Skip to main content

PRF

Written on . Posted in PRF.

Laboratories

Department of Chemistry

  • Laboratory of Applied Biochemistry

    Laboratory of Applied Biochemistry focuses on the application of biochemical methods in various scientific fields. We apply biochemical, molecular biological, transcriptomic, genomic, proteomic techniques for the study glycobiology of ticks and tick-borne pathogens, tick-host-pathogen interactions, nanostructured surface functionalization, and the study of fish development.

     

    RNDr. Ján Štěrba, PhD.

    RNDr. Martin Selinger, Ph.D.

    Mgr. Hana Tykalová Ph.D. post-doc

    RNDr. Pavlína Věchtová Ph.D. post-doc

    Mgr. Libor Hejduk Ph.D. student

    Mgr. Lenka Doudová, Ph.D. student

    Mgr. Zuzana Dvorníková, Ph.D.student

    Mgr. Pavlína Kočová Ph.D. student (maternal leave)

    Mgr. Kateřina Jaklová, Ph.D. student

    Mgr. Hana Mašková Ph.D. student

    RNDr. Jarmila Štěrbová Ph.D. student


    Matěj Doškář, BSc. student

    Ynia Encarnación, BSc. student

    Valentýna Králová, BSc. student

    Matěj Lácha, BSc. student

    Merissa Veith, BSc. student



    part-time employees:

    Mgr. Zoltán Füssy, Ph.D. post-doc

    Mgr. Kateryna Kotsarenko, Ph.D. post-doc, maternal leave

    Mgr. Dmitry Loginov, Ph.D. post-doc

    Read more

  • Laboratory of Analytical and Environmental Chemistry

    The Laboratory of Analytical and Environmental Chemistry is engaged in the development of analytical methods and their subsequent use for the analysis of water, soil, cigarette butts, plant materials, extracts from animal faeces and selected substances in blood, serum and urine samples. Environmentally oriented research is focused on the fate of substances in the environment (e.g. organic pollutants from cigarette butts) and the photodegradation of widely prescribed drugs under light conditions relevant to natural surface waters and subsequent toxicity tests of photoproduct mixtures.

     

    Assoc. Prof. Šárka Klementová – environmental photochemistry + toxicology

    Dr. Pavla Fojtíková – organic pollutants and toxicology, analytical chemistry

    Dr. David Kahoun – analytical chemistry

    Karel Hořejší - analytical chemistry, specialisation in lipidomics (PhD student)

    Martina Poncarová – study programme of Biochemistry, specialisation in environmental photochemistry + toxicology (PhD student)

    Pavla Petráňová – study programme of Biochemistry, specialisation in environmental photochemistry + toxicology (PhD student)

    Prof. Jan Tříska – analytical chemistry (external consultant from Global Change Research Institute of Czech Academy of Sciences)

     

    Read more

  • Laboratory of Computational Chemistry

    The research includes Molecular simulations and modeling, Ab initio calculations od biological systems etc.

    Head: Doc. RNDr. Martin Kabeláč, Ph.D.

  • Laboratory of Mechanisms and Dynamics of Macromolecular Complexes - MACROCOMPLEX

    Centre of excellence “Mechanisms and dynamics of macromolecular complexes” (Macrocomplex) is an interdisciplinary research consortium of the Faculty of Science, University of South Bohemia in Ceske Budejovice, Czech Republic.

    Macrocomplex web page

  • Laboratory of Proteomics

    Laboratory of Proteomics provides basic as well as more complex proteomic analyses of various samples. Currently, four mass spectrometers are available.


    You can find us in Building C, 1st floor, Room 01 044. Contact us please if you plan to perform proteomic analyses regarding the sample preparation and discuss the costs.

    Head of the Laboratory of Proteomics: Mgr. Filip Dyčka, Ph.D.

    fdycka (at) prf.jcu.cz, 00420 38 903 6242

     

    Employees:

    Mgr. Peter Koník

    konik (at) prf.jcu.cz, 00420 38 903 6242

    We are currently equipped with four mass spectrometers:

    Bruker Daltonics Autoflex Speed MALDI-TOF/TOF

    Waters Q-TOF Premier

    Waters Synapt G2-Si, hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry

    Bruker Daltonics timsTOF Pro

    If you are interested in analysis of your protein samples or a collaboration, please, contact us.

