Rozvrh
![](https://www.prf.jcu.sk/images/PRF/fakulta/katedry/ufy/fyz2.jpg)
Katedra fyziky
Výchozím zdrojem informací o rozvrhu je pro studenty systém STAG.
Zde naleznete kompletní informace o termínech výuky vašich předmětů, zajišťovaných jak Přírodovědeckou tak ostatními fakultami.
- Hits: 2225
Zde naleznete kompletní informace o termínech výuky vašich předmětů, zajišťovaných jak Přírodovědeckou tak ostatními fakultami.
O katedře
Lidé a kontakty
Pro studenty
Nabídka témat
Studijní materiály ke kurzům
Výzkum
Dokumenty
V médiích
Uchazeč
Mechatronika na JU
Aktuálně
Kalendář akcí
Aktuální informace o výuce pro studenty oboru Měřicí a výpočetní technika. V roce 2021/22 bude standardně otevřen první ročník pro denní studium. Kombinovaná forma studia již nebude otevírána..
První ročník bude otevřen v akademickém roce 2021/22
Kombinovaná forma studiu už nebude otevírána.
Výuka běží dle rozvrhu.
V tuto chvíli není plánována žádná bloková výukka
Výuka běží každé úterý dle rozvrhu
Pro informace k blokové výuce studenti kontaktují přímo vyučující
Výuka běží každý čtvrtek dle rozvrhu.
V tuto chvíli není plánována žádná bloková výuka
Pravidelná výuka běží vždy ve čtvrtek.
Pro informace k blokové výuce studenti kontaktují přímo vyučující
Student bakalářskou práci (BP) odevzdá pouze v elektronické podobě do STAGu
Studijní proděkan dr. Hauer vydal upravené předpisy určených primárně pro studenty (Bc. a Mgr.), kterých by si však rámcově měli být vědomi i školitelé. Uvedené novinky vychází z nutnosti implementovat opatření rektora R452 o zveřejňování závěrečných prací, proto výjimečně vstupují v platnost během semestru, nikoli k začátku akademického roku.
Novinky v Opatření děkana D48 (studim v Bc. a Mgr. programech):
1) Má-li kvalifikační práce obsahovat utajované skutečnosti, tj. nemá být nikdy zveřejněna, musí využití takových skutečností odsouhlasit děkan nejpozději 6 měsíců před plánovaným odevzdáním práce. Formulář žádosti o souhlas je zde.
Skutečnosti mohou být utajované podle příslušného zákona, nebo na základě písemné smlouvy mezi fakultou/JU a jejím partnerem.
2) Je pozměněn formulář zadávacího protokolu. Pro jistotu dodávám, že zadávací protokol generovaný STAGem není možné použít.
Do protokolu, mimo jiné, přibylo pole "Zvláštní poznámky pracoviště" . Lze využít třeba pro prohlášení studenta, že svým podpisem bere na vědomí pravidla a doporučení pro psaní kvalifikačních prací na tom kterém pracovišti. Vyplnění pole je nepovinné.
3) Po podání práce a jejím zaregistrováním studijním oddělením již do obhajoby není možné vzít práci zpět.
4) Obhajoba musí proběhnout i v případě, že posudky práce jsou negativní. Tím není dotčeno právo studenta od obhajoby odstoupit a nechat si zapsat "neprospěl".
5) Student Bc. studia si musí zvolit téma kvalifikační práce (= podat zadávací protokol) do konce 4. semestru (dříve bylo "na začátku pátého semestru"). Na studenty právě jsoucí ve 4. semestru nebude pravidlo aplikováno.
Opatření proděkana P5 (odevzdávání Bc., Mgr. a rigorózních prací):
1) Od 1. dubna nahrazuje opatření P1.
2) Definitivně se ruší tištěné verze prací.
3) Jsou nastavena či upřesněna pravidla postupu v případě požadavku na odložení zveřejnění (čekání na publikaci či patent) nebo nezveřejnění (utajované informace)..
Podmínkou udělení zápočtu z předmětu UFY/PRXK Praxe je absolvování brigády/práce v oblasti v předepsaném rozsahu 4 týdnů, který je příbuzný náplni vámi studovaného oboru (elektro, měření, IT, atd.). Tento zápočet se zapisuje do STAGu.
Od 24.3.2021 formuláře studenti předávají pouze a výhradně elektronicky sekretářce paní Kučerové, která je archivuje. Stačí naskenovaný podepsaný formulář nebo elektronicky podepsaný. Papírová forma nemůže být akceptována.
Formulář pro uznání UFY/PRX Praxe naleznete zde.
Zápočet z předmětu Bakalářské diplomové praxe (UFY/891) Vám zapisuje vedoucí vaší kvalifikační. práce. Jeho splnění pak kontroluje studijní oddělení.
Výchozím zdrojem informací o rozvrhu je STAG.
