Katedra informatiky

Project name: PhotoStruk - Analysis of historical PHOTOGRAPHS for the virtual reconstruction of cultural heritage in the Czech-Bavarian border

Project number: 63

The main goal of the project: The main goal of the project is the presentation of extinct localities of the Šumava region thanks to virtual reconstructions from historical photographs. The project responds to the need to strengthen the common identity, which is formed by the historical interconnectedness of the population. It seeks to preserve and value the common heritage in a sustainable way. Available and innovative tools will help to increase the attractiveness of the subsidized territory through the preservation and evaluation of the common cultural and natural heritage.

You can find more information here: https://photostruk.cz/info

The Photostruk project is financed by the European Union as part of the Cross-Border Cooperation Program Czech Republic - Free State of Bavaria EUC Goal 2014 - 2020 (Interreg V) from the European Regional Development Fund.

Katedra molekulární biologie a genetiky

Katedra zajišťuje následující kurzy v bakalářském studiu:

Prezentace studentů
Studenti, kteří vypracovávjí svou bakalářskou práci na Katedře molekulární biologie a genetiky, jsou povinni během svého bakalářského studia 2x prezentovat svou práci (opatření děkana D48). Student si v daném semestru, kdy chce prezentovat, zapíše kurz KMB 180 Seminář mag. oborů genetika (garant Aleš Horák). Seminář probíhá společně pro bakaláře i magistry blokově (o termínu bude informovat garant během semestru), jeden seminář je věnován přípravě, jak dobře prezentovat, a pak podle počtu zapsaných studentů v několika blocích probíhají prezentace studentů. 2 zápočty z tohoto kurzu slouží jako ověření povinnosti prezentovat 2x za své studium.

Katedra zajišťuje část bakalářské státní závěrečné zkoušky Buněčná biologie a genetika:

Otázky pro bakalářské zkoušky – Buněčná biologie a genetika

Část A: Otázky z buněčné biologie
1. Struktura a funkce organel v eukaryotické buňce
2. Buněčná energetika a hlavní metabolické dráhy
3. Struktura buněčných membrán, transport látek přes membrány, membránový potenciál
4. Cytoskelet: struktura a funkce, motorové proteiny
5. Vnitrobuněčné oddíly, třídění a transport proteinů uvnitř buňky
6. Mechanika buněčného cyklu: fáze buněčného cyklu, mitóza, meióza, „crossing over“
7. Buněčná signalizace: signální dráhy, receptory, typy buněčných signalizací.
8. Struktura a funkce DNA
9. Struktura a funkce RNA
10. Replikace, transkripce a translace
11. Struktura a vlastnosti proteinů
12. Rostlinná buňka: odlišnosti od živočišné buňky, chloroplasty, fotosyntéza, vakuoly, buněčná
stěna.

Část B: Otázky z genetiky
13. Chromosomy: struktura chromosomu, početní a strukturní chromosomální aberace, jejich
dopad na fenotyp a význam pro evoluci druhu
14. Genom: struktura genomu, porovnání velikostí genomů virů, prokaryot a eukaryot, paradox
hodnoty C, repetitivní DNA
15. Mutace: typy mutací podle rozsahu a podle dopadu na fenotyp, mutageny, reparace DNA
16. Mendelismus a genetická analýza: vysvětlení základních genetických pojmů (gen, alela,
homozygot, heterozygot, dominance, recesivita, haplosuficience, haploinsuficience,
kodominance, penetrance, expresivita, pleiotropie), křížení mono- a dihybridů do F1 a F2,
kombinační čtverec, rozvětvovací metoda
17. Meióza a vznik pohlavních buněk: průběh a funkce meiózy, crossing-over, rozchod alel u monoa
dihybrida, vznik pohlavních buněk u rostlin a živočichů
18. Genové interakce: co jsou to genové interakce, charakterizace jednotlivých genových interakcí
19. Kvantitativní genetika: genetická vs. environmentální složka, heritabilita v širokém a úzkém
slova smyslu, heterózní efekt
20. Vazba genů: co je to genetická vazba, jak se určuje její síla, vazbová fáze
21. Dědičnost a pohlaví: způsoby determinace pohlaví, pohlavní chromosomy, evoluce pohlavních
chromosomů, dědičnost vázaná na pohlaví, příklady znaků vázaných na pohlaví, pohlavně
ovlivněných a ovládaných, kompenzace genové dávky
22. Populační genetika: Hardy-Weinbergova rovnováha, jaké jsou její podmínky a co a proč jí
narušuje, typy selekce, genetický drift, fitness, dynamická rovnováha a její příklady
23. Genetika bakterií: srovnání prokaryotního a eukaryotního genomu, operony, plazmidy, jak
bakterie získává novou DNA (transformace, transdukce a konjugace), lytický a lysogenní cyklus
bakteriofága, SOS reparace DNA, CRISPR-Cas9
24. Genetika organel: které organely mají DNA a proč, jak vypadá genom organel, projevy
cytoplazmatické dědičnosti, heteroplasmie
25. Epigenetika: funkce epigenetických změn, epigenetické nástroje (metylace DNA, modifikace
histonů, nekódující DNA), genomový imprinting, paramutace