  • Laboratory of Single-Molecule research

    Our research group is taking the advantage of living on the border in between biology and physics. We are mostly focused on single-molecule research and we are currently looking for motivated students of all degrees!

    Read more

  • Centre of Photosynthesis Research

    Centre of Photosynthetic Research is a joint interdisciplinary research facility of Department of Chemistry and Department of Physics. The centre studies biochemical, biophysical and structural biological aspects of photosynthesis, especially light harvesting.

    Members of the Photosynthetic research centre from Department of Chemistry:

    RNDr. Radek Litvín, Ph.D.
    RNDr. David Bína, Ph.D.
    prof. RNDr. František Vácha, Ph.D.

  • Centre of Biomolecular Structure Research

    Centre of Biomolecular Structure Research joins several laboratories of the Faculty of Science:

    Laboratory of Structural Chemistry

    Laboratory of Preparative Biochemistry

    Laboratory of NMR - joint facility with RERI JKU Linz, Austria

    Laboratory of Electron Tomography - joint facility with Biology Centre ASCR

 

Results

Read more …Laboratories

  • Hits: 4931

Written on . Posted in PRF.

SARS-CoV-2 test

Katedra chemie

 Testování na COVID v současnosti neposkytujeme

Laboratoř klinické diagnostiky spadající pod Centrum biomedicínského výzkumu a klinické diagnostiky ve spolupráci s Katedrou chemie a Katedrou medicínské biologie PřF JU v průběbu pandemie SARS-CoV-2 zajišťovala testování na přítomnost viru SARS-CoV-2 pro nemocnice, studenty JU a zaměstnance JU a BC AVČR.

Laboratory of Clinical Diagnostics (a part of the Centre for Biomedical Research and Clinical Diagnostics), in collaboration with the Department of Chemistry and Department of Medical Biology, provided testing for the SARS-CoV-2 virus for hospitals, students of USB, and employees of USB and BC CAS.

Pokud pociťujete příznaky nemoci COVID-19, kontaktujte neprodleně svého praktického lékaře anebo Krajskou hygienickou stanici, dodržujte zvýšenou hygienu a noste roušku. / If you show signs of the COVID19 disease, contact your general practitioner or Public Health immediately, follow strict hygiene measures and wear a face mask.

  • Cena za odběr a test se odvíjí od zdroje financování. / The price for the test depends on the financial source.

    Aktuální ceny ke dni 10. 6. 2021. / Prices valid from June 10th, 2021.

    Cena testu zohledňuje zákonné normy, např. platbu DPH, režijní náklady apod.

    Antigenní test pro samoplátce - 201 Kč, osvobozeno od DPH anebo 8.08 EURO. / Antigen tests for self-payers - 201 CZK, free of tax or 8.08 EURO.

    PCR test pro samoplátce - 814 Kč, osvobozeno od DPH anebo 31.1 EURO.  / PCR tests for self-payers - 814 CZK, free of tax or 31.1 EURO.

    Platba po obdržení faktury, což může trvat několik dnů až týdnů. / The price is paid after receiving an invoice, which can take a few days or weeks.

  • Testování v testovací laboratoři 58JCUCB zajišťují primárně zaměstnanci a studenti Katedry medicínské biologie a Katedry chemie PřF JU / Testing at the testing laboratory 58JCUCB is provided primarily by employees and students of the Department of Medicinal Biology and Department of Chemistry, FSci USB.

    We are grateful to everyone participating in testing the patient samples for the presence of the SARS-CoV-2 virus - both employees and students.