Přírodovědecká fakulta, Branišovská 1760, 370 05 České Budějovice
Read more …Měřicí a výpočetní technika
M. Karlický, P. Jelínek, Quasi-periodic processes in the flare loop generated by sudden temperature enhancements at loop footpoints, Astronomy and Astrophysics, 590, A4, 2016. https://doi.org/10.1051/0004-6361/201527306
V. M. Nakariakov, V. Pilipenko, B. Heilig, P. Jelínek, M. Karlický, D. Y. Klimushkin, D. Y. Kolotkov, D.-H. Lee, G. Nisticò, T. Van Doorsselaere, G. Verth, I.V. Zimovets, Magnetohydrodynamic Oscillations in the Solar Corona and Earth's Magnetosphere: Towards Consolidated Understanding, Space Sci. Rev., 200(1), 75, 2016. https://doi.org/10.1007/s11214-015-0233-0
Keşan, G., Litvín, R., Bína, D., Durchan, M., Šlouf, V. Polívka, T. Efficient light-harvesting using non-carbonyl carotenoids: Energy transfer dynamics in the VCP complex from Nannochloropsis oceanica. Biochim. Biophys. Acta, 1857, 370-379, 2016.
Kvíčalová, Z., Alster, J., Johanning, S., Hofmann, E., Khoroshyy, P., Litvín, R., Bína, D., Polívka, T., Pšenčík, J. Triplet-triplet energy transfer from chlorophylls to carotenoids in two antenna complexes from dinoflagellate Amphidinium carterae. Biochim. Biophys. Acta, 1857, 341-349, 2016.
Adamec, F., Greco, J.A., LaFountain, A.M., Magdaong, N.M., Fuciman, M., Birge, R.R., Polívka, T., Frank, H.A. Spectroscopic investigation of a brightly colored psittacofulvin pigment from parrot feathers. Chem. Phys. Lett, 648, 195-199, 2016.
West, R., Keşan, G., Trsková, E., Sobotka, R., Kaňa, R., Fuciman, M., Polívka, T. Spectroscopic properties of the triple bond carotenoid alloxanthin. Chem. Phys. Lett. 653, 167-172, 2016.
Niedzwiedzki, D.M., Tronina, T., Liu, H., Staleva, H., Komenda, J., Sobotka, R., Blankenship, R.E., Polívka, T. Carotenoid-induced non-photochemical quenching in the cyanobacterial chlorophyll synthase-HliC/D complex. BBA-Bioenergetics, 1857, 1430-1439, 2016.
Kloz, M., Weissenborn, J., Polívka, T., Frank, H. A., Kennis, J.T.M. Spectral watermarking in Raman spectroscopy. Phys. Chem. Chem. Phys. 18, 14619-14628, 2016.
Balevičius, V., Abramavicius, D., Pour, A. G., Polívka, T., Hauer, J. A unified picture of S* in carotenoids. J. Phys. Chem. Lett. 7, 3347-3352, 2016.
Pinnola, A., Staleva-Musto, H., Capaldi, S., Ballottari, M., Bassi, R., Polívka, T. Electron transfer between carotenoid and chlorophyll contributes to quenching in the LHCSR1 protein from Physcomitrella patens. BBA-Bioenergetics 1857, 1870-1878, 2016.
Kesan G., Durchan M., Tichý J., Minofar B., Kuznetsova V., Fuciman M., Šlouf V., Parlak C., Polívka T. Different Response of Carbonyl Carotenoids to Solvent Proticity Helps To Estimate Structure of the Unknown Carotenoid from Chromera velia. J. Phys. Chem. B 119, 12653-12663, 2015.
P. Jelínek, M. Karlický, K. Murawski, Electric current filamentation at a non-potential magnetic null-point due to pressure perturbation, The Astrophysical Journal 812, 105, 2015.
P. Jelínek, A. K. Srivastava, K. Murawski, P. Kayshap, B.N. Dwivedi, Spectroscopic Observations and Modelling of Impulsive Alfven Waves Along a Polar Coronal Jet, Astronomy and Astrophysics 581, A131, 2015.
P. Jelínek, M. Karlický, Structured mass density slab as a waveguide of fast magnetoacoustic waves, Cent. Eur. Aphys. Bull 39 (1), 51, 2015.
Fuciman, M., Keşan, G., LaFountain, A., Frank, H.A., Polívka, T. Tuning the spectroscopic properties of aryl carotenoids by slight changes in structure. J. Phys. Chem. B. 119, 1457–1467, 2015.
Staleva, H., Komenda, J., Shukla, M., K., Šlouf, V., Kaňa, R., Polívka, T., Sobotka, R. Mechanism of photoprotection in the cyanobacterial ancestor of plant antenna proteins. Nat. Chem. Biol. 11, 287-291, 2015.
Kroutil, O., Chval, Z., Skelton, A. A., Předota, M. Computer Simulations of Quartz (101)–Water Interface over a Range of pH Values, J. Phys. Chem. C,119, 9274–9286, 2015.
