzniklých v souvislosti s řešením doktorské disertační práce i na případných jiných výstupech vždy uvádějí jako své pracoviště Přírodovědeckou fakultu JU.

    Dotazy a žádosti předkládejte na studijní oddělení (referentka paní Ivana Voldřichová, Bc. Petra Korcová, tel. linka 2262), případně proděkanovi (doc. Marie Šmilauerová, tel. linka 2386, e-mail: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.; pracovna 217 v budově katedry botaniky, Na zlaté stoce 1A).

Read more …Doctoral studies

  • Hits: 103

Stay in touch
social media

© 2024 University of South Bohemia
Cookies

1

0