Katedra informatiky

Cross-border cooperation program Czech Republic - Free State of Bavaria EUC goal 2014 – 2020

Museum Uploaded – Digital technology for cross-border interactive cooperation of museums

Project partners: Stadt Deggendorf, Powder Museum in Písek, Technische Hochschule Deggendorf

Schedule: 1/9/2017 – 31/8/2020

Project budget: EUR 1,830,330.39

The goal of the project is to create interdisciplinary, visitor-oriented, barrier-free and multimedia presentations of preserved cultural heritage in the mutual cooperation of partners, and at the same time to develop new applied technologies in the field of museums and archives in the long term and flexibly.

The leading partner of the project is the Municipal Museum in Deggendorf (Stadt Deggendorf – Stadtmuseum), other partners are the Powder Museum in Písek and the Technical University in Deggendorf.
The project aims to innovate existing and develop completely new technologies, which will subsequently be used for the first time in the field of museums. The Technical University in Deggendorf (Freyung Campus) and the University of South Bohemia in České Budějovice (Department of Informatics and Institute of Archiving and PVH) are collaborating on the development of a new digital exhibition system. The museums in Deggendorf and Písek serve as exemplary case studies. During the joint scientific work of the two museums, topics and materials that affect cultural heritage in a cross-border context will be collected and processed with the help of museum-didactic methods using digital strategies. The museums here will function as laboratories, in which different developmental approaches of universities to the presentation and visualization of museum materials are discussed together, their suitability for use is verified and feedback is captured. The peculiarity of this concept from the perspective of information technology and media creation is the connection of digital media with the use of modern server and Internet technologies, both for the needs of permanent exhibitions and also for new forms of presentation with the aim of rendering spatial and temporal data. An important part of this technical solution is the creation of a central data storage system that meets the requirements for long-term archiving of electronic data. This sustainable system will ensure permanent visualization of data and metadata in museum presentations and enable data exchange with other institutions.
These systems will be implemented in museums for the need to present information: The Deggendorf Municipal Museum, one of the largest exhibition houses in Lower Bavaria, and the Práchenské Museum in Písek, a regional museum awarded with a European award, are preparing current and attractive new exhibitions as well as the expansion of existing exhibitions as part of a joint project and equipping them with modern technologies.

Katedra molekulární biologie a genetiky

Specializace: Molekulární a buněčná biologie a genetika, garant: doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.

Studenti absolvují přednášky a praktické kurzy nezbytné pro uplatnění nejen v moderním biologickém výzkumu, ať už základním, biomedicínském či aplikovaném, ale i v praxi ve forenzních a nemocničních laboratořích. Cílem je vychovat samostatné absolventy, kteří se orientují v nejmodernějších přístupech molekulární biologie a genetiky a jsou schopni zpracovat a prezentovat výsledky vědecké práce.