Machesky, M. L., Předota, M., Ridley, M. K., Wesolowski, D. J.: Constrained Surface Complexation Modeling: Rutile in RbCl, NaCl, and NaCF3SO3 Media to 250 °C, J. Phys. Chem. C 119, 15204–15215, 2015.
Ptacek, L., Machlica, L., Linhart, P., Jaska, P., Muller, L.: Automatic Recognition of Bird Individual on the Open Set using as-is Recordings. Bioacoustic Journal, 2015. DOI: 10.1080/09524622.2015.1089524.
A. Majumdar, S.Ch. Das, V. Stranak, R. Hippler, Electronic Bond Structure of Carbon Nitride Thin Film Deposited by HiPIMS and dc Magnetron Plasma. J. Coat. Sci. Technol. 2, (2015), 28-37.
J. Alami, V. Stranak, A-P. Herrendorf, Z. Hubicka, R. Hippler, Design of magnetic field configuration for controlled discharge properties in highly ionized plasma, Plasma Sources Sci. Technol. 24 (2015) 045016.
P. Dytrych, P. Kluson, O. Solcova, S. Kment, V. Stranak, M. Cada, Z. Hubicka, Shape selective photoinduced electrochemical behavior of thin ZnO layers prepared by surfatron, Thin Solid Films 597, (2015), 131.
Staleva, H., Zeeshan, M., Chábera, P., Partali, V., Sliwka, H.R., Polívka, T. Ultrafast dynamics of long homologs of carotenoid zeaxanthin. J. Phys. Chem. A, 119, 11304-11312, 2015.
Durchan, M., Keşan, G., Šlouf, V., Fuciman, M., Staleva, H., Tichý, J., Litvín, R., Bína, D., Vácha, F., Polívka, T. Highly efficient energy transfer from a carbonyl carotenoid to chlorophyll-a in the main light harvesting complex of Chromera velia. Biochim. Biophys. Acta, 1837, 1748-1755, 2014.
Polívka, T., Hofmann, E. Structure-function relationship in peridinin-chlorophyll proteins. In: The Structural Basis of Biological Energy Generation (ed. M. F. Hohmann-Marriott). Vol. 39 of the series Advances in Photosynthesis and Respiration. p. 39-58, Springer, Dordrecht, The Netherlands, 2014.
Polívka, T., Frank, H. A. Spectroscopic investigation of carotenoids involved in nonphotochemical quenching. In: Nonphotochemical Quenching and Energy Dissipation in Plants, Algae and Cyanobacteria (ed. B. Demmig-Adams). Vol. 40 of the series Advances in Photosynthesis and Respiration. p. 203-227, Springer, Dordrecht, The Netherlands, 2014.
H. Mészárosová, M. Karlický, P. Jelínek, J. Rybák, Magnetoacoustic waves propagating along a dense slab and Harris current sheet and their wavelet spectra, The Astrophysical Journal 788, 44, 2014.
S. Parez, M. Předota, and M. Machesky: “Dielectric Properties of Water at Rutile and Graphite Surfaces: Effect of Molecular Structure”, J. Phys. Chem. C 118, 4818-4834 (2014).
P. Jelínek, M. Karlický, Magnetoacoustic waves in diagnostics of the flare current sheets, Astronomy and Astrophysics 537, A46, 2012.
P. Jelínek, M. Karlický, K. Murawski, Magnetoacoustic waves in a vertical flare current-sheet in a gravitationally stratified solar atmosphere, Astronomy and Astrophysics 546, A49, 2012.
Vredenberg, W., Durchan, M., Prášil, O.: The analysis of PS II photochemical aktivity using single and multi-turnover excitations. J. Photochem. Photobiol. B 107: 45-54, 2012.
Durchan, M., Tichý, J., Litvin, R., Šlouf, V., Gardian, Z., Hříbek, P., Vácha, F., Polívka, T.: Role of carotenoids in light-harvesting processes in an antenna protein from the chromophyte Xanthonema debile. J. Phys. Chem. B 116: 8880-8889, 2012.
Durchan, M., Fuciman, M., Šlouf, V., Keşan, G., Polívka, T.: Excited-state dynamics of monomeric and aggregated carotenoid 8´-apo-β-carotenal. J. Phys. Chem. A 116: 12330-12338, 2012.
S. Pařez and M. Předota: “Determination of Distance-dependent Viscosity of Mixtures in Parallel Slabs using Non-equilibrium Molecular Dynamics”, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 3640-3650 (2012).
I. Romancová, Z. Chval and M. Předota: “Influence of the Environment on the Specificity of the Mg(II) Binding to Uracil”, J. Phys. Chem. A 116, 1786−1793 (2012).
M. Kabeláč, O. Kroutil, M. Předota, F. Lankaš and M. Šíp: “Influence of a Charged Graphene Surface on the Orientation and Conformation of Covalently Attached Oligonucleotides: A Molecular Dynamics Study”, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 4217–4229 (2012).
