ICTTD Bioinformatics Workshop: CAS (cDNA annotation system) - a bioinformatics tool suitable for mining tick, tick-borne pathogen and mammalian ESTs. 8. - 15.6.2008
V minulosti jsme byli poctěni organizací kurzu moderních bioinformatických metod umožňujících efektivní zpracování a využití sekvenčních dat z genových a geonomových studií klíšťat a jimi přenášených patogenů (viry, baterie a prvoci). Pořádání takového prestižního podniku jakým je mezinárodní bioinformatický workshop si velmi považujeme, neboť je to také určité uznání naší práce v oblasti výzkumu klíšťat a jimi přenášených patogenů na společném pracovišti Akademie věd a Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích.
Z rozpočtu konsorcia ICTTD byly hrazeny cestovní a pobytové náklady účastníků a vyučujících/přednášejících. K praktickému kurzu v Českých Budějovicích v červnu 2008 bylo vybráno celkem 26 účastníků, vesměs doktorandů a mladých vědeckých pracovníků z 16 různých zemí světa (Ghana, Japonsko, JAR, USA, Mexiko, Argentina, Čína, Holandsko, Brazilie, Indie, Německo, Španělsko, Gambie, Sudán, Slovensko, Česká republika).
Celkem 10 vyučujících praktických i teoretických lekcí přijede z USA, Brazilie, Anglie, Španělska a Německa. Nejmodernější poznatky z oboru předávali přední odborníci z N.I.H. (Národní zdravotní ústavy, Bethesda, MD, USA), ze Sanger Institute v Cambridge, UK a dalších renomovaných pracovišť. Účastníci i vyučující měli k dispozici zbrusu novou počítačovou učebnu s nejmodernější audiovizuální technikou, superrychlým internetovým připojením a dalšími nezbytnými vymoženostmi moderních informačních technologií. Pro vytvoření co nejpříjemnějšího pobytu pro účastníky i učitele jsme připravili také zajímavou nabídku pro společenský program včetně exkurze do Budvaru a jednodenního poznávacího výletu za půvaby jižních Čech.
V posledních dekádě bouřlivého (technického) rozvoje molekulární biologie jsme se ocitli v éře genomiky a proteomiky. Pro tu je typické pořizování úplných sekvencí genů či celých genomů, jakož i proteinů a jejich kompletních funkčních souborů – proteomů, u velkého množství organismů, klíšťata a jimi přenášené patogeny nevyjímaje.
Bioinformatika je moderní věda na rozhraní molekulární biologie/genetiky a informačních technologií, jejíž odborný jazyk přímo hovoří o ´dobývání/dolování dat´(= ´data mining´). To sebou přináší potřebu rychlého vyhodnocení a spolehlivé interpretace funkčního významu (funkční genomika) sekvenčních údajů z plnících se genových a genomových databází. Jinými slovy, stojíme před problémem jak z prakticky nekonečného pořadí jednotlivých písmenek/nukleotidů genetického kódu rozluštit tajenky skutečných genů kódujících každý jednotlivý enzym, vazebný protein či jinou bílkovinu daného organismu. A také jak účelně využít jejich stavebnicového charakteru a vzájemné podobnosti genů k závěrům o historickém vývoji určitých vlastností molekul a potažmo celých organismů. Tato mravenčí práce spojená s hledáním odpovědí v tajenkách funkčních vlastností obrovského množství molekul se týká také klíšťat a jimi přenášených patogenů.
V poslední době bylo v USA dokončeno sekvenování genomu prvního klíštěte druhu Ixodes scapularis, které je blízkým příbuzným našeho klíštěte obecného (I. ricinus). Racionální třídění získaných sekvenčních dat nám umožní v blízké budoucnosti posunout výrazně dosud omezené možnosti v poznání mechanismů přenosu patogenů klíšťaty na molekulové úrovni. A to, doufejme, přispěje k vývoji moderních vakcín proti klíšťatům a jimi přenášených nemocem.
Pro nás jsou klíšťata spojena zejména s přenosem klíšťové encefalitidy a lymské boreliózy, dvou nejzávažnějších infekčních onemocnění člověka ve střední Evropě. V celosvětovém měřítku (Afrika, Austrálie, Latinská Amerika, Asie) je ovšem závažnost klíšťat coby přenašečů/vektorů infekčních nákaz je ještě mnohem výraznější, zejména dramatickým dopadem na ekonomiku zemědělství (chovy skotu masivně postižené závažnými nemocemi, ehrlichiózou, babesiózou, theileriózou, atd.).
Místní organizátoři:
Libor Grubhoffer (Přf JU; PaÚ BC AVČR, v.v.i)
Ján Štěrba (Přf JU; PaÚ BC AVČR, v.v.i)
Daniel Růžek (Přf JU; PaÚ BC AVČR, v.v.i)
Lenka Štifterová (Přf JU; PaÚ BC AVČR, v.v.i)
We are preparing the website.
Thank you for Your understanding.
Read more …Change user password
We are preparing the website.
Thank you for Your understanding.
Read more …Setting up email services
We are preparing the website.
Thank you for Your understanding.
Read more …Change / Verify personal email
Click on the second rectangle with the inscription "CHANGE FREERADIUS PASSWORD"
Read more …Set or change the password for VPN and Wi-Fi