Nabídka témat

Téma: eDNA screening of selected potential human & fish pathogens

Typ práce: Ph.D. práce

Školitel: Tomáš Scholz, Roman Kuchta (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Popis: eDNA-based techniques have a large potential for detecting and quantifying infectious agents. The development of eDNA tools is hence critical for disease ecology as human health and wildlife conservation management efforts require reliable identification and monitoring of pathogens. eDNA metabarcoding will be used to detect larval stages of selected groups of helminth parasites (such as Dibothriocephalus, Diplostomum, Schyzocotyle, Trichobilharzia) in water reservoirs, fishponds and natural habitats.

Téma: Populační genetika systému hostitel-parazit v oblasti sekundárního kontaktu

Typ práce: práce může být svým rozsahem přizpůsobena všem úrovním studia, tedy Bc., Mgr. i Ph.D.

Školitel: Václav Hypša

Popis: Mezi parazity a jejich hostiteli obvykle existuje značná shoda v populační struktuře. Ta je dána především závislostí parazita na hostiteli při šíření prostředím. Podrobné studium populační struktury v systému parazit-hostitel je proto důležitým základem pro porozumění evolučním, genetickým, ale také epidemiologickým aspektům parazitismu. Téma se věnuje této problematice na biologicky obzvlášť zajímavém případě, kterým je sekundární setkání dvou populací po rekolonizaci Evropy (myšice Apodemus, veš Polyplax).

Téma: Pangenomy symbiotických bakterií parazitického hmyzu a horizontální přenos genů

Typ práce: práce může být svým rozsahem přizpůsobena všem úrovním studia, tedy Bc., Mgr. i Ph.D.

Školitel: Václav Hypša

Popis: Parazitický hmyz nutně potřebuje ke svému přežití a rozmnožování vnitrobuněčné symbiotické bakterie, které mu dodávají některé důležité látky. Ke vzniku symbiózy dochází v evoluci opakovaně a symbionti vznikají z různých skupin bakterií. Práce se věnuje porovnání genomů symbiotických bakterií a jejich volně žijících příbuzných: cílem je identifikovat genetické pozadí vhodné pro vytvoření symbiózy a význam horizontálního přenosu genů pro získávání potřebných schopností.

Téma: Origin of parasitism in the Neodermata (parasitic flatworms): from morphology and ultrastructure to phylogenomics

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
laboratorní zpracování vzorků parazitů včetně bioinformatických analýz; možná i literární rešerše

Školitel: Jan Brabec, Roman Kuchta, Tomáš Scholz (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Popis: The early phylogeny of parasitic flatworms (including the notoriously known cestodes and trematodes) is not yet satisfactorily resolved.
We approach this problematics primarily through the bioinformatic analyses of de novo-characterised phylogenomic data (mainly transcriptomes)
of basal representatives of the key neodermatan lineages and interpreting individual morphological/ultrastructural traits in the light of these data.

Téma: Diversity and phylogenetic relationships of North American tapeworms and their co-evolution with freshwater fish

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
laboratorní zpracování vzorků parazitů

Školitel: Tomáš Scholz, Jan Brabec, Roman Kuchta (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Popis: Representatives of several cestode lineages infect a range of North American freshwater fish groups, including the most primitive lineages
of ray-finned fishes. We are interested in describing the diversity of their cestode parasites as well as understanding the mutual interrelationships
of the cestodes using combination of classical morphology and electron microscopy techniques as well as molecular phylogenetic approaches
including both Sanger- and high-throughput sequencing.

Téma: Extracellular vesicles of tapeworms

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
experimentální práce s důrazem na elektronovou mikroskopii a proteomiku

Školitel: Hynek Mazanec, Roman Kuchta (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Popis: Study focuses on a biogenesis and cargo characterization of extracellular vesicles being released from tapeworms’ surface and their potential effect on the host.

Téma: Life cycle of the tapeworm Schistocephalus solidus

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
experimentální práce s důrazem na kultivaci tasemnice a její ekologii

Školitel: Roman Kuchta, Hynek Mazanec (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Popis: In support of other studies, our laboratory focuses on maintaining the life cycle of the host-manipulating tapeworm Schistocephalus solidus.

Téma: eDNA detection of causative agents of human and animal parasitic diseases

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
terénní odběry a laboratorní zpracování vzorků; možná i literární rešerše

Školitel: Roman Kuchta, Jan Brabec (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Popis: A novel approach, environmental DNA (eDNA) metabarcoding, will be used to overcome problems related to finding parasites within their respective hosts, which will enable us to quantify known and discover unknown diversity in aquatic habitats, and study disease ecology by monitoring of human and fish pathogens.

Téma: Diversity of larval trematodes in selected freshwater ecosystems in the Czech Republic and their phylogenetic relationships

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
terénní odběry potenciálních hostitelů a mezihostitelů a laboratorní zpracování získaných parazitů; možná i literární rešerše

Školitel: Anna Faltýnková, Miroslava Soldánová (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Téma: Diversity and geographical distribution of strigeid trematodes (Diplostomida: Strigeidae) in Europe

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
terénní odběry a laboratorní zpracování; možná i literární rešerše

Školitel: Anna Faltýnková (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Téma: Occurrence and species composition of larval stages of plagiorchid trematodes (Digenea: Plagiorchiidae) in freshwater snails in Europe including high Arctic

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
terénní odběry a laboratorní zpracování; možná i literární rešerše

Školitel: Anna Faltýnková (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Téma: Circadian rhythms of trematode cercariae and their contribution to the energy transfer in food webs

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
laboratorní experimenty

Školitel: Miroslava Soldánová (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Téma: Trematode cercariae as a prey in aquatic food webs

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
laboratorní experimenty

Školitel: Miroslava Soldánová (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)

Téma: Behaviour of trematode cercariae in the presence of non-host predators

Typ práce: diplomová (může být i bakalářská)
laboratorní experimenty

Školitel: Miroslava Soldánová (Laboratoř helmintologie PAÚ BC AV ČR)