D. J. Wesolowski, J. O. Sofo, A. V. Bandura, Z. Zhang, E. Mamontov, M. Předota, N. Kumar, J. D. Kubicki, P. R. C. Kent, L. Vlcek, M. L. Machesky, P. A. Fenter, P. T. Cummings, L. M. Anovitz, A. Skelton, J. Rosenqvist: “The Rutile (110)-Water Interface: A comment on “Structure and Dynamics of Liquid Water on Rutile TiO2(110)” by L.-M. Liu, C. Zhang, G. Thornton and A. Michaelides”, Phys. Rev. B 85, 167401 (2012).
Dall’Osto L., Holt N.E., Kaligotla S., Fuciman M., Cazzaniga S., Carbonera D., Frank H.A., Alric J., Bassi R.: Zeaxanthin Protects Plant Photosynthesis by Modulating Chlorophyll Triplet Yield in Specific Light-harvesting Antenna Subunits, J. Biol. Chem. DEC 2012, 287, 41820-41834.
Fuciman M., Enriquez M.M., Polívka T., Dall’Osto L., Bassi R., Frank H.A.: Role of Xanthophylls in Light Harvesting in Green Plants: A Spectroscopic Investigation of Mutant LHCII and Lhcb Pigment-Protein Complexes, J. Phys. Chem. B MAR 2012, 116, 3834-3849.
Maiuri M., Polli D., Brida D., Lueer L., LaFountain A.M., Fuciman M., Cogdell R.J., Frank H.A., Cerullo G.: Solvent-dependent activation of intermediate excited states in the energy relaxation pathways of spheroidene, Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 6312-6319.
V. Šlouf, P. Chábera, J.D. Olsen, E.C. Martin, P. Qian, C.N. Hunter, T. Polívka. Photoprotection in a purple phototrophic bacterium mediated by oxygen-dependent alteration of carotenoid excited-state properties. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, 8570–8575, 2012.
M. Karlický, P. Jelínek, H. Mészárosová, Magnetoacoustic waves in the narrowband dm-spikes sources, Astronomy and Astrophysics 529, A96, 2011.
P. Jelínek, G. Hensler, The Collisions of High Velocity Clouds with Galactic Halo, Comp. Phys. Commun. 182, 1784-1789, 2011.
Chábera, P., Durchan, M., Shih, P.M., Kerfeld, C.A., Polívka, T.: Excited-state properties of the 16 kDa red carotenoid protein from Arthrospira maxima. Biochim. Biophys. Acta 1807: 30-35, 2011.
M. Machesky, D. Wesolowski, J. Rosenqvist, M. Předota, L. Vlcek, M. Ridley, V. Kohli, Z. Zhang, P. Fenter, P. Cummings, S. Lvov, M. Fedkin, V. Rodriguez-Santiago, J. Kubicki, and A. Bandura: “Comparison of Cation Adsorption by Isostructural Rutile and Cassiterite”, Langmuir 27, 4585–4593 (2011).
Niedźwiedzki D., Fuciman M., Kobayashi M., Frank H.A., Blankenship R.E.: Ultrafast time-resolved spectroscopy of the light-harvesting complex 2 (LH2) from the photosynthetic bacterium Thermochromatium tepidum, Photosynth. Res. OCT 2011, 110, 49-60.
Bould J., Base T., Londesborough M.G.S., Oro L.A., Macias R., Kennedy J.D., Kubát P., Fuciman M., Polívka T., Lang K.: Reversible Capture of Small Molecules On Bimetallaborane Clusters: Synthesis, Structural Characterization, and Photophysical Aspects, Inorg. Chem. AUG 2011, 50, 7511-7523.
Niedźwiedzki D.M., Fuciman M., Frank H.A., Blankenship R.E.: Energy transfer in an LH4-like light harvesting complex from the aerobic purple photosynthetic bacterium Roseobacter denitrificans, BBA-Bioenergetics MAY 2011, 1807, 518-528.
Fuciman M., Enriquez M.M., Kaligotla S., Niedźwiedzki D.M., Kajikawa T., Aoki K., Katsumura S., Frank H.A.: Singlet and Triplet State Spectra and Dynamics of Structurally Modified Peridinins, J. Phys. Chem. B APR 2011, 115, 4436-4445.
Zhang Y., LaFountain A.M., Magdaong N., Fuciman M., Allen J.P., Frank H.A., Rusling J.F.: Thin Film Voltammetry of Wild Type and Mutant Reaction Center Proteins from Photosynthetic Bacteria, J. Phys. Chem. B MAR 2011, 115, 3226-3232.
Kubát P., Šebera J., Záliš S., Langmaier J., Fuciman M., Polívka T., Lang K.: Charge transfer in porphyrin-calixarene complexes: ultrafast kinetics, cyclic voltammetry, and DFT calculations, Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 6916-6923.