    Started at the beginning and still testing

    Currently testing

    Adam Bajgar Adéla Chlastáková Johana Mustacová Pavla Wagnerová
    Zuzana Beránková Jindřich Chmelař Eva Myšková Marek Brož
    Eva Bínová Eva Chocholová Hana Pejšová Anna Kovaříková
    Zuzana Bláhová Marie Jalovecká Dagmar Riegert Bystřická Jan Neugebauer
    Martina Dalíková Barbora Kaščáková Martin Selinger Aneta Špalová
    Kristýna Danielová Pavlína Kočová Zuzana Světelová  MUDr. Eva Žampachová
    Eva Ďurinová Hana Konvičková Ján Štěrba  
    Zdeněk Franta Jan Kotál Jarmila Štěrbová  
    Andrea Frejlachová Eliška Kratochvílová Lenka Štifterová – sampling  
    Petra Havlíčková Helena Langhansová Hana Tykalová  
    Libor Hejduk Ľubica Makušová Pavlína Věchtová  
    Marie Hronková Hana Mašková Eva Výletová  

     

     

Read more …SARS-CoV-2 test

  • Hits: 4598

Written on . Posted in PRF.

Nabídka témat

Katedra chemie

Na této stránce je možné získat přehled o vypisovaných tématech diplomových prací na Katedry chemie jak v oborech chemických tak i v dalších příbuzvých oborech. Díky vhodným podmínkám pro výzkum jsou výsledkem magisterských ale i bakalářských prací na našem ústavu nezřídka vědecké publikace. Pokud máte zájem o určité téma, kontaktujte přímo uvedeného školitele.

Příklady témat možných bakalářských a magisterských diplomových prací nebo doktorských disertačních prací

V případě zájmu se obracejte přímo na uvedené pracovníky a s nimi si domluvte konkrétní podmínky.

Pro schválení zadání kvalifikační práce kontaktujte This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. katedry. Pro schválení musíte přinést vyplněné Zadání bakalářské/magisterské práce.

Téma Na koho se obrátit
Glykomický a glykoproteomický profil tkání klíšťat a jiných krevsajících členovců This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Analýza N-glykosylačních míst u proteinů krevsajících členovců (bioinformatika) This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Optimization of sample preparation for MS analysis This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Glykosidázová aktivita v semenných tekutinách ryb This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Detekce isoforem antivirových proteinův lidských neurálních buňkách infikovaných TBEV. This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
NMR structural studies on viral proteins This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. (USB, Č. Budějovice) & This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. (JKU, Linz)
Elektronová mikroskopie fotosyntetických membrán a proteinových komplexů This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Role karotenoidů v ochraně fotosyntetických proteinů před tripletními stavy chlorofylu This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Molekuly chlorofylu jsou v autotrofních organismech vždy asociovány s karotenoidy. Funkcí fotosyntetických karotenoidů je jak rozšíření spektrálního okna pro sběr energie tak i ochrana organismu před kyslíkovými radikály, které jsou jinak nechráněným chlorofylem účinně generovány. Vlastnosti této ochranné funkce nejsou zřejmé zejména v případě systémů s 'nestandardními' karotenoidy jako mají některé eukaryotní řasy. V práci budou studovány jak přírodní komplexy, tak syntetické modelové systémy.

  
Struktura pigment-proteinových komplexů fotosyntetických membrán a jejich funkce This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
 

Světlosběrné komplexy jsou pravděpodobně nejdynamičtější součástí fotosyntetických membrán. Pigmenty pro sběr světelné energie jsou drženy proteinovou kostrou v přesných polohách a ve vysoké hustotě (až 0.5 M). Ačkoliv chybné postavení pigmentů může být pro fotosyntetický organismus smrtící, existuje mnoho variant kombinací druhů chlorofylů i karotenoidů. Klíčovou roli ve funkci výsledného komplexu má pak právě proteinový skelet, který lze zkoumat z bioinformatického nebo biochemického pohledu. Zaměřením práce může být jak teoretická analýza vlastností proteinů a srovnání s experimentem tak i sledování dynamiky fotosyntetické membrány v krátkém ( minuty) či dlouhém (dny a týdny) časovém horizontu.

  

 

Read more …Nabídka témat

  • Hits: 3653

More Articles …

Stay in touch
social media

© 2024 University of South Bohemia
Cookies

1

0