Vstupní minimum:
UCH 036 Biochemie I.
KBE 012 Biostatistika nebo KME 062 Statistika v preklinickém a klinickém výzkumu
KMB 240 Genetika
KMB 245 Cvičení z genetiky
KZO 212 Vývojová biologie
KMB 023 Základy buněčné biologie
KMB 250 Molekulární biologie nebo KMB 758 Molecular Biology and Genetics I.
KMB 601 Biologie buňky II. (do roku 2016 to byly Základy buněčné biologie KMB 023)
KMB 608 Základní metody molekulární biologie

Výstupní minimum:
FBI 885 Zadání magisterské práce
KMB 603 Pokročilé metody molekulární biologie
KMB 615 Bioinformatika pro biology nebo KMB 613 Bioinformatics for biologists (v angličtině)
KMB 180 Seminář mag. oborů
KMB 616 Epigenetika a regulace genové exprese (v češtině sudé roky) nebo KMB 618 Epigenetics and regulation of gene expression (v angličtině liché roky)
KMB 604 Cytogenetika
KMB 705 Populační a evoluční genetika
FBI 881 Magisterská diplomová praxe
OJZ 930 Magisterská zkouška z angličtiny

Povinně volitelné předměty - 5 předmětů z následujícího výběru:
KMB 696 Molekulární genetika modelových organismů a člověka
KMB 708 Genetika člověka
KMB 221 Evoluční genetika živočichů
KMB 222 Forenzní genetika a biologie (blokově, dle zájmu může být jen jednou za dva roky)
KMB 251 Genetická toxikologie
KMB 243 Základy biotechnologií u živočichů (blokově, jednou za dva roky v lichém roce v LS)
KMB 777 Evoluční genomika (blokově, jednou za dva roky v lichém roce)
KMB 242 Reprodukční genetika člověka (jednou za dva roky v sudém roce)
KZO 230 Fyziologie živočichů a člověka
KMB 225 Bakteriální genetika (blokově v ZS)
KMB 617 Vývojová biologie živočichů a člověka

Prezentace studentů
Studenti jsou povinni během svého magisterského studia každý rok jednou prezentovat svou práci (opatření děkana D48). Student si v daném semestru, kdy chce prezentovat, zapíše kurz KMB 180 Seminář mag. oborů genetika (garant Aleš Horák). Seminář probíhá společně pro bakaláře i magistry blokově (o termínu bude informovat garant během semestru), jeden seminář je věnován přípravě, jak dobře prezentovat, a pak podle počtu zapsaných studentů v několika blocích probíhají prezentace studentů. Zápočty z tohoto kurzu slouží jako ověření povinnosti prezentovat.

Státní závěrečná zkouška v magisterském oboru Experimentální biologie

specializace: Molekulární a buněčná biologie a genetika

Patra (rozsah definovaný předměty):

1. PATRO: Obecná biologie (Biochemie, Genetika, Základy buněčné biologie, Vývojová biologie, Základní metody molekulární biologie)

2. PATRO: Molekulární a buněčná biologie a genetika (Molekulární biologie, Cytogenetika, Epigenetika, Bioinformatika, Biologie buňky II., Pokročilé metody molekulární biologie)

3. PATRO na výběr z následujících možností:
Experimentální biologie (Fyziologie živočichů a člověka, Molekulární genetika modelových organismů a člověka, Genetická toxikologie, Bakteriální genetika)
Vývojová biologie (Fyziologie živočichů a člověka, Molekulární genetika modelových organismů a člověka, Reprodukční genetika člověka, Vývojová biologie živočichů a člověka),
Genetika živočichů (Evoluční genetika živočichů, Genetika a cytogenetika člověka, Základy biotechnologií u živočichů, Molekulární genetika modelových organismů a člověka)
Evoluční genetika (Evoluční genomika, Evoluční genetika živočichů, Populační genetika, Genetická toxikologie)
Genetika člověka (Forenzní genetika a biologie, Genetika a cytogenetika člověka, Reprodukční genetika člověka).