V. Šlouf, S.P. Balashov, J.K. Lanyi, T. Pullerits, T. Polívka. Carotenoid response to retinal excitation and photoisomerization dynamics in xanthorhodopsin. Chem. Phys. Lett. 516, 96–101, 2011.
P. Jelínek, M. Karlický, Impulsively Generated Wave Trains in a Solar Coronal Loop, IEEE Trans. Plasma Sci. 38, No. (9), 2243-2248, 2010.
Durchan, M., Herbstová, M., Fuciman, M., Gardian, Z., Vácha, F., Polívka, T.: Carotenoids in energy transfer and quenching processes in Pcb and Pcb-PS I complexes from Prochlorothrix hollandica. J. Phys. Chem. B 114: 9275-9282, 2010.
M. Předota, I. Nezbeda, and S. Pařez: “Coarse-grained potential for interaction with a spherical colloidal particle and planar wall”, Collect. Czech. Chem. Commun. 75, 527-545 (2010).
Fuciman M., Chábera P., Župčanová A., Hříbek P., Arellano J.B., Vácha F., Pšenčík J., Polívka T.: Excited state properties of aryl carotenoids, Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 3112-3120.
Enriquez M.M., Fuciman M., LaFountain A.M., Wagner N.L., Birge R.R., Frank H.A.: The Intramolecular Charge Transfer State in Carbonyl-Containing Polyenes and Carotenoids, J. Phys. Chem. B OCT 2010, 114, 12416-12426.
Chábera P., Fuciman M., Naqvi K.R., Polívka T.: Ultrafast dynamics of hydrophilic carbonyl carotenoids - Relation between structure and excited-state properties in polar solvents, Chem. Phys. JUL 2010, 373, 56-64.
Enriquez M.M., LaFountain A.M., Budarz J., Fuciman M., Gibson G.N., Frank H.A.: Direct determination of the excited state energies of the xanthophylls diadinoxanthin and diatoxanthin from Phaeodactylum tricornutum, Chem. Phys. Lett. JUN 2010, 493, 353-357.
P. Jelínek, M. Karlický, Computational Study of Impulsively Generated Waves in a Solar Coronal Loop, Eur. Phys. J. D 54, 305-311, 2009.
P. Bartoš, J. Blažek, P. Jelínek, P. Špatenka, Hybrid Computer Simulations: Electrical Charging of Dust Particles in Low-Temperature Plasma, Eur. Phys. J. D 54, 319-323, 2009.
Pavlovič, A., Demko, V., Durchan, M., Hudák, J.: Feeding with aminolevulinic acid increased chlorophyll content in Norway spruce (Picea abies) in the dark. Photosynthetica 47: 631-634, 2009.
Pavlovič, A., Slováková, Ľ., Demko, V., Durchan, M., Mikulová, K., Hudák, J.: Chlorophyll biosynthesis and chloroplast development in etiolated seedlings of Ginkgo biloba L. Photosynthetica 47: 510-516, 2009.
Vredenberg, W., Durchan, M., Prášil, O.: Photochemical and photoelectrochemical quenching of chlorophyll fluorescence in photosystem II. Biochim. Biophys. Acta 1787: 1468-1478, 2009.
Chábera P., Fuciman M., Hříbek P., Polívka T.: Effect of carotenoid structure on excited-state dynamics of carbonyl carotenoids, Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 8795-8803.
Polívka, T., Pšenčík, J., Kroh, P., Engst, D., Prášil, O., Falkowski, P.G., Hála, J. Hole-burning study of energy transfer in antenna proteins of Dunaliella tertiolecta affected by iron-limitation. Mol. Cryst. Liq. Cryst. 291, 111, 1996.
Engst, D., Kroh, P., Polívka, T., Pšenčík, J., Nedbal L., Hála, J.: Hole burning and low temperature absorption and fluorescence spectroscopy of algae affected by UV-B stress, Mol. Cryst. Liq. Cryst. 291, 103, 1996.
Kroh, P., Pšenčík, J., Polívka, T., Engst, D., Hála, J.: Laser induced hole filling in bacteriochlorophyll d monomers and aggregates of green sulphur photosynthetic bacteria antennae, Mol. Cryst. Liq. Cryst. 291, 201, 1996
Polívka, T., Kroh, P., Pšenčík, J., Engst, D., Komenda, J., Hála, J
2024-2028 | "PHOTOMACHINES - Reorganizace fotosyntetických buněk za účelem vysoké produkce terapeutických peptidů“, OP JAK Špičkový výzkum CZ.02.01.01/00/22_008/0004624, Tomáš Polívka, spoluřešitel |
2024-2028 | HORIZON-MSCA-2022-SE-01-01 — MSCA Staff Exchanges 2022, DynaSun - Dynamics of the solar corona in the era of data intensive observations, Petr Jelínek, spoluřešitel |
2024-2026 | "Ultrarychlé zhášení ve fotosyntéze", standardní projekt GAČR 24-11344S, Tomáš Polívka, řešitel |
2023-2026 | "Compact mems pirani manometer for robust technological applications", TAČR TREND FW10010337, Vítězslav Straňák, spoluřešitel |
2023-2026 | "Sensing for the 21st century", TAČR NCK MATCA TN02000069/001N, Vítězslav Straňák, spoluřešitel |
2023-2026 | "Diagnostics of Chemicals in Water", TAČR NCK MATCA TN02000069/007, Vítězslav Straňák, spoluřešitel |
2022-2024 | Počítačové modelování nelineárních optických signálů na rozhraních", standardní projekt GAČR 22-02972S, Milan Předota, řešitel |
2021-2024 | "Kapacitní deionizace: Porozumění pomocí molekulárního modelování", standardní projekt GA ČR 21-27338S, Milan Předota, řešitel |
2021-2024 | "Opticky polopropustné nanostruktury oxidu titanu na površích s komplexní geometrií pro zvýšení fotokonverze a citlivosti snímačů", mezinárodní Lead Agency projekt GAČR 21-05030K, Vítězslav Straňák, spoluřešitel |
2021-2023 | "Sub-THz pásmo: nový přístup ke studiu původu slunečních a hvězdných erupcí pomocí pozorování a numerických simulací", mezinárodní bilaterální projekt GAČR 21-16508J |
2021-2023 | "Plazmový surfatron s definovaným tokem iontů pro čištění citlivých povrchů s nízkou energetickou zátěží", projekt OP PIK CZ.01.1.02/0.0/0.0/20_321/0023906 |
2019-2023 | "Vztah mezi strukturou a funkcí karotenoidů: Nové cesty k řešení nezodpovězených otázek", GAČR EXPRO 19-28323X |
2021-2022 | "Bezdrátová sonda pro monitoring kůrovce", projekt TAČR GAMA-2 TP01876221 |
2021-2022 | "Laserový nano -tisk z plazmonických nanočástic připravených pomocí plynně agregačního zdroje", projekt TAČR GAMA-2 TP01010019 |
2020-2022 | "Přenos elektrického náboje na nabitých heterogenních rozhraních s redoxními metaloproteiny", juniorský projekt GAČR 20-02067Y |
2020-2022 | "Zařízení pro přenos MIDI signálů s expanzní konstrukcí", projekt TAČR GAMA-2 TP01010019 |
2020-2021 | "Antivirové povrchy pro zdravotnický materiál", projekt TAČR GAMA-2 TP01010019 COV-01 |
2019-2022 | "Výzkum a vývoj nových produktů - Suchá pístová vývěva a chemicky odolná suchá pístová vývěva", projekt OP PIK CZ.01.1.02/0.0/0.0/17_176 /0015637 |
(2019)-2021 | "Plasma Coating 2" – Třetí etapa aplikovaného výzkumu depozičního procesu ochranných tribologických vrstev na substráty s komplexním tvarem. TAČR NCK MATCA TN10000038/11, https://matca.cz |
2019-2021 | "Biosenzory na optickém vlákně pro detekci spirochét Lymské boreliózy", projekt MŠMT Mobility 8JPL19012 |
2019-2021 | "Nanostruktury pro LSPR senzory na optickém vlákně", standardní projekt GAČR 19-20168S |
2019-2020 | "Vývoj automatizovaného zařízení pro manipulaci s elektronickými součástkami", projekt JVTP 91-0071, Jihočeský vědeckotechnický park |
2018-2020 | "Ultrarychlá časová spektroskopie jako nástroj pro studium vztahu mezi strukturou a funkcí karotenoproteinů u sinic", standardní projekt GAČR 18-21631S |
2018-2019 | "Waves in expanding magnetic flux tubes embedded in the solar atmosphere", Mobility MŠMT ČR, projekt 8J18AT031, spolupráce JU a Karl-Franzens-Universität, Graz, Rakousko |
2018-2019 | “Optimalizace logistických procesů zavedením elektronické výměny dat”, projekt JVTP 91-0064, Jihočeský vědeckotechnický park |
2017-2021 | “Molekulární simulace procesů na rozhraní pevná látka - kapalina”, projekt LTAUSA17163, INTER-EXCELLENCE, podprogram INTER-ACTION, spolupráce s Oak Ridge National Laboratory (USA) |
2017-2019 | “Ultra-Sensitive Opto-Electrochemical Detection of Liquid Explosives”, projekt NATO, SPS G5147 |
2017-2019 | "Konstrukce boxu pro měření dýchacího ústrojí drobných hlodavců", projekt KTT č. 48: Vybudování znalostního a technologického transferu v příhraničním prostoru Jihočeského kraje a Dolního Bavorska/ Aufbau des Wissens- und Technologietransfers im Grenzraum Südböhmen/Niederbayern, EUS |
2017-2019 | "Snímání průtoku vzduchu", projekt KTT č. 49: Vybudování znalostního a technologického transferu v příhraničním prostoru Jihočeského kraje a Dolního Bavorska/ Aufbau des Wissens- und Technologietransfers im Grenzraum Südböhmen/Niederbayern, EUS |
2017-2019 | “Vývoj a výzkum součástí elektronového mikroskopu pro čištění tubusu, vytvoření vakua a rozvody inertních plynů v tubusu", projekt OP PIK, CZ.01.1.02/0.0/0.0/15_019/0004732 |
2017-2019 | “Molekulární popis jevů v elektrické dvojvrstvě - predikce a interpretace experimentálních dat počítačovými simulacemi”, standardní projekt GAČR 17-10734S |
2017-2018 | “Dálková regulace elektronických přístrojů s využitím servomotoru”, projekt TAČR GAMA TG03010027 |
2017-2018 | "Demonstrační zařízení pro snímání a regulaci neelektrických fyzikálních veličin", projekt JVTP, FIS 011.400.222 |
2016-2018 | “Výzkum růstu tenkých nanostrukturovaných vrstev připravovaných pomocí plazmatu”, standardní projekt GAČR 16-14024S |
2016-2018 | “Magnetoakustické vlny v diagnostice plazmatu ve sluneční koróně: nový pohled prostřednictvím pokročilých numerických simulací”, standardní projekt GAČR 16-13277S |
2016-2018 | “Světlosběrné a fotoprotektivní funkce karotenoidů - nové přístupy pomocí multipulsní femtosekundové spektroskopie”, standardní projekt GAČR 16-10417S |
2016-2017 | Smluvní výzkum pro firmu BOSCH |
2016-2017 | “Plasma-assisted deposition of thin antimicrobial films” bilaterální projekt Mobility MŠMT ČR - DAAD SRN, spolupráce s Department of Physics, University of Greifswald |
2016-2017 | “Zpracování soustavy kompaktních elementů do výukového programu fyziky”, projekt JVTP, FIS 011.600.490. |
2015-2017 | “Studium stavů přenosu náboje u karotenoidů pomocí multidimenzionální Starkovy spektroskopie”, MŠMT Kontakt II, LH15126, spolupráce s Department of Physics, University of Michigan, USA |
2013-2016 | “Počítačové modelování interakcí organické hmoty a biomolekul s minerálními povrchy”, standardní projekt GAČR 13-08651S |
2012-2018 | “Centrum fotosyntetického výzkumu”, projekt na podporu excelence v základním výzkumu GBP501/12/G055 |
2011-2015 | “Přenos excitační energie v pigment-proteinových komplexech mikroorganismů”, standardní projekt GAČR GAP205/11/1164 |
2011-2013 | “Pokročilý experimentální výzkum výbojových zdrojů plazmatu použitých pro přípravu nanostrukturovaných tenkých vrstev”, standardní projekt GAČR, GAP205/11/0386 |
2010-2012 | “Energetické procesy ve sluneční atmosféře: vztahy mezi simulacemi a pozorováními”, standardní projekt GAČR, GAP209/10/1680 |
2010-2012 | “Fotofyzika a fotochemie samoorganizovaných nanostruktur”, standardní projekt GAČR, GAP208/10/1678 |
2009-2012 | “Excitované stavy karbonylových karotenoidů a jejich role ve fotochemických reakcích”, MŠMT - Kontakt, ME09037, spolupráce s Department of Chemistry, University of Connecticut |
2009-2012 | “Excitované stavy karotenoidových agregátů”, standardní projekt GAČR, GA202/09/1330 |
2009-2012 | “Studium struktury a dynamiky minerálních povrchů a biomembrán a jejich interakcí s organickými a anorganickými ligandy pomocí počítačového modelování”, MŠMT - Kontakt, ME 09062, spolupráce s Departmenf of Chemical and Biomolecular Engineering, Vanderbilt University, Nashville |
2008-2011 | “Počítačové modelování strukturních, dynamických a transportních vlastností tekutin v nanorozměrech”, standardní projekt GAČR 203/08/0094 |
O katedře
Lidé a kontakty
Pro studenty
Nabídka témat
Studijní materiály ke kurzům
Výzkum
Dokumenty
Molekularizace biologických oborů
Aktuálně
Kalendář akcí
Jak přesně fungují proteinové „stroje“ v buněčných elektrárnách eukaryotických organismů popisuje nová studie parazitologů z Jihočeské Univerzity, která byla publikována na začátku listopadu v prestižním vědeckém časopise Current Biology. Editoři časopisu vybrali studii jako stěžejní článek aktuálního vydání a zpřístupnili ho bezplatně jako tzv. open access on-line.
Mitochondrie, důležité a starobylé součásti eukaryotických buněk (mezi eukaryota patříme my, lidé, houby a rostliny), fungují jako buněčné elektrárny, které vyrábí energii pro celou buňku. Tyto elektrárny mají složitou stavbu, kterou rámují dvě membrány - vnější a vnitřní. Mezi oběma membránami se nachází mezimembránový prostor a zcela uvnitř mitochondrie, uzavřený vnitřní membránou je tzv. matrix, vnitřní prostor.
Vnitřní membrána má poměrně komplikovanou strukturu. Je zvlněna do záhybů, tzv. krist, které tvarem připomínají prsty natahující se do matrixu. Kristy jsou sidla proteinových komplexů; můžeme si je představit jako molekulární stroje, ve kterých pracuje množství nejrůznějších bílkovin, z nichž každá představuje nepostradatelnou součástku pro správné fungování životně důležitých buněčných procesů, jako je dýchání a vyrábění energie.
Vzhledem k tomu, že mitochondrie i jejich kristy jsou evolučně starobylé části buněk, vyskytují se v široké škále nejrůznějších eukaryot. Máme je my, lidé, houby a rostliny, ale také naši vzdálenější příbuzní, jednobuněčná eukaryota, tzv. prvoci. Do této různorodé a fascinující skupiny prvoků patří i původce spavé nemoci, parazit Trypanozoma spavičná (Trypanosoma brucei). A právě tohoto parazita si vybral tým molekulárních biologů z Přírodovědecké fakulty JU a Parazitologického ústavu BC AV ČR pod vedením Hassana Hashimiho jako modelový organismus pro výzkum funkcí bílkovinných komplexů vnitřní mitochondriální membrány.
Vědci se rozhodli zodpovědět následující otázky: jaké části výše zmiňovaných molekulárních strojů jsou společné napříč celou říší eukaryot, a jaké části se naopak odlišují a jsou specifické jen pro určité druhy eukaryot? Zaměřili se na bílkovinný komplex MICOS (mitochondrial contact site and cristae organization system). U kvasinek (blízkého příbuzného hub) a člověka (nadále je budeme společně nazývat "kvověk") je známé, že tento proteinový komplex dává kristám tvar, vytváří místa, kde vnitřní a vnější membrána přicházejí do těsného kontaktu a také kde se připojují kristy ke zbytku vnitřní membrány. Pokud se tento MICOS „stroj“ rozbije, kristy se oddělí od vnitřní membrány a plují v matrixu.
V trypanozomě byl původně nalezen pouze jeden gen pro jedinou bílkovinu MICOSového komplexu. Díky této informaci dokázali vědci u trypanozomy izolovat celý bílkovinný komplex MICOS, stejným způsobem jako, když vytáhnete viditelnou úchytku šuplíku, abyste zjistili, co je uvnitř, a podívat se na to, v čem je podobný a v čem naopak rozdílný ve srovnání s MICOSem u kvověka. Badatelé zjistili, že kontaktní místo vnitřní a vnější membrány i připojení krist k vnitřní membráně jsou stejnéjak u trypanosomy, tak i u kvověka. Vzhledem k tomu, že tyto dva typy organismů jsou si příbuzensky tak vzdálené, jak jen si lze představit, lze s jistotou tvrdit, že tato role MICOSu je shodná a zásadní napříč všemi eukaryoty.
S pomocí kolegů z Laboratoře elektronové mikroskopie na Biologickém centru mohl tým vědců rovněž přímo pozorovat komplex MICOS na mitochondriálních kristách a sledovat i to, jaké důsledky má genetické odstranění MICOSu na tvar krist.
Překvapující byly rozdíly, které vědci objevili. Kromě již zmiňované osamělé bílkoviny MICOSového komplexu se ostatní proteiny velmi liší od těch, které najdeme u kvověka. Navíc se ukazuje, že jeden z proteinů má úplně odlišnou roli než jakýkoli známý protein u kvověčího MICOSu, a to, že pomáhá zachytit proteiny, které patří do mezimembránového prostoru. Mezi proteiny v mezimembránovém prostoru jsou totiž malé proteiny, které jsou součástí bílkovinných komplexů, respiračního řetězu nacházejícího se v kristách.
Tato studie prokazuje, že bílkovinný komplex MICOS u trypanozomy nejen pomáhá dát kristám tvar, ale také umístit proteinové komplexy v té části mitochondrií, která je zodpovědná za buněčné dýchání. Nezodpovězenou otázkou zatím zůstává, zda je MICOS u trypanozomy výjimkou, protože tuto funkci má, anebo zda je výjimkou MICOS u kvověka, když takový protein vůbec nemá.
Iosif Kaurov, Marie Vancová, Bernd Schimanski, Lawrence Rudy Cadena, Jiří Heller, Tomáš Bílý, David Potěšil, Claudia Eichenberger, Hannah Bruce, Silke Oeljeklaus, Bettina Warscheid, Zbyněk Zdráhal, André Schneider, Julius Lukeš, Hassan Hashimi